조심 2017부0072 (2017.08.22)

1. OOO세무서장이 2016.9.7. 청구법인에게 한 법인세 합계 OOO원)의 부과처분은 ① 청구법인이 중국현지법인(OOO 유한공사)에 파견직원 인건비로 지급한 후 중국현지법인으로부터 ‘기술용역료’ 항목으로 회수한 합계 OOO원을

「법인세법」제48조

에 따라 청구법인과 OOO 주식회사 간에 배분할 공동경비에 해당되지 아니하는 것으로 보고, ② 2011～2014사업연도 기간 중 지출한 이OOO의 인건비(OOO원)를

「조세특례제한법」제9조

에 따른 연구.인력개발준비금의 충당 및 같은 법 제10조에 따른 연구.인력개발비에 대한 세액공제의 각 적용대상으로 보아 그 과세표준과 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1965.5.1. 설립되어 부산광역시 OOO[송정동, 본점 소재지이고, 지점(공장)은 전라남도 광양시에 소재한다]에서 선박용품(로프.와이어 등) 제조업을 영위하고 있고, 2011～2015사업연도(이하 “이 건 사업연도”라 한다) 중 아래와 같은 거래 또는 행위를 하였다.

(1) 청구법인은 그 특수관계인인 OOO 주식회사[대표이사는 홍OOO(청구법인 대표이사의 형)이고, 전라남도 순천시에서 철선제품 제조업을 영위하는 법인이며, 이하 “이 건 법인”이라 한다]와 공동인건비 비용분담약정[이하 “이 건 약정(서)”이라 한다]을 체결한 다음, 각 사업연도 중 이 건 법인과 더불어 두 법인의 업무를 공동으로 수행하는 부서 등(기획팀, 무역관리팀, 서울영업 1.2팀, 수출 1～3팀, 재무팀, 전산팀, 중국관리팀, 각 부서의 관리임원)의 인건비 합계 OOO원(이하 “이 건 공동인건비”라 한다)을 지출하였으며, 이를 직전 사업연도 매출액 및 매출처수의 평균 비율(이하 “이 건 기준”이라 한다)로 나누어 산출한 합계 OOO원(이하 “당초 분담금액”이라 한다)을 청구법인의 각 사업연도 소득금액 계산시 손금에 산입하여 법인세 신고를 하였다.

(2) 청구법인은 법인세 신고시 연구.인력개발과 관련하여 각 사업연도에 지출한 인건비[각 사업연도 중 임직원 11～13명(본사 6～8명, 공장 5～6명)에 대한 비용 합계 OOO원으로, 이하 “당초 연구인력개발인건비”라 한다] 및 그 밖의 재료비(합계 OOO원과 관련하여 아래와 같은 세액공제 및 세무조정을 각 적용하였다.

(가)「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조에 따른 연구.인력개발비에 대한 세액공제(이하 “연구.인력개발비 세액공제”라 한다) 합계 OOO원(이하 “당초 공제액”라 한다)을 적용하였다.

(나)이 건 사업연도(당초 연구개발인건비 포함) 및 그 이전에

조특법 제9조

에 따라 적립(손금 산입)한 연구.인력개발준비금(이하 “연구.인력개발준비금”이라 한다) 합계 OOO원(이하 “당초 환입액”이라 한다)을 이 건 사업연도 중 익금으로 환입하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2016.5.17.～2016.7.8. 기간 중 청구법인에 대한 법인세통합조사 등{대상기간 : 이 건 사업연도[당초 2012～2014사업연도를 대상으로 하였으나, 이 건과 관련하여 나머지 사업연도(부분조사 실시)도 대상에 포함]}을 실시한 결과, 아래와 같은 내역을 확인하고, 관련 법인세 과세자료를 처분청에 통보하였다.

(1) 조사청은 청구법인의 당초 분담금액을 계산할 때, 이 건 기준에 ‘매출처수’ 비율을 포함한 것은

「법인세법」제26조

및 같은 법 시행령 제48조(이하 시행령 조항을 “쟁점조항”이라 한다)에 부합하지 아니한다(‘매출액’ 비율로만 산출 필요)는 이유로 동 분담금액 중 합계 OOO원(이하 “쟁점분담금액”이라 한다)을 손금불산입하여야 한다고 보았다.

(2) 조사청은 청구법인이 당초 연구인력개발인건비 중 합계 OOO원(이하 “이 건 연구개발인건비”라 한다)을 연구.개발에 전담하지 아니하는 인력[각 사업연도 중 6～7명(본사 2～3명, 공장 4～5명)]에 대한 인건비로 보고, 이 건 사업연도 중 아래와 같은 세액공제 부인, 세무조정 등이 필요하다고 보았다.

