서울행정법원2025구합55369 (2026.09.09)

사 건 2025구합55369 종합소득세부과처분취소

원 고 김AA

피 고 ㅇㅇ세무서장

변 론 종 결 2026. 7. 15.

판 결 선 고 2026. 9. 9.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 9. 20. 원고에게 한 2020년 귀속 종합소득세 **********원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 당사자 등의 지위

1) 원고는 2013. 8. 28.부터 서울 강남구 역삼동에서 ‘ㅇㅇ’라는 상호로 세무사 사무소를 운영하여 오다가 2020. 9. 10. 같은 구 삼성동으로 사업장을 이전한 사람이고, 문DD는 원고의 배우자이자 2017. 8. 14.부터 남양주시에서 ‘ㅇㅇ’라는 상호로 세무사 사무소를 운영하여 온 사람이다.

2) 오EE은 2018. 11.경부터 ㅇㅇ의 사무장으로 근무하여 온 사람이고, 송FF은 오EE의 배우자이자 2017년 말부터 2019. 11.경까지 ㅇㅇ에서 홍보 업무를 담당하였던 사람이다.

3) 송FF은 2019. 12. 2. ‘ㅇㅇ’이라는 상호로 광고 대행업 등의 사업자등록을 하였다가 2022. 12. 5. 폐업하였다(이하 ‘이 사건 업체’라 한다).

나. ㅇㅇ세무서장의 송FF, 문DD에 대한 각 세무조사 실시 등

1) 이 사건 업체는 각 기장모집 광고대행 용역 등을 제공하였다는 이유로, 2019. 12. 11. 및 2019. 12. 31. 원고에게 공급가액 합계 **********원(= **********원 + **********원)의 세금계산서 2장을 발급하였고(이하 통틀어 ‘별건 세금계산서’라 한다), 2020. 12. 31. 원고에게 공급가액 **********원의 세금계산서 1장을 발급하였으며(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다), 2019. 12. 31.과 2020. 12. 31. 및 2021. 12. 31. 문DD에게 공급가액 합계 ***********원의 세금계산서 3장(이하 통틀어 ‘문DD 세금계산서’라 한다)을 발급하였다

2) ㅇㅇ세무서장은 2022. 8. 18.부터 2022. 10. 6.까지 송FF과 문DD에 대한 각 세무조사를 실시한 결과(이하 통틀어 ‘이 사건 세무조사’라 한다), ① 별건 세금계산서와 문DD 세금계산서가 모두 실물거래 없이 허위로 작성된 것이고, ② 이 사건 세금계산서에 따른 송FF의 사업소득 귀속시기가 당초 계상한 2020년 아니라 2021년이라고 보아야 한다는 등의 이유로, 2022. 11. 1. 송FF에게 2019년 내지 2020년 귀속 종합소득세 합계 **********원을 경정ㆍ고지하였고, 2022. 11. 2. 문DD에게 2019년 2기분, 2020년 2기분, 2021년 2기분 각 부가가치세 합계 **********원(각 가산세 포함) 등을 경정ㆍ고지하였으며, 원고의 사업장 소재지를 관할하는 ㅇㅇ세무서장과 원고의 주소지를 관할하는 피고에게 관련 자료를 통보하였다.

3) 송FF은 ㅇㅇ지방법원 2023구합xxxxx호로 위 각 종합소득세 부과처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였으나 2025. 6. 10. 기각 판결을 선고받았고, ㅇㅇ고등법원 2025누xxxx호로 항소하였으나 2026. 8. 21. 항소가 기각되었다(이하 ‘송FF 판결’이라 한다).

문DD는 ㅇㅇ지방법원 2024구합xxxxx호로 위 각 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였으나 2026. 1. 13. 기각 판결을 선고받았고, 현재 ㅇㅇ고등법원 2026누xxxx호로 항소심이 계속 중이다(이하 ‘문DD 판결’이라 한다).

