조심 2026서2068 (2026.09.08)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 제주특별자치도 OOO소재 토지 4필지 합계 5,891m2(이하 “쟁점토지”라 한다)가 2000.12.23. OOO(이하 “A”라 한다)가 추진하던 휴양형주거단지 개발사업지구로 지정됨에 따라, 청구인은 2005.7.18. A에 쟁점토지를 OOO원에 협의매도하고 소유권이전등기(이하 “쟁점협의취득”이라 한다)한 후, 양도가액을 OOO원(기준시가)으로 하여 2006.5.30. 처분청에 2005년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 위 개발사업지구 내 토지소유자들은 제주특별자치도 지방토지수용위원회의 수용재결(이하 “쟁점수용재결”이라 한다)의 취소를 구하는 행정소송을 제기하였고(청구인은 소송당사자에 미포함), 대법원은 위 개발사업이 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」(이하 “국토계획법”이라 한다)상 유원지에 해당하지 않는 것이 문언상 분명함에도 불구하고 이를 유원지로 보아 인가된 것으로 그 하자가 중대·명백하여 당연무효이고, 당연무효인 인가에 기초한 수용재결 또한 당연무효에 해당한다고 판결하였으며(대법원 2015.3.20. 선고 OOO판결, 이하 “쟁점판결”이라 한다), A는 대법원 판결 이후 사업을 중단하였다.

다. 청구인은 A와 2024.7.10. 쟁점토지의 소유권과 관련하여 민사·형사·행정상 이의를 제기하지 않는다는 것을 조건으로 보상금을 지급받기로 하는 합의서를 작성하여 쟁점토지를 감정평가하여 산정한 금액 OOO원(이하 “쟁점보상금”이라 한다)을 2024.7.15. 수령한 후, 2024.9.30. 처분청에 양도가액을 OOO원(매매대금 OOO원과 쟁점보상금 OOO원을 합한 금액)으로 하여 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다가, 쟁점토지의 양도시기는 A에 소유권이전등기된 때(2005.7.18.)로 쟁점토지의 양도소득세는 「국세기본법」상의 부과제척기간을 경과하였다는 사유로 위 양도소득세 OOO원을 환급해 달라는 취지의 경정청구를 2025.5.12. 처분청에 제기하였다.

라. 처분청은 쟁점토지의 양도시기는 대금을 청산한 날인 2024.7.15.라고 보아, 2025.7.14. 청구인의 경정청구를 거부하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2026.3.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점토지는 2005.7.18. A로 소유권이 이전되었으므로 「소득세법」 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항의 규정에 따라 그 양도시기는 2005.7.18.임에도 불구하고, 청구인의 세법에 대한 부지로 인하여 2024.9.30. 청구인이 신고·납부한 2024년 귀속 양도소득세는 부과제척기간이 경과한 후 이루어진 것이므로, 위 양도소득세는 환급되어야 한다.

(가) 청구인은 A를 상대로 수용보상금이나 수용재결 또는 소유권 관련 소송을 제기한 사실이 전혀 없고, 쟁점수용재결에 대한 취소를 구하는 행정소송의 참가자도 아니었는바, A가 2005.7.18. 쟁점토지를 양도받고 19년 이상 경과 후 청구인에게 지급한 쟁점보상금은 당초 쟁점토지 수용 당시 A가 청구인에게 지급하였던 수용에 따른 매매가액이 쟁점토지의 실제 가치에 미치지 못한 가액이었음을 인정하여 매매가액을 보전하고자 지급한 대금으로서 쟁점보상금의 실질은 쟁점토지 양도가액의 일부라고 할 것이다.

(나) 청구인은 당초 2005년 귀속 양도소득세로 신고한 쟁점토지의 양도소득세와 별개로 쟁점보상금을 쟁점토지의 양도가액에 포함하여 2024년 귀속 양도소득세를 신고하였는바, 쟁점토지는 2005.7.8. 양도되었고 이에 대한 부과제척기간은 2011.5.31.에 종료되어 청구인에게는 쟁점보상금과 관련한 양도소득세 납세의무가 없음에도 청구인의 부지에 의해 위 2024년 귀속 양도소득세를 신고·납부한 것이므로, 청구인이 신고·납부한 위 2024년 귀속 양도소득세는 청구인에게 환급되어야 한다.