(가)당초 공제액 중 합계 OOO원을 연구.인력개발비 세액공제 대상에서 배제하여야 한다.

(나)당초 환입액 외 연구.인력개발준비금 합계 OOO원을 과소(일부 과다) 환입하였다고 보아 같은 금액을 익금(일부 손금)에 산입하여야 한다.

(다)연구.인력개발준비금 합계 OOO원을 연구.인력개발에 사용하지 아니한 것으로 보아 2013.2014사업연도 중 이자상당액 합계 OOO원을 법인세로 부과하여야 한다.

다. 처분청은 이에 따라 2016.9.7. 아래 ＜표1＞과 같이 2011～2014사업연도 법인세 합계 OOO원)하였다.

＜표1＞ 이 건 과세처분 내역

(단위 : 원)

주1) 쟁점분담금액 손금불산입

주2) 이 건 연구개발인건비분 연구.인력개발준비금 미환입액 등

주3) 이 건 연구개발인건비분 연구.인력개발비 세액공제 배제

주4)연구개발비로 미사용한 이 건 연구개발인건비분 연구.인력개발준비금에 대한 것

라. 청구법인은 이에 불복하여 2016.11.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)청구법인이 이 건 기준에 ‘매출처수’ 비율을 포함하여 당초 분담금액을 계산한 것은 매출액 비율로만 계산한 것보다 합리적이므로 동 분담금액 전부가 손금산입되어야 함에도, 처분청이 이를 부인하고 당초 분담금액과 ‘매출액’ 비율만 적용하여 재계산한 금액의 차액을 손금불산입한 것은 부당하다.

공동경비의 손금불산입 규정의 취지는 법인이 조세회피 목적으로 과다하거나 부당한 공동경비를 손금에 산입하는 것을 방지하기 위한 것으로 볼 것이고, 청구법인과 이 건 법인은 주권상장법인일 뿐 아니라 모두 과세대상 소득금액이 있는바, 두 법인간 인위적인 비용 부담을 통해 조세를 회피할 이유가 없다.

더욱이, 국세청[서면2팀-1921(2005.11.28.), 서면2팀-214(2016.1.25.) 등]도 ‘어떤 법인의 직원이 특수관계법인의 직원을 겸직하는 경우, 동 직원의 급여 등은 부당행위계산 부인규정이 적용되는 경우를 제외하고, 양 법인에 기여하는 업무량의 정도 등에 따라 두 법인에서 급여 지급규정, 용역(고용) 계약서상 약정의 내용, 재직기간 등에 의하여 합리적으로 배분된 금액을 해당 법인의 소득금액 계산시 손금에 산입할 수 있다’는 등의 취지로 유권해석을 한 바 있다[처분청은 동 유권해석이 쟁점조항의 개정(2008.2.22.) 전 규정에 대한 것이고, 동 개정 후 쟁점조항에는 특수관계인 간 약정에 의한 공동경비 분담을 인정하지 아니한다는 의견이나, 쟁점조항상 ‘특수관계인 간 공동경비 배분기준’이 ‘매출액’인 것은 동 개정 전.후 모두 동일하였으므로 위 유권해석들은 이 건에 적용된다고 보아야 한다].

요컨대, 청구법인과 이 건 법인이 직원들의 업무량에 비추어 매출액 및 매출처수를 평균한 비율(이 건 기준)로 이 건 공동인건비를 안분한 것은 단순히 매출액 비율로만 안분하는 것보다 합리적이라고 보아야 한다.

(2)설사, 이 건 기준에 ‘매출처수’를 포함한 것이 타당하지 않더라도, 이 건 공동인건비 중 일부 금액(청구법인이 지출한 후 보전 받은 것)을 차감한 나머지 금액을 공동경비로 하여 청구법인의 분담금액을 다시 계산하여야 한다.

「국세기본법」제14조

제2항에는 ‘세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질내용에 따라 적용한다’고 규정하고 있는바, 이 건 공동인건비 중에는 중국현지법인(청도OOO 유한공사)에 파견된 직원들의 인건비 합계 OOO원(이하 “쟁점인건비①”이라 한다)이 포함되어 있는데, 이는 청구법인이 동 직원들에게 지급할 급여 중 중국 현지인과의 급여차이를 일시적으로 지급한 후 중국현지법인으로부터 ‘기술용역료’라는 명목의 대가를 지급받을 때, 회수한 금액이므로 실제로 부담된 비용이 아니므로 청구법인과 이 건 법인에 배분할 공동경비에도 해당되지 않는다고 보아야 한다.

