기준-2026-법규소득-0100 (2026.09.30)

1. 사실관계

○ 납세자는 근로소득이 있으며, 보유하고 있는 상가는 부동산임대업으로, 주택은 부동산매매업으로 각각 사업자등록을 하였으며,

-‘20년 중과세율 적용 대상 주택, ’25년 상가와 분양권을 각각 양도 하고 양도소득으로 신고·납부함

○ 납세자는 ’26.3.5. ’20년 귀속 주택 매매차익과 ‘25년 귀속 상가와 분양권 매매차익이 실질적으로 부동산매매업 사업소득에 해당한다는 사유로,

-상가의 임대사업 필요경비로 산입했던 이자비용과 ’20년부터 ‘24년까지 발생했으나 필요경비로 산입하지 않았던 이자비용 **억원을 부동산매매업의 필요경비로 산입하여 줄 것을 경정청구

- '20년에는 근로소득, 부동산매매업의 사업소득에서 소득이 발생하였고, 부동산임대업에서는 결손금 발생하였으며

- '24년 말 기준 부동산매매업에서 이월결손금 잔액이 **원인 상태임

- '25년에는 근롯소득, 부동산임대소득, 부동산매매업 사업소득에서 모두 수익이 발생하였음

○ 신청관서는 경정청구를 인용하여 부동산매매업 사업소득으로 보아 경정할 예정이나, 결손금 통산 및 이월결손금 공제에 대해 납세자와 이견이 있어 과세기준자문 신청

2. 질의요지

○ 부동산매매업과 그 외 사업을 영위하는 사업자가 소득법§64①⑵에 따라 계산된 비교산출세액을 종합소득세액으로 하는 경우

- 주택등매매차익 외 기타의 종합소득금액 계산방식 및 부동산매매업에서 이월된 결손금 공제액 산정방법

3. 관련법령

○소득세법 제45조【결손금 및 이월결손금의 공제】

① 사업자가 비치ㆍ기록한 장부에 의하여 해당 과세기간의 사업소득금액을 계산할 때 발생한 결손금은 그 과세기간의 종합소득과세표준을 계산할 때 근로소득금액ㆍ연금소득금액ㆍ기타소득금액ㆍ이자소득금액ㆍ배당소득금액에서 순서대로 공제한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 "부동산임대업"이라 한다)에서 발생한 결손금은 종합소득 과세표준을 계산할 때 공제하지 아니한다. 다만, 주거용 건물 임대업의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 부동산 또는 부동산상의 권리를 대여하는 사업

2. 공장재단 또는 광업재단을 대여하는 사업

3. 채굴에 관한 권리를 대여하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 사업

③ 부동산임대업에서 발생한 결손금과 제1항 및 제2항 단서에 따라 공제하고 남은 결손금(이하 "이월결손금"이라 한다)은 해당 이월결손금이 발생한 과세기간의 종료일부터 15년 이내에 끝나는 과세기간의 소득금액을 계산할 때 먼저 발생한 과세기간의 이월결손금부터 순서대로 다음 각 호의 구분에 따라 공제한다. 다만, ｢국세기본법｣제26조의2에 따른 국세부과의 제척기간이 지난 후에 그 제척기간 이전 과세기간의 이월결손금이 확인된 경우 그 이월결손금은 공제하지 아니한다.

1. 제1항 및 제2항 단서에 따라 공제하고 남은 이월결손금은 사업소득금액, 근로소득금액, 연금소득금액, 기타소득금액, 이자소득금액 및 배당소득금액에서 순서대로 공제한다.

2. 부동산임대업에서 발생한 이월결손금은 부동산임대업의 소득금액에서 공제한다.

