서울행정법원-2025-구합-50909 (2026.04.17)

사 건

2025구합50909 종합소득세부과처분취소

원 고

장○○

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2026. 3. 13.

판 결 선 고

2026. 4. 17.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 2023. 8. 6. 자로 결정 고지한 2013년 귀속 종합소득세 xxx,xxx,xxx원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 축산물 도소매업을 주업종으로 하는 AA축산을 운영하다가 2021. xx. xx. 폐업한 사람이다.

나. △△세무서장은 2018. 4. 12.부터 2018. 8. 21.까지 축산물 도매업을 영위하는 주식회사 BBB(이하 ‘BBB’이라 한다)의 2013 사업연도에 대한 세무조사를 실시한 결과, 2013년 BBB이 AA축산을 매출처로 하여 발급한 계산서 3매(2013. 7., 2013. 8. 2013. 9. 각 발행, 매입금액 합계 xxx,xxx,xxx원, 이하 위 계산서를 통틀어 ‘이 사건 계산서’라 한다)를 실물거래 없이 수수한 가공계산서로 확정하고, 피고에게 위 가공계산서에 관한 과세자료를 통보하였다.

다. 피고는 위 통보받은 과세자료에 근거하여 2023. 5. 30. 자로 원고에게 ‘이 사건 계산서는 가공매입자료에 해당하므로, 관련 매입금액 합계 xxx,xxx,xxx원을 매출원가로 공제하지 않음에 따라 경정된 종합소득세액이 고지될 것’이라는 내용의 과세예고통지를 하였다. 원고는 이에 불복하여 2023. 7. 3. 피고에게 과세전적부심사를 청구하였으나, 피고는 2023. 7. 27. 위 청구에 대해 불채택 결정을 하였다.

라. 피고는 2023. 8. 6. 원고에게 ‘BBB으로부터 가공계산서인 이 사건 계산서를 수취하여 필요경비로 계상한 금액(xxx,xxx,xxx원)을 부인하여 2013년 귀속 종합소득세 추가고지세액을 0원에서 142,900,940원으로 경정한다’는 내용의 경정고지를 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 2023. 11. 1. 이 사건 처분에 대하여 이의신청을 하였으나 위 이의신청은 2024. 1. 11. 기각되었고, 원고는 2024. 4. 9. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2024. 10. 29. 위 심판청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제7 내지 8호증, 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관련 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 원고는 BBB으로부터 돼지 부산물을 매입하였고, BBB 대표 김○○의 요청으로 매입대금을 현금으로 지급하였다. 따라서 이 사건 계산서 관련 매입금액 상당액은 필요경비로 인정되어야 한다. 육류 도매업은 원자재 구매 비용이 매출에서 차지하는 비중이 크고 이는 2013년 귀속 육류 도매업의 단순경비율이 95.6% 정도라는 점을 보더라도 알 수 있는데, 만약 위 매입금액 상당액을 필요경비로 인정하지 않을 경우 원고의 소득률은 48.6%로 과다 산정되어 경제적 실질과 어긋난다(이하 ‘주장①’이라 한다).

2) 피고는 BBB에 대한 세무조사 결과에 근거하여 이 사건 처분을 하였을 뿐 원고에 대한 실질적인 세무조사를 하지 않았으므로, 이 사건 처분은 실질과세 원칙에 반한다(이하 ‘주장②’라 한다).

3) 이 사건 처분은 2013년경으로부터 약 10년이 경과한 다음 이루어졌는데, 국세기본법 제85조의3 및 상법 제33조에 따른 납세의무자의 장부 및 증빙서류 보존 의무 기간은 5년인바, 원고는 이 사건 처분 무렵 2013년경 거래에 관한 증빙자료를 보관하고 있지 않았다. 이러한 사정을 고려할 때, 이 사건 처분은 원고의 방어권을 침해한 채 이루어져 위법하고, 원고가 필요경비에 관한 증빙자료를 보관하고 있지 않다고 하여 필요경비를 부인하여서는 안 된다(이하 ‘주장③’이라 한다).

4) 2018년경 세무조사 당시 담당 조사관은 원고에게 ‘조사가 종결되었고 추가 자료 제출이 불필요하다’는 취지로 안내하였다. 이 사건 처분은 원고의 위 안내에 대한 신뢰에 반하여 이루어진 것으로서 신뢰보호 원칙에 위반된다(이하 ‘주장④’라 한다).