(다) 청구인이 2005년도에 쟁점토지 매매대금을 수취하고 소유권을 이전한 후 2024년에 추가로 쟁점토지에 대한 쟁점보상금을 양도대가로 수취하였다고 하더라도 쟁점토지의 양도시기는 등기부등본상 소유권이 이전된 2005.7.18.이므로 청구인이 당초 신고·납부한 2005년 귀속 양도소득세로서 쟁점토지의 양도와 관련한 납세의무는 종결되었다.

(라) 설령 쟁점토지가 등기부등본상 매매 원인이 아닌 사실상의 수용을 원인으로 소유권이 이전된 것이라고 전제하더라도 관련 법령에 따라 수용개시일·등기접수일·잔금청산일 중 빠른 날을 양도시기로 보아야 할 것인바, 쟁점토지의 수용개시일은 소유권이전 등기접수일 보다 앞서므로 쟁점토지 양도대가인 쟁점보상금을 수령한 시기는 이미 쟁점토지 양도소득세 부과제척기간을 경과하였기 때문에 쟁점보상금에 대한 청구인의 양도소득세 납세의무도 소멸되었다.

(마) 청구인은 A 개발사업과 관련한 토지 수용보상 및 재결에 대한 행정소송의 당사자도 아니므로 쟁점판결(대법원 2015.3.20. 선고 OOO판결)의 효력이 청구인이 양도한 쟁점토지에는 미치지 아니하는바, 청구인이 쟁점토지를 양도한 시기는 2005.7.18. 또는 그 이전이고 쟁점토지에 대한 양도소득세 부과제척기간은 양도소득세 과세표준 확정신고기한의 익일인 2006.6.1.부터 기산하여 2011.5.31.에 종료되는 것이므로, 2005년 귀속 양도소득세의 부과제척기간이 종료되어 쟁점토지의 수용(매매)에 따라 추가로 지급받은 쟁점보상금에 대한 양도소득세는 쟁점보상금 수령 당시 이미 그 부과제척기간이 경과되었다고 할 것이다.

(2) 처분청의 답변에 대한 항변은 다음과 같다.

(가) 쟁점토지가 포함된 개발사업 자체가 모두 무효가 되었으므로 청구인이 소송당사자가 아니더라도 청구인의 소유권이전등기 또한 무효라는 처분청의 의견은 기본적인 법리를 오해한 것이다.

1) 처분청이 원용한 판례(대법원 1982.7.27. 선고 OOO판결)는

국가가 사인 소유의 토지를 귀속재산으로 오인하여 제3자에게 불하한 처분에 관하여 진정한 토지소유자인 원고가 대한민국을 피고로 하여 제기한 무효확인 소송과 관련된 것으로, 당연히 당해 불하처분이 무효임을 확인하는 판결이 선고됨에 따라 그 판결의 효력이 소송당사자인 피고인 국가는 물론 불하처분의 상대방과 그 상대방으로부터 토지들을 매수한 소외인에 대하여도 미치는 것이므로 불하처분의 상대방으로부터 이를 매수한 제3자의 소유를 인정한 원심판결을 파기한 판결으로, 국가의 불법행위에 대해 직접 관련이 있는 제3자에 대한 대세효를 인정한 것일 뿐, 관련 사업에 따른 무효확인판결에 근거하여 본인의 이익을 위해 권리구제 절차를 진행할 의사가 없는 제3자까지 일률적으로 그 효력이 확장된다는 내용의 판결이 아니다.

2) 무효확인판결의 대세효에 따라 소송당사자뿐 아니라 제3자에게도 효력이 미친다고 하더라도 이는 해당 처분으로 인해 권리를 침해당한 제3자도 무효를 전제로 자기 권리를 주장할 수 있다는 것일 뿐이고, 신청인 본인 소유의 토지를 이미 사업시행자와 사전 협의에 의해 보상을 받고 소유권이전등기까지도 완료한 사안에 대해서 무효에 기초하여 본인의 권리나 이익을 구할 절차를 이행할 의사가 없는 신청인의 의사와 무관하게 법적 기속력이 확장되어 자동 적용되는 것은 아니다.