④ 제3항은 해당 과세기간의 소득금액에 대해서 추계신고(제160조 및 제161조에 따라 비치ㆍ기록한 장부와 증명서류에 의하지 아니한 신고를 말한다. 이하 같다)를 하거나 제80조제3항 단서에 따라 추계조사결정하는 경우에는 적용하지 아니한다. 다만, 천재지변이나 그 밖의 불가항력으로 장부나 그 밖의 증명서류가 멸실되어 추계신고를 하거나 추계조사결정을 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑤ 제1항과 제3항에 따라 결손금 및 이월결손금을 공제할 때 제62조에 따라 세액 계산을 하는 경우 제14조에 따라 종합과세되는 배당소득 또는 이자소득이 있으면 그 배당소득 또는 이자소득 중 원천징수세율을 적용받는 부분은 결손금 또는 이월결손금의 공제대상에서 제외하며, 그 배당소득 또는 이자소득 중 기본세율을 적용받는 부분에 대해서는 사업자가 그 소득금액의 범위에서 공제 여부 및 공제금액을 결정할 수 있다.

⑥ 제1항과 제2항에 따라 결손금 및 이월결손금을 공제할 때 해당 과세기간에 결손금이 발생하고 이월결손금이 있는 경우에는 그 과세기간의 결손금을 먼저 소득금액에서 공제한다.

○소득세법 제64조【부동산매매업자에 대한 세액 계산의 특례】

① 대통령령으로 정하는 부동산매매업(이하 "부동산매매업"이라 한다)을 경영하는 거주자(이하 "부동산매매업자"라 한다)로서 종합소득금액에 제104조제1항제1호(분양권에 한정한다)･제8호･제10호 또는 같은 조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 매매차익(이하 이 조에서 "주택등매매차익"이라 한다)이 있는 자의 종합소득 산출세액은 다음 각 호의 세액 중 많은 것으로 한다.

1. 종합소득세 산출액

2. 다음 각 목에 따른 세액의 합계액

가.주택등매매차익에 제104조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액의 합계액

나. 종합소득과세표준에서 주택등매매차익의 해당 과세기간 합계액을 공제한 금액을 과세표준으로 하고 이에 제55조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액

② 부동산매매업자에 대한 주택등매매차익의 계산과 그 밖에 종합소득 산출세액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○소득세법 제104조 【양도소득세 세율】

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다

1. 제94조제1항제1호･제2호 및 제4호에 따른 자산

제55조제1항에 따른 세율^*(분양권의 경우에는 양도소득 과세표준의 100분의 60) * 양도소득세 기본세율(누진세율)

8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지

10. 미등기양도자산

양도소득 과세표준의 100분의 70

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호및제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

1. ｢주택법｣제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 1주택과 조합원입주권 또는 분양권을 1개 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

○소득세법 시행령 제122조【부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례】

① 법 제64조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 부동산매매업"이란 한국표준산업분류에 따른 비주거용 건물건설업(건물을 자영건설하여 판매하는 경우만 해당한다)과 부동산 개발 및 공급업을 말한다. 다만, 한국표준산업분류에 따른 주거용 건물 개발 및 공급업(구입한 주거용 건물을 재판매하는 경우는 제외한다. 이하 "주거용 건물 개발 및 공급업"이라 한다)은 제외한다.

② 법 제64조제1항에 따른 주택등매매차익은 해당 자산의 매매가액에서 다음 각 호의 금액을 차감한 것으로 한다.

1. 제163조제1항부터 제3항까지 및 제5항에 따라 계산한 양도자산의 필요경비

2. 법 제103조에 따른 양도소득 기본공제 금액

3. 법 제95조제2항에 따른 장기보유 특별공제액

③ ～ ④ (생략)

⑤ 주거용 건물과 다른 목적의 건물을 신축하여 판매하는 경우에는 각각 이를 구분하여 기장하고, 이에 공통되는 필요경비가 있는 경우에는 재정경제부령으로 정하는 바에 따라 안분 계산한다.