5) 설령 이 사건 처분의 사유가 인정된다고 하더라도, 필요경비 대부분을 부인하는 내용의 이 사건 처분은 공평의 관념에 반하는 과도한 처분이므로 위법하다(이하 ‘주장⑤’라 한다).

나. 판단

1) 관련 법리

과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있으므로 과세소득 확정의 기초가 되는 필요경비나 손금에 관하여도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담한다. 그렇지만 필요경비나 손금에 관한 사항은 일반적으로 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있어 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로, 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요를 납세의무자에게 돌릴 수 있다고 할 것이다(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결 등 참조).

2) 판단

앞서 든 증거들, 갑 제1 내지 3, 6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음의 각 사실 또는 사정에 비추어 보면, 이 사건 계산서상 매입금액 합계 xxx,xxx,xxxx원을 필요경비로 인정하지 않은 것에 합리적 증명이 있고, 원고가 주장하는 사정들과 제출한 증거들만으로는 2013년 귀속 종합소득세 과세기간 중 위 xxx,xxx,xxxx원 상당의 필요경비가 발생하였다고 인정하기 어려우므로, 이 사건 처분 사유가 인정되고, 이 사건 처분에 주장② 내지 ⑤와 같은 위법이 있다고 볼 수도 없다. 따라서 원고의 주장은 모두 이유 없다.

가) △△세무서장은 BBB에 대한 세무조사를 실시하였고, ‘AA축산에서 거래명세서, 입금표를 제출하였으나, BBB의 정상적인 거래는 2013~2014년까지 계좌이체를 통하여 대금 결제가 이루어진 점 등으로 미루어 보아 이 사건 계산서 관련 거래를 실제 거래로 볼 수 없어 가공거래로 확정한다’는 내용으로 조사를 종결하였고, BBB은 위와 같은 세무조사 결과에 대하여 불복을 제기하지 않았다.

나) 원고는 BBB과 이 사건 계산서의 매입금액 합계에 상응하는 거래를 현금 결제 방식으로 하였다고 주장하면서, 각 거래명세서(갑 제2호증), 각 입금표(갑 제3호증), 원고 명의 계좌의 출금 내역(갑 제6호증), 김◇◇의 진술서 및 거래사실확인서(갑 제1호증) 등을 제출하였는데, ① 위 각 거래명세서와 각 입금표는 수기로 작성된 것으로 단순히 총 금액만 기재되어 있을 뿐 구체적인 품목과 단가, 수량이 기재되어 있지 않아 이로써 구체적인 거래 내용을 알 수 없는 점, ② 위 출금 내역은 원고가 현금을 인출한 사실을 뒷받침할 뿐인 점, ③ 이 사건 계산서의 매입금액 합계, 위 각 거래명세서 기재 금액 합계, 위 각 입금표 기재 금액 합계 및 위 출금 금액 합계가 모두 다르고, 이 사건 계산서 총 3매는 2013. 7., 8., 9. 각각 발행되었는데, 위 각 거래명세서·입금표·출금 내역의 거래일자 중 상당 부분은 위 발행일이 속한 달과 다른 달에 속하는 점, ④ 김◇◇의 진술은 현금거래를 하였다는 취지이나 그 내용이 구체적이지도 않고, BBB은 앞서 본 바와 같은 △△세무서장의 세무조사 결과에 대하여 불복하지도 않은 점 등에 비추어 보면, 위 자료들만으로 AA축산과 BBB 사이에 이 사건 계산서 매입금액 합계와 상응하는 거래가 실제로 언제, 어떤 내용으로 이루어졌는지 알 수 없고, 달리 이를 확인할 만한 객관적 자료가 없다.

다) 원고는 이 사건 처분 관련 과세전적부심사 및 이의신청 과정에서 ‘BBB과 현금 결제 방식의 매입거래를 하였다’는 취지로 진술하였다가, 조세심판청구 과정에서는 ‘BBB으로부터 실제 매입 거래와 무관하게 이 사건 계산서를 수취한 것은 맞으나, 이 사건 계산서 매입금액 합계 상당을 다른 업체로부터 매입하였다’는 취지로 진술을 변경하였으며, 이 법원에 이르러서는 다시 ‘BBB과 현금 결제 방식의 매입거래를 하였다’는 취지로 주장을 변경하였다. 원고는 진술 번복 경위에 관하여‘조세심판청구 과정에서 세무사의 부정확한 조언에 따라 잘못 진술한 것이다’라고 설명하나 이를 뒷받침할 만한 자료도 없을 뿐만 아니라 조세심판 단계에서 원고의 진술이 상당히 구체적이었던 점 등에 비추어 그 진술의 신빙성을 쉽게 배척하기도 어렵다.

