서울고등법원-2025-누-6748 (2026.03.27)

사 건

2025누6748 양도소득세경정거부처분취소

원 고

김AA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

판 결 선 고

2026. 3. 27.

주 문

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2022. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 *원의 경정거부처분을 취소한다.

2. 항소취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

이 부분에 설시할 이유는 아래와 같이 고치는 외에는 제1심판결 이유 중 “1. 처분의 경위”(제1심판결 제2면 제2행부터 제5면 제3행까지)의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결 제2면 제6행부터 제7행 사이의 각 “김성용”을 “김성룡”으로 모두 고쳐쓴다.

○ 제1심판결 제3면 두 번째 글상자 안 제1행의 “토지 개발 위탁 매매계약서”를 “부동산(토지) 매매 계약서”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제4면 아래에서 제5항의 “*원”을 “〇원”으로 고쳐 쓴다.

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 원고의 주장

가. 제1계약과 제2계약은 하나의 연속된 거래로서, 제1계약이 이 사건 토지를 양도하는 매매계약에 해당한다. 원고는 이 사건 토지에서 8년 이상 양돈업을 수행한 직계존속으로부터 이 사건 토지를 증여받았고, 제1계약 당시까지 이 사건 토지에서 직접 양돈업을 수행하였다. 제1계약 당시 이 사건 토지는 목장용지로서 비업무용 토지에 해당하지 않으므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

나. 설령 제2계약을 기준으로 비사업용 토지 여부를 판단한다고 하더라도, 비사업용 토지 여부를 판정함에 있어, 원고가 이 사건 토지에서 8년 이상 양돈업을 수행한 직계존속으로부터 이 사건 토지를 증여받은 이상 이 사건 목장시설의 철거를 완료한 2015. 5. 31.경까지는 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제104조의3 제2항, 구 소득세법 시행령(2021. 5. 4. 대통령령 제31659호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라 한다) 제168조의14 제3항 제1의2호에 의하여 비사업용 토지에서 제외되어야 하고, 철거가 완료된 이후에도 2년간은 구 소득세법 제104조의3 제2항, 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제4호, 구 소득세법 시행규칙(2025. 3. 21. 기획재정부령 제1124호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행규칙’이라 한다) 제83조의5 제1항 제9호에 의하여 비사업용 토지에서 제외되어야 한다. 결국 이 사건 토지는 원고가 이 사건 토지를 양도할 때까지 비사업용 토지에서 제외되어, 구 소득세법 제104조의3 제1항이 정한 비사업용 토지에 해당하지 않는다. 이러한 결론은 원고가 이 사건 토지를 취득한 이후 직접 축산업에 종사하지 않았다거나 제2계약 당시에는 이 사건 토지가 현황상 목장용지가 아닌 상태였다고 하더라도 마찬가지이다. 따라서 이 사건 토지의 양도가 비업무용 토지의 양도에 해당한다는 전제하에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 제1계약의 성격 및 제2계약과의 관계에 대한 판단

이 부분에 설시할 이유는 제1심판결 제6면 제6행의 “이 사건 토지의 매매를 위탁하면서”를 “이 사건 토지의 개발과 매매를 위탁하면서”로 고치는 외에는 제1심판결 이유 중 “3.나. 제1계약의 성격 및 제2계약과의 관계에 대한 판단”(제1심판결 제6면 제5행부터 제7면 제13행까지)의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

나. 이 사건 토지가 구 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제1의2호에 의하여 비사업용 토지에서 제외되는지에 대한 판단

1) 구 소득세법 제104조의3은 제1항 각 호에서 자기가 경작하지 아니하는 농지나 축산업을 경영하지 아니하는 자가 소유하는 목장용지 등 양도소득세가 중과되는 비사업용 토지의 종류를 열거하면서, 제2항에 ‘제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 위 각 호에서 정한 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다’고 규정하고, 그 위임에 의한 구 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제1의2호 본문은 비사업용 토지로 보지 아니하는 경우의 하나로 ‘직계존속 또는 배우자가 8년 이상 기획재정부령으로 정하는 토지소재지에 거주하면서 직접 경작한 농지ㆍ임야 및 목장용지로서 이를 해당 직계존속 또는 해당 배우자로부터 상속ㆍ증여받은 토지’를 규정하고 있다. 위 구 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제1의2호 본문의 적용대상에 관하여 보건대,

➀ 앞서 본 법령들의 입법취지가 ‘직계존속 또는 배우자에 의해 장기간 직접 경작되던 농지ㆍ임야 및 목장용지로서 해당 직계존속 또는 해당 배우자로부터 상속ㆍ증여된 토지’의 경우에는 해당 토지가 본래의 용도를 유지하는 한 다른 종류의 비사업용 토지에 비하여 양도소득세 중과를 통한 부동산 투기수요 억제의 필요성이 덜하다고 보아 양도소득세 중과를 배제하는 데 있는 것으로 보이는 점,

