조심 2025부1996 (2026.05.20)

A세무서장이 2025.1.13. a에게 한 2020년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분 및 같은 날 B 주식회사에 한 2020사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 b이 보유한 주식회사 C 발행주식 OOO주를 명의신탁 주식이 아닌 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. B 주식회사(이하 “청구법인”이라 한다)는 1999.5.1. 설립된 비상장법인이고, a(이하 “청구인”이라 하고, 청구법인과 합하여 “청구인들”이라 한다)은 청구법인의 최대주주이자 대표이사이다.

나. 청구법인은 주식회사 C(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 주식을 2020.9.7. c로부터 OOO주(이하 “쟁점①주식”이라 하고, 관련 거래를 “쟁점①거래”라 한다)를, 같은 날 b로부터 OOO주(이하 “쟁점②주식”이라 하고, 관련 거래를 “쟁점②거래”라 한다)를 1주당 OOO원에 각 양수하였다.

다. 부산지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.8.7.부터 2024.11.26.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 쟁점①·②주식은 청구인이 이를 c 및 b에게 명의신탁하였다가 청구법인에게 양도한 것으로, 시가(1주당 OOO원)보다 낮은 가액으로 양도되었다는 내용의 과세자료를 통보하였고, 그에 따라 처분청은 2025.1.13. 청구인에게 「소득세법」 제101조 제1항 등에 따라 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을, 같은 날 청구법인에게 「법인세법」 제15조 제2항 제1호 등에 따라 2020사업연도 법인세 OOO원을 각 결정(경정)·고지하였다.

라. 청구인들은 이에 불복하여 2025.4.7. 심판청구를 각 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1) 쟁점①거래는 청구인이 양도한 거래가 아니므로 이 건 처분은 위법하다.

(가) 쟁점①주식의 실제 양도자는 청구인이 아닌, 청구법인이므로 쟁점①거래는 명의신탁 주식의 환원에 해당하고 특수관계인 간 저가 거래에 해당하지 아니한다.

1) 처분청은 쟁점①주식을 청구인이 2008년 및 2009년에 c에게 명의신탁한 것이라고 보고, 이를 2020년에 특수관계가 있는 청구법인에게 저가양도하였으므로 청구인에게 양도소득세를, 청구법인에게 법인세를 부과하였으나, 쟁점①주식의 실제 소유주는 청구인이 아닌, 청구법인이므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.

2) 쟁점①주식의 명의자인 c은 2008년 및 2009년에 유상증자에 참여하여 합계 OOO주(쟁점①주식)를 취득하였는데, 그 경위는 다음과 같은바, 쟁점①주식은 청구법인이 c에게 명의신탁한 것이다.

쟁점법인은 2000년경 b 등이 출자하여 설립되었고, 청구인은 사업확장을 위해 2004년경 쟁점법인의 지분 50.5%(OOO주)를 취득하여 최대주주가 되었다.

그 후 쟁점법인의 외형은 성장하고 있었으나 만성적으로 운영자금이 부족하여 2006년에 유상증자를 실시하였고, 여유자금이 있던 청구법인이 참여하여 지분 66.7%(OOO주)의 최대주주가 되었다.

쟁점법인이 2008년 및 2009년 또다시 유상증자를 실시하였고 청구법인은 c의 명의로 쟁점①주식(OOO주)을 인수하였다.

3) 청구법인이 명의신탁의 방법으로 쟁점①주식을 인수한 자금의 흐름은 다음과 같다.

청구법인은 2008.1.25. 해외사업을 추진하는 과정에서 가공거래의 방법으로 싱가포르 소재 D의 d에게 미화 OOO달러를 송금하였고, d는 그 후 필리핀 소재 E(이하 “F”이라 한다)의 c 대표의 계좌로 미화 OOO달러를 송금하였으며, c은 쟁점법인에 미화 OOO달러를 송금하였는바, 쟁점①주식 취득자금의 원천은 청구법인이다.

＜표1＞ 쟁점①주식 인수자금 흐름(청구인들 주장)

4) 처분청은 쟁점①거래의 결과 양도대금이 청구인에게 귀속되었다는 의견이나, 이는 사실과 다르다.

c은 2020년 9월경 청구인들의 지배구조 정리 과정에서 쟁점①주식을 청구법인에게 양도(명의신탁의 환원)하였고, 주식거래대금은 수수되지 아니하였다.