다. ㅇㅇ세무서장의 부가가치세 부과처분 및 피고의 종합소득세 부과처분

1) ㅇㅇ세무서장은 별건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성된 것이라는 이유로, 2024. 5. 1. 원고에게 2019년 2기분 부가가치세 **********원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지1)하였다.

2) 피고는 이 사건 세금계산서에 따른 원고의 필요경비 산입시기가 당초 계상한 2020년이 아니라 2021년이라고 보아야 한다는 이유로, 2024. 9. 20. 원고에게 2020년 귀속 종합소득세 **********원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 10, 11호증, 을 제1 내지 4, 17, 18, 25, 29, 30호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 비정기 세무조사 대상 선정의 위법성 주장에 관한 판단

1) 원고의 주장 요지

이 사건 세무조사 개시 당시 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호가 정한 비정기 세무조사 대상 선정사유(신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우)가 있었다고 볼 수 없다.

2) 구체적 판단

가) 국세기본법 제81조의6 제3항은 ‘세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다’고 규정하면서, 제4호에서 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’를 규정하고 있는바, 위 조항은 중복세무조사 예외사유인 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 명백한 자료가 있는 경우’(제81조의4 제2항 제1호)와는 달리, ‘탈루’ 외에 ‘오류’를 들고 있고, 위 중복세무조사 예외사유가 ‘조세의 탈루 사실을 확인할 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 있는 자료에 의하여 인정할 수 있는 경우’로 해석되고 있는 이상(대법원 2012. 11. 29. 선고 2010두19294 판결 등 참조), 중복세무조사 예외사유의 입법취지, 대상 및 요건에 비추어 볼 때 비정기 세무조사대상자 선정사유는 중복세무조사 예외사유보다는 완화하여 해석함이 상당하다. 그렇다면, 비정기 세무조사대상자 선정사유 중 하나인 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’란 ‘신고 내용에 조세의 탈루나 오류 사실이 확인될 가능성이 객관적인 자료에 의하여 뒷받침되는 경우’를 의미한다고 볼 수 있다.

나) 위 1의 가.항에서 살펴 본 원고와 문DD, 오EE, 송FF 사이의 특수한 인적 관계에, 앞서 든 증거, 을 제27호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정을 더하여 볼 때, 피고로서는 이 사건 세무조사 개시 당시 문DD의 명의위장 사업장을 통한 소득분산 혐의, 송FF의 세금계산서 과다 발행 혐의 등을 충분히 의심할 수 있는 상황이었다고 보이므로, 송FF과 문DD의 신고 내용에 탈루나 오류 사실이 확인될 가능성이 객관적인 자료에 의하여 뒷받침되었다고 봄이 타당하다.

① 이 사건 업체의 사업자등록 소재지인 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ로 ㅇㅇ ㅇㅇ동 ㅇㅇ ㅇㅇ는 1평 정도의 소규모 회의실이어서 이 사건 업체의 영업직원 규모가 10명 안팎이었음을 고려할 때 영업직원들이 상주하여 업무를 수행할 수 있는 장소가 아니었고, 제3자(○○건설)가 사용 중인 것으로 확인되었다.

이 사건 업체는 ㅇㅇ 사업장 내 일부 공간을 실제로 사무실로 사용하고 있었는데, 이 사건 업체를 운영하였던 송FF은 당시 위 사무실에 전혀 출근하지 않았고, 이 사건 업체 소속 텔레마케터들은 ㅇㅇ를 운영하는 세무사 문DD와 사무장 오EE으로부터 업무지시를 받고 있었다.

② 이 사건 업체의 매출은 주로 문DD가 운영하는 ㅇㅇ에 대한 것이었고, 문DD가 이 사건 업체에 지급한 수수료는 매출의 30% 내지 40%에 달하는 등 이 사건 업체와 문DD 사이에 다소 이례적인 거래관계가 확인되었다.

③ 이 사건 업체는 매월 광고대행 수수료를 정산하여 세금계산서를 발행하여 주면서 ㅇㅇ를 운영하는 문DD와 ㅇㅇ를 운영하는 원고에 대하여만 연말에 고액의 세금계산서를 추가로 발행하여 주었다.

