인천지방법원-2025-구합-50955 (2026.06.26)

사 건

2025구합50955 종합소득세부과처분취소

원 고

인AA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2026. 5. 22.

판 결 선 고

2026. 6. 26.

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 11. 4. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 종합소득세 379,426,329원, 2020년 귀속 종합소득세 10,124,760원, 2021년 귀속 종합소득세 55,895,923원, 2022년 귀속 종합소득세 117,070,023원의 부과처분(각 가산세 포함)을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 1) 소외 김BB은 2017. 7. 1. 사업장 소재지를 인천 □□□구 □□동 3xx-x 외 1필지로 하여 ‘TT개발’이라는 상호로 부동산 개발공급업을 주업종으로 하는 사업자등록을 하였고(이하 '이 사건 사업'이라 한다), 위 사업장 소재지에 지하 1층, 지상 14층 규모의 집합건물(근린생활시설 및 오피스텔, 공동주택 총 68호, 이하 '이 사건 부동산'이라 한다)을 신축하여 2018. 7. 4. 사용승인을 받은 후 분양하였다.

2) 김BB은 이 사건 부동산에 대한 분양수입금액에 대하여 2017년 및 2018년 과세연도 종합소득세는 단순경비율, 2019년 과세연도 종합소득세는 기준경비율을 각 적용하여 추계조사 방법으로 소득금액을 산정한 후 종합소득세를 신고하였다.

나. 한편 원고는 2018. 8. 21. 이 사건 부동산 68호 중 32호에 관하여 채권최고액 25억 원, 채무자 김BB으로 하는 근저당권을 설정 받아 원고 명의로 근저당권설정등기가 마쳐졌다.

다. 1) 피고는 원고 명의의 위 근저당권부 채권에서 발생한 이자소득을 검증하기 위하여 2024. 4. 22.부터 2024. 8. 22.까지 원고에 대한 2018년∼2022년 과세연도 개인통합조사를 실시하였고, 2017년 과세연도는 조사착수 후 범위를 확대하였다.

2) 피고는 원고에 대한 세무조사 결과 2024. 11. 4. ① 김BB은 이 사건 사업장에 관한 명의대여자에 불과하고 원고(지분율 60%)와 김BB의 매제인 김CC(지분율 40%)이 이 사건 부동산의 신축·분양사업(이하 '이 사건 사업'이라 한다)의 실사업자라고 판단하여, 원고에 대한 이 사건 부동산 분양수입금액에 대하여 기준경비율을 적용하여 추계조사 방법에 의하여 결정한 2017년 과세연도 종합소득세 271,677원, 2018년 과세연도 종합소득세 1,597,752,545원, 2019년 과세연도 종합소득세 242,806,032원을 원고에게 각 경정·고지하였고, ② 원고가 2018. 2. 7.부터 영위하던 부동산관리업체(상호: GG건설, 이하 'GG건설'이라 한다)와 2020. 11. 1.부터 영위하던 아동발달상담업체(상호: PP아동발달센터, 이하 'PP아동발달센터'라 한다)의 각 사업장에 관하여 2020년부터 2022년까지 인건비로 신고한 내역 중 합계 469,664,119원[= 2020년 GG건설 25,000,000원 + 2021년 PP아동발달센터 142,000,000원 + 2022년 GG건설 106,333,330원 및 PP아동발달센터 196,330,789원]이 가공인건비라고 판단하고 이를 필요경비에서 제외하여 2020년 과세연도 종합소득세 10,124,760원, 2021년 과세연도 종합소득세 81,561,577원, 2022년 과세연도 종합소득세 181,677,838원을 원고에게 각 경정·고지하였다(이하 통칭하여 '이 사건 당초 처분'이라 한다).

라. 원고는 2025. 4. 29. 이 사건 당초 처분에 불복하여 국세청장에게 심사청구를 하였고, 이에 국세청장은 2025. 6. 18. '이 사건 당초 처분 중 2017년부터 2019년까지의 각 과세연도 부분에 대하여는 이 사건 사업과 관련하여 제출한 이 사건 사업장의 재무상태표, 손익계산서, 분양원가계산서, 계정별원장, 김BB 및 원고의 각 국민은행 계좌거래내역, 원고의 국민은행 계좌에서 이 사건 부동산 관련 비용이 지출된 경위 및 금액, 해당 금액이 이 사건 부동산 관련인지 여부 등을 근거로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 재조사하여 그 결과에 따라 각 과세연도의 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다. 이 사건 당초 처분 중 2020년부터 2022년까지의 각 과세연도 부분에 대하여는 PP아동발달센터의 인건비 147,630,789원(= 2021년 과세연도 부분 42,000,000원 + 2022년 과세연도 부분 105,630,789원)을 필요경비로 인정하여 각 과세연도의 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.'는 내용의 결정을 하였다.

