서울행정법원-2025-구단-54122 (2026.07.10)

사 건

2025구단54122 양도소득세경정거부처분취소

원 고

AAA

피 고

aa세무서장

변 론 종 결

2026. 4. 17.

판 결 선 고

2026. 7. 10.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 7. 12. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 xxx원의 경정거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2001. 4. 26. 서울 **구 **동 산**-** 임야 ***㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다) 중 ***/***** 지분에 관하여 남편 BBB의 2001. 4. 18. 자 증여를 원인으로 한 소유권이전등기를, BBB이 사망한 후 2014. 7. 4. 위 토지 중 *****/****** 지분(이하 위 ***/***** 지분과 합하여 ‘이 사건 토지 지분’이라 한다)에 관하여 2013. 9. 14. 자 협의분할에 의한 상속을 원인으로 한 소유권이전등기를 각 마치고, CCC 등 자녀 6명과 위 토지를 공유하였다.

나. 원고 등 이 사건 토지 공유자들은 DDD, EEE에게, 2018. 9. 3. 위 토지를 대금 xxx억 xxx만 원에 매도하고, 2018. 12. 3. 위 토지 중 각 1/2 지분에 관한 각 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

다. 원고는 이 사건 토지를 소득세법 제104조의3 제1항 제2호 본문에 정한 비사업용 토지로 보고, 2019. 1. 25. 피고에게 이 사건 토지 지분 양도에 관하여 소득세법 제104조 제1항 제8호에 정한 세율에 따라 2018년 귀속 양도소득세 xxx원을 신고․납부하였다.

라. 원고는 2019. 4. 8. 피고에게 ‘이 사건 토지가 소득세법 제104조의3 제1항 제2호 단서에 정한 임야 소재지에 거주하는 자가 소유한 임야에 해당하여 비사업용 토지에서 제외된다’라고 주장하면서 이미 납부한 2018년 귀속 양도소득세에 대한 경정청구(이하 ‘종전 경정청구’라고 한다)를 하였으나, 피고는 2019. 5. 20. 원고에게 ‘위 토지는 사업용 토지에 해당하지 않는다’라는 이유로 위 경정청구 거부처분(이하 ‘종전 처분’이라 한다)을 하였고, 원고가 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2020. 5. 14. 기각되었다.

마. 원고는 2024. 3. 12. 피고에게 다시 라.항 기재와 같은 사유를 들며 납부한 2018년 귀속 양도소득세에 대하여 그 중 xxx원의 환급을 구하는 내용의 경정청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라고 한다)를 하였으나, 피고는 2024. 7. 12. 원고에게 ‘위 경정청구는 종전 처분과 동일한 사안에 대한 것’이라는 취지의 이유로 위 경정청구 거부처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였고, 원고가 이에 불복하여 이의신청을 하였으나, 2024. 10. 29. 각하되었으며, 원고가 2024. 12. 2. 조세심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2025. 6. 12. ‘이 사건 처분을 불복청구의 대상인 처분으로 볼 수 없다’라는 이유로 원고의 청구를 각하하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1 내지 7호증의 각 기재, 변론전체의 취지

2. 본안 전 항변에 대한 판단

가. 피고의 본안 전 항변

원고가 종전 처분에 대한 조세심판청구 기각 결정을 받고도 제소기간 내에 행정소송을 제기하지 않음에 따라 종전 처분에 불가쟁력이 발생하였는바, 종전 경정청구와 완전히 동일한 내용의 이 사건 경정청구는 이미 불가쟁력이 생긴 처분에 대한 재청구에 불과하고, 원고와 같이 동일한 내용의 경정청구를 반복하는 것이 허용된다면 행정처분의 불가쟁력은 사실상 유명무실하게 되어 법적안정성을 해치게 된다.

또한 조세심판원은 ‘이 사건 처분은 원고의 권리 또는 이익을 새로이 침해하는 것이 아닌 단순한 사실의 통지에 불과하여 불복청구의 대상이 되는 처분으로 볼 수 없다’라는 이유로 원고의 위 처분에 대한 조세심판청구를 부적법하다고 보아 이를 각하하였는바, 원고의 위 조세심판청구가 부적법한 이상 원고가 적법하게 필요적 전치절차를 거쳤다고 할 수 없다.

따라서 이 사건 소는 부적법하다.