다) 이에 대하여 원고는, 송FF과 문DD에 대한 각 조사대상 선정 검토표(갑 제4호증, 을 제21호증)에 비정기 세무조사 대상 선정의 근거규정이 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호가 아닌 제2호로 기재되어 있음을 지적하고 있으나. 명의위장 사업장을 통한 소득분산 혐의와 가공세금계산서 수수 혐의는 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호가 정한 사유에 해당함과 동시에 같은 항 제2호가 정한 사유, 즉 ‘무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우’에도 해당하는 것이므로, 그러한 사정만으로 이 사건 세무조사의 개시가 위법하다고 볼 수는 없다.

3) 소결론

원고의 이 부분 주장은 받아들이기 어렵다.

나. 세무조사 기간의 위법성 주장에 관한 판단

1) 원고의 주장 요지

이 사건 세무조사는 국세기본법 제81조의8 제2항이 규정한 20일을 초과한 기간 동안 실시되었음에도 같은 조 제3항 본문에 따른 기간연장의 절차가 준수되지 않았다.

2) 구체적 판단

가) 국세기본법 제81조의8 제3항 단서 제1호는 ‘무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있어 실제 거래 내용에 대한 조사가 필요한 경우’에는 제2항의 세무조사 기간의 제한 및 제3항 본문의 세무조사 연장기간의 제한을 받지 않는다고 규정하고 있다.

나) 앞서 본 바와 같이 이 사건 세무조사는 송FF과 문DD가 ‘무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있어 실제 거래 내용에 대한 조사가 필요한 경우’에 해당한다고 보아 개시된 것이므로, 국세기본법 제81조의8 제3항 단서 제1호에 따라 세무조사 기간의 제한은 물론 세무조사 연장기간의 제한을 받지 않는다.

3) 소결론

원고의 이 부분 주장은 받아들이기 어렵다.

다. 세무조사 범위 확대의 위법성 주장에 관한 판단

1) 원고의 주장 요지

이 사건 세무조사 당시 ㅇㅇ세무서장은 실질적으로 오EE에 대하여도 세무조사를 하여 세무조사의 범위가 확대되었다고 볼 수 있음에도, 국세기본법 제81조의9 제2항에 따른 통지 절차가 준수되지 않았다.

2) 구체적 판단

가) 국세기본법은 제7장의2에서 ‘납세자의 권리’라는 제목 아래 세무공무원의 세무조사 권한 행사에 관한 방법, 절차, 한계 등을 규정하고 있는데, ‘세무조사’의 개념에 관하여 제2조 제21호에서 ‘국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다’고 규정하고 있다. 위와 같은 세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부ㆍ서류 그 밖의 물건을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하며, 부과처분을 위한 과세관청의 질문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등(이하 ‘거래상대방’이라 한다)은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담한다. 그렇지만 납세자 또는 거래상대방이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위는 원칙적으로 국세기본법 제7장의2 내의 각 규정이 적용되는 ‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니다. 결국 세무공무원의 조사행위가 이러한 ‘세무조사’에 해당하는지의 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없다(대법원 2017. 10. 26. 선고 2017두42255 판결 참조).

나아가 납세자에 대한 세무조사 과정에서, 거래상대방에게 세무공무원의 질문에 대답하거나 수인할 의무가 있다고 하더라도, 이는 원칙적으로 납세자에 대한 세무조사에 그칠 뿐, 거래상대방에 대한 세무조사에 이르는 것은 아니다. 다만 질문조사권 행사 시 거래상대방에 대한 과세요건 사실에 대해서까지 수인의무를 부담시킴으로써, 거래상대방이 누리는 영업의 자유 등이 침해될 염려가 있는 때에는, 단지 최초의 납세자에 대한 세무조사에 그치는 것이 아니라, 별도로 거래상대방에 대한 세무조사에도 해당한다고 보아야 한다. 이와 같이 납세자에 대한 세무조사 과정 중에 거래상대방을 대상으로 이루어진 질문조사권의 행사가 별도로 거래상대방에 대한 세무조사에 해당하는지는, 조사의 목적과 실시 경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단하되, 질문조사권의 행사가 이루어진 절차의 형식이나 명칭에 구애될 것이 아니라, 해당 세무조사 과정에서 거래상대방에 대해서까지 과세처분을 하고자 하는 과세관청의 의도가 구체화되어 나타났는지, 거래상대방이 부담한 수인의무가 납세자의 과세요건 사실을 확인하기 위하여 객관적으로 필요한 범위를 초과할 정도로까지 확대되었는지, 거래상대방의 영업의 자유 등 권리 침해를 방지하기 위해 세무조사 과정에서 각종 절차적 권리를 보장하여 줄 필요성이 있는지 등의 요소를 바탕으로 그 실질에 따라 판단하여야 한다(대법원 2025. 8. 28. 선고 2024두63830 판결 참조).