➁ 양도소득세의 면제나 중과 요건의 판정은 특별한 규정이나 사정이 없는 한 양도시를 기준으로 하는 것이 원칙인 점(대법원 1998. 11. 24. 선고 97누6216 판결 등 참조),

➂ 구 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제1의2호 단서도 해당 조항 본문에 규정된 농지ㆍ임야 및 목장용지에 해당하는 토지라고 하더라도 그 토지가 ‘양도 당시’를 기준으로 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역(녹지지역 및 개발제한구역은 제외한다) 안에 있는 토지인 경우에는 비사업용 토지로 보도록 규정함으로써 그 판단의 기준 시기를 ‘양도 당시’로 정하고 있는 점,

➃ 위 조항 말미의 ‘토지’란 전체 문언의 체계상 앞부분의 ‘농지ㆍ임야 및 목장용지’를 통칭하는 의미일 뿐 그 밖의 다른 용도의 토지까지 포함하는 의미는 아닌 것으로 해석되는 점 등을 고려하면,

양도소득세의 부과대상인 토지가 구 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제1의2호 본문의 적용대상이 되어 비사업용 토지에서 제외되기 위해서는 해당 토지가 상속ㆍ증여 당시에 위 본문에 해당하는 농지ㆍ임야 및 목장용지이었고, 나중에 양도 당시에도 농지ㆍ임야 및 목장용지인 상태를 유지하였어야 한다고 봄이 상당하다(대법원 2012. 7. 12. 선고 2011두31963 판결1) 참조)

2) 한편, 구 소득세법 제104조의3 제3항은 ‘같은 조 제1, 2항을 적용할 때 농지ㆍ임야 및 목장용지의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다’고 규정하고 있고, 그 위임에 의한 구 소득세법 시행령 168조의7은 ‘구 소득세법 제104조의3의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다’고 규정하고 있으므로, 양도소득세 부과대상 토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정함에 있어 농지ㆍ임야ㆍ목장용지 및 그 밖의 토지인지 여부의 판정은 원칙적으로 사실상의 현황에 의하여야 한다.

3) 그런데 다툼 없는 사실과 앞서 인정한 사실 및 앞서 채택한 증거와 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 토지는 원고가 2003. 1. 28. 모 김**으로부터 증여받을 당시에 축사, 돈분장, 오폐수 정화시설, 축산업에 필요한 각종 부대시설(이하 위 시설들을 하나로 묶어 ‘목장시설’이라 한다)이 설치되어 있던 목장용지였고, 그 이후에도 그 목장시설이 그대로 유지되어 목장용지인 상태를 유지하였으나, 2010. 10. 12.경에 이르러 원고와 **건설 사이에 근린생활시설 또는 주택 건축을 목적으로 체결된 제1계약에 의해 위 토지 지상에 있던 목장시설의 철거작업이 진행되어 2015. 5. 31.경에는 나대지 상태가 됨으로써, 제2계약에 기한 이 사건 토지의 양도일인 2016. 8. 4.경에는 사실상의 현황이 목장용지가 아닌 상태이었던 사실을 인정할 수 있다.

4) 이와 같이 제2계약에 기한 이 사건 토지의 양도 시에 해당 토지의 사실상의 현황이 목장용지가 아닌 나대지이었던 이상, 앞서 본 법리에 비추어 제2계약에 기한 이 사건 토지의 양도에 따른 양도소득세를 부과함에 있어서는 양도 당시에 농지ㆍ임야 및 목장용지인 토지를 양도할 때 적용되는 구 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제1의 2호의 비사업용 토지 제외 규정이 적용될 여지가 없다.

5) 이에 대하여 원고는, 원고가 이 사건 토지에서 8년 이상 양돈업을 수행한 직계존속으로부터 이 사건 토지를 증여받은 이상, 그 증여일로부터 해당 토지가 목장용지인 상태를 유지하던 기간 즉, 증여일로부터 이 사건 목장시설의 철거가 완료될 때까지의 기간은, 구 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제1의2호 본문에 의하여, 비사업용 토지에 해당하는 기간을 계산함에 있어 제외되어야 한다는 취지로 주장한다.