나. 관련 법리

1) 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제45조의2 제1항은 ‘과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다’라고 규정하면서, 제1호에서 ‘과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때’라고 규정하고 있고, 구 국세기본법 제45조의2 제3항은 ‘제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. 다만, 청구를 한 자가 2개월이 되는 날의 다음 날부터 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 감사원법에 따른 심사청구를 할 수 있다’라고 규정하고 있다.

위와 같은 구 국세기본법 규정 및 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 납세의무자에게 결정이나 경정으로 인한 처분을 불복대상으로 삼아 하나의 불복절차에서 다툴 수 있도록 한 것은 소송경제나 납세자의 권익보호를 위한 것이지 납세자의 경정청구권을 제한하려는 것은 아닌 점, 당초의 신고 등에 관한 경정청구기간이 남아 있는 도중에 과세관청의 결정이나 경정이 있다고 하여 납세자가 당초의 신고 등에 관하여 가지는 별개의 불복수단인 경정청구권 행사가 제한된다고 보는 것도 불합리한 점 등을 종합하여 보면, 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 납세자가 그 후 이루어진 과세관청의 결정이나 경정으로 인한 처분에 대하여 소정의 불복기간 내에 다투지 아니하였더라도 5년의 경정청구기간 내에서는 당초 신고한 과세표준과 세액에 대한 경정청구권을 행사하는 데에는 아무런 영향이 없다고 보아야 할 것이다.

2) 그리고 경정청구제도는 납세자가 과다신고된 과세표준 및 세액의 감액을 주장할 수 있는 유일한 권리구제수단이고, 경정청구를 토대로 행정소송에 의한 구제의 길이 열리게 되는 점, 경정거부처분 후에 새로운 사실관계가 드러나거나 새로운 증빙자료를 수집한 경우 다시 경정청구를 할 권리를 부여할 필요가 있는 점, 국세기본법에서 경정청구에 대한 거부처분을 받은 후에는 다시 동일한 사유로 경정청구를 할 수 없다는 명시적인 제한을 두고 있지 않은 점, 한편 소득세법 제114조 제3항은 세무서장 등이 양도소득 과세표준과 세액을 경정한 후 그 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우 다시 경정할 수 있도록 규정하고 있는데, 이와의 형평을 고려할 필요가 있는 점 등에 비추어 보면, 납세자가 동일한 사유로 재차 경정청구를 하는 것도 허용된다 할 것이다.

3) 한편, 항고소송의 대상이 되는 처분인지 여부는 행정청의 의사에 좌우되는 것이 아니라 그러한 행정청의 행위로 인하여 상대방의 권리나 이익을 침해당하였는지 여부에 의하여 결정하여야 하고, 거부처분은 행정청이 국민의 처분신청에 대하여 거절의 의사표시를 함으로써 성립되며, 그 이후 동일한 내용의 신청에 대하여 다시 거절의 의사표시를 명백히 한 경우에는 새로운 처분이 있은 것으로 보아야 하며, 이 경우 행정심판 및 행정 소송의 제기기간은 각 처분을 기준으로 진행되고 종전 처분에 대한 쟁송기간이 도과했다 하여 그 이후의 새로운 거부 처분에 대하여 행정쟁송을 할 수 없게 되는 것은 아니다(대법원 1992. 12. 8. 선고 92누7542 판결, 1998. 3. 13. 선고 96누15251 판결, 2002. 3. 29. 선고 2000두6084 판결 참조).

다. 판단

1) 위 법리들에 비추어 이 사건에 대하여 보건대, 피고의 종전 처분에 불가쟁력이 발생하기 위해서는 그 불복기간이나 원고가 신고․납부한 2018년 귀속 양도소득세에 대한 경정청구기간이 모두 경과하여야 할 것인데, 원고가 위 양도소득세의 법정신고기한으로부터 5년의 경정청구기간이 경과하기 전인 2024. 3. 12. 이 사건 경정청구를 하여, 피고로부터 이 사건 처분을 받은 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고는 위 처분에 대하여 그 위법을 주장하여 취소를 구할 수 있다고 할 것이고, 위 경정청구가 종전 경정청구와 동일한 내용이라 하여 허용되지 않는다고 볼 수 없다.

2) 나아가 이 사건 처분은 피고가 원고의 이 사건 경정청구에 대한 거절의 의사를 명백히 함으로써 원고로 하여금 그릇된 조세 부담의 시정을 구할 권리를 침해한 것으로서, 단순한 사실의 통지가 아닌 행정소송의 대상이 되는 새로운 독립된 처분이라고 봄이 타당하고, 이에 대한 원고의 조세심판청구는 적법하게 이루어졌다고 판단되는바, 이와 같이 적법한 심판청구가 있었으나 본안심리를 거치지 아니한 채 각하 결정이 이루어진 경우에도 행정심판 전치주의 요건은 구비된 것으로 보아야 할 것이다.