나) 앞서 든 증거, 갑 제5 내지 8호증, 을 제5, 6, 20호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 볼 때, 오EE에 대한 조사가 국세기본법 제7장의2 각 규정이 적용되는 ‘세무조사’에 해당한다고 보기 어려우므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 받아들이기 어렵다.

① ㅇㅇ세무서장은 송FF과 문DD에 대한 세무조사 과정에서 이 사건 업체 및 ㅇㅇ와 밀접한 관련이 있는 오EE도 함께 조사하였다. 오EE에 대하여 장기간에 걸친 심도 있는 조사나 광범위한 자료제출 요구 등이 수반되었다는 사정은 발견되지 않고, 1회 송FF과 함께 출석할 것을 요구하여 대면조사를 한 것 외에는 추가적인 질문조사를 한 사실이 없다.

이 사건 세무조사 과정에서 ㅇㅇ세무서장이 오EE의 PC를 포렌식하여 자료를 수집한 것으로 보이기는 한다. 그러나 이는 이 사건 업체 및 ㅇㅇ 사무실 내 물건 등을 조사하는 과정에서 수집된 것으로 보일 뿐이고, 이를 토대로 ㅇㅇ세무서장이 처음부터 오EE을 납세자 또는 거래상대방으로 정하여 조사하였다고 볼 수는 없다.

② 원고는, ㅇㅇ세무서장이 국세통합전산망에서 오EE의 근무처, 소득을 조사한 것이나 금융기관에 금융거래정보 제공요구를 한 것이 국세기본법에서 정한 세무조사에 해당된다는 취지의 주장도 한다.

그러나 국세통합전산망을 통한 조사 및 금융거래정보 제공요구는 납세의무자나 그 관계인에게 질문을 하거나 그 보유 장부 등을 검사ㆍ조사 또는 그 제출을 명하는 것에 해당하지 아니하고, 납세의무자에게 수인의무를 부과하거나 납세의무자의 영업의 자유 등을 침해하는 것도 아니어서, 그 실질을 납세의무자 등에 대한 자료제출 요구와 동일하게 볼 수 없으므로 국세기본법 등에 의한 세무조사에 해당한다고 할 수 없으므로(위 대법원 2017두42255 판결 참조), 원고의 위 주장은 이유 없다.

③ 오EE은 송FF 또는 문DD의 거래상대방도 아니지만, 가사 그렇다고 보아 오EE에게 세무공무원의 질문에 대답하거나 수인할 의무가 있다고 하더라도, 이는 어디까지나 납세자인 송FF 또는 문DD에 대한 세무조사에 그칠 뿐 오EE에 대한 세무조사에 이르는 것은 아니다. 그것이 오EE에 대한 세무조사로 평가되기 위해서는 오세영에 대한 과세요건 사실에 대해서까지 수인의무를 부담시킴으로써 거래상대방이 누리는 영업의 자유 등이 침해될 염려가 있어야 하는데, 이 사건 세무조사 당시 오EE의 과세요건 사실에 대해서까지 수인의무를 부담시켰다고 볼 만한 자료가 없다.

