조심2012전3967 (2013.02.26)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. OOO종중(이하 “청구인”이라 한다)은 OOO 산 27 임야 46,520㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1995.6.28. 「부동산소유권 이전등기 등에 관한 특별조치법」(제4502호, 이하 “특별조치법”이라 한다)에 따라 1972.7.21. 매매를 원인으로 등기부상 소유자인 김OOO로부터 소유권 이전등기를 하였으며, OOO일반산업단지개발사업으로

2006.12.29. 개발사업시행자인 ㈜OOO에 양도하면서 보상금 OOO원을 받았다.

나. 청구인은 쟁점토지의 양도와 관련하여 양도가액은 실지거래가액인 보상가액 OOO원으로 하고, 취득가액은 등기접수일인 1995.6.28.을 취득시기로 하여 환산계산한 OOO원으로 하여 2007년 2월에 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고·납부하였다.

다. 처분청은 청구인이 특별조치법에 의하여 쟁점토지를 취득한 것으로서

「소득세법 시행령」제162조

제7항에 의하여 취득일을 등기접수일인 1995.6.28.이 아닌 의제취득일 1985.1.1.로 보아 2012.5.7. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2012.5.31. 이의신청을 거쳐 2012.8.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청은 전 소유자 김OOO의 소유권 보존등기일과 청구인의 매매원인일이 동일하다는 이유로 쟁점토지를 상속 또는 증여로 추정하여 취득시기를 의제취득일(1985.1.1.)로 보았으나, 이는 실질과세원칙과 근거과세원칙을 위배한 명백한 오류이다.

특별조치법에 의한 등기에서 등기원인일을 기재하는 것은 등기부정리를 용이하게 하기 위한 것일 뿐 취득시기를 확정하는 것으로 볼 수 없는 바, 잔금청산일 등을 확인하여 취득시기로 봄이 타당하나, 확인되지 않을 경우

「소득세법」제98조

및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제1호에 따라 등기접수일을 취득시기로 보는 것이 타당하다.

(2) 쟁점토지는 OOO일반산업단지 사업시행자인 대한토지신탁(주)의 공공용지협의매수에 관한 건으로 ㈜OOO이 택지조성을 하여 사업시행자가 분양계획 중이며,

「조세특례제한법」 제85조

에서 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의하여 사업시행자에게 양도하는 경우에는 양도가액 및 취득가액을 기준시가로 할 수 있도록 규정하고 있는바, 청구인이 사정을 알지 못하여 실거래가액으로 신고하였다 하더라도 시간적으로 충분하고 사정을 알 수 있는 처분청이 기준시가로 결정하지 아니하고 실지거래가액으로 결정함은 청구인

에게 막대한 손해를 끼친 것으로 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점토지는 당초 종중소유 부동산을 종중원에게 명의신탁하였다가 특별조치법에 따라

청구인 명의로 소유권이 환원되었음이 확인되므로

그 취득시기를 등기접수일인 1995.6.28.이 아닌 의제취득일인 1985.1.1.로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

(2) 청구인은

「조세특례제한법」제85조

(지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례)에 따라 쟁점토지의 양도에 대하여 기준시가 결정이 타당하다고 주장하나, 동 규정의 단서조항에서 실지거래가액으로 신고한 경우에는 적용을 배제하는 것으로 되어 있어 기준시가를 적용하여 결정할 수 없고, 또한 청구인은 이에 대하여 경정청구기간 내에 경정청구를 하지 않았으므로 당초 실지거래가액으로 결정함이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점토지의 취득일을 등기접수일(1995.6.28)이 아닌 의제취득일(1985.1.1.)로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

② 청구인이 실지거래가액으로 신고한 것을 기준시가에 의하여 결정할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 쟁점① 관련

(가)

소득세법 제94조

【양도소득의 범위】① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(「지적법」에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

부칙(1994.12.22. 법률 제4803호로 개정된 것) 제8조【양도자산의 취득시기에 관한 의제】제94조 제1호에 규정하는 자산으로서 1984년 12월 31일 이전에 취득한 것은 1985년 1월 1일에 취득한 것으로 보며, 동조 제2호 내지 제5호에 규정하는 자산의 경우로서 대통령령이 정하는 자산에 대하여는 대통령령이 정하는 날에 취득한 것으로 본다.

