수원고등법원-2024-누-15844 (2026.01.21)

주 문

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 피고가 2022. 5. 1. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 66,057,170원의 경정처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지 및 항소취지

주문과 같다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 아래와 같이 일부 내용을 수정하고, 제1심판결의 별지를 이 법원의 별지로 교체하는 것 외에는 제1심판결 이유(3. 결론 부분은 제외) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

<수정하는 부분>

○ 제1심판결 제4면 제6행 “구 도시개발법”을 “구 도시개발법(2017. 4. 18. 법률 제14795호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 도시개발법’이라 한다)”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제4면 아래에서 제6행부터 제5면 제10행까지를 아래와 같이 고쳐 쓴다.

『 3) 가) 갑 제7 내지 11, 13, 14, 16, 17호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재 및 영상, 이 법원의 재단법인 AA문화유산연구원장에 대한 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실들에 비추어 보면, 이 사건 토지가 포함된 2지점(2-2지점)에 대하여 매장문화재 시굴조사가 시작된 2009. 4. 6.부터 발굴조사 부분완료 신고가 이루어진 2014. 12. 11.까지 시굴조사 및 발굴조사가 이루어졌다고 봄이 상당하다.

(1) 한국문화재보호재단이 발간한 ‘BB도시개발사업 예정부지 문화유적 지표조사 보고서(2003년)’에 의하면, 이 사건 도시개발사업 예정부지에 대한 지표조사 결과 고려~조선시대 유물산포지 및 근대 민묘 군집지역 2개소(1, 2지점)와 유적부존가능지역 1개소(3지점)가 확인되었고(갑 제10호증 제3면), 문화재청(현 국가유산청)은 위 지표조사 보고서에 따라 2005. 12. 매장문화재 보존대책통보를 하였다(갑 제8호증 제9면).

(2) 2008. 11. 24.자로 문화재청의 매장문화재 발굴허가가 이루어졌고, 이후 이 사건 토지가 포함된 2지점(50,536㎡)에 대하여 2009. 4. 6.부터 2009. 9. 30.까지 시굴조사가 실시되었다. 2009. 7. 10.자 1차 발굴(시굴)조사 지도위원회의에서 시굴조사 결과 유구가 확인된 2지점에 대한 발굴조사 필요성이 제기되었고, 2009. 10. 1. 2지점에 대한 정밀발굴조사를 위하여 매장문화재 발굴변경허가가 이루어졌다. 이후 2009. 11. 26.부터 2010 3. 8.까지 시굴조사가 재진행되었다(갑 제13호증 제27면).

(3) 2지점의 발굴조사 대상면적은 총 63,446㎡(2-1지점 8,466㎡, 2-2지점 4,223㎡, 2-3지점 5,976㎡, 2-4지점 11,315㎡, 2-5지점 33,466㎡)이고(갑 제13호증 제44면), 이 사건 토지는 2-2지점에 위치하여 있다(갑 제17호증). 2010. 4. 6.부터 2011. 2. 28.까지 2지점 중 2-1, 2-2, 2-3, 2-4지점 면적 합계 29,980㎡(2-1지점 8,466㎡ + 2-2지점 4,223㎡ + 2-3지점 5,976㎡ + 2-4지점 11,315㎡)에 대한 발굴조사가 이루어졌다1)(갑 제13호증 제28면. 한편 피고는 이 사건 토지가 2지점 정밀발굴조사 대상면적인 29,980㎡에 포함되었다고 단정할 수 없다는 취지로 주장하나, 앞서 본 바와 같이 이 사건 토지가 포함된 2-2지점 면적 전체가 발굴조사 대상면적에 포함되었다고 봄이 상당하므로 피고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다).

