서울행정법원-2025-구단-54253 (2026.08.19)

사 건

2025구단54253 양도소득세부과처분취소

원 고

송○○

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2026. 5. 27.

판 결 선 고

2026. 8. 19.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 12. 1. 원고에게 한 2021년 귀속 양도소득세(가산세 포함) 금 xxx원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2015. 6. 30. PP공사로부터 서울 @@구 @@동 @@@ 대 2,316㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 취득하고, 2016. 7. 1. 업태를 부동산업으로 종목을 개발, 임대, 운영관리 등으로 하여 ‘aaa’라는 상호로 사업자등록을 마쳤으며, 2019. 4. 24. 지하 5층, 지상 12층 규모의 업무복합시설(이하 ‘이 사건 건물’이라한다) 신축에 관한 건축허가를 받아 2019. 11. 1. 이 사건 건물의 건축공사에 착공하였다.

나. 원고는 2021. 10. 13. 원고의 특수관계법인1) 주식회사 bbb(이하 ‘소외 법인’이라 한다)에 이 사건 토지를 제외한 건설 중인 자산(이하 ‘이 사건 자산’이라 한다)을 양도하였는데, 원고와 소외 회사 사이에서 작성된 자산양수도 계약서(갑 제3호증의2, 이하 ‘이 사건 자산양수도계약’이라 한다)의 내용은 아래 표의 기재와 같다(아래표에서 ‘갑’은 원고를, ‘을’은 소외 회사를 각 지칭한다.

다. 원고는 2021. 12. 30. 이 사건 자산의 양도가액과 취득가액을 모두 xxx원으로 하여 2021년 귀속 양도소득세를 0원으로 신고하였다.

라. **지방국세청장은 2024. 9. 23.부터 2024. 10. 22.까지 원고에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 이 사건 자산의 건설에 소요된 차입금 이자 xxx원(이하 ‘이 사건 건설자금이자’라 한다) 등이 필요경비에 해당하지 않는 것으로 보아 피고에 조사결과를 통보하였고, 이에 따라 피고는 2024. 12. 1. 원고에게 2021년 귀속 양도소득세 xxx원을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 합니다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2025. 2. 24. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 조세심판원은 2025. 6. 30. 이를 기각하였다.

[인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

이 사건 자산양수도계약은 이 사건 자산의 건설에 실제 투입한 원가를 양수법인인 소외 법인으로부터 보전받는 이른바 ‘정산거래’를 내용으로 하고 있는바, 이 사건 자산양수도계약에 기재된 양도가액 xxx원은 독립적인 시장가격이 아니라 투입된 비용의 총합을 나타내는 ‘정산금액’의 성격을 갖고 있는 점, 양도인인 원고와 양수인인 소외 법인 모두 이 사건 자산양수도계약을 통해 원고에게 어떠한 양도차익을 발생시킬 의사가 없었고, 이에 계약내용에 관하여 협의나 수정이 가능하도록 제6조의 규정을 두었던 점, 세무대리인의 착오로 세무조사 과정에서 필요경비에 열거되지 않은 이 사건 건설자금이자가 취득가액에 포함된 것은 거래당사자 쌍방의 착오에 기인한 것이므로 오표시 무해의 원칙에 따라 취득가액과 동일하게 양도대금이 산정되어야 하는 점 등을 고려하면, 피고가 이 사건 건설자금이자를 필요경비에서 부인하여 취득가액을 경정한 이상 실질과세의 원칙과 수익비용대응의 원칙에 따라 양도가액에서도 그에 상응하는 금액을 차감하여 양도차익을 재산정하여야 하는바, 결국 이 사건 자산양수도계약에 따른 양도소득(양도차익)은 존재하지 아니하므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계법령의 기재와 같다.

다. 구체적 판단

(1) 소득세법 제96조 제1항은 ‘자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다’고 규정하고 있는데, 이때 양도소득세의 과세표준인 양도차익을 산정함에 있어서 기준이 되는 실지거래가액이라 함은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시의 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 말한다(대법원 2011. 2. 10. 선고 2009두19465 판결 등 참조). 의사표시의 해석은 당사자가 그 표시행위에 부여한 객관적인 의미를 명백하게 확정하는 것으로서, 서면에 사용된 문구에 구애받는 것은 아니지만 어디까지나 당사자의 내심적 의사의 여하에 관계 없이 그 서면의 기재 내용에 의하여 당사자가 그 표시행위에 부여한 객관적 의미를 합리적으로 해석하여야 한다(대법원 2000. 10. 6. 선고 2000다27923 판결 등 참조).