(나)

소득세법 시행령 제162조

【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

⑦ 법률 제4803호「소득세법개정법률」부칙 제8조에서 "대통령령이 정하는 날"이라 함은 다음 각 호의 날을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산의 경우에는 1985년 1

월 1일

(다) 부동산소유권 이전등기

등에 관한 특별조치법 제1조

【목적】이 법은 부동산등기법에 의하여 등기하여야 할 부동산으로서 이 법 시행당시 소유권보존등기가 되어 있지 아니하거나 등기부기재가 실제 권리관계와 일치하지 아니하는 부동산을 용이한 절차에 의하여 등기할 수 있게 함을 목적으로 한다.

제3조【적용범위】이 법은 제2조에 규정된 부동산으로서 1985년 12월 31일 이전에 매매·증여·교환 등 법률행위로 인하여 사실상 양도된 부동산, 상속받은 부동산과 소유권보존등기가 되어 있지 아니한 부동산에 대하여 이를 적용한다

(2) 쟁점② 관련

(가)

국세기본법 제22조의2

【경정 등의 효력】① 세법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정(更正)은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

② 세법에 따라 당초 확정된 세액을 감소시키는 경정은 그 경정으로 감소되는 세액 외의 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

(나)

조세특례제한법

(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것)

제85조【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】거주자가

「소득세법」 제104조의2

제1항의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이

「소득세법」제104조의2

제1항의 규정에 의한 지정지역 지정후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다)전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)

하는 경우에는

「소득세법」 제104조의2

제1항 및

동법 제97조

제1항 제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만,

「소득세법」 제96조

제2항제6호 및

동법 제97조

제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도가액

및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

(다)

소득세법 제104조의2

【지정지역의 운영】① 재정경제부장관은 당해 지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있는 경우에 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정지역으로 지정할 수 있다.

② 제96조제2항제7호 및 제104조제4항제1호와 제2호에서 "지정지역 안의 부동산"이라 함은 제1항의 규정에 의한 지정지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산을 말한다.

③ 제1항의 규정에 의한 지정지역의 지정과 해제 그 밖의 필요한 사

항을 심의하기 위하여 재정경제부에 부동산가격안정심의위원회를 둔다

.

④ 제1항의 규정에 의한 지정지역의 해제 기준 및 방법, 부동산가격안정심의위원회의 구성 및 운용 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제96조【양도가액】① 제94조제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.

② 제94조제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다.

6. 양도자가 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 국세청 홈페이지 “투기지역 지정·해제 현황”게시 내용을 보면, 쟁점토지는 2003.5.29. 투기지역으로 지정되었다가 2008.11.7. 투기지역에서 해제되었음이 나타난다.

(2) 처분청의 국세통합시스템 전산자료에 의하면, 청구인은 2006.12.29.

쟁점토지를 ㈜OOO에 양도한 후, 2007년 2월 쟁점토지의 양도가액을 실지거래가액인 OOO원으로 하고, 취득일을 등기접수일인 1995.6.28.로 하여 환산계산한 OOO원을 취득가액으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였으며 OOO원을 자진납부한 것으로 되어 있다.

(3) 쟁점토지의 신·구등기부 등본에 쟁점토지의 전소유자 김OOO의 소유권 보존등기일은 1972.7.21.로서 청구인의 소유권이전 등기원인일과 같은 날로 나타나고, 청구인이 쟁점토지의 취득과 관련하여 1994.12.27. OOO시청에 접수한 확인서발급신청서를 보면, “본인은 위의 부동산을 1972.7.21. 매매하여 현재 사실상 소유하고 있음을 확인하여 주시기 바랍니다.”라고 기재되어 있으며, 신청인이 OOO종중 대표 김OOO로 되어 있다.

(4) 또한, 확인서발급신청서의 보증서에는 “위의 부동산은 1972.7.21.부터 김OOO로부터 OOO종중에서 매매하여 현재 사실상 소유하고 있음을 연대하여 보증합니다”라는 내용으로 기재되어 있고, OOO 박OOO 등 3인이 보증인으로 나타난다.

(5) 청구인은

「조세특례제한법」제85조

의 단서규정의 내용은 실지거래가액으로 신고하는 모든 경우에 양도 및 취득가액을 기준시가로 경정할 수 없다는 취지는 아니고 실지거래가액으로 산정한 양도차익이 기준시가로 산정한 가액보다 적을 경우에는 기준시가에 의한 양도차익의 산정으로 말미암아 불이익을 받지 아니하도록 하는 취지로 보아야 할 것이고, 감사원 심사결정례(감심 2011-6, 2011.1.13.)에서도 실지거래가액으로 신고한 것을 기준시가로 결정하도록 되어 있음에도, 처분청이 쟁점토지의 양도차익을 실지거래가액에 의하여 결정함으로써 청구인은 아래 <표 1>과 같이 많은 불이익을 보았다고 주장한다.

