조심2009중2718 (2010.06.08)

OOO세무

서장이 2009.2.20. 청구법인에게 한 2008년 제2기 부가가치세

10,439,990원의 부과처분은 2008.9.25. 주식회사 OOOOOO에게 선급금 94,909,000원을 지급하고 교부받은 매입세금계산서의 매입세액 9,490,900원 중 시설물 관련 매입세액 7,233,340원을 매출세액에서 공제하여 이를 경정한다.

1. 처분개요

가.

청구법인은 LNG복합화력발전사업을 추진할 목적으로 2008.7.24.

설립하여 건설/산업설비공사업을 영위하는 법인으로서 2008.9.5. OOOOOOOOOO 건설사업을 위한

제영향평가용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)”을 제공받기 위하여 주식회사 OOOOOO(OO OOOOOOO”라 한다) 및 OOOOOOOOOO와 공급대가 8억 7,000만원의 계약을 체결한 후

, 2008.9.25. 당해 계약금액 중 선급금 94,909,000원을 지급하고 교부받은 매입세금계산서(1매, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 OOOOOO로부터 교부받아 부가가치세 예정신고시 쟁점세금계산서의 매입세액 9,490,900원을 공제하였다.

나. 처분청은 2009년 2월 청구법인에 대하여 2008년 제2기 부가가치세 예정환급 현지확인조사를 실시한 결과, 위 쟁점세금계산서의 매입세액 9,490,900원을 전액을 토지관련 매입세액으로 보아 불공제하여 2009.2.20. 청구법인

에게 2008년 제2기 부가가가치세 10,439,990원을 결정·고지하였다.

다.

청구법인은 이에 불복하여 2009.7.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 지식경제부 공고 제2008-377호(2008.12.29.)에 따라 제45차 전력수급기본계획에 참여한 사업자로서 사업준비와 발전소 건립추진을 위하여 관련부지 매입 전에 실시하는 쟁점용역인 사전환경검토, 사전재해영향성검토, 문화재지표조사, 선하지 선정·측량·자재운반계획, 환경영향평가, 교통영향분석·개선대책 등의 제영향평가용역계약을 일괄체결하고, OOOOOO에 쟁점용역비 중 일부 금액을 선지급하고 쟁점세금계산서를 교부받은 것으로 실질적으로 세부적인 계약내용이 별도로 있다.

다만, 동일한 회사와 동일한 계약을 각 용역에 대하여 작성한다면 불필요한 시간과 자원이 낭비되므로 용역의 내용과 금액은 세부적

으로 보충하기로 하고 쟁점용역 전액을 일괄하여 계약한 것이다.

또한,

청구법인의 사업은 지식경제부의 제4차 전력수급기본계획에 따라

진행되어 왔으며,「부가가치세법」의 과세사업관련 매입세액 공제의

취지를 고려한다면 관련사업 인·허가 여부는 매입세액공제 여부의 판단기준이 아니라, 오히려 쟁점용역은 지식경제부의 실시계획의 승인신청에 법적 요구사항인 발전소 건립을 위한 실질적인 설계에 필요한 서류를 작성하기 위하여 투입되는 비용이며,

「환경영향평가법」제19조

를 보면, 환경영향평가는 해당 토지가 지정되어 있는 상태에서 해당 지역에 들어설 시설물이 건설될 경우 주위 자연환경에 미칠 영향을 평가하고 저감방안을 마련하여 시설물의 설계에 영향을 미치는 용역으로, 토지 매입 전일지라도 이 용역의 결과가 토지매입 여부에 영향을 미치는 것이 아니라 관련 설계에 반영되는 것이다.

만일, 토지취득 여부가 매입세액 공제여부의 판단기준이라면 청구법인이 토지를 매입한 2009.6.17. 이후의 용역비용은 모두 매입세액을 공제하여야 하는 것과 같은 논리이므로 토지취득 여부가 아닌 용역의 실제 내용과 목적을 가지고 매입세액 공제가능여부를 판단하여야 할 것인 바, 쟁점세금계산서의 매입세액인

9,490,900원 중 시설물 관련 매입세액인 7,233,340원(이하 “쟁점세액”이라 한다)을 공제하여야 한다.

(2) 설령, 쟁점세액을 공제할 수 없다고 하더라도 쟁점세액 중 시설물 관련 환경영향평가 매입세액 6,006,520원이라도 공제하여야 하는데도 쟁점세금계산서의 매입세액 전부를 토지관련 매입세액으로 보아 불공제한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점용역은 사업허가 및 토지구입 전에 시행한 사전영향평가로 당해 평가결과가 부적합한 것으로 판정될 경우 토지구입 자체를 포기하여야 하는 것으로 쟁점세금계산서의 매입세액 9,490,900원은 토지 구입 후의 영향평가용역과는 다르게 판단하여 토지관련 매입세액으로 보아야 한다.

