수원지방법원-2025-구합-61201 (2026.08.19)

사 건

2025구합 양도소득세 경정처분 취소

원 고

ㅁㅁㅁ

피 고

ㅇㅇㅇ세무서장

변 론 종 결

2026.5.20.

판 결 선 고

2026.8.19.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2025. 4. 5. 원고에게 한 2018년 귀속 양도소득세 66,546,440원의 경정처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1986. 12. 23. AA시 BB구 CC동 1126-11 대 369.5㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)를 매수하는 계약을 체결하고 1989. 7. 15. 그 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고는 이 사건 토지의 지상에 5층 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축하여 1989. 12. 10. 사용승인을 받았고 1989. 12. 26. 그 소유권보존등기를 마쳤다.

다. 원고는 1990. 3. 3. DDD에게 이 사건 토지⋅건물의 3분의 1 지분을 450,000,000원에 매도하는 계약을 체결하였고, DDD은 1990. 3. 26. 그 소유권이전등기를 마쳤다.

라. 원고는 1996. 5. 27. DDD으로부터 이 사건 토지⋅건물의 3분의 1 지분을 600,000,000원에 재매수하는 계약을 체결하였고, 1996. 6. 3. 그 소유권이전등기를 마쳤다.

마. 원고는 2004. 8. 27. 이 사건 건물에 6층 창고시설 109.22㎡(이하 ‘이 사건 창고’라고 한다)을 증축하였다(이하 ‘이 사건 토지’, ‘이 사건 건물’, ‘이 사건 창고’를 통칭하여 ‘이 사건 부동산’이라 한다).

바. 원고는 2018. 9. 29. EEE, FFF에게 이 사건 부동산을 2,300,000,000원에 매도하는 계약을 체결하였고(이하 ‘이 사건 양도’라고 한다), EEE, FFF은 2018. 11. 20. 그 소유권이전등기를 마쳤다.

사. 원고는 이 사건 양도와 관련하여 1996. 6. 3. 재매수한 이 사건 토지⋅건물의 3분의 1 지분에 관하여는 재매수가격 600,000,000원을 취득가액(실지거래가액)으로 하고, 나머지 3분의 2 지분에 관하여는 1990. 3. 3. 매도한 이 사건 토지⋅건물 3분의 1 지분의 매도가액 450,000,000원을 매매사례가액으로 보아 당해 지분비율을 곱하여 산출한 900,000,000원(=450,000,000 × 3 × 2/3)을 취득가액으로 하며, 2004. 8. 27. 증축한 이 사건 창고 부분은 환산가액을 취득가액으로 하여 양도소득세 280,101,420원을 신고⋅납부하였다.

아. 피고는 2023. 12. 11.부터 2024. 1. 14.까지 원고의 양도소득세에 대한 세무조사를 실시하였고, 이 사건 토지 및 건물의 3분의 2 지분에 대하여 토지 및 건물을 나누어 1989. 12. 26. 보존등기를 마친 이 사건 건물에 대하여는 매매사례가액 900,000,000원 중에서 1989년 당시 토지, 건물의 기준시가를 기준삼아 안분한 263,734,000원만 취득가액으로 인정하고, 이 사건 토지에 대하여는 당초 취득일이 1989. 7. 15.로서 매매사례가액 기준일인 1990. 3. 3.로부터 3개월 이내에 있지 아니하여 매매사례가액 적용대상에 해당하지 않는다는 이유로 환산취득가액 181,410,000원만 취득가액으로 인정하는 전제에서, 2024. 4. 5. 원고에게 2018년 귀속 양도소득세 66,546,440원을 증액경정하여 고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

자. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2024. 5. 27. 이의신청을 거쳐 2024. 9. 25. 조세심판청구를 하였으나 2024. 12. 18. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증(가지번호가 있는 경우 각 가지번호 포함), 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

양도소득세 산정 시 실지거래가액을 객관적으로 확인⋅증빙하기 곤란한 경우에 보충적 산정방법으로 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액, 기준시가를 한정적으로 열거하면서 순차적으로 규정하고 있는데, 피고는 이 사건 토지⋅건물의 3분의 1 지분에 대하여는 토지⋅건물을 구분하지 않고 일괄하여 실지거래가액으로 신고한 것을 인정하면서도, 이 사건 토지⋅건물의 3분의 2 지분에 관하여는 토지⋅건물을 나누어 각 환산취득가액⋅매매사례가액으로 다른 산정기준을 적용하였다. 이와 같이 토지의 3분의 2 지분에 대해서만 의제적 산정방법에 불과한 3순위 환산가액을 적용한 것은 과세목적물인 토지, 건물의 취득을 둘러싼 납세자의 일련의 동기, 목적, 경위와 과세실질주의 원칙, 응능과세, 응익과세 원칙에 입각한 실지거래가액에 따른 부동산 양도소득세 과세 원칙 및 이를 관철하기 위하여 실지거래가액을 객관적으로 확인하기 곤란한 사정이 있는 경우에도 이와 부합할 가능성, 신뢰성이 높은 방법을 우선적으로 적용하도록 명시한 소득세법 시행령 제176조의2 제3항의 취지 등에 비추어 위법, 부당하다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 관련 법령

1) 소득세법 제97조 제1항 제1호 (나)목은 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제하는 필요경비의 하나인 취득가액을 ‘취득에 소요된 실지거래가액’에 의하여야 하는데 그 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액에 의하도록 규정하고 있다. 그리고 그 위임에 따른 소득세법 시행령 제163조 제12항은 법 제97조 제1항 제1호 (나)목에서 ‘대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액’이란 제176조의2 제2항 내지 제4항의 규정에 의한 가액을 말한다고 규정하고 있는데, 소득세법 시행령 제176조의2 제3항 본문은 ‘양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 그 각 호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 따른다.’고 규정하면서 제1호에서 ‘양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액’(매매사례가액)을, 제2호에서 ‘양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산에 대하여 둘 이상의 감정평가법인등이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한정한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액’을, 제3호에서 ‘제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액’(환산취득가액)을, 제4호에서 기준시가를 규정하고 있다.