처분청은 c이 2021.4.7. 청구법인으로부터 OOO원을 받은 다음, OOO원을 청구인의 동생 e에게 송금한 거래를 문제삼고 있으나, 이는 쟁점①거래와는 무관한 것으로, c의 명의신탁관계 정리 및 e의 지배구조 정리에 대한 대가를 지급한 것이다.

5) 결론적으로 쟁점①거래는 청구법인이 쟁점법인의 지주회사로 전환하는 과정에서 추진된 것으로, 청구법인이 c에게 명의신탁한 쟁점①주식을 청구법인의 명의로 환원한 것이고, 따라서 청구인이 실제 소유자라는 전제에서 이루어진 이 건 처분은 위법하다.

(나) 쟁점①주식의 당초 실제 소유자를 청구인으로 보더라도, 쟁점①거래는 청구인이 청구법인에게 양도한 거래가 아니라, 증여한 거래에 해당한다.

1) 청구인은 쟁점①거래에서 대가를 받은 바가 없으므로 증여거래로 보아야 하고, 따라서 청구법인의 자산수증익만 법인세로 과세될 수 있으며, 청구인에 대한 양도소득세 부과는 위법한 것이다.

2) 처분청은 c이 쟁점①거래의 대가로 청구법인으로부터 OOO원을 받았고 그 중 OOO원을 청구인의 동생 e을 통해 청구인에게 반환하였다는 의견이나, 이는 앞서 보았듯이 명의신탁관계 및 지배구조 정리에 대한 대가로 지급한 것일 뿐, 쟁점①주식의 양도대금에 해당하지 아니한다.

3) 이와 같이 청구인을 명의신탁자로 보더라도, 청구인이 청구법인으로부터 주식 양도대가를 받은 바가 없으므로 쟁점①주식을 증여한 경우로 보아야 한다.

(2) 쟁점②주식은 명의신탁 주식이 아닌, b 본인이 소유한 주식이다.

(가) 처분청은 청구인이 쟁점②주식을 b에게 명의신탁하였다가 다시 특수관계가 있는 청구법인에게 양도한 것으로 보아, 「소득세법」 제101조의 부당행위계산 부인규정 등을 적용하여 양도소득세 및 법인세를 부과하였으나, 쟁점②주식은 명의신탁 주식이 아닌, b 본인의 주식이고, b은 청구법인과 특수관계가 없으므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.

(나) 쟁점법인의 지분변동 내역은 아래 ＜표2＞와 같고, b이 쟁점②주식을 보유한 경위는 다음과 같다.

＜표2＞ 쟁점법인의 지분변동 내역

OOO

1) 쟁점법인은 b 등이 2000년경 설립한 법인으로, 경상남도 함안에 소재한 G 주식회사(이하 “G”라 한다)의 서울 지역 영업소(총판) 역할을 하였다.

2) b은 평소 사업상 친분이 있던 청구인에게 IMF 위기로 자금상의 어려움을 겪고 있던 G를 인수할 것을 권유하였다.

3) 이에 청구인은 쟁점법인을 통하여 G의 사업부문을 인수하는 방식으로 진행하였는바, 2004년경 쟁점법인의 주식 OOO주(50.5%)을 취득한 후, 2004년 9월경 쟁점법인의 본점을 함안 지역으로 이전하여 사업을 영위하였으며, b은 계속 쟁점②주식을 보유하면서 서울 지역에서 영업을 담당하였다.

4) 이후 청구법인은 2006년에 쟁점법인의 주식 OOO주를 유상증자로 취득하여 쟁점법인의 최대주주가 되었고, b과 쟁점법인 간의 사업관계도 유지되었다.

(다) 쟁점②거래는 e이 청구인의 말을 오해하여 b의 사전 동의 없이 처리된 것으로, 아래와 같이 세무조사 경위 등에서 확인되는 내용을 고려할 때 쟁점②주식이 b의 소유임이 확인된다.

1) b은 평소에 청구인에게 본인의 주식을 언제든지 양수해 가라고 얘기해왔고, 청구인의 건강 악화 등을 계기로 지배구조 정리를 맡은 e은 청구인의 말을 오해하여 b이 동의한 것으로 알고 쟁점②주식의 양수도를 처리하였다.

2) 이에 e은 b의 인터넷 전자도장을 만들어 주식양수도계약서를 작성하였고, 증권거래세도 원래 양도인(b) 쪽에서 신고납부하여야 함에도 e이 신고서를 작성하고 증권거래세를 납부하였다.