라) 이 사건 처분에 의할 경우 육류도매업종의 단순경비율에 비추어 2013년경AA축산의 경비율이 낮게 계산되기는 하다. 그러나 필요경비 인정 여부는 관련 증빙자료를 바탕으로 결정되는 것이고, 사후적으로 경비율이 낮게 계산되는 것은 필요경비가 인정되지 않음에 따른 결과인 점, 추계 방식에 따르더라도, 원고는 2012년 수입금액이 약 3xx,xxx,xxx원이고(2025. 11. 27. 자 준비서면 1쪽 참조), 2013년 수입금액이 300,000,000원 이상이어서(xxx,xxx,xxx원, 을 제1호증 참조) 기준경비율 적용 대상자인바(소득세법 시행령 제143조 제4항 제2호 가목 참조), 기준경비율을 초과하는 매입비용은 장부․계산서 등 증빙서류를 바탕으로 인정되는 점(소득세법 시행령 제143조 제3항 제1호 참조), 단순경비율은 소규모 사업자에게 간이하게 필요경비를 산정할 수 있도록 허용하는 제도로서 수입금액이 일정 규모 이상인 기준경비율 적용 대상 사업자에 관한 필요경비 다과의 적정성을 평가하기 위한 것이 아닌 점 등을 종합하여 보면, AA축산의 경비율이 동종 업종에 비해 낮아진다는 사정만으로 이 사건 계산서와 관련된 필요경비를 인정할 수는 없다. 앞서 본 사정들을 모두 종합하면, 이 사건 처분사유는 인정되므로 원고의 주장①은 이유 없다.

마) △△세무서는 BBB에 대한 세무조사를 진행하면서, 원고로부터 거래명세서와 입금표를 제출받아 조사하였고, 위 제출받은 거래명세서와 입금표를 피고에게 첨부하여 통보하였다. 또한 피고는 2018. 12.경 원고에 대한 과세자료 검토를 위하여 김◇◇의 진술을 청취하는 등 조사를 진행한 것으로 보인다(갑 제1호증 참조). 위 각 조사 무렵은 2013년도에 대한 종합소득세 신고 기한인 2014. 5. 31.로부터 5년이 경과하기 전으로서 국세기본법 제85조의3 제2항2)에 따른 장부 및 증거서류의 보존 기간이 경과하기 전이다. 또한 피고가 원고에게 이 사건 계산서에 관한 필요경비가 그대로 인정될 것이라는 공적인 견해표명을 하였다고 볼 만한 자료도 없다. 위와 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 처분에 주장② 내지 ④와 같은 위법이 있다고 보기 어렵다.

바) 피고는 소득세법 제80조 제2항 제1호에 근거하여 이 사건 처분을 하였다(을 제5호증 제4면 참조). 소득세법 제80조 제3항은, 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 하고 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다고 규정하고 있는데, 납세자가 비치․기장한 장부나 증빙서류 중 일부 허위로 기재된 부분이 포함되어 있다고 하더라도 그 부분을 제외한 나머지 부분이 모두 사실에 부합하는 자료임이 분명하여 이를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 그 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 결정하여야지 추계조사 방법에 의해서는 아니 되고, 실지조사에 의한 부과처분이 결과적으로 추계과세에 의한 부과처분보다 불리하다거나 납세자 스스로 추계의 방법에 의한 조사결정을 원하고 있다는 사유만으로는 추계과세 요건이 갖추어진 것이라고 볼 수 없으며(대법원 1995. 7. 14. 선고 94누3407 판결, 대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결 등 참조), 단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정할 수 없다(대법원 2001. 12. 24. 선고 99두9193 판결, 대법원 2007. 7. 26. 선고 2005두14561 판결 등 참조).

원고가 신고한 2013년 당기 수입금액 총계는 xxx,xxx,xxx원이고, 종합소득금액은 xx,xxx,xxx원인바(을 제1, 3호증 참조), 이에 의하면 이 사건 계산서를 제외한 나머지 부분을 근거로 과세표준을 계산할 수 있으므로, 피고가 추계조사 방식으로 원고의 소득금액을 산정하였어야 한다고 볼 수 없고, 이 사건 계산서의 매입금액 합계 전부를 필요경비로 인정하지 않는 것이 공평의 관념에 반한다거나 재량권을 일탈․남용한 것으로 볼 수도 없으므로, 원고의 주장⑤도 이유 없다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.