따라서, 쟁점세금계산서의 부가가치세 매입세액은 화력

발전소 건설사업을 위한 제영향평가 용역비와 관련되는 것이므로「부가가치세법」

제17조 제2항 제2호에 의한 토지관련(토지 취득전 사전

평가용역) 매입세액이므로 불공제하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점세액이 매출세액에서 공제 가능한 매입세액인지 여부(주위적 청구)

(2) 쟁점세액 중 시설물 관련 환경영향평가 매입세액인 6,006,520원이 매출세액에서 공제 가능한 매입세액인지 여부(예비적 청구)

나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2007.12.31. 법률 제8826호로 개정된 것)

제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된

경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

(2) 부가가치세법 시행령

제60조【매입세액의 범위】⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경，공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3.

토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

다. 사실관계 및 판단

(1) 국세통합전산망 조회자료 및 지식경제부 공고문을 보면, 청구법인은 OOO OOO OO OOOO 3층 소재에서 2008.7.24. OOOOOOOOO라는 상호로 건설/산업설비공사업을 영위하고, 지식경제부 공고 제2008-377호(2008.12.29.)에 따라 정부의 전력수급 정책적 기능 강화 수급자원의 효율성 및 경제성 제고 등을 위하여 제4차 전력수급기본계획에 참여하는 사업자임이 확인된다.

(2) 청구법인은 2008.9.5. OOOOOO O OOOOOOO OOOOOOOOO 건설사업을 위한 쟁점용역을 체결하였는 바, 쟁점용역 내용을 보면 아래와 같다

ㅇ 용역명 : OOOOOOOOO 건설사업을 위한 제영향평가용역

ㅇ 공사기간 : 2008.9.5.～2010.2.28.

ㅇ 총계약금액 : 790,909,091원(공급가액)

ㅇ 과업내용

- 사전환경성 검토, 사전재해영향성 검토, 문화재 지표조사, 선하지 선정·측량, 선하지 자재운반계획, 환경영향평가, 교통영향분석·개선대책

ㅇ 용역비 지불조건

- 선급금 : 158,181,818원(계약 후 15일 이내)

-

1차 기성금 : 237,272,727원(환경영향평가서초안 제출후 30일 이내)

-

2차 기성금 : 158,181,818원(환경영향평가서본안 제출후 30일 이내)

-

3

차 기성금 : 158,181,818원(제영향평가보고서최종 제출후 30일 이내)

-

준공금 : 79,090,909원(제

영향평가서 완료 공문 접수 후 15일 이내)

(3) 쟁점(1)에 대하여 본다.

(가)

OOOOOO(OOOOO) OOOOOO OOO이 2009.3.17.

작성한

“쟁점용역에 대한 용역비 구분 의견서” 내용을 보면, 아래 <표>와 같고 아래

①, ②, ③, ④의 경우 토지관련 용역비인 사실에 대해서는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(OO O O)

또한, 당해 의견서를 보면, “⑤선하지 자재운반계획은 OOOOOO의 “가공송전용 철탑설계기준 등”에 의하여 철탑과 송전선 설치와 직접 관련된 용역이고, ⑥환경영향평가는 사전환경성 검토를 협의한 후 도시관리계획을 결정한 개발사업에 대해 화력발전소건설에 따른 공사시 및 발전소 운영시 환경영향을 예측하여 저감방안을 마련하는 용역이며, ⑦교통영향분석·개선대책은

「도시교통정비촉진법」제15조

에 의하여 발전소 건설 후 교통에 미치는 영향을 조사하고 대책을 마련하는 용역이다”라고 기재되어 있다.

(나) 한국전력공사의 “선하지공중부문사용에 따른 손실보상평가지침(2003.2.14.)”을 보면, 선하지는 발전소 운영을 통하여 생산된 전기를 전송하기 위하여 세우는 송전선로의 양측 최외선의 건축물을 제외한 토지라고 규정하고 있고, OOOOOO의 “가공송전용 철탑설계기준 등”을 보면, 선하지에 철탑과 송전선설치 등을 위한 관련 자재를 야적하거나 보관한다고 기재되어 있다.

(다)

「환경영향평가법」제19조

에 의하면, 환경영향평가에 따른 저감방안 등을 사업계획에 반영하여 반영내용 등을 환경부장관에게 통보한다고 규정하고 있고,

같은법 시행규칙 제9조

에 의하면,

같은법 제19조

에 따른 협의내용이 반영 여부 및 그 반영내용의 통보는 별지 제5호 서식에 따른다고 규정하고 있으며, 별지 제5호 서식은 협의항목별로 설계보고서, 설계도면, 예산서 등의 반영서류명과 협의내용이 반영된 해당 서류의 페이지를 적고, 설계보고서 등에 반영하지 못하였거나 반영할 사항이 아닌 내용인 경우에는 반영여부를 확인할 수 있는 서류명을 기재하는 것으로 명시되어 있다.

(라)

「전원개발사업법」제5조

에 의하면, 전원개발사업자는 전원개발사업 실시계획을 수립하여 동 실시계획에 전원개발사업구역의 위치 및 면적 등을 포함하여 지식경제부장관의 승인을 받아야 한다고 규정하고 있고,

같은법 시행령 제12조

에 의하면, 전원개발사업 실시계획의 승인을 받으려는 경우 필요한 부지조성을 시작하기 10개월 전까지 지식경제부장관에게 그 실시계획을 제출하여야 한다고 규정하고 있으며,

같은법 시행규칙 제2조

에 의하면, 전원개발개발 실시계획 승인신청서에 위치도, 도시계획시설인 전기공급설비의 결정조서, 시설물 배치도 등의 서류를 첨부하여야 한다고 규정하고 있다.