3) b은 세무조사 과정에서 본인 주식이 양도처리된 사실을 알게 되어 청구인에게 유감을 표시하면서 적절한 해결책을 요구하였고, 이에 e은 처음으로 b과 연락을 취하고 b의 사무실을 몇 차례 방문·협의하여 민형사상으로 문제를 삼지 않는 조건으로 합의하였다.

4) 청구인은 치료가 불가능한 ‘다계통위축증’이 발병하여 투병 중에 있고, 점차 활동의 제약이 심해지는 상황으로, 지배구조 정리를 맡은 e은 청구인과 정확히 의사소통하지 못하였다.

5) b은 청구인 측이 쟁점법인의 경영권을 인수한 이후에도 쟁점법인의 전체 매출의 70% 이상을 차지하는 서울 지역 영업을 전담하였고, 사내이사로 재임하고 있는 등 청구인과는 서로 사업상의 이익을 주고받아 온 막역한 사이로, 쟁점②주식을 청구인이 원하는 시점에 적절한 가격으로 양도할 생각을 하고 있었으며, 이에 이 건 세무조사 이후에 최종적으로 물가상승과 이자율을 적절히 반영하여 2025.3.20. 양도가액을 OOO원으로 합의하였고, 그에 따라 양도소득세 및 증권거래세를 신고하였다.

(라) 결론적으로, 조사청은 명의수탁자로 보는 b에게는 사실관계를 조회하지도 아니하고 막연하게 청구인이 실소유자라는 가정하에서 이 건 처분을 하였다.

1) 명의신탁으로 과세하기 위해서는 명의신탁의 합의와 대금지급 등 명의신탁 행위 등이 증명되어야 하는데, 이에 대하여 전혀 밝혀진 바가 없다.

2) 앞서 본 바와 같이 2020.9.7. 쟁점②거래 당시에는 b과 청구법인 사이에 합의가 없었으나, 사후에 양도가액을 합의하여 거래대금을 실제 지급하였고, 그에 따라 수정신고가 이루어지고 양도소득세 납부까지 이루어졌다.

3) 이와 같이 쟁점②거래는 청구인의 명의신탁 주식이 양도된 것이 아니라, b 본인의 주식이 양도된 것이므로 특수관계를 전제로 하는 「소득세법」 제101조 제1항 및 「법인세법」 제15조 제2항 제1호를 이 건에 적용하여 과세할 수는 없다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인이 c에게 쟁점①주식을 명의신탁하였다가, 청구법인에게 양도한 것으로 보아 이루어진 이 건 처분은 적법하다.

(가) 쟁점①주식의 당초 실제 소유자는 청구인이다.

1) c의 쟁점①주식 취득과 관련하여, 청구인들은 청구법인의 자금(가공거래로 D에 송금한 미화 OOO달러)으로 쟁점①주식을 취득하였으므로 청구법인이 쟁점①주식의 실제 소유자라고 주장하나, 법인의 사외유출자금은 특별한 사정이 없는 한 대표자에게 귀속된 것으로 보아야 하는바, c 명의의 쟁점①주식은 청구인이 취득한 것으로 보아야 한다.

청구인은 2008년 및 2009년 당시 청구법인의 주식을 사실상 100% 보유한 주주이자 대표이사로, 청구법인의 운영을 실질적으로 지배할 수 있는 위치에 있었고, 고액의 가공거래로 자금을 유용할 수 있는 지위에 있었다.

2) c의 쟁점①주식 양도와 관련하여, c은 청구법인으로부터 OOO원(주식양도대금)을 수취한 후, 2021.4.7. 청구인의 동생 e(공인회계사)에게 OOO원(총 7건)을 송금하였고, 이 때 일부 거래의 적요에 청구인의 성명을 기재하였으며, e은 그 다음 날(2021.4.8.) 청구인이 지분 100%를 보유한 H 주식회사(이하 “H”라 한다)로 OOO원을 이체하였는바, c의 주식양도대금이 청구인에게 반환된 것으로 볼 수 있다.

3) 또한 청구인은 쟁점①주식 외에도 청구법인 설립 시 이광효 등에게 명의신탁하여 일부 주식을 보유하다가 2020년경 명의신탁주식 반환소송을 통해 명의를 변경한 바 있고, 2013년 H를 설립하는 때에는 김두진에게 명의신탁한 바 있는 등 여러 주식을 명의신탁해 왔는바, 이러한 사정을 고려하더라도 쟁점①주식은 청구인이 c에게 명의신탁하였던 주식으로 볼 수 있다.

