서울행정법원-2025-구합-53402 (2026.08.12)

사 건

2025구합53402 종합소득세부과처분취소

원 고

김AA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2026. 6. 17.

판 결 선 고

2026. 8. 12.

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2023. 12. 4. 원고에게 한 2018년 귀속 종합소득세 본세 xxx,xxx,xxx원의 부과 처분 중 xx,xxx,xxx원을 초과하는 부분과 2025. 6. 16. 원고에게 한 2018년 귀속 종합소득세 가산세 xxx,xxx,xxx원의 부과처분 중 xx,xxx,xxx원을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2018. 2. 1. 부동산업 및 비주거용 건물 임대업의 사업자등록을 하였다가2019. 3. 7. 부동산 매매업을 업종에 추가한 개인사업자로서, 2018. 2. 9. oo oo구 oo동 xxx-xx에 위치한 oo 판매시설(상점) 지하1층 B101호와 운동시설 지하 1, 2층 B201호를 x,xxx,xxx,xxx원에 공매로 취득하였고, 2018. 4. 6. 위 B101호를 xx개 호실(B101호 내지 B133호)로 구분하여 각 호실별로 구분등기를 마쳤다(이하 통틀어 ‘이 사건 상가’라 한다).

나. 원고는 2018. 5. 11. 주식회사 BBB(이하 ‘이 사건 분양대행사’라 한다)와 사이에 이 사건 상가에 관하여 아래와 같은 내용의 분양대행계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 분양대행계약’이라 한다).

다. 원고는 2018. 4. 1.부터 2018. 11. 21.까지 이 사건 상가 중 xx개 호실(B106호,B107호 내지 B115호, B130호)을 각각 분양하고(이하 통틀어 ‘이 사건 판매 호실’이라 한다) 이 사건 분양대행사에게 합계 x,xxx,xxx,xxx원을 지급하였다. 원고는 2018. 3. 28.부터 2018. 5. 28.까지 이 사건 상가 중 3개 호실(B101호, B102호, B120호)을 각각 분양하고(이하 ‘이 사건 취소 호실’이라 한다) 이 사건 분양대행사에게 합계 xxx,xxx,xxx원을 지급하였으나, 000커피점, 스포츠센터의 입점 여부에 관한 원고 측의 기망 등을 이유로 위 각 분양계약이 취소되었다.

라. 원고는 2019. 6. 30. 이 사건 판매 호실의 분양수입금액 x,xxx,xxx,xxx원에 대한2018년 귀속 종합소득세를 신고하면서, ① 매입가액, 인테리어비용, 명도비용, PM 수수료 등) 이 사건 상가에 공통되는 원가(이하 ‘이 사건 공통 원가’라 한다)의 경우 분양면적 비율에 따라 안분하고, ② 이 사건 분양대행사에게 지급한 분양수수료의 경우수익ㆍ비용 대응 원칙에 따라 이 사건 판매 호실에 대하여 지급된 xxx,xxx,xxx원을 필요경비로 산입한 결과, xxx,xxx,xxx원을 환급받았다.

마. 00세무서장은 2021. 12. 15.부터 2022. 1. 29.까지 원고에 대한 부가가치세 조세범칙조사를 실시한 결과, 원고가 2018년 제2기 과세기간에 이 사건 분양대행사로부터 발급받은 공급가액 합계 x,xxx,xxx,xxx원의 세금계산서 5장이 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아, 신고기한 내에 수정신고한 금액을 제외한 xxx,xxx,xxx원의 매입세액을 불공제하여 2022. 3. 2. 원고에게 2018년 2기 부가가치세를 경정ㆍ고지하고, 피고에게 과세자료를 통보하였다.

