의정부지방법원-2025-구단-175 (2026.08.26)

사 건

2025구단175 부동산양도소득세부과처분취소

원 고

조AA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2026. 7. 8.

판 결 선 고

2026. 8. 26.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 6. 7. 원고에 대하여 한 2021년 귀속 양도소득세 97,950,140원 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1993. 12. 30. ‘군포시 □□동 11xx-x ◇◇아파트 xxx동 xxx호(이하 ‘이 사건 주택’)의 소유권을 취득하였고, 2021. 4. 6. 부동산 강제경매로 인한 매각(수원지방법원 안양지원 2020타경102xxx, 매각대금 552,900,000원)을 원인으로 양도(이하‘이 사건 양도’)하였으나, 양도 당시 1세대 1주택 비과세 특례대상자에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 신고·납부하지 않았다.

나. 피고는 이 사건 양도 당시, 원고가 이 사건 주택 외에도 ① 경기 연천군 □□면 □□리 6xx 주택(2012. 9. 11. 증여 원인 소유권 취득, 이하 ‘이 사건 농촌주택’), ② 파주시 □□읍 □□리 13xx ◇◇◇마을아파트 1xx동 1xxx호(2014. 5. 26. 매매 원인소유권 취득, 이하 ‘이 사건 거주주택’)을 각 보유하고 있어 이 사건 양도일 기준 3주택자로서 1세대 1주택 비과세 요건에 해당하지 아니함을 이유로, 2024. 6. 7. 원고에게 2021년 귀속 양도소득세 95,938,370원(가산세 포함)을 결정․고지하였다.

이 사건 처분 당시 피고가 파악한 원고의 보유주택 현황은 아래 표 기재와 같다.

구분

소재지

취득일

(취득원인)

양도일

(등기원인)

비고

이 사건 주택

경기 군포시

1993. 12. 30.

(매매)

2021. 4. 6.

(경매)

농촌주택

경기 연천군

2012. 9. 11.

(증여)

-

기준시가

3억원이하

거주주택

경기 파주시

2014. 5. 26.

(매매)

-

다. 원고는 이 사건 처분에 대하여 2024. 6. 21. 피고에게 이의신청을 하였으나 2024. 8. 21. 기각결정을 받았고, 이에 불복하여 2024. 10. 23. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2025. 2. 17. 기각재결을 받자, 2025. 4. 9. 이 사건 소를 제기하였다.

[인정근거] 갑 제1 내지 6호증, 을 제1 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

① 이 사건 처분은 소득세법 시행령 제155조에 정한 대체주택 취득(1항, 18항), 동거봉양(제4항) 사유로 일시적으로 2주택이 된 경우에 대한 비과세특례조항을 적용하지 않았다. ② 조세특례제한법 제99조의 4(농어촌 주택 등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례)에 따라 농어촌주택은 주택수에 포함하여서는 안되는데, 이를 포함시켜서 위법하다. ③ 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 관련 1세대 3주택자의 중과세율 적용시 제외되는 주택을 규정하고 있는데, 이를 적용하지 않았다.

④ 소득세법 제5조상 과세기간은 1년인데, 이 사건 양도일은 2021. 4. 6.이므로, 1년이 지난 뒤 부과된 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이에 대하여 피고는 ① 원고가 이 사건 주택을 양도한 2021. 4. 6.에는 거주주택도 보유 중이었으므로, 이 사건 주택과 거주주택이 일시적 2주택 비과세 요건을 충족하기 위해서는 거주주택의 취득일인 2014. 5. 26.로부터 3년 이내인 2017. 5. 25.까지 종전주택인 이 사건 주택을 양도하였어야 하는데, 이를 하지 않았으므로, 소득세법 시행령 제155조 제18항에 정한 불가피한 사유(법원에 경매를 신청한 경우)에도 해당하지 않아, 소득세법 제155조 제1항에 해당하지 않고, ② 소득세법 시행령 제155조 제4항의 경우 원고의 모친 김BB이 2012. 2. 27. 이 사건 거주주택으로 세대합가를 하였다가, 2012. 6. 4. 원고와 이 사건 주택으로 전입한 후, 2012. 11. 27. 전출함으로써 원고와 세대분가를 한 사실이 확인되었으므로, 동거봉양을 위한 세대합가로 불가피하게 2주택자가 된 경우에 해당하지 않으며, 비과세 특례를 적용하기 위해서는 세대합가후 10년 내에 이 사건 주택을 양도할 당시 이미 이 사건 거주주택을 보유하고 있어 여전히 1세대 2주택자에 해당하게 되므로, 비과세특례조항에 해당하지 않는다고 보았다.

피고가 위와 같이 사실인정을 해서 각 비과세특례에 해당하지 않는다고 판단한 것에 잘못이 있다고 보이지 않고, 달리 위 각 비과세특례 사유에 해당한다는 점을 인정할 증거가 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) ③ 주장에 관하여 보건대, 조세특례제한법 제99조의4 제1항에 의하면, 거주자 등 1세대가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2022년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "농어촌주택등취득기간"이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택 등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」제89조 제1항제3호를 적용한다.“고 정하고 있는 바, 원고가 이 사건 농어촌주택을 취득할 당시 이미 이 사건 주택을 보유하고 있었고, 농어촌주택을 3년이상 보유하면서 이 사건 거주주택까지 취득하였을 뿐, 기존 주이 사건 주택을 양도한 것도 아니므로, 위 조항도 적용되지 않음이 명백하다. 더군다나 피고는 이 사건 처분에 1세대 3주택자로 보아 중과세율을 적용한 것도 아니다. 이 부분 주장도 이유 없다.

3) ④ 주장에 관하여 보건대, 소득세법 제5조에서 말하는 과세기간은 ’세금 부과대상 소득의 발생 기간‘을 말하는 것이지, 세금을 부과할 수 있는 제척기간을 의미하는 것이 아니다. 국세기본법 제21조 제2항 제1호에 의하면, 소득세 납부의무는 과세기간이 끝나는 때에 성립한다고 정하고 있고, 같은 법 제26조의2(국세의 부과제척기간)에서 국세 부과제척기간을 국세를 부과할 수 있는 날로부터 5년으로 정하되, 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우(무신고)에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날로부터 7년으로 정하고 있는 바, 이 사건 부과처분의 제척기간은 도과되지 않았다. 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.