서면-2026-부동산-1543 (2026.06.19)

1.사실관계

   *A, B아파트는 양도 당시 조정대상지역 내 소재 주택으로, 소득령§167의10①각 호에 해당하지 않는 주택임을 전제

2.질의내용

-(질의 1) ’09.3.16.~’12.12.31. 기간 중 지분으로 취득한 B주택이 재개발로 신축된 후 그 신축주택을 양도하는 경우 중과대상인지

-(질의 2) B아파트 준공 전 또는 준공 후에 A아파트를 양도하는 경우 1세대 2주택자로 보아 중과대상인지

3. 관련법령 및 해석사례

○소득세법 제104조【양도소득세의 세율】[2026.4.21. 법률 제21548호로 개정된 것)

 ⑦다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호및제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

  1.「주택법」제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

  2.조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 1주택과 조합원입주권 또는 분양권을 1개 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

○소득세법 제104조【양도소득세의 세율】 [2008.12.26. 법률 제9270호로 개정된 것]

 ① 거주자의 양도소득세는 당해년도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

  1.제94조제1항제1호․제2호 및 제4호에 따른 자산:제55조제1항에 따른 세율

  2.제94조제1항제1호 및 제2호에 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것:양도소득과세표준의 100분의 40

  2의2.제94조제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것:양도소득과세표준의 100분의 50

  2의3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다): 양도소득과세표준의 100분의 60

  2의4. 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 보유한 경우로서 주택 수와 조합원입주권 수의 합이 3 이상인 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를 제외한다):양도소득과세표준의 100분의 60

  2의5. 대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택:양도소득과세표준의 100분의 50

  2의6. 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를 제외한다):양도소득과세표준의 100분의 50

  2의7. 제104조의3의 규정에 의한 비사업용 토지:양도소득과세표준의 100분의 60

  2의8. 제94조제1항제4호 다목의 규정에 의한 자산 중 제104조의3의 규정에 의한 비사업용 토지의 보유현황을 감안하여 대통령령이 정하는 자산:양도소득과세표준의 100분의 60

  3. 미등기양도자산:양도소득과세표준의 100분의 70

 ④ 제1항의 규정에 의한 세율은 그 세율에 100분의 15를 가감한 범위안에서 대통령령으로 조정할 수 있다. 다만, 부동산 가격의 안정을 위하여 필요한 경우에는 그 적용대상을 다음 각호의 1에 해당하는 부동산에 한정할 수 있다.

  1. 제104조의2제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산

  2. 제104조의2제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산으로서 대통령령이 정하는 1세대 2주택 이상에 해당하는 주택

 ⑥제1항제2호의3부터 제2호의6까지의 규정에 해당하는 주택을 2010년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 같은 항 제2호의3부터 제2호의6까지에서 규정한 세율을 적용하지 아니하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다. <신설 2008.12.26>

  1. 제1항제2호의3 및 제2호의4에 해당하는 주택: 양도소득과세표준의 100분의 45(그 보유기간이 1년 미만인 주택은 제1항제2호의2에 따른 세율)

  2. 제1항제2호의5 및 제2호의6에 해당하는 주택: 제1항제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만인 주택은 제1항제2호 또는 제2호의2에 따른 세율)

부칙 <제9270호, 2010.12.27. 개정분>

제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례)

 ① 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조제1항제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다.

○소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】

 ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

  9. 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 인하여 취득한 토지의 취득시기는 환지 전의 토지의 취득일. 다만, 교부받은 토지의 면적이 환지처분에 의한 권리면적보다 증가 또는 감소된 경우에는 그 증가 또는 감소된 면적의 토지에 대한 취득시기 또는 양도시기는 환지처분의 공고가 있은 날의 다음날로 한다.

○소득세법 시행령 제167조의10 【양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위】[2026.5.22. 대통령령 제36343호로 개정된 것)

 ① 법 제104조제7항제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 2개(제1호 또는 제12호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

  1. 수도권 및 광역시ㆍ특별자치시(광역시에 소속된 군, 「지방자치법」제3조제3항ㆍ제4항에 따른 읍ㆍ면 및 「세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법」제6조제3항에 따른 읍ㆍ면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 않는 주택

  2. 제167조의3제1항제2호부터 제8호까지 및 제8호의2 중 어느 하나에 해당하는 주택

  3. 1세대의 구성원 중 일부가 재정경제부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 인하여 다른 시(특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제10조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)ㆍ군으로 주거를 이전하기 위하여 1주택(학교의 소재지, 직장의 소재지 또는 질병을 치료ㆍ요양하는 장소와 같은 시ㆍ군에 소재하는 주택으로서 취득 당시 법 제99조에 따른 기준시가의 합계액이 3억원을 초과하지 아니하는 것에 한정한다)을 취득함으로써 1세대 2주택이 된 경우의 해당 주택(취득 후 1년 이상 거주하고 해당 사유가 해소된 날부터 3년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다)

  4. 제155조제8항에 따른 수도권 밖에 소재하는 주택

  5. 삭제 <2023.2.28>

  6. 삭제 <2023.2.28>

  7. 주택의 소유권에 관한 소송이 진행 중이거나 해당 소송결과로 취득한 주택(소송으로 인한 확정판결일부터 3년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다)

  8. 삭제 <2023.2.28>

  9. 주택의 양도 당시 법 제99조에 따른 기준시가가 1억원 이하인 주택. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(종전의 「주택건설촉진법」에 따라 설립인가를 받은 재건축조합의 사업부지를 포함한다)으로 지정ㆍ고시된 지역 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 사업시행구역에 소재하는 주택(주거환경개선사업의 경우 해당 사업시행자에게 양도하는 주택은 제외한다)은 제외한다.

