서울고등법원-2025-누-7371 (2026.04.10)

사 건

2025누7371 종합소득세부과처분취소

원 고

A 외 5인

피 고

B세무서장 외 4인

변 론 종 결

2026. 3. 13.

판 결 선 고

2026. 4. 10.

주 문

1. 원고들의 항소를 모두 기각한다.

2. 항소비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지 및 항 소 취 지

제1심판결을 취소한다. 피고들이 제1심판결의 별지 1 부과처분 내역 ‘처분일’ 란 기재 각 일자에 ‘처분상대방’ 란 기재 각 원고들에게 한 각 종합소득세 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 제1심 판결의 인용

원고들이 이 법원에서 주장하는 내용은 제1심에서 주장한 내용과 크게 다르지 아니한바, 원고들의 주장을 제1심에 제출된 증거들 및 관련 법리에 비추어 다시 살펴보아도 제1심의 사실인정과 판단은 정당하다.

따라서 이 법원이 이 판결에 적을 이유는 아래와 같이 추가하거나 고쳐 쓰고, 원들이 이 법원에서 강조하거나 추가하는 주장에 대하여 제2항과 같이 판단하는 것 외에는 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심 판결문 제3면 20, 21행 사이에 아래 기재를 추가한다. 

『라. 원고들은 이에 불복하여 2024. 3. 4.(원고 B의 경우) 및 2024. 5. 17.(나머지 원고들의 경우) 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2024. 7. 2.(원고 B의 경우) 및 2024. 8. 16.(나머지 원고들의 경우) 원고들의 위 심판청구를 모두 기각하였다.』

○ 제1심 판결문 제4면 5행 “가. 원고의 주장”을 “가. 원고들의 주장”으로 고친다.

○ 제1심 판결문 제6면 11행부터 제7면 7행까지를 아래와 같이 고친다. 

『조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2007두9884 판결 등 참조).

종합소득세과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 등 참조).

구 소득세법 제59조의4 제4항에서 정한 특별세액공제도 그 제도의 취지 등에 비추어 볼 때, 필요경비에 관한 위 법리가 동일하게 적용된다고 할 것이다.

2. 추가 판단

가. 원고들은, 구 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 (마)목에서 정한 지정기부금단체의 하나인 ‘비영리법인의 소속 단체’는 반드시 독자적 법인격을 가진 단체이거나 법인격 없는 사단으로서의 실체를 갖출 것을 요구하지 아니하므로, 이 사건 교회의 내부단체인 교개협을 지정기부금단체 또는 지정기부금단체의 소속단체로 보아야 한다는 취지로 주장한다.

그러나 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 위 시행령 조항은 그 문언에 비추어 볼 때 지정기부금단체인 비영리법인과 그 소속 단체의 고유목적사업비로 지출된 기부금만을 필요경비나 특별세액 공제 대상으로 삼고 있음이 명백한 점, ② 이 사건에서 지정기부금단체는 이 사건 교회가 아니라 이 사건 재단이고, 이 사건 교회는 이 사건 재단에 소속된 단체이므로, 교개협에게 지급한 기부금이 필요경비나 특별세액 공제 대상이 되기 위하여는 교개협이 이 사건 재단의 소속 단체이어야 하는 점, ③ 그러나 앞서 본 바와 같이 교개협은 이 사건 교회 내 일부 교인들이 위 교회의 개혁이라는 일정 목적을 위해 임시적으로 결성한 내부모임 정도에 불과하여 이를 공·사법상 단체법적 행위를 할 수 있는 단체로 볼 수는 없을 뿐만 아니라, 그 성립 경위, 활동 내용 등에 비추어 이 사건 재단의 ‘소속 단체’로 평가하기는 어려운 점, ④ 위 시행령 조항에 따르면 지정기부금단체 외에 그 소속 단체가 지정기부금단체에 준하여 기부금 공제 대상이 되는바, “이 사건 교회는 지정기부금단체인 이 사건 재단의 소속 단체로 볼 수 있는데, 교개협은 이 사건 교회의 내부 단체 내지는 그 소속 단체에 준하는 성질을 갖는 단체이므로, 교개협 또한 이 사건 재단의 소속 단체로 볼 수 있다”는 취지의 원고들의 주장은, 지정기부금단체의 소속 단체의 소속 단체를 지정기부금단체의 소속 단체로 보아 기부금 공제 대상으로 삼자는 취지여서 조세법률주의에서 원칙적으로 금지하는 유추해석 내지 확장해석으로서 특별한 사정이 없는 한 받아들이기 어려운 점 등을 종합하여 보면, 원고들이 강조하는 위 사정만으로는 교개협을 지정기부금단체의 소속 단체로 보기는 어렵다. 원고들의 위 주장은 이유 없다.