○소득세법 시행규칙 제63조의2【필요경비의 안분 계산】

① 영 제122조제5항에 따른 안분 계산은 같은 조 제4항에 따른 주거용 건물 및 다른 목적의 건물(각각에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에 공통되는 필요경비를 해당 주거용 건물 및 다른 목적의 건물 각각의 가액에 비례하여 안분 계산하는 방식에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 해당 주거용 건물 및 다른 목적의 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 해당 주거용 건물 및 다른 목적의 건물의 각각의 기준시가에 따라 안분 계산한다.

○소득세법 제69조【부동산매매업자의 토지등 매매차익예정신고와 납부】

① 부동산매매업자는 토지 또는 건물(이하 "토지등"이라 한다)의 매매차익과 그 세액을 매매일이 속하는 달의 말일부터 2개월이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 토지등의 매매차익이 없거나 매매차손이 발생하였을 때에도 또한 같다.

② 제1항에 따른 신고를 "토지등 매매차익예정신고"라 한다.

③ 부동산매매업자의 토지등의 매매차익에 대한 산출세액은 그 매매가액에서 제97조를 준용하여 계산한 필요경비를 공제한 금액에 제104조에서 규정하는 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 다만, 토지등의 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제104조제1항제2호 및 제3호에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

④ 부동산매매업자는 제3항에 따른 산출세액을 제1항에 따른 매매차익예정신고 기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

⑤ 토지등의 매매차익에 대한 산출세액의 계산, 결정ㆍ경정 및 환산취득가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액을 말한다. 이하 제97조제1항･제2항, 제100조제1항, 제114조제7항 및 제114조의2에서 같다) 적용에 따른 가산세에 관하여는 제107조제2항, 제114조 및 제114조의2를 준용한다.

⑥ 토지등의 매매차익과 그 세액의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○소득세법 시행령 제128조【토지등 매매차익의 계산】

① 법 제69조제3항에 따른 토지등의 매매차익은 그 매매가액에서 다음 각 호의 금액을 공제한 것으로 한다.

1. 제163조제1항 내지 제5항의 규정에 의하여 계산한 양도자산의 필요경비에 상당하는 금액

2. 제75조의 규정에 의하여 계산한 당해 토지등의 건설자금에 충당한 금액의 이자

3. 토지등의 매도로 인하여 법률에 의하여 지급하는 공과금

4. 법 제95조제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제액

② 토지등을 평가증하여 장부가액을 수정한 때에는 그 평가증을 하지 아니한 장부가액으로 매매차익을 계산한다.

③ 부동산매매업자는 토지등과 기타의 자산을 함께 매매하는 경우에는 이를 구분하여 기장하고 공통되는 필요경비가 있는 경우에는 당해 자산의 가액에 따라 안분계산하여야 한다.

<예시참고>

<2020년> 종합소득세 신고 내역

 * 부동산매매업 소득 중 세율이 다른 경우 양도차손을 통산하지 않음(기준-2022-법무소득-0037, 2022.05.20.)

<2021년> 종합소득세 신고 내역

 * 주택등매매차익의 결손금 및 이월결손금 공제 배제

<2022년> 종합소득세 신고 내역

 * 주택등매매차익의 결손금 및 이월결손금 공제 배제

<2023년> 종합소득세 신고 내역

 * 주택등매매차익의 결손금 및 이월결손금 공제 배제

<2024년> 종합소득세 신고 내역

 * 주택등매매차익의 결손금 및 이월결손금 공제 배제

<2025년> 종합소득세 신고 내역

귀 과세기준자문 신청의 경우, 거주자가 부동산매매업 사업소득(주택등매매차익 소득 및 주택등매매차익 외 소득 모두 발생)과 그 외 사업소득이 있는 거주자의 종합소득 산출세액을 ｢소득세법｣ 제64조제1항제2호에 따라 계산하는 경우, 해당 과세기간의 주택등매매차익 외 소득 및 그 외 사업소득에서 발생한 결손금은 주택등매매차익 소득에서 통산할 수 없는 것이며, 또한 이월결손금에 대해서도 주택등매매차익 소득에서 공제 할 수 없는 것입니다.