  10. 1세대가 제1호부터 제7호까지의 규정에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우 그 해당 주택

  11. 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택

  12. 제167조의3제1항제12호에 해당하는 주택

  12의2. 법 제95조제4항에 따른 보유기간이 2년(재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획등에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우의 보유기간은 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 기산한다) 이상인 주택으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택

   가. 2026년 5월 9일까지 양도하는 주택

   나. 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」제11조에 따른 허가(이하 이 호에서 "토지거래허가"라고 한다) 대상 주택부수토지에 정착된 주택으로서 다음의 요건을 모두 갖춘 주택

    1) 해당 주택을 양도하기 위해 2026년 5월 9일까지 그 주택부수토지의 거래에 대한 토지거래허가를 신청하였을 것

    2) 해당 주택을 양도하기 위해 1)에 따른 신청에 대한 토지거래허가를 받았을 것

    3) 해당 주택을 양도하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의해 확인될 것

    4) 3)에 따른 매매계약 체결일부터 4개월(다음 표에 따른 지역에 소재한 주택의 경우 6개월) 이내에 양도할 것. 다만, 2026년 5월 10일 이후에 매매계약을 체결한 경우에는 2026년 9월 9일까지(다음 표에 따른 지역에 소재한 주택의 경우 2026년 11월 9일까지) 양도해야 한다.

   다. 토지거래허가 대상이 아닌 주택부수토지에 정착된 주택으로서 다음의 요건을 모두 갖춘 주택

    1) 해당 주택을 양도하기 위해 2026년 5월 9일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의해 확인될 것

    2) 1)에 따른 매매계약 체결일부터 4개월[나목4)의 표에 따른 지역에 소재한 주택의 경우 6개월] 이내에 양도할 것

  13. 삭제 <2023.2.28>

  14. 삭제 <2023.2.28>

  15. 제155조 또는 「조세특례제한법」에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택

○ 기획재정부 재산세제과-1422, 2023.12.26.

   2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지의 기간 중 취득한 주택의 소재지가 추후「주택법」에 따른 조정대상지역으로 지정된 경우로서, 해당 주택을 양도하는 경우에는 법률 제9270호 부칙 제14조제1항에 따라 소득세법 제104조제1항제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용하는 것입니다. 동 해석은 회신일 이후 결정·경정하는 분부터 적용됩니다.

○ 부동산거래관리과-366, 2010.3.10.

   귀 질의의 경우 2009년 3월 16일부터 2010년 12월 31일까지 취득한 주택을 멸실하고 신축하여 양도하는 경우 해당 주택은 「소득세법 부칙(2008.12.26. 법률 제9270호)」제14조를 적용받을 수 있는 것입니다.

○ 재산세과-95, 2009.9.2.

   1. 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 재개발사업으로 취득한 재개발주택을 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세 판정시 보유기간은 멸실된 종전주택의 보유기간과 재개발 공사기간 및 완성된 재개발주택의 보유기간을 합산하는 것입니다.

   2. 다만, 재개발사업계획에 따라 추가로 청산금을 납부한 경우로서 새로 취득한 재개발주택의 부수토지가 종전주택의 부수토지보다 증가한 경우 그 증가된 부수토지는 당해 재개발주택의 사용검사필증 교부일(사용검사 전에 사실상 사용하거나 사용승인을 받은 경우에는 그 사실상 사용일 또는 사용승인일)부터 1세대1주택 비과세 요건의 보유기간을 계산하는 것입니다.

○ 서면인터넷방문상담4팀-683, 2005.5.3.

   「도시재개발법」에 의한 재개발조합의 조합원으로 참여한 자가 종전 건물(그 부수토지를 포함)을 재개발조합에 제공하고 재개발사업의 관리처분계획에 따라 재건축하는 건물을 받는 것은 환지처분으로 보는 것이며, 환지처분으로 인하여 취득한 건물의 취득시기는 환지전의 건물의 취득일로 하는 것입니다.

○ 서면인터넷방문상담5팀-855, 2008.4.22.

   「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 1세대 1주택 비과세 및 「소득세법」 제104조 제1항 제2의5 1세대2주택 중과세율의 규정을 적용함에 있어 1주택을 여러 사람이 공유하고 있는 때에는 공유자 각인이 1주택을 소유한 것으로 보는 것입니다.

1. 귀 질의1의 경우, 2회 이상에 걸쳐 지분으로 취득한 주택이 재개발사업 등으로 신축되고 그 신축한 주택을 양도하는 경우 ’09.3.16. ~ ’12.12.31. 기간 중 취득한 지분에 한하여 「소득세법 부칙(2008.12.26. 법률 제9270호)」제14조를 적용하는 것입니다.

2. 귀 질의2의 경우, 1세대 2주택자가 「주택법」제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역에 있는 주택을 양도하는 경우 「소득세법」제104조 제7항에 따라 중과세율을 적용하는 것입니다. 다만, 그 양도하는 주택이 「소득세법 시행령」제167조의10 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 중과세율을 적용하지 않는 것입니다.