나. 원고들은, ① 사업자의 지정기부금 필요경비 공제와 관련하여서는, 구 소득세법 시행령 제79조 제5항이 사업자가 기부금을 지출한 때에는 과세표준확정신고 시에 기획재정부령이 정하는 기부금명세서를 첨부하여 제출하도록 규정하고 있으므로 기부금영수증은 그 필요적 제출서류가 아니고, ② 근로소득자의 지정기부금 특별세액 공제와 관련하여서는, 구 소득세법 시행규칙 제58조 제1항 제5호 등 규정이 근로소득자에게 기부금영수증을 제출하도록 하는 취지는 개별 근로자가 실제로 기부금을 지출한 것인지 여부를 원천징수의무자가 확인할 수 있도록 하기 위한 보조자료로 삼기 위한 취지라고 보아야 하므로 위와 같이 필요적 제출서류가 아니거나 보조자료에 불과한 기부금영수증에 다소 흠결이 있다고 하더라도 이를 구 소득세법 제80조 제2항 제1호에서 정한 ‘신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우’에 해당한다고 볼 수 없다는 취지로 주장한다.

그러나 이 사건 처분은 단순히 원고들이 제출한 기부금영수증에 흠결이 있다는 이유로 행하여진 것이 아니라, 교개협이 구 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 마목에서 정한 지정기부금단체나 그 소속 단체에 해당하지 않아 원고들이 교개협에 지급한 이 사건 헌금은 사업자의 지정기부금 필요경비 산입 대상이나 근로소득자의 지정기부금 특별세액공제 대상이 아니라는 이유에서 이루어진 것이고, 위에서 본 바와 같이 이 \사건 헌금은 지정기부금단체 또는 그 소속 단체에 대하여 지출한 기부금에 해당하지 아니하므로 구 소득세법령상 필요경비 산입 및 특별세액공제대상인 기부금에 해당하지 아니한다. 이와 다른 전제에 선 원고들의 위 주장은 이유 없다.

다. 원고들은, 피고들이 2018년부터 4년 이상 이 사건 헌금을 기부금으로 인정해왔음에도 불구하고 뒤늦게 이 사건 헌금에 관한 기부금영수증의 명의나 작성 과정에서의 형식적 흠결 등을 이유로 교개협에 대한 위 기부금이 사업자의 필요경비 또는 근로소득자의 특별세액 공제요건을 갖추지 못하였다고 보아 이 사건 처분을 한 것은 신뢰보호원칙을 위반하여 위법하다는 취지로 주장한다. 일반적으로 행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위하여는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 기초하여 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바, 어떠한 행정처분이 이러한 요건을 충족하는 때에는 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아닌 한 신뢰보호의 원칙에 반하는 행위로서 위법하다(대법원 2006. 6. 9. 선고 2004두46 판결, 대법원 2024. 3. 12. 선고 2022두60011 판결 등 참조).

그리고 조세법률관계에 있어서 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 예외적인 법 원칙이므로, 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙 또는 신뢰보호의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 공적인 견해표명 등을 통하여 부여한 신뢰가 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 것이어야 한다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판\결 등 참조).

그런데 위 인정사실 및 앞서 든 증거들에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 종합소득세는 신고납부방식의 조세로서 납세의무자가 과세표준과 세액을 신고함으로써 구체적인 납세의무가 확정되는 것이므로, 납세의무자로서는 자신의 책임 하에 종합소득세의 과세표준과 세액을 계산하여 신고·납부하여야 하고, 과세관청으로서는 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 등 구 소득세법 제80조 제2항 각 호에 열거된 경정사유에 해당하면 당연히 경정이 가능한 점, ② 이 사건 처분은 원고들이 2018년부터 2020년 귀속 종합소득세와 관련하여 지정기부금으로 공제한 이 사건 헌금이 지정기부금단체 또는 그 소속 단체에 지출한 기부금으로 보기 어렵다는 이유로 사업자의 필요경비 또는 근로소득자의 특별세액 공제에서 배제하여 종합소득세를 증액경정한 것인 점, ③ 피고들이 원고들의 주장대로 2018년부터 4년 이상 이 사건 헌금을 지정기부금으로 공제한 원고들의 종합소득세 신고에 대하여 별다른 조치를 취하지 아니하였다고 하더라도, 그러한 사정만으로 위 기간 동안의 원고들의 귀속 종합소득세에 대하여 세액의 오류나 누락된 내용이 발견되더라도 다시 부과처분을 하지 아니할 것이라는 피고들의 공적인 견해표명이 있었다거나, 원고들이 이에 대하여 보호가치 있는 신뢰를 형성하였다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 보면, 피고들의 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙에 위반된다고 볼 수 없다. 원고들의 위 주장도 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고들의 피고들에 대한 청구는 모두 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론이 같아 정당하므로 원고들의 항소를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

끝.