참고로, 청구법인은 중국현지법인으로부터 기술용역료[수익 항목, ‘중국현지법인 파견직원 인건비’(쟁점인건비①과 금액상 같다)와 ‘보증수수료’로 구성되어 있다]를 지급받고, 중국현지법인에 ‘위탁가공료’를 지급하는데, 동 기술용역료(수익)는 위탁가공료(비용)와 상계되는바, 결국 청구법인의 손익에 미치는 영향은 없다.

(3)이 건 연구개발인건비 중 일부 금액[2011년～2014년 기간 중 지출된 청구법인의 공장(지점) 소속 이OOO 이사의 인건비 합계 OOO원, 이하 “쟁점인건비②”라 한다]은 연구.개발에 전담하는 임원에 대한 인건비에 해당하므로 연구.인력개발비 세액공제 및 연구인력개발준비금 충당의 각 대상으로 보아야 한다.

이OOO은 2003.6.1. 연구활동을 위해 청구법인 공장의 연구소 팀장으로 입사한 이후 동 연구소에서만 근무하였고(다른 부서에 근무하거나 다른 부서의 업무를 겸직하지 않았다), 주주에 해당하지 아니하므로 ‘연구업무에 종사하는 연구요원’에 해당한다.

청구법인의 조직도에는 이OOO이 기술연구소 외에 품질경영팀 등을 총괄하는 직위에 있는 것으로 나타나나, 청구법인 공장의 총괄업무는 실제로 다른 임원(서OOO 상무)이 수행하였다.

또한, 이OOO이 해외출장 후 작성한 보고서 등에는 이OOO이 신규거래처 발굴, 시장동향파악 등을 수행한 것으로 나타나나, 이는 특정 제품 연구의 특성(스테인리스 제품에 대한 연구를 위해 해외바이어의 사업특성 파악을 위한 상담, 후발주자인 청구법인 입장에서 해위기술동향파악 등이 필요하다)상 기술개발을 위해 부득이하게 본사 소재 연구소보다 더 많은 해외출장을 하면서 함께 이루어질 수밖에 없음에 기인한다.

이를 종합하면, 처분청이 위 조직도 또는 해외출장보고서 등의 기재 내역을 근거로 이OOO이 연구개발업무를 전담하지 않았다고 하여 그 인건비(쟁점인건비②)를 연구.인력개발비 세액공제 및 연구인력개발준비금 충당의 대상이 아니라고 본 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1)청구법인이 이 건 기준에 ‘매출처수’ 비율을 포함하여 당초 분담금액을 계산한 것은 법적 근거가 없는 점 등에 비추어 처분청이 이를 부인하고 당초 분담금액과 ‘매출액’ 비율만 적용하여 재계산한 금액의 차액을 손금불산입한 것은 타당하다.

「법인세법」제26조

및 쟁점조항에는 특수관계가 있는 비출자공동사업자의 공동경비 중 ‘매출액’ 비율(직전 사업연도 매출액 총액에서 해당 법인의 매출액이 차지하는 비율)에 해당하는 분담금액을 초과하는 금액을 손금불산입한다고 규정하고 있을 뿐, ‘매출처수’ 비율을 동 비출자공동사업자의 분담금액 계산 기준으로 한다는 문언은 없고, 이 건 기준이 공동경비의 합리적 배분기준이라는 청구주장의 근거로 제시된 국세청 유권해석은 2008.2.22. 대통령령 제20619호로 「법인세법」이 일부개정되기 전 쟁점조항에 대한 것이고, 동 개정 후 쟁점조항에는 ‘약정’에 의한 특수관계인 간 공동경비 분담을 인정한다는 문언은 없는바(약정에 의한 공동경비 분담은 특수관계인이 아닌 법인 간에만 인정된다), 관련 청구주장은 이유 없다고 보아야 한다.

나아가, 이 건 약정에는 이 건 공동인건비의 계산 구조만 기재되어 있을 뿐, 이 건 기준에 ‘매출처수’ 비율을 포함한 사유, 이에 대해 ‘매출액’ 비율과 같은 가중치를 둔 근거 등이 기재되어 있지 아니할 뿐 아니라, 청구법인이 이에 대한 구체적인 증빙자료를 제출하지도 않았고, ‘매출처수’는 청구법인과의 관계, 물리적 위치, 거래물량, 영업환경 등의 조건에 따라 노동력이 다르게 투입됨에도 이를 공동경비 분담기준으로 한 것은 임의적이라고 봄이 타당하다.

아울러, 이 건 공동인건비 중 관리부서 등(기획팀, 무역관리팀, 재무팀, 전산팀 및 각 부서의 관리임원) 관련 지출분(30～40%)은 매출처수와 직접적인 연관관계가 없다.

(2)이 건 공동인건비 중 일부 금액(쟁점인건비①)을 차감한 나머지 금액을 공동경비로 하여 청구법인의 분담금액을 다시 계산하여야 한다는 청구주장은 아래와 같은 이유로 이유 없다.