(4) 2010. 12. 22.부터 같은 달 23.까지 진행된 1차 발굴조사 지도위원회의에서 ‘조사가 완료된 2-2지점에서 유물이 발견되었으며, 2-2지점에 대하여는 보고서 발간에 필요한 자료 확보 후 관련 규정에 따라 사업을 시행하여도 무방하다’는 의견이 제기되었다. 한편 그 후인 2014. 12. 11.에서야 2지점 발굴조사 대상면적 29,980㎡ 중 24,591㎡에 한하여 발굴조사 부분완료 신고서가 제출되었다.

나) 구 매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률(2019. 11. 26. 법률 제16592호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 매장문화재법’이라 한다) 제4조 및 구 매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률 시행령(2015. 8. 3. 대통령령 26458호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 매장문화재법 시행령’이라 한다) 제3조 제1항 제2호에 따라, 이 사건 토지가 포함된 2지점은 이 사건 도시개발사업 부지 지표조사 보고서에 매장문화재가 존재하는 것으로 표시된 지역으로 매장문화재 유존지역에 해당한다. 누구든지 지표조사 결과 매장문화재 유존지역에서 토지의 형질변경 등을 수반하는 사업을 하려면 미리 문화재청장과 협의하여야 하고(구 매장문화재법 제8조, 구 매장문화재법 시행령 제6조 제1항), 이미 확인되었거나 발굴 중인 매장문화재 유존지역의 현상을 변경한 자는 10년 이하의 징역이나 1억 원 이하의 벌금에 처한다(구 매장문화재법 제31조 제2항). 위 구 매장문화재법령의 규정 내용에 비추어 보면 발굴 중인 매장문화재 유존지역에서 토지의 형질변경을 수반하는 경작행위를 하는 것은 금지된다고 봄이 타당하다. 따라서 앞서 본 바와 같이 이 사건 토지가 포함된 2지점(2-2지점)의 시굴조사가 시작된 2009. 4. 6.부터 발굴조사 부분완료 신고가 이루어진 2014. 12. 11.까지는 원고가 이 사건 토지를 경작하는 것이 구 매장문화재법령에 따라 금지 내지 제한되었으므로, 위 기간은 비사업용 토지 기간에서 제외된다.