(마) 환경·교통·재해

등에 관한 영향평가법 제2조

제1호 나목에 의하면, 교통영향평가는 사업의 시행으로 인하여 발생할 교통장해 등 교통상의 각종 문제점 또는 그 효과를 예측·분석하고 이에 대한 대책을 강구하는 평가라고 규정하고 있다.

(바) 쟁점용역계약서에 첨부된 “제영향평가 과업지시서”를 보면, 대기환경분야로서 냉각탑배출증기에 의한 기상영향 및 가스터빈에 사용되는 LNG의 연소시 발생되는 질소산물 등의 증가에 따른 영향 검토, 수환경분야로서 발전소 운영시 급수량·오수발생량·공업용수 및 폐수발생량 등에 따른 하천수질 영향 검토, 토지환경분야로서 발전소 건설로 인한 지형의 변화·지반안전성 영향 검토, 생활환경분야로서 발전소 건설 및 운영에 따른 자연환경자산에 미치는 영향 및 생활폐기물·건설장비 등 폐기물 예측 검토, 교통영향분석·개선대책분야로서 발전소 주변의 교통영향·장래 교통수요 예측·교통개선대책 검토 등이 구체적으로 기재되어 있다.

(사) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 보건대, 토지의 취득, 조성 등을 위한 자본적 지출과 관련한 매입세액인지 또는 건물신축과 관련한 매입세액인지 여부는 당해 용역의 목적, 내용 등을 종합하여 사실판단하여야 할 것인 바,

1) 청구법인은 발전소 건설을 위하여 토지 매입 전에 실시하는 사전환경성 검토, 사전재해영향성

검토, 문화재 지표조사, 선하지 선정·측량 및 토지 매입 이후 실시계획

승인신청을 위한 법적 요구사항인 환경영향평가, 선하지 자재운반계획

, 교통영향분석·개선대책 등의 발전소 건설과 관련한 제영향평가용역계약을 예산 및 추진일정상 일괄체결한 것으로 보인다.

2) 쟁점용역은 일괄계약이 이루어졌을 뿐 토지 구입 여부에 영향을 미칠 수 있는 사전용역부분(사전환경성 검토, 사전재해영향성 검토, 문화재 지표조사, 선하지 선정·측량)과 발전소 설계와 관련된 부분(환경영향평가, 선하지 자재운반계획, 교통영향분석·개선대책)이 구분되어 있다.

3) 청구법인의 발전소 건설사업은 지식경제부의 전력수급기본계획에 반영되어 진행되고 있었고「부가가치세법」의 과세사업과 관련한 매입세액 공제의 취지를 고려하면, 발전소 건설과 관련한 인·허가 여부는 매입세액 공제여부의 판단기준이 아니라 지식경제부의 전원개발사업 실시계획의 승인신청에 포함된 실질적인 발전소 설계에 필요한 서류를 작성하기 위하여 쟁점용역을 제공받은 것으로 보인다.

4)「환경영향평가법」에 환경영향평가에 따른 저감방안을 사업계획에 반영하여 반영내용 등을 환경부장관에게 통보하도록 규정하고 있는 바, 환경영향평가는 해당 토지가 지정되어 있는 상태에서 해당 지역에 들어설 시설물이 건설될 경우 환경영향 저감방안을 마련하여 시설물의 설계에 영향을 미치는 용역이므로 용역의 결과가 토지 매입 여부에 영향을 미치는 것으로 보이지 아니한다.

5)

「부가가치세법」제17조

제2항 제4호 및

같은법 시행령 제60조

제6항 제1호ㆍ제3호에 의하면, 토지의 형질변경 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액, 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득 원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액은 토지관련 매입세액으로 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있는 바, 쟁점용역 중 환경영향평가, 선하지 자재운반계획, 교통영향분석·개선대책 용역은 발전소 건설과 관련한 시설물 설계용역이므로 토지의 가치를 현실적으로 증가시킨 것으로 보기는 어렵다.

따라서, 위 1)～5)와 같은

이유로 쟁점용역 중 환경영향평가, 선하지 자재운반계획, 교통영향분석

·개선대책 용역은 시설물 관련 용역에 해당된다 할 수 있다.

그렇다면, 처분청이 토지관련 매입세액으로 보아 불공제한 쟁점세금계산서의 매입세액 중 쟁점세액〔9,490,900원(쟁점세금계산서 매입세액) × 602,778,790원(시설물 관련 용역비) ÷ 790,909,091원(쟁점용역비)〕은 토지관련 매입세액으로 볼 수 없다 할 것이므로 이 건 과세처분의 매출세액에서 공제하는 것이 타당하다고 판단된다.

(4) 쟁점(2)에 대하여는 쟁점(1)이 인용결정되었으므로 심리를 생략하기로 한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로「국세기본법」

제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.