(2) 결국 이 사건의 쟁점은, 원고가 특수관계법인인 소외 법인에게 이 사건 자산을 양도하면서 그 양도가액에 포함된 이 사건 건설자금이자가 소득세법상 필요경비에 해당하지 않아 취득가액에서 부인된 것과 관련하여 같은 금액을 양도가액에서도 차감하여야 하는지 여부이다. 위 법리에 비추어 앞서 본 사실 및 증거들에 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 여러 사정을 종합하면, 이 사건 양도가액은 이 사건 자산양수도계약상 양도대금 xxx원이고, 양도가액에서 필요경비에서 부인된 이 사건 건설자금이자 상당액을 공제하여야 한다고 볼 수 없다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

① 소득세법 제97조 제1항은 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비를 ‘취득가액’(제1호), ‘자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것’(제2호), ‘양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것’(제3호)으로 한정하고 있고, 구 소득세법 시행령(2025. 12. 30. 대통령령 제35947호로 개정되기 전의 것) 제163조는 소득세법 제97조 제1항에서 정한 필요경비에 해당하는 것을 열거하고 있다. 소득세법령은 과세소득의 실정법상 범위 및 규정 방식과 관련하여 열거주의를 채택하고 있다고 봄이 타당하다. 이 사건 자산의 양수도 거래에 따른 양도차익의 계산에 있어 양도가액에서 공제될 필요경비로서 이 사건 건설자금이자가 열거된 항목에 해당하지 아니하여 부인된다는 점에 대하여는 당사자 사이에 다툼이 없다.

② 이 사건 자산양수도계약 제1조는 자산양수도의 목적물을 별첨의 재산목록으로 특정(해당 목록상 자산과 부채의 공급가액은 양도대금과 같은 각 xxx원이다)하고 있고, 제2조는 양도대금의 평가와 확정에 관하여 규정하면서 그 기준금액을 xxx원으로 명시하고 있으며, 이에 따라 제3조, 제4조에서 양수인이 소외 법인이 양도인인 원고에게 계약금으로 xxx원을 지급하고, 금융차입금 xxx원을 승계하며, 잔금 xxx원(개인차입금에서 계약금을 공제한 후 부가가치세를 더하여 산정한 금액)을 원고가 지정하는 계좌로 송금하기로 약정하는 방법으로 양도대금을 상회하는 금원의 지급방법을 정하고 있는바, 이 사건 자산양수도 계약의 실지거래가액, 즉 양도가액은 xxx원으로 봄이 옳다. 원고가 주장하는 이 사건 자산양수도계약 체결의 경위 등에 관한 사정만으로 이를 달리 보기 어렵다.

③ 원고는, 이 사건 자산양수도계약은 개인사업자의 법인전환과정에서 ‘원가 정산’ 거래의 실질을 갖고 있으므로, 양도가액은 처음부터 투입원가(순자산 금액)으로 고정되어 있고, 단지 원가를 집계하는 과정에서 착오로 세법상 부인되는 이 사건 건설자금이자가 포함된 계약서상 양도가액은 세무대리인의 착오로 인한 ‘오표시’에 불과하므로, 오표시 무해의 원칙, 실질과세원칙에 따라 세무조사를 통해 부인된 이 사건 건설자금이자는 양도가액에서도 동일하게 차감되어야 한다는 취지로 주장하나, 원고는 이 사건 자산양수도계약이 특수관계자 사이의 거래라는 특수성을 고려하여 이 사건 자산을 정당한 시가로 양도하려는 의사에서 이 사건 자산의 건설에 실제로 소요된 경비, 즉 발생원가를 근거로 양도가액을 산정하고 이를 신고한 것으로 보이는데, 이에 따라 이 사건 자산의 건설에 소요되어 장부에 계상된 건설자금이자가 이 사건 자산의 정당한 시가를 표방하는 발생원가에 포함한 것에 어떠한 착오가 있다고 볼 수 없으므로, 이 사건 자산양수도계약상 양도가액이 오표시에 해당한다고 단정할 수 없는 점, 원고가 주장하는 이 사건 자산의 ‘양도가액’ 산정의 기초가 되는 ‘투입 원가’, ‘순자산’이 양도소득세 계산 시 소득세법 제97조에 따라 양도가액에서 공제되는 필요경비와 일치하여야 한다고 볼 수 없는 점, 소득세법 제101조 제1항은 ‘세무관서는 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다’고 규정하고 있는바, 원고가 신고한 당초 실지거래가액, 즉 양도가액은 이와 같은 규정을 고려한 토대에서 이루어진 것으로 보이는 점, 수익·비용 대응원칙은 양도소득세 비용 인정 범위에 관한 소득세 법령의 열거주의에 따른 제한을 받는 점, 이 사건 자산은 적어도 해당 자산을 건설하는데 원고가 투입한 비용에 상응하는 가치를 갖는다고 보이는데, 원고가 투입한 비용은 금융차입금 xxx원, 개인차입금 xxx원의 합계 xxx원에 이르러 이 사건 자산양수도계약상 양도가액에 상응하는 점 등을 고려할 때, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

1) 2021사업연도말 기준 소외 법인 주식은 원고가 35%, 원고의 배우자가 25%, 자녀들이 각 20%씩을 보유 중이다(발생주식의 총수는 124,000주로 원고와 가족들이 100% 지분을 보유하고 있다)