기준-2025-법규재산-0143 (2026.07.24)

1. 사실관계

 ○(법인전환) 납세자는 운영하던 사업체 ‘◇◇◇(개인사업)’을 ㈜◇◇◇로 법인전환하면서 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 포괄적으로 양도･양수하기로 함

  - 납세자는 법인에 양도한 부동산에 대하여‘22.◇◇.◇◇.을 양도일로 하여 양도소득세 신고하고 조특법§32에 따라 양도소득세 이월과세 신청함

 ○ (영업권매각) 납세자는 ‘22.□□.□□. 쟁점법인과 영업권 매매계약서를 작성하면서 계약금 △△△,△△△,△△△원은 ’22.▽▽.▽▽까지 지급하고 잔금 △△△,△△△,△△△원에 대해서는 계약금 지급한 후 5년 내 일시 지급*하기로 하고 영업권**을 쟁점법인에 양도함

   * 잔금청산일을 확정하지 않고, 계약금 지급한 후 5년 내 일시 지급할 것이라고 정함

  ** 소득법§94①(4)가목의 영업권임을 전제함

2. 질의요지

 ○개인사업자가 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 사업 양도･양수의 방법으로 법인전환을 하면서

  - 소득법§94①(4)가목의 영업권을 영업양수도계약과 별도의 계약을 통해 법인에 양도하였을 경우 영업권의 양도시기에 대한 질의

3. 관련 법령

□ 소득세법 제92조【양도소득과세표준과 세액의 계산】

 ① 거주자의 양도소득에 대한 과세표준(이하 "양도소득과세표준"이라 한다)은 종합소득 및 퇴직소득에 대한 과세표준과 구분하여 계산한다.

□ 소득세법 제94조【양도소득의 범위】

 ① 양도소득은 해당 과세기간에 발행한 다음 각 호의 소득으로 한다.

  1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

  2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

  가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

  나. 지상권

  다. 전세권과 등기된 부동산임차권

  4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 "기타자산"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  가. 사업에 사용하는 제1호 및 제2호의 자산과 함께 양도하는 영업권(영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 자산에 포함되어 함께 양도된 것으로 인정되는 영업권과 행정관청으로부터 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다)

□ 소득세법 제98조【양도 또는 취득의 시기】

 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다

□ 소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】

 ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

  1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부･등록부 또는 명부 등에 기재된 등기･등록접수일 또는 명의개서일

  2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부･등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

  3. 재정경제부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다)접수일･인도일 또는 사용수익일중 빠른 날

  4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 「건축법」제22조제2항에 따른 사용승인서 교부일. 다만, 사용승인서 교부일 전에 사실상 사용하거나 같은 조 제3항제2호에 따른 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인을 받은 날 중 빠른 날로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.

  5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날

  6. 「민법」제245조제1항의 규정에 의하여 부동산의 소유권을 취득하는 경우에는 당해부동산의 점유를 개시한 날

  7. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다.

 8. 완성 또는 확정되지 아니한 자산을 양도 또는 취득한 경우로서 해당 자산의 대금을 청산한 날까지 그 목적물이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는 그 목적물이 완성 또는 확정된 날. 이 경우 건설 중인 건물의 완성된 날에 관하여는 제4호를 준용한다.

  9. 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 인하여 취득한 토지의 취득시기는 환지 전의 토지의 취득일. 다만, 교부받은 토지의 면적이 환지처분에 의한 권리면적보다 증가 또는 감소된 경우에는 그 증가 또는 감소된 면적의 토지에 대한 취득시기 또는 양도시기는 환지처분의 공고가 있은 날의 다음날로 한다.

  9의2. 「지적재조사에 관한 특별법」제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가된 경우 그 증가된 면적의 취득시기는 지적공부상의 종전 토지를 취득한 날

 10. 제158조제2항의 경우 자산의 양도시기는 주주 1인과 주권상장법인기타주주 또는 주권비상장법인기타주주가 주식등을 양도함으로써 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 50 이상이 양도되는 날. 이 경우 양도가액은 그들이 사실상 주식등을 양도한 날의 양도가액에 의한다

□ 조세특례제한법 제32조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

 ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도･양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인의 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. 다만, 해당 사업용고정자산이 주택 또는 주택을 취득할 수 있는 권리인 경우는 제외한다.

 ② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.

 ③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

 ④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다.

 ⑤ 제1항에 따라 설립된 법인의 설립등기일부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항을 적용받은 거주자가 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액(해당 법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  1. 제1항에 따라 설립된 법인이 제1항을 적용받은 거주자로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

  2. 제1항을 적용받은 거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우

□ 조세특례제한법 시행령 제29조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

 ② 법 제32조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법"이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

 ⑤ 법 제32조제2항에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조제1항제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

□ 부가가치세법 제10조【재화 공급의 특례】

 ⑨ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

  2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것. 다만, 제52조제4항에 따라 그 사업을 양수받는 자가 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 납부한 경우는 제외한다.

□ 부가가치세법 시행령 제23조【재화의 공급으로 보지 아니하는 사업양도】

 법 제10조제9항제2호 본문에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 사업장별(「상법」에 따라 분할하거나 분할합병하는 경우에는 같은 사업장 안에서 사업부문별로 구분하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(「법인세법」제46조제2항 또는 제47조제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우 및 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 그 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

  1. 미수금에 관한 것

  2. 미지급금에 관한 것

  3. 해당 사업과 직접 관련이 없는 토지ㆍ건물 등에 관한 것으로서 재정경제부령으로 정하는 것

｢조세특례제한법 시행령｣ 제29조제2항에 의한 사업 양도･양수의 방법으로 법인에게 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하여 법인전환을 하는 경우에 ｢소득세법｣ 제94조제1항제4호가목에 따른 영업권의 양도시기는 영업권과 함께 이전하는 같은 법 제94조제1항제1호 및 제2호의 자산의 양도시기에 따르는 것입니다.