(나) 청구인은 e을 통하여 쟁점①주식의 양도대가를 수령하였으므로 쟁점①거래를 증여거래로 볼 수 없다.

1) 청구법인은 2021.4.7. c에게 OOO원을 지급하였고, c은 그 중 OOO원을 e에게 지급하였는바, 청구인들은 이를 지배구조 정리에 대한 대가라고 주장하나, OOO원을 c을 통해 e에게 지급하여야 할 이유도 없고, 주식거래대금(OOO원)과 동일한 금액이 거래당사자(c)에게 지급되었으므로 c이 쟁점①주식의 거래대금을 지급받았다고 보는 것이 합리적이다.

2) e은 OOO원을 다시 H에 송금하였는데, H는 청구인이 100% 지분을 보유하고 있는 회사로, 주식거래대금이 청구인에게 귀속된 것으로 볼 수 있다.

(2) 쟁점②주식은 청구인이 b에게 명의신탁한 주식이다.

(가) 쟁점②거래는 청구인이 b에게 명의신탁한 주식을 특수관계가 있는 청구법인에게 시가보다 낮은 가액으로 양도한 것이므로 이 건 처분은 적법하다.

(나) 청구인은 쟁점②주식의 실소유주가 b이라고 주장하나, 이 건 세무조사 당시 e은 2004년부터 2～3년에 걸쳐 b의 주식을 정리해주었고, 다만 양도계약서의 작성과 주주명부를 정리하지 못한 것이라고 답변한 바 있다.

(다) 또한 e은 b이 2004년 이후 쟁점법인의 주주로서 주요 의사결정에 참여한 사실이 없다고 진술하였고, b이 2004년 이후 쟁점법인으로부터 급여를 받은 사실도 없으므로 b이 2004년 이후에도 계속해서 쟁점법인의 업무를 계속 처리하였다는 청구주장도 근거가 없는 것이다.

(라) 청구법인은 쟁점②거래 이후에 b에 대한 미지급금으로 회계처리하였다가, 이를 청구인에 대한 가수금(주임종 장기차입금)으로 반제하였는바, 결국 양도대가가 청구인에게 귀속된 것으로 볼 수 있다.

(마) 또한 앞서 본 바와 같이 청구인이 여러 차례 명의신탁을 활용한 사실 등을 고려하더라도 청구인이 쟁점②주식을 명의신탁하지 않았다고 단정하기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점①주식이 청구인의 명의신탁 주식인지 여부

② 쟁점②주식이 청구인의 명의신탁 주식인지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제15조(익금의 범위) ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 “수익”(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.

② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다.

1. 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 제52조 제2항에 따른 시가보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액

제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3. 「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고

(2) 법인세법 시행령

제106조(소득처분) ①법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것 (이하 생략)

(3) 소득세법

제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여 시 수증자가 부담하는 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도로 보지 아니한다.

가.～다. (생략)

제101조(양도소득의 부당행위계산) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.

(4) 소득세법 시행령

제167조(양도소득의 부당행위 계산) ③ 법 제101조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때를 말한다. 다만, 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우로 한정한다.

1. 특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점법인의 지분변동내역을 도식화하면 아래 ＜표3＞과 같은바, 청구법인은 2006년경 쟁점법인의 유상증자 주식(OOO주)을 취득한 후, 2020년경 c 및 b로부터 쟁점①·②주식을 취득하였으며, 2021년경 지분정리를 마무리하여 쟁점법인의 주식 100%를 보유한 지주회사가 된 것으로 나타난다.

＜표3＞ 쟁점법인의 지분변동 내역

OOO

(2) 쟁점①거래와 관련한 주요 사실관계는 다음과 같다.

(가) c은 2008년 및 2009년경 쟁점법인의 유상증자에 참여하여 쟁점①주식(2만주)을 취득하였고, 쟁점①거래를 통해 2020.9.7. 청구법인에게 양도하였는바, 처분청은 청구인이 c에게 명의신탁하였다가 청구법인에게 양도한 것이라는 의견인 반면, 청구인들은 청구법인이 c에게 명의신탁하였다가 다시 환원한 것이라고 주장한다.

(나) 청구인들은 쟁점①주식 인수대금을 청구법인이 d, F, 쟁점법인의 순으로 송금하였다고 주장하는바, 관련한 사실관계를 요약하면 다음과 같다.