다) 가사 오EE에 대한 조사가 국세기본법 제7장의2 각 규정이 적용되는 ‘세무조사’에 해당한다고 하더라도, 이는 오EE에 대한 별도의 세무조사가 이루어진 것에 불과하고 송FF 또는 문DD에 대한 세무조사의 범위가 확대된 것으로 평가할 수는 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

3) 소결론

원고의 이 부분 주장은 어느 모로 보나 받아들이기 어렵다.

라. 세무조사권 남용 주장에 관한 판단

1) 원고의 주장 요지

이 사건 세무조사 당시 ㅇㅇ세무서장은 이 사건 업체의 세무대리인인 문DD에게 ‘이 사건 업체로부터 사업소득을 지급받는 자들의 2021년 귀속 종합소득세 신고서류와 증빙자료’(이하 ’이 사건 자료‘라 한다)의 제출을 요구하였으므로, 국세기본법 제81조의4 제3항을 위반하여 세무조사권을 남용하였다.

2) 구체적 판단

앞서 든 증거, 갑 제9호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① ㅇㅇ세무서장은 납세자인 문DD의 동의를 받아 이 사건 자료를 일시 보관하게 된 것인 점, ② ㅇㅇ세무서장은 문DD의 권리보호요청에 따라 이 사건 자료가 조사대상 과세기간인 2021년이 아닌 2022년 귀속 과세자료에 해당함을 인지하고 이를 즉시 문DD에게 반환하여 그 보관 기간도 하루에 불과한 점, ③ 과세관청이 이 사건 자료를 이 사건 세무조사에 활용하였다거나 이를 이용하여 과세처분을 하였다고 볼 만한 자료가 없는 점 등에 비추어 볼 때, ㅇㅇ세무서장이 이 사건 세무조사 당시 납세자인 문DD의 동의 아래 이 사건 자료를 일시 보관한 것이 세무조사권 남용에 해당한다고 보기 어렵다.

3) 소결론

원고의 이 부분 주장은 받아들이기 어렵다.

마. 필요경비 산입시기 주장에 관한 판단

1) 원고의 주장 요지

피고는 원고가 2020. 12. 31. 이 사건 업체로부터 이 사건 세금계산서를 발급받으면서 지급ㆍ계상한 공급가액 **********원(이하 ’이 사건 금원‘이라 한다)이 2021년 광고선전비의 선급비용에 해당한다고 보아 2021년의 필요경비에 산입하였으나, 광고선전비는 기간비용으로 발생시기에 인식하는 것이므로 2020년의 필요경비에 산입하여야 한다.

2) 구체적 판단

가) 소득세법 제39조 제1항은 ’거주자의 각 과세기간 총수입금액 및 필요경비의 귀속연도는 총수입금액과 필요경비가 확정된 날이 속하는 과세기간으로 한다‘고 규정하고 있다.

나) 앞서 든 증거, 을 제13호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 금원은 송FF이 2021. 1.부터 2021. 5.까지 원고에게 기장업체를 모집하여 주기로 하고 원고로부터 선수금 명목으로 받은 돈에 해당하는 점, ② 원고 역시 이 사건 세금계산서가 용역의 제공에 앞서 미리 발행된 세금계산서에 해당하고, 2021. 5. 31.에 정산이 예정되어 있다는 점에 관하여는 다투고 있지 않은바, 2020. 12. 31.에는 원고가 지급하여야 할 금액이 확정되었다고 보이지 않는 점, ③ 통상 광고선전비가 기간비용에 해당하기는 하나, 이 사건 금원은 2020. 12. 31. 기준으로 광고선전비의 선급비용(자산)에 해당할 뿐이고, 이 사건 업체로부터 이 사건 세금계산서를 발급받았다는 사정만으로 원고에게 광고선전비(비용)가 발생하였다고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 금원의 필요경비 귀속연도는 용역의 제공이 완료된 2021년이라고 봄이 타당하다.

3) 소결론

원고의 이 부분 주장은 받아들이기 어렵다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 원고는 이 법원 2025구합xxxxx호로 위 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 소송을 제기하여 현재 소송이 계속 중이다.