대전지방법원-2025-구합-200674 (2026.07.22)

대 전 지 방 법 원

제 1 행 정 부

판 결

사 건 2025구합200674 양도소득세경정거부처분취소

원 고 OOO씨OO종중

피 고 대전세무서장

변 론 종 결 2026. 7. 1.

판 결 선 고 2026. 7. 22.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2023. 12. 18. 원고에 대하여 한 2019년 귀속 양도소득세 163,380,200원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 대전 대덕구 OO동 OO-00 및 같은 동 00-00 토지 중 지분 9분의7(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 관하여 1995. 5. 18.자 신탁해지를 원인으로 한 소유권이전등기를 마친 종중이다.

나. 원고는 2015. 10. 12. 이 사건 토지를 AAA에게 매도하는 매매계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다).

다. 이 사건 매매계약에 따른 잔금 지급기일은 2018. 12. 30.이었으나 AAA가 잔금 지급을 지체하고 있던 중 대전광역시가 2019. 10. 30. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 ‘토지보상법’이라 한다)에 따라 이 사건 토지를 수용하고(이하 ‘이 사건 수용’이라 한다), 2019. 11. 15. 대전광역시 명의로 토지수용을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다. 대전광역시는 2019. 10. 29. 토지보상법 제40조 제2항 제1호(보상금을 받을 자가 그 수령을 거부하거나 보상금을 수령할 수 없을 때)에 따라 피공탁자를 원고로 하여 수용보상금 516,670,000원을 공탁하였다(이하 ‘이 사건 공탁’ 이라 한다).

라. 관련소송

매수인 AAA는 2020. 4. 10. 원고 등을 상대로 이 사건 매매계약의 취소를 주장하며 자신이 지급했던 계약금 및 중도금의 반환을 구하는 소를 제기하였고, 대전지방법원은 2022. 2. 10. 이 사건 매매계약이 유효하다고 보아 AAA의 청구를 기각하는 취지의 판결을 선고하였다(대전지방법원 2020가합103256). 이에 AAA가 항소하였고, 대전고등법원은 2022. 9. 1. ‘원고 등은 AAA로부터 지급받은 계약금 및 중도금 총 5억 원 중 9,000만 원(계약금 1억 5,000만 원의 3/5)을 제외한 나머지 금액을 AAA에게 반환한다’는 취지의 조정을 갈음하는 결정을 하여(대전고등법원 2022나11249)2022. 10. 12. 위 결정이 확정되었다(이하 ‘관련소송’이라 한다).

마. 피공탁자인 원고는 2022. 10. 13. 이 사건 공탁금을 수령하였고, 2022. 11. 10. 이 사건 토지의 수용으로 인한 양도시기를 2019. 11. 15.(대전광역시 명의로 수용을 원인으로 한 소유권이전등기가 경료된 날)로 하여 2019년 귀속 양도소득세 163,380,200원을 기한 후 신고하였다.

바. 원고는 2023. 9. 14. 피고로부터 원고를 세법상의 ‘법인으로 보는 단체’로 간주하는 고유번호증을 발급받았다.

사. 원고는 2023. 10. 25. 피고에게 ‘이 사건 토지의 양도시기는 대전광역시 명의로 소유권이전등기가 된 2019. 11. 15.이 아니라 원고와 AAA 사이의 관련소송의 판결 확정일인 2022. 10. 12.이고, 원고가 관련소송의 판결 확정일로부터 1회계연도 이내에 법인으로 보는 단체로 승인받았는바, 이 사건 토지의 처분으로 인한 소득은 법인세법에 따른 비과세 대상 소득(고유목적사업에 3년 이상 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 소득)에 해당하므로 원고가 신고한 양도소득세를 취소해 달라’는 취지의 양도소득세 경정청구를 하였다.

아. 이에 대하여 피고는 2023. 12. 20. 아래와 같은 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

○ 처리결과: 기각(거부)

○ 처리사유

- 양도물건은 소득세법 시행령 제162조 제1항 제7호 단서 규정에 따른 ‘소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우’에 해당하지 않으므로 양도물건의 양도시기는 당초 신고시의 2019. 11. 15.로 봄이 타당하고,

- 따라서 양도물건의 양도일부터 기산할 경우 종중이 법인으로 보는 단체로 승인된 후 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하여 양도물건에서 발생한 손익을 최초사업연도의 손익에 산입할 수 없어 법인세법 적용대상이 아니므로

- 당초 신고한 양도소득세를 취소하여야 한다는 이 사건 경정청구는 인용 불가합니다.

자. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2024. 3. 6. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2024. 10. 25. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 9 내지 14, 17 내지 19호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 판단

가. 원고 주장의 요지

이 사건 공탁은 소득세법 시행령 제162조 제1항 제7호 단서에서 정한 ‘소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우’에 해당하므로 이 사건 토지의 양도시기는 관련소송의 판결 확정일인 2022. 10. 12.라고 보아야 함에도 이와 달리 보아 원고의 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 구체적 판단

이 사건 토지의 수용으로 인한 양도시기를 언제로 볼 것인지가 이 사건의 쟁점인 바, 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건의 경우 소득세법 시행령 제162조 제1항 제7호 단서에서 정한 예외사유에 해당한다고 볼 수 없으므로 원고의 양도소득세경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

1) 소득세법 시행령 제162조 제1항 제7호는 양도시기에 관하여 ‘토지보상법이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다.’라고 규정하고 있는바, 위와 같이 소득세법 시행령 제162조 제1항 제7호 단서가 양도시기에 관하여 ‘소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다’고 정하고 있는 것은, 등기부상의 명의자와 실제 소유자가 다른 경우 등 소유권이 누구에게 귀속되는지에 관한 다툼이 있을 경우에 사업시행자가 보상금을 지급할 진정한 소유자가 누구인지 알 수 없어 소유자 불확지를 이유로 공탁을 하는 경우를 가리키는 것이고, 이와 같이 소유자 불확지를 이유로 보상금이 공탁된 경우에는 나중에 소유권에 관한 소송 결과에 따라 토지의 진정한 소유자에게 양도소득을 귀속시켜 과세할 수 있도록 함으로써 불합리하게 조세부과의 제척기간이 도과하는 경우를 방지하고자 함이라고 볼 것이다. 그런데 이 사건에서 대전광역시는 소유자 불확지를 이유로 공탁을 한 것이 아니라 소유자인 원고가 보상금의 수령을 거부하였기 때문에 피공탁자를 원고로 하여 토지 수용보상금을 법원에 공탁하였을 뿐이므로[이 사건 공탁서에 기재된 공탁의 근거 법령은 토지보상법 제40조 제2항 제1호(보상금을 받을 자가 그 수령을 거부하거나 보상금을 수령할 수 없을 때)이고, 같은 항 제2호(사업시행자의 과실 없이 보상금을 받을 자를 알 수 없을 때)의 사유로 공탁된 것이 아니다], 이것이 위 소득세법 시행령 제162조 제1항 제7호 단서 소정의 예외사유에 해당한다고 볼 수는 없다.

2) AAA가 원고 등에 대하여 관련소송을 제기한 일자는 2020. 4. 10.로서 이 사건 공탁 당시(2019. 10. 29.)에는 관련소송이 존재하지도 않았는바, 소유권에 관한 소송으로 인하여 보상금이 공탁되었을 것을 전제로 하는 위 소득세법 시행령 제162조 제1항 제7호 단서가 적용될 수는 없다. [또한 관련소송은 매수인인 AAA가 원고를 상대로 이 사건 토지의 소유권이전등기를 구하는 소송이 아니라 이 사건 매매계약의 취소를 이유로 이미 지급한 계약금 및 중도금의 반환을 구하는 부당이득반환청구 소송인 점, 이 사건 토지에 관한 소유권의 존부 내지 귀속이 관련소송의 전제 내지 선결문제가 되었다고 볼 수도 없는 점, 관련소송은 조정을 갈음하는 결정으로 확정되었는데 그 결정의 내용에 비추어 보더라도 이 사건 토지의 소유권은 여전히 원고에게 존재하고 있는 점 등을 고려하면, 관련소송이 소득세법 시행령 제162조 제1항 제7호 단서에서 정하는 ‘소유권에 관한 소송’에 해당한다고 볼 수 없다.

원고는 관련소송의 결과에 따라 이 사건 수용으로 인한 보상금을 받을 주체가 달라지고, 양도소득세의 납부의무자도 달라진다는 취지로 주장한다. 그러나 설령 이 사건 매매계약이 유효하다고 가정하고 보더라도 이 사건 매매계약에 따른 잔금 지급 및 이 사건 토지의 소유권이전등기가 마쳐지기 전에 대전광역시가 이 사건 토지를 수용함으로써 매도인인 원고의 AAA에 대한 소유권이전등기의무는 이행불능이 되었다고 할 것이므로 AAA로서는 더 이상 이 사건 토지의 소유권을 취득할 수 없는 지위에 있고, 그렇다면 이 사건 토지의 수용으로 인한 보상금의 귀속주체는 여전히 이 사건 토지의 소유자인 원고라고 봄이 타당하다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다