서울행정법원-2024-구합-92104 (2025.12.12)

사 건

2024구합92104 양도소득세부과처분취소

원 고

김○○

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2025. 9. 26.

판 결 선 고

2025. 12. 12.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 4. 15. 원고에게 한 2016년 귀속 양도소득세 0,000,000,000원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2016. 5. 24. ○○○○○○○○ 주식회사(이하 ‘소외 회사’라 한다)와 원고 소유 ** **구 **동 000-0 소재 부동산, ** **구 **동 000-00 소재 부동산과 소외 회사 소유 **시 ○○면 ○○리 000-0 소재 제3동호 부동산을 교환하기로 하는 계약(이하 ‘이 사건 교환계약’이라 하고, 위 부동산들을 각 ‘**동 부동산’, ‘**동 부동산’, ‘** 부동산’이라 한다)을 체결하였다.

나. 원고와 소외 회사는 이 사건 교환계약 체결 당시 위 각 부동산의 평가액을 아래 ‘평가액’란 기재와 같이 평가하였다. 다만 원고와 소외 회사는 아래 ‘승계채무액’란 기재 금액의 각 채무를 상호 인수하기로 하면서, 소외 회사가 원고에게 그 순자산가액의 차액 0억 0,000만 원 중 0억 원을 계약금으로 지급하였고, 나머지 0억 0,000만 원(이하 ‘이 사건 잔금’이라 한다)을 2016. 6. 30.에 지급하기로 약정하였다.

대상물건

**동 부동산

**동 부동산

** 부동산

소유자

원고

원고

소외 회사

평가액

4,000,000,000원

1,980,000,000원

6,500,000,000원

승계채무액

은행대출

1,710,000,000원

800,000,000원

4,800,000,000원

임차보증금

810,000,000원

10,000,000원

-

순자산가액

1,480,000,000원

1,170,000,000원

1,700,000,000원

합계 2,650,000,000원

교환차액

950,000,000원

다. 원고는 2016. 5. 26. 소외 회사에게 방이동 부동산 및 천호동 부동산에 관하여 이 사건 교환계약을 원인으로 한 각 소유권이전등기를 마쳐주었다.

라. 피고는 2024. 4. 15. 원고에게 **동 부동산 및 천호동 부동산의 양도소득에 관해 2016 귀속 양도소득세 0,000,000,000원(가산세 포함)을 부과(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

마. 한편 원고가 이 사건 교환계약에서 정한 ** 부동산에 대한 대출금채무를 인수하지 아니하여 소외 회사와 사이에 분쟁이 생겼고, 그 과정에서 ‘원고는 소외 회사로부터 파주 부동산에 관하여 2016. 5. 24. 교환을 원인으로 한 소유권이전등기절차의 이행을 받음과 동시에 소외 회사에게 0,000,000,000원(원고가 인수하기로 하였던 ** 부동산에 관한 승계채무액에 대한 소외 회사의 대위변제액 상당 손해배상금)을 지급하라’는 취지의 판결(서울고등법원 2018. 12. 21. 선고 2018나2028967 판결, 이하 ‘제1 민사사건’이라 한다)과 ‘소외 회사는 원고로부터 00억 0,000만 원(= 원고가 인수하기로 하였던 파주 부동산에 관한 승계채무액에 대한 소외 회사의 대위변제액 상당 손해배상금 00억 원 – 이 사건 잔금 0억 0,000만 원)을 지급받음과 동시에 원고에게 ** 부동산에 관하여 2016. 5. 24. 교환을 원인으로 한 소유권이전등기절차를 이행하라’는 취지의 판결[서울고등법원 2019. 4. 17. 선고 2018나2028936(본소), 2028943(반소) 판결, 이하 ‘제2 민사사건’이라 한다]이 각 선고되어 확정되었다. 원고는 위 각 민사사건에서 이 사건 교환계약의 해제 주장을 하였으나, 법원은 그 해제 주장을 모두 배척하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 9, 12호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장 요지

1) 원고는 소외 회사로부터 이 사건 잔금 0억 0,000만 원을 지급받지 못하였고, 현재까지 ** 부동산에 관하여 소유권이전등기를 경료받지 못하였다. 원고는 방이동 부동산, 천호동 부동산의 양도대가로 그 취득가액에 현저히 미달하는 계약금 0억 원만을 지급받았을 뿐이므로 원고의 양도소득은 존재하지 않는다.

2) 원고는 방이동 부동산, 천호동 부동산의 양도대가로 실제로 받은 돈이 거의 없어 양도소득이 있다고 인식하지 못하였고 ** 부동산에 관한 소유권이전등기 시에 양도소득이 발생하는 것이라고 생각하였다. 나아가 원고는 제2 민사사건에서 이 사건 교환계약의 해제 여부 등을 다투기도 하였으므로 그 판결 확정일인 2019. 5. 3.까지 양도소득세 신고의무의 이행을 요구하는 것은 납세자에게 가혹하다. 따라서 원고에게는 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 존재한다.