바. 피고는 원고가 2018년 귀속 종합소득세 신고 당시 위 xxx,xxx,xxx원을 사업소득의 필요경비로 계상한 사실을 확인하고, 필요경비 불산입하여 2023. 12. 4. 원고에게2018년 귀속 종합소득세 본세 xxx,xxx,xxx원(= 고지세액 xxx,xxx,xxx원 – 가산세 xxx,xxx,xxx원)을 경정ㆍ고지하였고, 부정행위를 이유로 2025. 6. 16. 원고에게 2018년 귀속 종합소득세 가산세 xxx,xxx,xxx원을 경정ㆍ고지하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 5 내지 10, 17 내지 23, 25, 27 내지 31호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 3, 7, 8. 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 원고의 주장 요지

가. 이 사건 상가의 각 호실은 호실별로 층, 위치, 조망, 채광, 외부와의 접근성 등이 달라 그 가치가 면적에 비례하지 않으므로, 수익ㆍ비용 대응 원칙에 따라 이 사건 공통 원가를 배분할 때에는 아래와 같은 분양예정가액 비율에 따라 안분하여야 한다. 따라서 분양예정가액 비율에 따라 안분한 금액과 분양면적 비율에 따라 안분한 금액의 차액에 해당하는 xxx,xxx,xxx원이 추가로 필요경비로 인정되어야 한다(이하 ‘제1 주장’이라 한다).

나. 이 사건 취소 호실에 대하여 지급된 분양수수료 xxx,xxx,xxx원(이하 ‘이 사건 분양수수료’라 한다)은 당기비용(판매비ㆍ관리비)에 해당하므로, 추가로 필요경비로 인정되어야 한다(이하 ‘제2 주장’이라 한다).

4. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 제1 주장에 관한 판단

1) 소득세법 제39조 제5항은 ‘거주자가 각 과세기간의 소득금액을 계산할 때 총수입금액 및 필요경비의 귀속연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 대하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우 외에는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다’고 규정하고 있다.

2) 앞서 든 증거, 을 제2, 5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 볼 때, 이 사건 판매 호실의 분양수입에 대한 필요경비를 계산할 때 이 사건 공통 원가를 분양면적 비율에 따라 안분한 것이 위법하다고 볼 수 없다.

① 원고는 이 사건 공통 원가를 배분할 때 분양면적 비율에 따라 안분하는 방식으로 회계처리ㆍ토지등 매매차익 신고ㆍ종합소득세 신고를 하여 온 것으로 보이는데, 분양면적 비율에 따른 안분 방식은 자의적인 조작이 불가능하여 객관성이 담보될 뿐만 아니라, 다른 조건이 동일하다면 그 취득을 위하여 지출하는 비용이 분양면적에 비례할 것으로 보이므로, 일응 공정성과 타당성이 인정된다고 할 것이다.

② 이 사건 상가는 원고가 공매로 취득할 당시 구분이 예정되어 있지 않았고, 구분을 전제로 각 호실별 매매가액의 합계액을 구하는 방식으로 이 사건 상가의 공매대금이 산정된 것이 아니다. 원고는 수익ㆍ비용 대응의 원칙을 근거로 이 사건 공통 원가를 분양예정가액 비율에 따라 안분하여야 한다고 주장하나, 수익ㆍ비용 대응의 원칙이란 손익의 귀속시기에 관하여 적용되는 원칙일 뿐이고, 그 자체로 일괄취득 시 원가를 안분하는 구체적인 계산 방식을 제시하고 있다고 보이지는 않는다.

