사전-2026-법규재산-0671 (2026.06.30)

1. 사실관계

 ○2009.12.31. 경기도 남양주시 소재 A아파트 취득

 ○2018.03.17. 단기민간임대주택으로 등록 및 임대개시

 ○2020.06월 장기일반민간임대주택으로 변경등록 신청

 ○2020.07월 장기일반민간임대주택으로 변경등록 완료

 ○2026.03.19. 민간임대주택법에 따라 임대주택 자동말소

   *｢민간임대주택에 관한 특별법｣제6조제5항에 따라 말소된 것으로 전제

 ○2026.06.11. A아파트 양도

   *｢舊조세특례제한법｣제97조의3에 따른 장기일반민간임대주택 요건을 갖춘 것으로 전제

2. 질의요지

 ○舊조특법§97의3의 요건을 충족한 장기일반민간임대주택을 양도하는 경우로서,

  -‘임대기간 마지막 날의 기준시가에서 임대기간 개시일의 기준시가를 차감’한 금액(분자)이 ‘양도일의 기준시가에서 취득일의 기준시가를 차감’한 금액(분모)보다 큰 경우

  -舊조특법§97의3에 따른 공제율 적용대상이 되는 ‘임대기간 중에 발생한 양도차익’의 범위

3. 관련 법령

□ 소득세법 제95조 【양도소득금액과 장기보유 특별공제액】

 ①양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. <개정 2023.12.31>

 ②제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 ｢도시 및 주거환경정비법｣제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 ｢빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법｣제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

□조세특례제한법(2022.12.31. 법률 제19199호로 개정된 것) 제97조의3 【장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ①대통령령으로 정하는 거주자가 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제2조제2호에 따른 민간건설임대주택으로서 같은 조 제4호 또는 제5호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택을 2024년 12월 31일까지 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 경우로서 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]한 후 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 그 주택을 양도하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 양도소득에 대해서는 ｢소득세법｣제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 70의 공제율을 적용한다. <개정 2022.12.31>

  1.10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우

  2.대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우

□조세특례제한법(2022.12.31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것) 제97조의3 【장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ①대통령령으로 정하는 거주자가 2020년 12월 31일(｢민간임대주택에 관한 특별법｣제2조제2호에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2022년 12월 31일)까지 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제2조제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택을 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 경우로서 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이나 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]하여 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우 그 주택(이하 이 조에서 “장기일반민간임대주택등”이라 한다)을 양도하는 경우에 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 소득에 대해서는 ｢소득세법｣제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 50의 공제율을 적용한다. 다만, 장기일반민간임대주택등을 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 70의 공제율을 적용한다.

  1.8년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우

  2.대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우

 ④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2018.12.24>

□조세특례제한법 시행령(2026.2.27. 대통령령 제36127호로 개정된 것) 제97조의3 【장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ⑤｢소득세법｣제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 법 제97조의3제1항에 따라 100분의 70의 공제율을 적용하는 경우에는 임대기간 중에 발생한 양도차익에 한정하여 적용하며, 임대기간 중 양도차익은 기준시가를 기준으로 다음 계산식에 따라 산정한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하거나 제1항에 따른 임대기간의 마지막 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용하여 계산한다. <개정 2026.2.27.>

□조세특례제한법 시행령(2023.02.28. 대통령령 제33264호로 개정되기 전의 것) 제97조의3 【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ②법 제97조의3제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 10년 이상 계속하여 임대한 경우와 같은 항 제1호에 따른 8년 이상 계속하여 임대한 경우는 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제2조제4호의 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 “장기일반민간임대주택등”이라 한다)으로 각각 10년 또는 8년 이상 계속하여 등록하고, 그 등록한 기간 동안 통산하여 각각 10년 또는 8년 이상 임대한 경우로 한다. 이 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 등록 및 임대한 기간을 계산한다.

  1.｢도시 및 주거환경정비법｣에 따른 재개발사업ㆍ재건축사업, ｢빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법｣에 따른 소규모주택정비사업 또는 ｢주택법｣에 따른 리모델링으로 임대할 수 없는 경우: 해당 주택의 관리처분계획 인가일(소규모주택정비사업의 경우에는 사업시행계획 인가일, 리모델링의 경우에는 허가일 또는 사업계획승인일을 말한다) 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간 동안 계속하여 임대한 것으로 보되, 임대기간 계산 시에는 실제 임대기간만 포함한다.

 ④장기일반민간임대주택등의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조제5항제1호ㆍ제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 ｢소득세법｣제168조에 따른 사업자등록과 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제5조에 따른 임대사업자등록을 하고 장기일반민간임대주택등으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보며, ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제5조제3항에 따라 같은 법 제2조제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 같은 법 시행령 제34조제1항제3호에 따른 시점부터 임대를 개시한 것으로 본다. <개정 2015.2.3, 2015.12.28, 2016.2.5, 2018.7.16, 2019.2.12>

 ⑤｢소득세법｣제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 법 제97조의3제1항 본문에 따른 100분의 50의 공제율 또는 같은 항 단서에 따른 100분의 70의 공제율을 적용할 때에는 임대기간 중에 발생한 양도차익에 한정하여 적용하며, 임대기간 중 양도차익은 기준시가를 기준으로 산정한다. <신설 2021.2.17.>

□조세특례제한법 시행령 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

 ⑤법 제97조제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서 “주택임대기간”이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다. <개정 2000.1.10, 2001.12.31., 2008.2.29>

  1.주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것

  5.제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것

귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이, ｢조세특례제한법(2022.12.31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것)｣제97조의3제1항이 적용되는 장기일반민간임대주택을 양도하는 경우로서
｢조세특례제한법 시행령｣제97조의3제5항 계산식의 분자(B-C)가 분모(D-E) 보다 크거나 같은 경우 양도차익 전체를 ‘임대기간 중에 발생한 양도차익’으로 보아 같은 법 제97조의3제1항에 따른 공제율을 적용하는 것입니다.