1) 아래 ＜표4＞와 같이 청구법인의 금융거래내역에 의하면, 청구법인은 2008.1.25. 수취인명 ‘OOO’의 싱가포르 계좌에 미화 OOO달러를 송금한 것으로 확인된다.

＜표4＞ 청구법인이 d에게 송금한 내역(2008년)

OOO

2) d의 확인서(2025.3.24.)에 의하면, 위 OOO달러 중 실제 외상대금을 제외한 OOO달러를 2008년 3월부터 2009년 1월까지 필리핀의 F(c)에게 송금하였다는 내용이 기재되어 있으나, 장기간 경과하여 실제 금융증빙을 제시할 수는 없다고 한다.

3) c의 확인서(2025.3.22.)에 의하면, c은 d로부터 위 합계 OOO달러를 수령한 후, 청구법인을 대신하여 2008년 9월 및 2009년 6월경 쟁점①주식의 인수대금으로 쟁점법인에게 합계 OOO달러를 송금하였다는 내용이 확인되고, 관련 금융거래내역은 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞ c이 쟁점법인에 송금한 내역

OOO

4) 청구인들은 쟁점①주식의 자금원천이 청구법인이므로 청구법인이 명의신탁한 것으로 볼 수 있다고 주장하는 반면, 처분청은 d가 c에게 송금한 사실이 객관적으로 확인되지 아니하고, 청구법인의 가공거래금액이 쟁점법인에게 송금되었다고 보더라도 가공거래금액은 대표자에게 귀속된 것으로 보아야 하므로 청구법인의 대표자인 청구인이 명의신탁한 경우로 보아야 한다는 의견이다.

(다) 주식양수도계약서(2020.8.26.)에 의하면, c은 잔급지급예정일을 2020.9.7.로 하여 청구법인에게 쟁점①주식을 OOO원(1주당 OOO원)에 양도하기로 약정하고 있으나, 청구인들은 c에게 실제로 양도대금을 지급하지는 않았다고 주장한다.

한편 아래 ＜표6＞과 같이 처분청이 제시한 금융거래내역에 의하면, 청구법인은 2021.4.7. c에게 OOO원을 송금하였고, c은 2021.4.8. e에게 7회에 걸쳐 합계 OOO원을 송금하였으며, e은 2021.4.9. H에 OOO원을 송금한 것으로 나타나는바, 처분청은 일부 거래에서 청구인의 성명이 기재되어 있고, 청구인이 지분을 100% 보유하고 있는 H에 OOO원이 송금되었으므로 쟁점①주식의 양도대금이 청구인에게 귀속된 것으로 볼 수 있다는 의견이다.

＜표6＞ e의 금융계좌 거래내역

OOO

반면 청구인들은 위 거래의 경우 쟁점①거래와는 무관한 금전거래로, 명의신탁관계 및 지배구조 정리업무에 대한 대가로 c(OOO원) 및 e(OOO원)에게 각 지급한 것이고, e이 H에 송금한 것은 선급금을 반환한 것이라고 주장한다.

(3) 쟁점②거래와 관련한 주요 사실관계는 다음과 같다.

(가) b은 쟁점법인의 설립자 중 1인으로, 2000년 설립 당시 출자하여 OOO주를 취득하였고, 2004년경 OOO주를 추가 양수하였으며, 주식양수도계약서(2020.8.27.)에 의하면 쟁점②거래를 통해 2020.9.7. 쟁점②주식을 청구법인에게 양도한 것으로 나타난다.

(나) 처분청은 청구인이 과거 b로부터 쟁점②주식을 취득하였으나 명의를 변경하지 않은 것이라면서 아래와 같은 증빙을 제시하였다.

1) 이 건 세무조사 당시 e의 문답서(2024.8.21.)에 의하면, b에게 명의신탁한 사실을 e이 인정한 것으로 확인되고, 반면 청구인은 e의 오해에서 비롯된 답변이었다고 주장하며 e의 확인서(2025.6.30.)를 제출하였다.

＜표7＞ 이 건 세무조사 당시 e의 문답서(2024.8.21.)

2) 쟁점②거래에 대한 청구법인의 회계처리 내용은 아래 ＜표8＞과 같은바, 처분청은 청구법인이 쟁점②주식 양수대금을 b에 대한 채무로 처리하였다가 청구인에 대한 채무로 처리하였으므로 청구인의 명의신탁사실을 뒷받침한다는 의견인 반면, 청구인들은 e의 오해에서 비롯된 회계처리 오류라고 주장한다.