구 소득세법 제104조의3 제1항은 ‘양도소득세 부과대상 토지를 소유하는 기간 중 “대통령령으로 정하는 기간” 동안 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지에 해당한다’고 규정하고 있고, 그 위임에 의한 구 소득세법 시행령은 제168조의6에서 비사업용 토지의 판단기준인 위 "대통령령으로 정하는 기간"을 규정하고 있으며, 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항은 비사업용 토지 해당 여부를 판정함에 있어 구 소득세법 제104조의3 제1항 각 호가 정한 비사업용 토지에 해당하지 않는 토지로 보는 부득이한 사유들과 그 사유별 ‘비사업용 토지에서 제외되는 기간’을 규정하고 있다. 그런데 구 소득세법 시행령 제168조의14는 제1항과 별개로 제3항에서 부득이한 사유로 비사업용 토지로 보지 않는 토지를 규정하고 있는바, 원고의 위 주장은 이 사건 토지가 구 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제1의2호 본문에 해당하는 토지에 해당하던 기간 동안에는 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 각호에 규정된 것처럼 구 소득세법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 토지로 보아야 한다는 전제 하에서 위 기간을 배제하고 비사업용 토지 해당 여부를 판정하여야 한다는 취지이다.

그러나 구 소득세법 제104조의3 제1항의 위임에 의하여 비사업용 토지를 판정하는 기준으로서의 기간을 정하고 있는 구 소득세법 시행령 제168조의6의 규정 뿐만 아니라, 구 소득세법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 토지로 보아 비사업용 토지 해당 여부를 판정하는 부득이한 사유들과 그 사유별 ‘비사업용 토지에서 제외되는 기간’을 규정하고 있는 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 각 호의 규정에도 구 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제1의2호 본문에 해당하는 사유가 있는 토지의 경우에는 그 요건을 충족하고 있는 기간 동안 구 소득세법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 토지로 보아 그 대상기간을 ‘비사업용 토지에서 제외되는 기간’으로 산입하여 비사업용 토지의 해당 여부를 판정하라고 규정하고 있지 않다.

오히려 구 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제1의2호 본문은 앞서 본 바와 같이, 구 소득세법 시행령 제168조의6이나 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 각 호와는 별개로, 양도소득세 부과대상인 토지가 그 양도 시를 기준으로 구 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제1의2호의 요건을 갖춘 경우에는, 구 소득세법 시행령 제168조의6 또는 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 각 호의 비사업용 토지 판정기준에 의한 판정을 거칠 필요 없이, 곧바로 비사업용 토지가 아닌 것으로 본다는 취지로 규정하고 있을 뿐이다. 따라서 이와 다른 전제 하의 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

6) 결국, 제2계약에 기한 이 사건 토지의 양도에 따른 양도소득세를 부과함에 있어, 이 사건 토지는 양도 당시에 목장용지가 아니었기에, 구 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제1의2호의 비사업용 토지 제외 규정이 적용될 수 없다. 나아가 구 소득세법 시행령 제168조의6 또는 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 각 호가 정한 비사업용 토지 판정기준에 따라 비사업용 토지인지 여부를 판정함에 있어, 원고가 이 사건 토지를 증여받은 후부터 이 사건 토지상의 목장시설이 철거될 때까지의 기간 동안에는 구 소득세법 제104조의3 제1항 각 호가 정한 비사업용 토지에 해당하지 않는 토지였다고 보아 그 기간을 고려하여야 한다고 볼 수도 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

다. 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부

1) 구 소득세법 제104조의3 제1항 제3호 나목은 양도소득세 부과대상 토지가 해당 토지를 소유하는 기간 중 ‘대통령령으로 정하는 기간’ 동안 축산업을 경영하지 아니하는 자가 소유하는 목장용지인 경우에는 이를 비사업용 토지로 보도록 규정하고 있고, 그 위임에 의한 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호는 위 ‘대통령령으로 정하는 기간’을 원고처럼 토지 소유기간이 5년 이상인 때에는 ‘양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간’ 모두를 충족하는 경우로 규정하고 있다.

2) 그런데 앞서 인정한 사실, 앞서 채택한 증거들과 갑 제19, 20호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 이 사건 토지를 증여받은 2003. 1. 28. 이후 2010년경까지 이 사건 토지상에는 이 사건 목장시설이 그대로 존재하고 있었던 사실, 원고는 2010. 10. 12.경 **건설과 사이에 이 사건 토지를 근린생활시설 또는 주택 부지로 개발하기 위한 제1계약을 체결한 후 목장시설의 철거에 착수하였으나 오폐수 정화시설의 철거작업이 지연됨에 따라 해당 공사가 지연되다가 2015. 5. 31.경에 이르러서야 그 철거를 마쳐 이 사건 토지는 그 무렵 나대지로 변경된 사실, 원고는 이 사건 토지를 증여받은 2003. 1. 28. 이후 이 사건 토지를 양도한 2016. 8. 4.까지 사이에 이 사건 토지상에서 축산업을 경영하지 아니한 사실을 인정할 수 있다.

