서면-2026-원천-0883 (2026.06.23)

1. 사실관계

○ 당사에 근무하던 A근로자는 ’25년에 휴직 후 비거주자가 되었음

 - ’24년 근로자A의 연말정산 결과 이월기부금 20만원이 발생되었고, 그 당시 근로자A는 거주자였음

 - ’25년 근로자A에 400만원 가량 국내근로소득(’24년도 성과급)이 발생함

 - 당사는 ’25년 국내근로소득 400만원에 대해 간소화자료 등의 반영 없이 연말정산하면서, ’24년 이월기부금에 대하여 기부금조정명세서를 작성 및 제출하여 ’26년으로 이월시키고자 함

2. 질의내용

[질문1] 근로자A가 비거주자가 되어 연말정산 시 기부금세액공제를 배제시키는 것이라면, 당해 기부금만 배제되는 것인지 이월기부금까지 배제되는 것인지

[질문2] [질문1]에서 이월기부금까지 배제되는 게 맞다면, 근로자A가 거주자로 ’24년 귀속분 연말정산 결과 발생한 이월기부금은, 비거주자로서 ’25년 귀속분 연말정산 시 소멸 대상인지 이월 대상인지 여부

3. 관련법령

○소득세법 제122조【비거주자 종합과세 시 과세표준과 세액의 계산】

① 제121조제2항 또는 제5항에서 규정하는 비거주자의 소득에 대한 소득세의 과세표준과 세액의 계산에 관하여는 이 법 중 거주자에 대한 소득세의 과세표준과 세액의 계산에 관한 규정을 준용한다. 다만, 제51조제3항에 따른 인적공제 중 비거주자 본인 외의 자에 대한 공제와 제52조에 따른 특별소득공제, 제59조의2에 따른 자녀세액공제 및 제59조의4에 따른 특별세액공제는 하지 아니한다.

② 제1항을 적용할 때 필요경비의 계산, 이자소득 또는 배당소득의 계산 등 종합과세 시 과세표준과 세액의 계산 방법에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○소득세법 제59조의4【특별세액공제】

④ 거주자(사업소득만 있는 자는 제외하되, 제73조제1항제4호에 따른 자 등 대통령령으로 정하는 자는 포함한다)가 해당 과세기간에 지급한 기부금[제50조제1항제2호 및 제3호에 해당하는 사람(나이의 제한을 받지 아니하며, 다른 거주자의 기본공제를 적용받은 사람은 제외한다)이 지급한 기부금을 포함한다]이 있는 경우 다음 각 호의 기부금을 합한 금액에서 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입한 기부금을 뺀 금액의 100분의 15(해당 금액이 1천만원을 초과하는 경우 그 초과분에 대해서는 100분의 30)에 해당하는 금액(이하 제61조제2항에서 "기부금 세액공제액"이라 한다)을 해당 과세기간의 합산과세되는 종합소득산출세액(필요경비에 산입한 기부금이 있는 경우 사업소득에 대한 산출세액은 제외한다)에서 공제한다. 이 경우 제1호의 기부금과 제2호의 기부금이 함께 있으면 제1호의 기부금을 먼저 공제하되, 2013년 12월 31일 이전에 지급한 기부금을 2014년 1월 1일 이후에 개시하는 과세기간에 이월하여 소득공제하는 경우에는 해당 과세기간에 지급한 기부금보다 먼저 공제한다.

  1. 제34조제2항제1호의 특례기부금

  2. 제34조제3항제1호의 일반기부금. 이 경우 한도액은 다음 각 목의 구분에 따른다.

  가. 종교단체에 기부한 금액이 있는 경우 한도액 = [종합소득금액(제62조에 따른 원천징수세율을 적용받는 이자소득 및 배당소득은 제외한다)에서 제1호에 따른 기부금을 뺀 금액을 말하며, 이하 이 항에서 "소득금액"이라 한다] × 100분의 10 + [소득금액의 100분의 20과 종교단체 외에 기부한 금액 중 적은 금액]

  나. 가목 외의 경우 한도액 = 소득금액의 100분의 30

○소득세법 제61조【세액감면액 및 세액공제액의 산출세액 초과 시의 적용방법 등】

① 제59조의4제1항부터 제3항까지 및 「조세특례제한법」 제95조의2의 규정에 따른 세액공제액의 합계액이 그 거주자의 해당 과세기간의 대통령령으로 정하는 근로소득에 대한 종합소득산출세액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 없는 것으로 한다.

② 제59조의2에 따른 자녀세액공제액, 제59조의3에 따른 연금계좌세액공제액, 제59조의4에 따른 특별세액공제액, 「조세특례제한법」 제58조, 같은 법 제76조 및 같은 법 제88조의4제13항에 따른 세액공제액의 합계액이 그 거주자의 해당 과세기간의 합산과세되는 종합소득산출세액(제62조에 따라 원천징수세율을 적용받는 이자소득 및 배당소득에 대한 대통령령으로 정하는 산출세액은 제외하며, 이하 이 조에서 "공제기준산출세액"이라 한다)을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 없는 것으로 한다. 다만, 그 초과한 금액에 기부금 세액공제액이 포함되어 있는 경우 해당 기부금과 제59조의4제4항제2호에 따라 한도액을 초과하여 공제받지 못한 기부금은 해당 과세기간의 다음 과세기간의 개시일부터 10년 이내에 끝나는 각 과세기간에 이월하여 제59조의4제4항에 따른 율을 적용한 기부금 세액공제액을 계산하여 그 금액을 공제기준산출세액에서 공제한다.

 4. 관련예규·판례

○ 해당없음

근로자A가 거주자로 기부금 세액공제액이 산출세액을 초과하여 이월된 기부금은 해당 과세기간의 다음 과세기간의 개시일부터 10년 이내 끝나는 각 과세기간에 이월하여 제59조의4 제4항에 따른 율을 적용한 기부금 세액공제액을 계산하여 그 금액을 공제기준 산출세액에서 공제할 수 있습니다.