3) 무효확인판결은 대세적으로 법률상 상태를 밝히는 것이지 직접 소송에 참가하지 않는 제3자의 법률관계를 직접 변경시키는 것은 아니므로 소송에 참가하지 않는 신청인이 본인과 시행사와의 계약을 해제하고 토지 소유권을 되찾기 위해서는 신청인이 별도로 시행사와의 토지 매매계약이 무효임을 주장해야 본인에게 그 효과가 발생하는 것이다.

4) 청구인은 2005년에 A에 양도한 쟁점토지에 대해 계약이나 소유권이전등기의 무효나 취소를 구한 바 없고, 청구인이 A와 합의하여 수취한 쟁점보상금은 이미 이전된 소유권과 관련하여 어떠한 이의제기를 하지 않겠다는 합의에 따른 보상 성격의 합의금으로, 이는 소송참가자가 받은 이익과의 차이에 대해 A가 지급하는 일종의 손해배상금(계약의 위약 또는 해약이 아닌 불법행위로 인하여 발생한 배상금)으로 「소득세법」 제21조 제1항 제10호에 따른 기타소득에도 해당하지 않으며 양도소득에도 해당하지 않는다.

(나) 청구인과 A 간 2005년 소유권이전등기 및 협의매매가 무효이고 당사자 간의 합의에 따라 반환매매의 등기절차를 생략한 것일 뿐 쟁점보상보금을 수령한 2024.7.15.를 양도일로 계산하여 양도소득세를 계산하는 것이 적정하다는 처분청의 의견은 과세편의적 입장에서 사실관계를 자의적으로 해석하여 임의로 과세요건사실을 구성한 것에 불과하다.

1) 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」상 협의취득은 사법상 매매와 동일한 효과가 발생하므로, 청구인은 2005년에 A와 청약에 의한 승낙의 의사표시로써 쟁점토지와 관련한 매매계약이 성립하였고, 최종적으로 잔금을 지급받아 소유권이전등기 절차를 이행함으로써 법률행위와 법률효과가 완성되었다.

2) 청구인이 A에게 무효인 법률행위를 추인하는 명시적·묵시적 의사표시를 한 바 없으므로 2024년에 이루어진 쟁점보상금 수령을 새로운 법률관계로 보는 것은 사실관계의 비약이고, 처분청 의견과 같이 신청인의 추인에 따라 새로운 게약이 있었다고 한다면 청구인이 받은 부제소합의서상의 금액과 기존의 협의매수 계약에 따른 토지 매매대금을 합하여 새로운 계약을 하였거나 기존의 계약이 유효한 사실을 추인하는 의사표시가 있었을 터인데, 이러한 사실이 전혀 없이 쟁점보상금만을 받고 이의제기를 하지 않기로 한 것은 기존의 계약을 추인하였다기보다는 소 제기에 참여한 당사자와의 형평성을 유지하기 위해 위법성에 기인한 손해배상을 받은 것으로 보는 것이 타당하다고 할 것이다.

3) 청구인이 쟁점토지의 협의취득이나 사업시행이 무효임을 인지하고 이를 추인한 것이라면, 쟁점보상금을 수령하고 이를 새로운 계약으로 보아 2024년 귀속으로 양도소득세를 신고하였을 것이나, 청구인이 2005년 귀속으로 양도소득세를 신고한 사실에 비추어 보아 무효인 법률행위를 추인하였다고 볼 수 없다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인이 쟁점판결과 관련된 소송의 당사자가 아니라 하더라도 청구인의 소유권이전등기 또한 무효라고 보아야 하므로 청구인이 쟁점보상금을 수령한 2024.7.15.를 양도일로 보아 청구인의 양도소득세 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

(가) 쟁점토지가 포함된 개발사업 자체가 모두 무효가 되었으므로 청구인이 소송당사자가 아니라 하더라도 청구인의 소유권이전등기 또한 무효로 보아야 한다.

1) 행정처분의 무효확인 판결이 비록 형식상은 확인판결이라 하여도 그 무효확인 판결의 효력은 그 취소판결과 같이 소송의 당사자는 물론 제3자에게도 미치고, 효력이 미치는 제3자에는 모든 제3자가 포함되며 예외가 없다(대법원 1982.7.27. 선고 OOO판결) 할 것인바, 쟁점판결은 소송당사자가 아닌 청구인에게도 효력을 미친다 할 것이다.