이에 대하여 원고는 이 사건 토지를 증여받은 후부터 제1계약이 체결된 2010. 10.경까지는 어**과 함께 위 토지상에서 직접 축산업을 경영하였다고 주장한다. 그러나 ➀ 원고는 가축사육업자로서의 인허가를 받은 바 없을 뿐 아니라 관련 사업자등록이나 사업소득신고를 한 바도 없는 점(을 제3, 4호증), ➁ 원고가 양돈의 출하, 종돈 구입, 방역신고, 폐기물처리신고, 가축 전염병에 따른 살 처분 보상금 수령 등 축산업에 종사하였다고 볼 만한 자료도 전혀 제출하지 못하고 있는 점, ➂ 원고는 위 기간 중에 이 사건 토지로부터 상당히 떨어진 서울에 거주하면서 외국계 회사에서 근무해온 점 (을 제6호증), ➃ 어**이 2017. 12. 20. 자로 작성한 사실확인서에는 ‘원고의 부가 운영하던 **축산에서 2003년 초까지 축산관리책임자로 근무하면서 사업자를 대리하여 목장을 관리하여 왔다’라고 기재되어 있을 뿐이고 그 이후에도 위 축사에서 원고와 함께 축산업을 하였다고는 기재되어 있지 않은 점, ➄ 원고는 당심에 이르러 자신이 축사관리인 어**을 포함한 5~6명의 근로자들과 함께 이 사건 토지에서 축산 경영을 계속하여 왔다고 주장하면서 어** 작성의 ‘**축산의 사업장 규모 및 운영 상태 확인(갑 제28호증)’을 제출하였고, 위 서면에는 ‘어**이 1990. 12.부터 2010. 10.까지 **축산의 총 관리인으로서 최** 등 6~7명의 직원들과 함께 축사를 운영하면서 생활해왔다’는 취지가 기재되어 있으나, 위 서면은 앞서 본 어**의 2017. 12. 20. 자 사실확인서의 내용과 다를 뿐 아니라, **축산은 원고의 부가 운영하던 사업체로서 2002. 5. 31. 폐업한 사업체일 뿐 원고가 이 사건 토지를 증여받은 이후에도 운영되던 사업체가 아니었고(원고가 그 사업자로서 축산업을 계속하였다고 볼 만한 증거가 없다), 원고가 어**이나 소속 직원들을 위 기간 동안 고용했다거나 급여를 지급했다고 볼 만한 아무런 자료도 없어 이를 그대로 믿기 어려운 점 등에 비추어, 원고가 제출한 증거만으로는 원고의 위 축산업 경영과 관련된 주장사실을 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

3) 그렇다면, 원고의 경우, 이 사건 토지를 소유한 2003. 1. 28.부터 양도일인 2016. 8. 4.까지의 약 13년 6개월의 기간 중 2003. 1. 28.부터 2015. 5. 31.까지 약 12년 4개월의 기간 동안 구 소득세법 제104조의3 제1항 제3호 나목이 정한 비사업용 토지 사유인 ‘축산업을 경영하지 아니하면서도 (현황상) 목장용지인 토지의 소유’라는 요건에 해당하게 되는바(피고는 원고가 이 사건 토지를 축산에 사용하지 않은 2003. 1.28.부터 이 사건 토지가 현황상 목장용지가 아니었다고 보아야 한다는 취지로 주장하나, 위 시기부터 2015. 5. 31.까지는 이 사건 토지상에 목장용 시설들이 그대로 존재했으나 사실상 사용되지 않고 있었던 것으로 보이고, 위 토지가 위 기간 동안 축산을 위하여 사용되지 아니하였다고 하더라도 그것은 언제든 축산업을 위해 사용될 수 있지만 여러 사정상 일시적으로 사용되지 못하고 있던 상태였다고 봄이 상당하므로, 위 목장시설이 존재하던 2015. 5. 31.까지는 이 사건 토지의 사실상 현황은 목장용지였다고 봄이 상당하다. 따라서 피고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다), 그 기간만으로도 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호가 정한 ‘양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간’이라는 비사업용 토지 판정요건을 모두 충족하므로, 비사업용 토지 해당 여부에 대한 판정과정에서 이 사건 토지상의 목장시설이 철거된 후부터 이 사건 토지의 양도 시까지의 기간이 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제4호, 구 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제9호에 따라 구 소득세법 제104조의3 제1항 제3호 나목의 요건에 해당하는 기간에서 제외되는지 여부에 관하여 추가로 나아가 판단할 필요 없이, 이 사건 토지는 구 소득세법 제104조의3 제1항이 정한 비사업용 토지에 해당한다.

라. 소결론

결국, 제2계약에 기한 이 사건 토지의 양도와 관련하여, 이 사건 토지는 비사업용 토지에 해당하므로, 이와 달리 이 사건 토지가 비사업용 토지에서 배제됨을 전제로 한 원고의 주장은 받아들이기 어렵다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고 주문과 같이 판결한다.