OOOOO OOOOO OOOOO OOOOOOO OOOOO OO OO

(OO:O)

(6) 쟁점토지와 관련하여 OOO지방산업단지조성에 따른 지구 지정 및 개발계획은 2006.11.21. 최초공고〔시행자 OOO종합건설 (주)〕되었고, 2007.8.21. 수정공고〔개발시행자 ㈜OOO〕되었으며, 2008.5.28. OOO지방산업단지 지구지정 및 개발사업 시행자 지정(2008-3, OOO도지사)이 있었던 것으로 나타난다.

(7) 청구인은 ㈜OOO이 사업인수한 ㈜OOO산업개발이 OOO시장과 체결한 협약서(2005.8.30.), OOO시장과 ㈜OOO산업개발간의 사업계획검토 문서〔OOO지방산업단지 지정 및 개발계획 검토요청서(OOO06-01-01, 2006.1.2.), OOO산업단지 지정 및 개발계획 사전검토결과 회신(2006.3.2.)〕등을 제시하며, ㈜OOO이 쟁점토지 양도당시 사실상 사업시행자로서의 역할

을 수행하였다고 주장한다.

(8) 쟁점①에 대하여 보면, 청구인은 쟁점토지의 취득과 관련한 계약서나 대금지급증빙을 제시하지 못하고 있으며, 청구인이 OOO시장에게 쟁점토지를 1972.7.21.부터

매입하여 사실상 소유하고 있음을 확인해 줄 것을 요구한 확인서

발급신청서(접수번호 7574, 1994.12.27.)를 접수하여 이러한 사실을 확인받아 특별조치법에 따라 청구인 명의로 소유권을 환원한 것으로서, 청구인이 쟁점토지를 1984.

12.31. 이전에 취득하였으므로 「소득세법」부칙(1994.12.22. 법률 제4803호로 개정된 것) 제8조에 따라 1985.1.1.을 취득시기로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(

조심2012전3391

, 2012.11.13. 같은 뜻임)

.

(9) 쟁점②에 대하여 보면,

「국세기본법」제22조의2

제1항은 “세법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정(更正)은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다”라고 규정하여, 경정의 효력이 미치는 범위를 세액을 기준으로 하여 증액경정이 있는 경우에도 당초에 확정된 세액에 그 경정의 효력이 미치지 못하도록 국한하고 있으므로, 불복청구를 함에 있어서도 당초의 확정된 세액을 초과하는 범위의 세액만이 다툼의 대상이 된다고 보는 것이 세액을 기준으로 경정의 효력을 정한 위 규정에 비추어 볼 때 타당하다 할 것이고, 그러하다면 불복청구의 이유로서는 당초 확정행위의 하자를 포함한 모든 과세요건사실의 하자를 그 대상으로 하지만 청구세액을 당초의 확정된 세액을 초과하는 부분만이 불복청구의 대상이 되어야 할 것인바

(조심 2011서3466, 2011.12.22. 같은 뜻임),

당초 확정된 세액을 초과하는

OO,OOO,OOO원의 범위내에서

「조세특례제한법」제85조

의 규정에 따라 쟁점토지의 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있는지에 대하여 보면,

청구인이 쟁점토지를 양도할 당시(2006.12.29.)에는 OOO지방산업단지 지구 및 개발계획 최초공고(2006.11.21.)만 있었고, 쟁점토지를 양도한 후인 2008.5.28. 비로소 산업단지 지구지정 및 개발사업 시행자 지정(2008-3, OOO도지사)이 된 점, 구 OOO지방산업단지 지구 및 개발계획 최초공고 당시 시행자가 OOO종합건설(주)[2006.11.30. ㈜OOO으로 법인명 변경]이었고, ㈜OOO이 사업인수한 ㈜OOO산업개발이 OOO시장과 사업계획검토를 한 사실만으로 쟁점토지 양도당시 ㈜OOO이 사실상 사업시행자로서의 역할을 수행하였다고 보기는 어려운 점 등을 감안할 때,

「조세특례제한법」제85조

의 양도소득세 과세특례를 적용하기는 어려운 것으로 판단된다(

조심2011서1167

, 2012.11.20. 참조).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.