2) 소득세법 제100조 제2항, 소득세법 시행령 제166조 제6항 등(이하 ‘이 사건 안분계산조항’이라 한다)은 양도소득세의 부과를 위하여 양도차익을 계산할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되, 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산 하도록 규정하고 있다. 이 사건 안분계산조항은 공통의 취득가액이나 양도가액을 안분계산하기 위한 일반적이고도 합리적인 방법을 규정한 것으로서 그 내용과 취지에 비추어 토지와 건물 등을 일괄하여 취득하거나 양도하였으나 그 가액의 구분이 불분명한 경우에 적용된다.

나. 판단

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 건물의 나머지 3분의 2 지분에 관하여 매매사례가액을, 이 사건 토지의 나머지 3분의 2 지분에 관하여 환산취득가액을 적용한 이 사건 처분에 어떠한 위법이 있다고 볼 수 없다.

1) 이 사건 토지 및 건물의 3분의 1 지분의 경우 1996. 6. 3. 취득한 것으로서 그 취득 당시의 실지거래가액이 존재(600,000,000원)하는 반면, 이 사건 토지 및 건물의 나머지 3분의 2 지분의 경우 그 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없으므로 소득세법 제97조 제1항 제1호 (나)목, 소득세법 시행령 제163조 제12항, 제176조의2 제3항 본문에 따라 매매사례가액, 감정가액의 평균액, 환산취득가액, 기준시가의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 따라야 한다.

2) 원고가 1990. 3. 3. DDD에게 이 사건 토지 및 건물의 3분의 1 지분을 450,000,000원에 매도하는 계약을 체결하였음은 앞서 본 바와 같고, 이는 이 사건 토지 및 건물의 나머지 3분의 2 지분의 취득과 관련하여 소득세법 시행령 제176조의2 제3항 제1호의 ‘해당 자산과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례’에 해당한다. 그런데 이 사건 건물의 나머지 3분의 2 지분의 경우 그 취득 시기가 1989. 12. 10.로서 위 매매사례가액 기준일인 1990. 3. 3.로부터 3개월 내에 있으므로 소득세법 시행령 제176조의2 제3항 제1호에 따른 매매사례가액이 적용된다고 할 것이다.

3) 그러나 이 사건 토지의 나머지 3분의 2 지분의 경우 그 취득 시기가 1989. 7. 15.로서 위 매매사례가액 기준일인 1990. 3. 3.로부터 3개월 내에 있지 아니하여 소득세법 시행령 제176조의2 제3항 제1호의 매매사례가액을 적용할 수 없고, 같은 항 제2호에 따른 감정가액도 존재하지 않으므로, 같은 항 제3호에 따른 환산취득가액(같은 조 제2항의 산식에 의해 계산한 가액)이 적용된다고 할 것이다.

4) 원고는 이 사건 토지의 나머지 3분의 2 지분에 관하여 이 사건 건물의 나머지 3분의 2 지분이나 이 사건 건물 및 토지의 3분의 1 지분과 산정기준을 달리 적용하는 것이 부당하다는 취지로 주장한다. 그러나 토지와 그 지상 건물을 별개의 독립된 부동산으로 취급하는 우리 법제에서 토지와 지상 건물을 일괄하여 취득하거나 양도하였더라도 토지와 건물에 대한 양도차익을 각기 계산하는 것이 원칙이고, 소득세법 제100조 제2항, 소득세법 시행령 제166조 제6항 등 이 사건 안분계산조항도 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도하는 경우에도 취득가액을 각각 구분하도록 정하고 있으며, 이 사건 토지 및 건물의 나머지 3분의 2 지분의 경우 일괄하여 취득하였다거나 그 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당하지도 아니하며, 같은 부동산이라도 지분별로 시기를 달리하여 취득하였다면 취득시기별로 구분하여 양도소득을 산정하여야 하는 것이다. 이 사건 토지의 나머지 3분의 2 지분에 관하여 지상 건물이나 토지의 3분의 1 지분과 다른 산정기준을 적용한 것은 앞서 본 법령에서 정한 기준에 따른 것으로서 정당하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

5) 또한 원고는 매매사례가액이 환산취득가액에 비하여 실지거래가액에 근접할 가능성이 있다는 등의 이유로 이 사건 토지의 나머지 3분의 2 지분에 대하여도 위 매매사례가액이 적용되어야 한다고 주장하나, 이는 소득세법 제97조 제1항 제1호 (나)목 및 그 위임에 따른 소득세법 시행령 제163조 제12항, 제176조의2 제3항 본문 제1호에 반하는 것으로서 받아들일 수 없다.

다. 소결론

따라서 이 사건 처분은 적법하다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.