③ 분양예정가액 비율에 따른 안분 방식은 분양예정가액의 적정한 책정을 전제로 호실별 수익률을 동일하게 맞추는 방식이라 할 것인데, 이 사건 상가의 분양예정가액은 원고가 일방적으로 책정한 것으로, 이 사건 상가 35개 호실 중 22~24개 호실이 분양되지 않은 것으로 보이는바, 그 적정성이 담보된다고 보기 어렵다. 원고는 부동산 매매업 이외에도 비거주용 건물 임대업을 영위하는 개인사업자로서, 2024. 2. 5. 기준으로 위 분양되지 않은 호실을 보유하면서 운동시설, 상가 등으로 임대하고 있는 것으로 보이므로, 원고에게 분양예정가액을 적정하게 책정함으로써 이 사건 상가의 모든 호실을 빠짐없이 분양할 경제적 유인이 컸다고 보기도 어렵다. 원고가 원용하는 서울고등법원 1997. 11. 20. 선고 96구36489 판결은, 지하 1층 및 지상 6층의 상가를 신축하여 분양을 시작하였으나 분양 첫해에 위치가 좋은 1층이 대부분 분양되고 다음해에 지하층과 윗층이 재고로 남아 그다음 해에 재고를 싼값에 처분하여 결손이 생긴 사안에 대한 것으로, 이 사건과 사안이 달라 이 사건에 원용하기에 적절하지 않다.

3) 따라서 원고의 제1 주장은 받아들이기 어렵다.

나. 제2 주장에 관한 판단

1) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있으므로 과세소득 확정의 기초가 되는 필요경비나 손금에 관하여도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담한다. 그렇지만 필요경비나 손금에 관한 사항은 일반적으로 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있어 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로, 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요를 납세의무자에게 돌릴 수 있다고 할 것이다(대법원 2013. 10. 31. 선고 2010두4599 판결 참조).

2) 앞서 본 바와 같이, 이 사건 분양대행계약에 따르면 이 사건 분양대행사는 1년의 기간 동안 개별 매매 방식으로 이 사건 상가의 분양업무를 대행하는데(제1조, 제6조), 분양수수료로 분양계약실적 제출마감일로부터 7일 뒤에 분양대금에 일정한 비율을 곱한 금액을 지급받고(제8조), 분양대행업무 수행 기간이 만료되는 시점까지 분양되지 않은 상가가 있으면 자신이 직접 또는 자신이 지정하는 자로 하여금 이를 매수할 책임이 있으며, 이때 매매대금은 분양수수료에서 공제할 수 있다(제13조).

앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 분양대행계약의 개별 매매 방식(제1조), 호실별 성공보수 지급 구조(제8조), 매입 확약 조항(제13조) 등을 고려할 때 분양계약이 취소되어 분양수익이 반환되고 이 사건 분양대행사 또는 이 사건 분양대행사가 지정하는 자에 의한 매수마저 이루어지지 않는 경우에는 분양수수료의 지급의무가 없다고 보이는 점, ② 원고는 위와 같은 경우 당기비용에 해당하지 않는다는 전제 아래 종합소득세 신고를 한 것으로 보이고, 원고가 이 사건 분양대행사에게 이 사건 취소 호실에 관하여 이 사건 분양대행계약 제13조에 따른 매수 책임을 추궁하지 않은 것은 다소 이례적인 측면이 있는 점, ③ 이 사건 취소 호실에 관한 각 분양계약이 취소된 원인인 00커피점, 스포츠센터의 입점 여부에 관한 원고 측의 기망 등은 원고의 이행보조자로서 이 사건 상가의 분양 활동과 관련하여 필요한 업무 일체를 대행한 이 사건 분양대행사의 기망 등일 가능성이 높은 점, ④ 이 사건 분양대행계약 제12조는 ‘이 사건 분양대행사는 이 사건 분양대행사 또는 이 사건 분양대행사가 고용한 일체의 임직원이 분양대행업무로 인하여 원고의 명예를 손상하거나 원고 또는 피분양자에게 재산상 손해를 끼친 경우에는 민ㆍ형사상 모든 책임을 진다’고 규정하고 있는 점, ⑤ 원고는 이 사건 분양대행사로부터 사실과 다른 세금계산서 5장이라는 거짓 증빙을 수취한 자로서 이 사건 분양대행사와 사이에 이체 내역 등으로 확인되지 않는 현금 거래 등이 있었을 가능성이 없지 않은 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 분양수수료가 2018년 귀속 사업소득에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액인 필요경비에 해당한다고 보기 어렵다.

3) 따라서 원고의 제2 주장은 받아들이기 어렵다.

5. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.