서울행정법원-2025-구단-16667 (2026.09.17)

사 건

2025구단16667 양도소득세경정거부처분취소

원 고

유AA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

판 결 선 고

2026. 9. 17.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2025. 3. 18. 원고에게 한 2024년 귀속 양도소득세 xxx,xxx,xxx원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1997. xx. x. 서울 서초구 서초동 1xxx 외 3필지 지상 ◌◌◌아파트 x동 xxx호(이하 ‘이 사건 아파트’라고 한다)를 취득하였다.

나. 서초◌◌◌아파트 주택재건축정비사업조합(이하 ‘이 사건 조합’이라고 한다)은 서울 서초구 서초동 1xxx 일대 xx,xxx.xx㎡에서 재건축사업을 시행할 목적으로 설립되었다. 이 사건 조합은 조합원들의 분양신청 현황을 토대로 관리처분계획을 수립하여 2018. x. xx. 서울특별시 서초구청장으로부터 관리처분계획을 인가받았고, 이로 인하여 이 사건 아파트의 소유권은 재건축아파트를 취득할 수 있는 권리(이하 ‘이 사건 조합원입주권’이라고 한다)로 변환되었다.

다. 원고는 2024. x. xx. 이 사건 조합원입주권을 x,xxx,xxx,xxx원에 양도하였고, 2024. xx. xx. 이 사건 조합원입주권의 양도차익 중 관리처분계획인가일 이전의 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제율 80%를 적용하여 2024년 귀속 양도소득세 xxx,xxx,xxx원을 신고․납부하였다. 라. 원고는 2025. x. xx. 관리처분계획인가일 이후의 양도차익을 포함한 이 사건 조합원입주권의 전체 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여 2024년 귀속 양도소득세 xxx,xxx,xxx원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

마. 피고는 2025. x. xx. ‘이 사건 조합원입주권의 장기보유특별공제는 관리처분계획인가일 이전의 양도차익에 대해서만 적용하는 것이 타당하다.’라는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

바. 원고는 2025. x. xx. 이 사건 처분에 불복하여 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2025. xx. x. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

원고는 이 사건 아파트를 취득한 후에 1998. x. xx.부터 2023. xx. xx.까지 이 사건 아파트에서 거주하였다. 이 사건 조합이 2018. x. xx. 관리처분계획인가를 받은 이후에 상가 조합원들과 사이에 법적 분쟁이 있었으나 이 사건 조합과 상가 조합원들 사이의 법적 분쟁이 2020. x.경 해소되었고, 서울특별시 건축심의가 2022. xx.경 통과되어 조합원들은 그 무렵부터 이주를 시작하여 2023. xx.경 이주를 완료하였다. 원고의 보유기간 및 거주기간 중에 관리처분계획인가가 있었더라도 원고의 전체 보유기간 및 거주기간에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여야 하고, 그렇지 않더라도 이 사건 조합의 실질적인 관리처분계획인가의 효력발생일은 서울특별시 건축심의가 통과된 2022. xx.경이므로 그 때까지의 양도차익에 대하여는 장기보유특별공제를 적용하여야 한다. 그럼에도 피고가 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 실질과세의 원칙 등을 위반하여 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

관계 법령의 내용과 체계 및 입법취지 등을 종합하면, 이 사건 조합원입주권의 관리처분계획인가일 이후의 양도차익에 대하여는 장기보유특별공제가 적용되지 않는다. 이 사건 처분은 적법하다.

1) 소득세법 제88조 제9호 전문은 ‘조합원입주권은 ｢도시 및 주거환경정비법｣제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 ｢빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법｣제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말한다.’라고 규정하고 있다. 소득세법 제95조 제1항은 “양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.”라고 규정하고 있고, 소득세법 제95조 제2항 본문은 ‘장기보유 특별공제액은 제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가.목에 따른 자산 중 조합원입주권에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 ｢도시 및 주거환경정비법｣제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 ｢빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법｣제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다, 이하 ‘이 사건 괄호 규정’이라고 한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.‘라고 규정하고 있다.

장기보유특별공제제도는 토지 또는 건물 등의 보유기간이 3년 이상인 장기보유자산에 대한 양도소득금액 산정 시 일정액의 공제를 통하여 부동산의 건전한 투자 내지 소유를 유도하고, 물가상승에 따른 명목소득의 성격이 강한 양도소득에 대하여 물가상승분을 공제하여 주기 위한 취지에서 마련된 것으로 장기보유자산의 양도에 대한 세법상 우대조치 중의 하나이다.

2) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석을 하거나 유추해석을 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등 참조).

이 사건 괄호 규정은 재건축사업 등을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존 건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 조합원입주권을 양도하는 경우에는 양도차익 중 재건축에 따른 개발이익을 장기보유특별공제 대상에서 제외하기 위하여 그 적용대상이 되는 양도차익의 범위를 관리처분계획인가 전의 것으로 한정하였다. 소득세법 제95조 제2항 본문 및 이 사건 괄호 규정은 거주자의 양도소득금액을 산정하는 경우 장기보유특별공제의 대상 자산에 조합원입주권을 포함하면서도 그 양도차익의 범위를 한정하고 있는 점, 앞서 본 장기보유특별공제제도의 취지 등에 비추어 보면, 이 사건 괄호 규정은 그 문언대로 해석하여 거주자가 조합원입주권을 양도하는 경우 관리처분계획인가 전의 양도차익으로 한정하여야 한다.

3) 원고는 이 사건 아파트의 전체 보유기간 및 거주기간에 대하여 장기보유특별공제를 적용하거나 실질적인 관리처분계획인가의 효력발생일인 서울특별시 건축심의 통과일까지의 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장한다. 그러나 이 사건 조합은 2018. x. xx. 관할 행정청으로부터 관리처분계획인가를 받았는데, 위 관리처분계획이 적법하게 취소되었거나 무효로 확인되었다고 볼 자료가 없고, 이 사건 조합이 상가 조합원들과의 법적 분쟁으로 위 관리처분계획의 주요 부분을 실질적으로 변경하는 새로운 관리처분계획을 수립하여 관할 행정청의 인가를 받은 경우에도 위 관리처분계획은 변경 시점을 기준으로 장래를 향하여 실효되며, 원고는 2024. x. xx. 이 사건 조합원입주권을 양도하였으므로, 장기보유특별공제의 대상은 이 사건 괄호 규정에 따라 이 사건 조합원입주권의 양도차익 중 관리처분계획인가 전의 양도차익으로 보아야 하고, 원고의 주장과 같이 이 사건 조합 내부의 분쟁의 경과나 양상 등을 반영하여 합리적인 이유 없이 확장해석을 하는 것은 조세법률주의 원칙에 어긋난다. 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.