3) 따라서 피고의 본안 전 항변은 이유 없다.

3. 본안에 대한 판단

가. 원고의 주장

이 사건 토지는 소득세법 제104조의3 제1항 제2호 단서 나.목에 정한 임야 소재지 거주자가 소유한 임야, 즉 재촌임야에 해당하여 비사업용 토지에서 제외되므로, 이에 대한 양도소득세에 관하여는 소득세법 제104조 제1항 제8호에 정한 중과세율이 아닌 일반세율이 적용되어야 하는바, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 참조).

또한 소득세법 제104조의3 제1항, 구 소득세법 시행령(2023. 2. 28. 대통령령 제33267호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라 한다) 제168조의6 등 법문에서 정한 요건과 기준을 충족하는 토지는 원칙적으로 양도소득세 중과세 대상인 비사업용 토지에 해당하고, 법령상의 제한 등 비사업용 토지의 제외사유에 관하여는 이를 주장하는 납세의무자에게 증명책임이 있다고 할 것인데, 그와 같은 제외사유에 해당하는지는 비사업용 토지에 대한 양도소득세 중과제도의 입법 취지에 비추어 사안별로 신중하고 엄격하게 판단하여야 한다(대법원 2023. 6. 29. 선고 2023두34637 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

앞서 든 증거들, 을 제8 내지 11호증의 각 기재, 갑 제7호증, 을 제12호증의 각 영상 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 토지가 임야에 해당한다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로, 더 나아가 살피지 않더라도 위 토지가 소득세법 제104조의3 제1항 제2호 단서 나.목에 따라 비사업용 토지에서 제외된다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

가) 구 소득세법 시행령 제168조의7은 ‘법 제104조의3의 규정을 적용함에 있어서 농지․임야․목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다’라고 규정하고 있고, 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 제67조 및 그 시행령 제58조 제5호에 따르면, 임야란 ‘산림 및 원야(原野)를 이루고 있는 수림지(樹林地)ㆍ죽림지ㆍ암석지ㆍ자갈땅ㆍ모래땅ㆍ습지ㆍ황무지 등의 토지’를 말한다.

나) 그런데 원고의 자녀 CCC이 2018. 11.경 이 사건 토지에 관한 개발행위허가 변경을 신청하면서 그 신청서에 첨부한 사진 및 피고가 2019. 5.경 위 토지에 대한 현장 확인 당시 촬영한 사진의 각 영상 등에 의하면, 위 토지에는 잡풀은 무성하나 입목은 없고, 절토나 평탄화 등 개발이 이루어진 부분도 있었으며, 인공석으로 보이는 돌이 놓인 부분이 있을 뿐, 암석, 자갈, 모래가 많은 땅이거나 물에 잠긴 땅도 아닌바, 이를 임야, 즉 산림(산과 숲)이나 원야(개척하지 아니하여 인가가 없는 벌판) 일부를 이루는 자갈땅․모래땅․습지․황무지 등 토지로 볼 수 없다.

다) 이 사건 토지에 대한 항공사진들에 의하더라도, 늦어도 2010. 내지 2011.경 이후부터는 위 토지의 사실상 현황이 임야라고 보기 어렵다.

라) 망 BBB이 2010. 4. 13. 이 사건 토지에 관하여 개발행위허가 신청을 하면서 그 신청서의 임목 식재 현황 란에 ‘참나무류, 아까시나무, 은사시나무(18.08%)’라고 기재하고, CCC도 2018. 11.경 개발행위허가 변경을 신청하면서 그 신청서에 위와 같이 기재한 바는 있으나, CCC이 위 신청 당시 제출한 사업계획서에 ‘위 토지에 소량의 나무가 생장하는 것으로 조사되었으며 개발 시에 기존 수목을 최대한 활용하는 방안 강구’라는 내용만이 기재되어 있을 뿐, 수목 철거 등에 관한 내용은 없는 점, 원고의 이 사건 토지 지분 양도 후 2021.경 위 토지 지상에 도시형생활주택이 신축되었는데, 위 주택 신축 시까지도 수목 철거를 위한 허가 신청 등은 없었던 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 설령 위 토지에 수목이 일부 존재하고 있었다 하더라도, 위 토지는 위 수목과 관계없이 건축이 가능한 상태에 있었던 것으로 보인다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.