더욱이 피고를 비롯한 과세관청이 장기간 과세예고통지 등을 하지 않다가 2024.3.경에 이르러서야 뒤늦게 과세예고통지를 하여 가산세액이 지나치게 무거워졌으므로 이러한 점에 있어서도 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하다.

나. 양도소득의 부존재 주장에 대한 판단

1) 소득세법 제98조는 ‘자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다’고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 소득세법 시행령(2022. 12. 31. 대통령령 제33207호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제162조 제1항 제2호는 ‘대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 그 양도 또는 취득의 시기를 등기부에 기재된 등기접수일’로 하는 것으로 정하고 있다. 이는 자산을 양수하는 자가 대금을 청산하기 전에 그 자산에 관한 소유권이전등기를 한 경우에는 자산의 양도시기를 등기부에 기재된 등기접수일로 의제하는 규정으로, 여기에서 말하는 소유권이전등기는 원칙적으로 해당 자산을 양수하는 자가 그 양수의 원인이 된 법률행위 등을 등기원인으로 하여 마치는 등기를 의미하는 것으로 이해된다(대법원 2018. 11. 9. 선고 2015두41630 판결 등 참조).

2) 소외 회사가 2016. 5. 26. 원고로부터 방이동 부동산, 천호동 부동산에 관하여 각 이 사건 교환계약을 원인으로 한 소유권이전등기를 경료받은 사실은 앞서 본 바와 같다. 즉 원고는 원고 소유이던 방이동 부동산, 천호동 부동산에 관해 이 사건 교환계약을 등기원인으로 하여 소외 회사 명의의 소유권이전등기를 해주었으므로, 그 소유권이전등기 접수일인 2016. 5. 26.이 방이동 부동산, 천호동 부동산에 대한 양도차익 계산을 위한 원고의 양도시점이 된다. 이에 따라 피고는 2016. 5. 26.을 기준으로 방이동부동산, 천호동 부동산 평가액 합계액인 00억 0,000만 원에서 그 취득가액을 공제하여 원고의 양도소득을 산정하였다. 권리확정주의 원칙상 과세대상 소득이 발생하였다고 하기 위하여는 소득이 현실적으로 실현되었을 것까지는 필요 없고 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙·확정되면 족한 것인데(대법원 2011. 10. 13. 선고 2009두22270 판결 등 참조) 위와 같은 방이동 부동산, 천호동 부동산에 관한 소유권이전등기로 인하여 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙·확정되었다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 보면, 원고가 당시 ** 부동산에 관한 소유권이전등기를 경료받지 못한 상태였다고 하더라도(갑 제9호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 따르면 원고가 이 사건 변론종결일 무렵까지 **부동산에 관한 소유권이전등기를 마치지 못하고 있는 사실을 알 수 있다) 방이동 부동산, 천호동 부동산에 관한 원고의 양도소득이 부존재한다거나 피고의 양도소득 산정 방식에 어떠한 잘못이 있다고 보이지 않는다.

한편 원고는 제1 민사사건, 제2 민사사건 외에도 소외 회사가 원고를 상대로 제1민사사건, 제2 민사사건에서 인정된 금액을 초과하는 대위변제금 및 지연손해금 등을 구하는 소송을 제기하였고(서울동부지방법원 2025가합100892), 이에 원고가 소외 회사를 상대로 이 사건 잔금 0억 0,000만 원 및 이에 대한 이자의 지급을 구하는 반소(서울동부지방법원 2025가합41)를 제기하는 등으로 원고와 소외 회사 사이의 분쟁이 계속되고 있어 이 사건 교환계약의 권리관계가 확정되어 있지 않아 양도소득도 확정되지 않은 것이라고도 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 방이동 부동산, 천호동 부동산에 관한 소유권이전등기로 인하여 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙·확정되었다고 볼 수 있고, 원고 주장과 같은 사정만으로 방이동 부동산, 천호동 부동산의 양도소득이 실현될 가능성이 전혀 없게 되었다고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 보면 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

결국 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

다. 가산세를 부과할 수 없는 ‘정당한 이유’가 있다는 주장에 대한 판단

1) 가산세는 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다[구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제48조 제1항]. 그런데 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서, 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2015. 8. 27. 선고 2012두16084 판결 등 참조).

2) 앞서 본 소득세법 제98조, 구 소득세법 시행령 제162조 제1항 제2호 등의 내용에 비추어 보면 원고가 ** 부동산에 관한 소유권이전등기를 경료받지 못하였다는 사정 등을 이유로 양도소득이 부존재한다고 본 것은 법령의 부지·착오로 보일 뿐이므로, 원고에게 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

나아가 이 사건 처분 중 가산세 부분은 원고의 양도소득세 미신고로 인해 비롯된 것인 점, 피고가 원고의 양도소득 발생사실을 알았음에도 위법하거나 부당한 목적으로 2024. 3.경에 이르러서야 이 사건 처분에 관한 과세예고통지를 하였다고 볼 만한 자료가 없는 점 등에 비추어 보면, 위 과세예고통지가 원고의 양도소득이 발생한 후로부터 상당한 기간이 경과하였다는 사정을 이유로 원고에게 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 존재한다고 보기도 어렵다.

결국 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.