2) 청구인의 주장대로 청구인은 소송의 당사자가 아니어서 쟁점판결이 청구인에게 효력을 미치지 않는다는 견해를 취하게 되면, 거래의 실질이 동일함에도 납세자가 소송의 당사자인 경우와 그렇지 아니한 경우 사이에 현격한 불균형이 초래되고 조세형평에 어긋난다 할 것이다.

(나) 2005년 청구인이 A에 한 소유권이전등기 및 협의매매는 무효이고, 당사자 간 합의에 따라 반환 매매의 등기절차를 생략한 것일 뿐 쟁점보상금을 수령한 2024.7.15.을 양도일로 하여 양도소득세를 계산하는 것이 적정하며 실질과세에도 부합한다.

1) 제주지방법원은 이 건 개발사업 관련 인허가처분의 무효가 확정된 이상 이를 전제로 한 협의취득 계약은 ‘공익적 필요성’ 요건을 구비하지 못하여 효력이 없고, 이를 원인으로 경료된 소유권이전등기 역시 원인무효라고 판결(제주지방법원 2020.10.15. 선고 OOO판결)한바, 위 판결 또한 대법원에서 확정(대법원 2023.6.15. 선고 OOO판결)되었다.

2) 무효행위를 추인한 때에는 달리 소급효를 인정하는 법률규정이 없는 한 새로운 법률행위를 한 것으로 보아야 하는 것(대법원 1995.4.11. 선고 OOO판결)인바, 청구인과 A 간 2005년 협의취득 계약은 무효이고 2024년에 위 무효인 계약을 추인하는 새로운 계약 또는 별개의 계약을 체결한 것이므로, 이 경우 양도시기는 쟁점보상금을 수령한 2024.7.15.로 보아야 한다.

3) 원래의 소유권이전등기와 계약은 무효이므로 소유권을 원래 토지소유자에게 돌려주고 원래 토지소유자는 이전에 수령한 매매대금을 반환한 후 다시 매매를 진행하여야 하나, 서로 소송을 제기하지 않는 조건으로 반환매매의 등기절차를 생략한 것일 뿐 합의 시점에 청구인과 A는 합의서라는 형식으로 새로운 계약 또는 별개의 계약을 체결하여 매매한 것으로 보아야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

개발사업부지를 협의매매하여 사업시행자에게 소유권이전등기(2005년)한 후 개발사업인가가 무효로 되어 부제소합의 등을 하고 추가합의금을 받은(2024년) 경우 토지 양도소득의 귀속시기

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

(2) 소득세법 시행령

제162조(양도 또는 취득의 시기) ①법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

(3) 민법

제137조(법률행위의 일부무효) 법률행위의 일부분이 무효인 때에는 그 전부를 무효로 한다. 그러나 그 무효부분이 없더라도 법률행위를 하였을 것이라고 인정될 때에는 나머지 부분은 무효가 되지 아니한다.

제139조(무효행위의 추인) 무효인 법률행위는 추인하여도 그 효력이 생기지 아니한다. 그러나 당사자가 그 무효임을 알고 추인한 때에는 새로운 법률행위로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 청구인과 A가 2005.5.25. 작성한 부동산 매매계약서에 의하면, 매수인은 A, 매도인은 청구인으로 기재되어 있고, 쟁점토지의 매매대금은 토지와 등기된 건물 및 토지의 지장물을 포함한다고 기재되어 있으며, ‘토지 보상금’으로 OOO원이 기재되어 있다.

(2) 쟁점토지에 대한 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점토지는 2005.5.25. 매매를 원인으로 하여 2005.7.18. A에 소유권이전등기 된 것으로 나타난다.

(3) 청구인과 A가 2024.7.10. 작성한 합의서 및 부제소 합의서에는 A와 청구인은 휴양형 주거단지 사업 정상화 및 효율적 업무수행을 위하여 다음과 같이 합의한다고 기재되어 있다.

(가) A는 청구인에게 OOO원을 합의서 작성일로부터 6개월 이내에 지급하고, A가 위 지급기일까지 위 돈을 지급하지 아니한 때에는 미지급 금액에 대하여 지급기일 다음 날부터 다 갚는 날까지 연 10% 비율로 계산한 지연손해금을 기산하여 지급한다.