마. 피고는 국세청장의 위 결정에 따라 이 사건 당초 처분 중 2017년부터 2019년까지의 각 과세연도 부분에 대하여는 이 사건 부동산 관련 필요경비에 대하여 장부와 그 밖의 증빙서류에 대한 실지조사를 통하여 재조사한 필요경비를 반영하여, 2025. 8. 27. 2018년 과세연도 부분 1,117,929,311원(가산세 포함) 및 2019년 과세연도 부분 173,682,878원(가산세 포함)을 감액경정하였고, 2025. 9. 16. 2017년 및 2018년 과세연도 부분에 대한 가산세 적용 오류를 확인함에 따라 2017년 과세연도 부분은 결정취소하고, 2018년 과세연도 부분의 가산세 100,396,905원을 감액경정하였으며, 이 사건 당초 처분 중 2020년부터 2022년까지의 각 과세연도 부분에 대하여는 2025. 8. 18. 2021년 및 2022년 각 과세연도 부분에 대하여 PP아동발달센터의 인건비 인용 금액을 반영하여 2021년 과세연도 부분 25,790,654원(가산세 포함) 및 2022년 과세연도 부분 64,829,418원(가산세 포함)을 감액경정하고 이를 각 고지하였다[이하 이 사건 당초 처분 중 위와 같이 감액경정되고 남은 종합소득세액에 해당하는 별지1 표 '재경정2 후 최종 잔존세액'란 기재 각 종합소득세 부과처분(다만, 2017년 및 2019년 각 과세연도 부분은 제외한다)을 통칭하여 '이 사건 처분'이라 한다].

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 8호증, 을 제1 내지 3, 13 내지 15호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호를 포함하며, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 원고는 이 사건 사업 과정에서 공사비, 인건비 등으로 별지3 표 기재 각 금액을 실제로 지출하였고, GG건설 및 PP아동발달센터를 운영하면서 각 사업장 직원들의 인건비로 별지4 표 기재 각 금액을 실제로 지출하였으므로, 위 각 금액은 필요경비로 인정되어야 한다. 따라서 위 각 금액이 필요경비에 해당하지 않음을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 이 사건 부동산 중 오피스텔 부분은 주거용 건물로 설계ㆍ건축된 후 실제 주거용으로 사용되고 있으므로, 원고가 오피스텔 부분을 분양하여 발생한 매출은 '주거용 건물개발공급업'에 해당한다. 그럼에도 피고는 이 사건 처분 중 2018년 과세연도 부분에 관하여 이 사건 부동산 분양수입금액에 대하여 비주거용 건물 개발 및 공급업의 업종코드를 적용하여 경비율을 계산하였으므로, 이 부분 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 관계 법령

별지2 기재와 같다.

4. 판단

가. 필요경비 관련 주장에 관한 판단

1) 관련 법리

종합소득세과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

위 법리에 기초하여 살피건대, 앞서 본 바와 같이 원고가 김BB 명의로 이 사건 사업장에 관한 사업자등록을 하여 이 사건 사업을 운영하는 한편 이 사건 사업장 외에도 여러 사업장을 운영하는 과정에서 원고가 필요경비로 인정되어야 한다고 주장하는 별지3, 4 표 기재 각 금액인 공사비, 인건비 등은 대부분 원고의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청인 피고로서는 그 입증이 어려우므로 원고에게 그 증명책임이 있다고 봄이 타당하다.

그런데 앞서 인정된 사실, 앞서 든 증거들과 갑 제5, 7호증, 을 제4, 5, 11, 12호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거만으로는 원고가 해당 사업장과 관련하여 별지3, 4 표 기재 각 금액을 필요경비로 지출하였다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

가) 이 사건 사업 관련 비용(별지3) 부분

① 이 사건 사업장은 2017. 7. 1. 개업하여 2019. 9. 30. 폐업하였는데, 원고는 2015. 4. 25.부터 2020. 12. 15.까지 종합건설업체인 주식회사 JJ종합건설(이하 'JJ종합건설'이라 한다)의 대표자로서 JJ종합건설을 운영하였고, 이 사건 부동산의 시공자는 JJ종합건설이다.

② 이 사건 부동산의 착공일은 2017. 11. 6., 사용승인일은 2018. 7. 4.인데, 원고가 원고 운영의 'GG건설'과 건물위수탁관리계약을 체결하였다고 주장하는 '◇◇'건물의 시공사도 JJ종합건설로 동일하고, 그 착공일은 2017. 5. 22., 사용승인일은 2018. 2. 9.로 해당 공사시기 또한 이 사건 부동산의 공사시기와 일부 겹치는 것으로 보인다. 위와 같은 사정을 고려하면, 이 사건 사업장의 사업용 계좌가 아닌 원고의 개인명의 계좌에서 공사비 등 명목으로 일부 금원이 출금되었다는 사정만으로 해당 금액이 이 사건 부동산에 관한 공사대금, 인건비, 설계비 등으로 실제 지출된 것이라고 단정할 수 없다.