다) 피고는, 이 사건 토지가 2-2지점에 해당하더라도, 2010. 12. 22.부터 23.까지 개최된 1차 발굴조사 지도위원회의에서 2-2지점은 이미 조사가 완료되어 사업을 시행하여도 무방하다는 의견을 표명하였으므로, 늦어도 이 사건 토지에 관한 발굴조사는 2010. 12. 23.경 종료되었다고 보아야 하고, 2-2지점에 관한 발굴조사 부분완료 신고가 이루어진 2014. 12. 11.까지 토지 사용에 구 매장문화재법령에 따른 제한이 있었다고 볼 수 없다는 취지로 주장한다. 구 매장문화재법 시행령 제13조는 ‘법 제11조에 따라 발굴허가를 받은 자는 법 제12조에 따른 발굴이 완료되면 그 완료된 날부터 20일 이내에 출토된 유물의 현황 및 조사의견 등의 내용을 해당 사업지역을 관할하는 지방자치단체의 장과 문화재청장(현 국가유산청장)에게 동시에 통보하여야 한다’고 규정하고 있고, 법률 제16592호로 2019. 11. 26. 개정됨에 따라 신설된 구 매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률 제12조의2에 따르면, ‘발굴허가를 받은 자는 매장유산의 발굴이 끝난 날부터 20일 이내에 문화체육관광부령으로 정하는 바에 따라 문화재청장에게 완료신고서를 제출하여야 한다’ 고 규정하고 있다. 위 각 조항의 문언 및 조항 신설 취지에 비추어 보면, 발굴조사는 발굴허가를 받은 자가 지방자치단체의 장과 문화재청장에게 발굴조사 완료 사실을 통보 또는 신고한 때에 비로소 완료되는 것이라고 해석함이 타당하다. 따라서 2010. 12. 23.경 무렵 외부적으로 발굴조사 완료 통보 내지 신고를 거쳤다고 볼 증거가 없는 이상, 시굴 및 발굴조사 주체인 재단법인 AA문화유산연구원의 내부 회의결과 2-2지점에 대한 발굴조사가 완료되었다는 취지의 의견이 제기되었다는 사정만으로 당시 이 사건 토지에 관한 발굴조사가 완료되었다고 볼 수는 없다. 나아가 재단법인 AA문화유산연구원은 관련 사건의 사실조회에서 ‘이 사건 문화재 시굴 및 발굴조사 지역 내에서 조사를 실시하는 동안에는 매장문화재가 훼손될 가능성과 안전상의 이유로 경작행위를 할 수 없고, 안전띠를 설치하여 조사가 진행되는 구역으로의 출입을 제한하였으며, 발주처인BB도시개발사업조합도 사업구역 내에서 경작행위를 금지한다고 안내한 것으로 알고 있다’고 답변하였다(갑 제9호증 제17면). 이에 비추어 문화재 시굴·발굴조사를 실시하는 동안 재단법인 AA문화유산연구원 측에서 조사 구역에 안전띠를 설치하여 경작행위 등 사실상의 토지 이용 및 출입 제한 사실을 토지의 소유·점유자 등 제3자에게 외부적으로 표시한 사실이 인정되는바, 조사 주체 측의 회의결과 2-2지점에 대한 발굴조사가 완료되었다는 취지의 의견은 내부적인 사정에 불과해 보인다. 결국 위 조사 주체 측의 회의 당시 해당 토지에 관하여 진행되던 발굴조사가 완료되었다는 사실이 토지 소유자 내지 점유자 등 외부인에게 명시적으로 표명되지 아니한 이상, 원고로서는 그 당시 이 사건 토지에 관한 발굴조사가 완료되어 경작행위 등 토지 사용이 가능하다는 점을 알 수 있었다고 보기 어렵다. 따라서 피고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

4) 그렇다면 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제104조의3 제2항, 구 소득세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라 한다) 제168조의14 제1항 제1호에 의하여, 이 사건 토지는 ① 구 매장문화재법령에 따라 매장문화재 시굴 및 발굴조사로 인하여 2009. 4. 6.부터 2014. 12. 11.까지, ② 구 도시개발법에 따라 이 사건 도시개발사업 환지예정지 지정 효력이 발생된 이후인 2014. 6. 27. 이후부터 이 사건 토지의 양도일인 2016. 4. 29.까지 농지 본래 용도로서 사용이 금지 또는 제한되므로, 위 기간(2009. 4. 6.부터 2016. 4. 29.까지)은 비사업용 토지 기간에서 제외된다. 한편, 원고가 이 사건 토지를 소유하였던 전체 기간은 4,434일이고(취득일 2004. 3. 10.부터 양도일 2016. 4. 29.까지), 그 중 비사업용 토지에 해당하는 기간은 1,853일(2004. 3. 10.부터 2009. 4. 5.까지)로 전체 소유기간 중 41.79%가 비사업용 토지에 해당하는바, 구 소득세법 제104조의3 제1항, 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 다목에 규정된 비사업용 토지의 기간기준을 충족한다. 그러나 비사업용 토지에 해당하기 위하여 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 각 목의 모두에 해당하는 기간 기준을 충족하여야 하는데, 앞서 본 바에 따르면 이 사건 토지는 양도일(2016. 4. 29.) 직전 5년과 직전 3년 내내 비사업용 토지에 해당하지 아니하여 같은 호 가, 나목에 각 규정된 기간 기준을 충족하지 아니하였으므로, 이 사건 토지는 양도일 당시 비사업용 토지에 해당하지 않는다. 따라서 이와 달리 양도소득세 산정 시 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당한다는 이유로 장기보유 특별공제를 배제하고 중과세율이 적용되어야 한다

고 본 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.』

3 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고, 이 사건 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.