(나) 청구인은 A로부터 위에 기재된 돈을 받음과 동시에 해당 토지의 소유권이 A에 있음을 확인하고, 향후 해당 토지의 소유권과 관련하여 어떠한 민사·형사·행정상 이의(고소 및 고발 포함)도 제기하지 않기로 한다.

(다) 청구인은 해당토지를 활용한 A의 모든 종류의 사업에 동의한다.

(라) A와 청구인은 해당토지와 관련하여 위에서 정한 사항 이외에 상호간 일체의 채권, 채무가 존재하지 아니함을 확인한다.

(4) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 이 건 개발사업 등과 관련한 주요 판결 내용 등은 아래와 같다(청구인은 소송당사자 등에 해당하지 아니한다).

(가) 법원은 제주특별자치도 지방수용위원회 및 A를 상대로 제기된 토지수용재결처분취소 등 소송에 대하여, 이 건 개발사업 대한 실시계획 인가처분 및 그에 기초한 쟁점수용재결처분의 하자가 중대·명백하여 무효라는 취지로 판결하였다(제주지방법원 2009.12.2. 선고 OOO판결, 광주고등법원 2011.1.12. 선고 OOO판결, 대법원 2015.3.20. 선고 OOO판결).

(나) 법원은 제주특별자치도지사를 상대로 제기된 도시계획시설사업시행자지정 및 실시계획인가처분취소 등 소송에 대하여, OOO시장의 도시계획시설사업 시행자 지정 및 실시계획인가 처분과 OOO휴양형주거단지조성사업 개발사업 시행승인 처분이 중대명백한 하자로 인해 당연무효인 이상 이를 전제로 한 관광단지 지정 및 조성계획승인처분도 동일한 하자로 인해 당연무효에 해당한다는 취지로 판결하였다(제주지방법원 2017.9.13. 선고 OOO판결, 광주고등법원 2018.9.5. 선고 OOO판결, 대법원 2019.1.31. 선고 OOO판결).

(다) 이 건 사업부지 내 토지소유자들 중 일부는 A를 상대로 협의취득 및 수용재결에 따라 소유권이 이전된 토지에 대하여 소유권이전등기말소 등 청구 소송을 제기하였고, 법원은 공익적 필요성의 요건을 구비하지 못하여 협의취득 및 수용재결의 효력이 없어 그에 따른 쟁점토지에 대한 소유권이전등기가 원인무효라는 취지로 아래 ＜표＞와 같이 판결하였다(제주지방법원 2021.1.21. 선고 OOO판결).

＜표＞ 소유권이전등기말소 등 청구 소송 1심 판결(일부 발췌)

OOO

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

청구인은 쟁점토지의 양도시기를 쟁점토지의 소유권이 A에 이전된 날인 2005.7.18.로 보아야 한다고 주장하나, 「소득세법」 제98조 및 「소득세법 시행령」 제162조 제1항에 의하면 자산의 양도차익을 계산할 때 그 양도시기는 해당 자산의 대금을 청산한 날 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날이 되는 것인바, 쟁점판결로 쟁점사업에 대한 이 건 인가처분이 무효로 확정된 이상 쟁점협의취득은 무효로서 그에 터잡은 쟁점토지에 대한 소유권이전등기 또한 무효라고 할 것인 점, 청구인이 A에게 쟁점토지의 소유권에 대해 민사·형사·행정상 이의를 제기하지 않기로 하며 합의를 한 것은 청구인과 A가 쟁점협의취득에 따른 매매계약 및 소유권이전등기가 무효임을 알면서도 이를 다시 추인한 것으로 볼 수 있고, 이러한 추인은 「민법」 제139조의 단서에 따라 새로운 법률행위를 한 것으로 간주될 뿐 무효인 쟁점토지의 소유권이전등기가 소급하여 유효한 등기로 전환되는 것은 아니라 할 것인 점(대법원 1992.5.12. 선고 OOO판결, 같은 뜻임), 청구인은 쟁점토지에 대한 소유권을 주장하지 않는 대가로 2024.7.15. A로부터 쟁점보상금을 수령한 점 등에 비추어 쟁점토지의 양도시기는 청구인이 A로부터 쟁점보상금을 수령한 2024.7.15.로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.