③ 별지3 표 기재 각 금액 부분에 관하여 원고가 주장하는 계약당사자 사이에 계약일 무렵 작성되었음이 확인되는 계약서 등 처분문서는 제출된 바 없다.

④ 별지3 표 기재 금액 중 'KK건축인력'에 대한 부분에 관하여 원고가 제출한 일용노무비 지급명세서의 제목이 '일용노무비 지급명세서(JJ건설)'로 기재되어 있고, 출력인원확인서의 수신란에는 '㈜JJ건설 김DD 소장님'이라고 기재되어 있으며, 'K&C'에 대한 부분에 관하여 원고가 제출한 견적서의 수신란에는 '(주)JJ종합건설'이라고 기재되어 있는바, 위 각 기재내용에 의하면 해당 비용은 원고가 이 사건 부동산 내지 이 사건 사업에 관하여 지출한 비용으로 보기 어렵고, 오히려 원고가 대표자인 JJ종합건설이 지출한 비용에 포함되었을 것으로 볼 여지가 있을 뿐이다.

나) GG건설 및 PP아동발달센터 인건비(별지4) 부분

① 원고는 2020년부터 2022년까지의 인건비로 해당 직원들에게 현금 내지 자기앞수표로 별지4 표 기재 각 금액을 실제로 지출했다고 주장하면서 해당 직원들 명의로 작성된 현금수령확인서와 신분증 사본을 제출하는 한편 2022년 귀속분에 대하여는 2023. 1. 10. 발행된 자기앞수표를 추가로 제출하였다. 그러나 원고 주장내용에 의하면 해당 직원들 중 장○○(사무보조), 구○○(치료사), 박○○(치료사 보조)을 제외한 나머지 직원들은 영업직 직원들이라는 것인데, 원고가 GG건설이 부동산 관리업을 영위하면서 관리대행계약을 체결하고 건물관리업무를 수행하였다고 주장하는 건물 중 △△아파트의 관리계약체결일은 2018. 5. 31., 계약기간은 2018. 6. 1.부터 2023. 5. 31.까지이고, ◇◇건물의 관리계약체결일은 2018. 6. 1., 계약기간은 2018. 6. 1. 부터 2021. 5. 31.까지로 이 부분 과세연도 이전에 이미 계약체결이 완료되었다. 또한 원고가 GG건설이 관리업무를 수행하였다고 주장하는 건물 중 ◈◈건물의 관리를 의뢰한 최EE은 원고의 장모인바, 이에 관하여 별도의 영업활동은 불필요하였을 것으로 보인다.

② 원고가 제출한 위와 같은 자료만으로는 해당 직원들과의 근로계약 체결 여부 및 그 구체적인 내용 등이 증명되었다고 볼 수 없고, 달리 이를 인정할 만한 자료도 찾을 수 없다. 나아가 해당 영업직 직원들이 GG건설 내지 PP아동발달센터의 거래처 내지 고객 확보를 위한 영업활동을 실제로 수행하였다고 볼 만한 객관적인 자료도 찾을 수 없다.

③ 해당 직원들에 대한 1년분의 급여를 1, 2회에 나누어 수표 내지 현금으로 지급하였다는 원고 주장의 급여지급 방법은 매우 이례적인 것으로 보인다. 이에 대하여 원고는 해당 직원의 신용상태 등을 이유로 한 요청으로 그와 같이 지급한 것이라고 주장하나, 이에 대한 객관적인 자료를 찾을 수 없다.

④ 위와 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거만으로는 원고 주장의 이 부분 ‘인건비’가 해당 직원들에게 실제 근로의 대가로 지출되었음을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

나. 경비율 관련 주장에 관한 판단

살피건대, 원고의 이 부분 주장은 피고가 이 사건 처분 중 2018년 과세연도 부분에 관하여 경비율을 적용한 추계조사 방법에 의한 결정을 하였음을 전제로 하나, 앞서 인정된 사실에 의하면, 피고가 이 사건 당초 처분에 관한 국세청장의 2025. 6. 18. 결정에 따라 이 부분 소득금액에 관하여 장부를 비롯한 관련 증명서류를 검토하여 실지조사방법에 의하여 이 사건 처분을 하였다고 봄이 상당하다. 따라서 이와 다른 전제에선 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

5. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.