＜표8＞ 쟁점②거래의 회계처리 내용(청구법인)

OOO

(다) 청구인들은 쟁점②주식의 경우 b 본인의 주식이라고 주장하며 아래와 같은 증빙을 제시하였다.

1) 청구인들은 이 건 세무조사 이후에 b과 청구법인이 쟁점②주식의 양도에 대하여 합의하였다고 주장하면서 ‘주식 양도가액 합의서’(2025.3.20.) 및 아래 ＜표9＞와 같은 금융증빙을 제시하였는바, 거래가액을 OOO원으로 합의하였고, 청구법인은 합계 OOO원을 b에게 지급한 것으로 확인된다.

＜표9＞ 청구법인이 b에게 이체한 내역

OOO

2) 쟁점법인의 등기사항일부증명서에 의하면, b은 2003.7.7.부터 2016.3.29.까지 임원으로 등재되어 있던 것으로 나타나는바, 청구인들은 b이 쟁점법인을 설립한 이래 쟁점②주식을 보유하면서 사업적 관계를 유지하였다고 주장한다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인들은 쟁점①거래가 특수관계인 간 저가양도거래에 해당하지 않는다고 주장하나, 청구인은 2008～2009년경 쟁점①거래 당시 청구법인의 주식을 사실상 100% 보유한 주주이자 대표이사로, 청구법인의 자금을 유용할 수 있는 지위에 있었고, 청구법인의 자금이 사외유출되었으며 다른 사정이 확인되지 아니하므로 이는 대표자인 청구인에게 귀속된 것으로 보이며, 따라서 쟁점①주식의 취득자금 원천은 청구인으로 볼 수 있는 점, 청구인들은 청구인이 아닌 청구법인이 쟁점①주식을 명의신탁한 것이라고 주장하나, 개인이 아닌 청구법인이 쟁점①주식을 명의신탁의 방법으로 취득·보유할만한 사정이 확인되지 아니하는 점, 한편 청구인들은 쟁점①주식을 청구인이 명의신탁한 것이라고 하더라도 청구법인으로부터 양도대가를 지급받지 않았으므로 증여거래에 해당한다고 주장하나, 청구인이 양수자인 청구법인의 주식을 100% 보유하고 있는 사정을 고려할 때 거래대금의 수수가 객관적으로 확인되지 않는다고 하여 청구인이 이를 대가 없이 증여한 것이라고 단정하기 어려운 점 등에 비추어, 청구인이 쟁점①주식을 명의신탁하였다가 청구법인에게 저가양도한 것으로 보아 처분청이 청구인들에게 양도소득세 및 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점②주식이 명의신탁 주식에 해당한다는 의견이나, 해당 재산의 명의자가 실제 소유자와 다르다는 점은 과세관청이 증명하여야 할 것인바(대법원 1984.12.11. 선고 OOO 판결, 같은 뜻임), 쟁점②주식은 b이 2000년경 쟁점법인 설립 당시 및 2004년경 취득한 주식으로, 2020년경 쟁점②거래가 있기 전까지 청구인이 b로부터 쟁점②주식을 양수하였다고 볼만한 구체적인 내용이 전혀 확인되지 아니하고, 그와 같은 거래가 있었다면 b의 사업적 지위나 관계에 변동이 있었을 것이나 그와 같은 사정이 확인되지 아니하는 점, 한편 b은 2016년 3월까지 쟁점법인의 임원으로 등재되어 있었던 것으로 확인되는 점, 청구인이 청구법인으로부터 쟁점②주식의 양도대금을 수수한 사실도 확인되지 아니하고, 청구법인은 이 건 처분 이후인 2025.3.20. b과 사이에 쟁점②주식에 대한 양수도를 합의하여 거래대금 OOO원을 지급한 것으로 확인되는 점, 이 건 세무조사 과정에서 거래의 당사자에 해당하는 b 및 청구인에 대한 조사가 실시되지 아니하였고, 제3자의 진술만을 근거로 쟁점②주식을 명의신탁 주식으로 단정하기에는 객관적인 증빙의 제시가 부족해 보이는 점 등에 비추어, 청구인이 쟁점②주식을 명의신탁하였다가 청구법인에게 저가양도한 것으로 보아 처분청이 청구인들에게 양도소득세 및 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2026. 5. 20.