이 건 약정서 및 이 건 사업연도 중 공통인건비 안분계산 내역서(동 약정서에 첨부된 것)에 의하면, 청구법인과 이 건 법인간 공동경비 총액(이 건 공동인건비)에 쟁점인건비①(중국현지법인 관리팀 인건비)이 포함되어 있을 뿐 아니라, 청구법인이 조사청에 제출한 확인서[2016.7.7. 제출된 것으로 ‘중국현지법인 기술용역료(당사 인력투입에 대한 대가 등) 수익에 대한 사실관계확인서’ 제하의 문서]에 의하면, 쟁점인건비①을 청구법인과 이 건 법인 간 공동인건비에 당연히 포함하여야 한다고 주장하였음이 확인된다.

또한, 청구법인은 공동업무를 담당하는 중국현지법인 파견직원들에게 지급한 급여를 손금으로 계상한 바 있다.

나아가, 청구법인과 중국현지법인 간 작성된 ‘상품구매 및 기술용역 계약서’ 및 ‘중국현지법인 관리팀 인건비 수취내역’에 의하면, 청구법인이 중국현지법인으로부터 수취한 인건비는 청구법인이 중국현지법인에 공급한 ‘기술용역의 대가’임이 확인되는바, 청구법인이 중국현지법인으로부터 기술용역료를 수취하였다는 사실로 인하여 중국현지법인 파견 직원들이 청구법인과 이 건 법인의 모두의 업무를 공동으로 수행하였다는 사실이 달라지지도 않는다.

(3)쟁점인건비②는 연구.개발에 전담하지 아니하는 ‘임원’에 대한 인건비에 해당하므로 연구.인력개발비 세액공제 및 연구.인력개발준비금 충당의 각 대상으로 볼 수 없다.

청구법인의 본점과 별도로 소재하는 공장의 조직도(2012.12.3. 현재)에 의하면, 이OOO은 동 공장의 이사(재직기간 : 2010.3.1.～2014.12.31.)로 재직하면서, 다른 임원(상무이사인 서OOO)과 더불어 기술연구소 외 3개 부서(총무관리팀, 생산팀 및 품질경영팀)를 총괄하는 직위에 있었을 뿐 아니라 기술연구소.품질경영팀의 각 팀장을 겸직하는 OOO의 직속상관이었음이 확인된다.

또한, 조사 결과, 당초 법인세 신고시 연구.인력개발비 세액공제 대상이었던 청구법인 공장의 연구전담 근로자(5～6명) 중 1인(기술연구소 소속 대리 김OOO)을 제외한 나머지에 대해 동 세액공제 대상이 아닌 것으로 확인되었고, 청구주장에 의하면, 이OOO이 이사의 직책으로 1명의 소속 직원과 함께 기술연구소의 소장을 수행하면서 연구개발업무만 담당하였다는 의미가 되는바, 이는 사회통념에 맞지 않는다.

나아가, 이OOO이 해외출장 후 작성.보고한 보고서(20여건) 및 출장 관련 여비교통비 회계처리내역에 의하면, 이OOO은 연구개발업무 외에 신규거래처 발굴, 시장동향 파악, 품질 사후관리(거래처에 판매된 제품에 대한 것) 등의 업무를 담당하였음이 확인되었다.

이를 종합하면, 이OOO이 연구개발업무를 전담하지 않았다는 이유로, 처분청이 그 인건비(쟁점인건비②)를 연구.인력개발비 세액공제 및 연구인력개발준비금 충당의 대상이 아니라고 본 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

①청구법인이 특수관계인과 공동으로 지출한 인건비(공동경비)를 ‘매출액’ 및 ‘매출처수’의 평균비율로 안분한 금액(분담금액)을 손금에 산입한 것과 관련하여, 처분청이 동 분담금액을 ‘매출액’ 비율만으로 다시 계산하여 법인세를 과세한 처분의 당부

①-1.(예비적 청구) 공동경비를 ‘매출액’ 비율로만 안분하더라도, 동 경비에서 일부 금액(청구법인이 중국현지법인에 지급한 후 동 법인으로부터 회수한 것)을 차감한 나머지 금액을 공동경비로 하여 청구법인의 분담금액을 다시 계산하여야 한다는 청구주장의 당부

②조직도상 기술연구소 외에 다른 부서를 총괄하는 임원의 인건비를 연구.인력개발비 세액공제 및 연구.인력개발준비금 충당의 적용대상이 아니라고 보아 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1)처분청은 아래와 같은 조사청의 조사 결과 등을 근거로 이 건 과세처분을 하였다.

(가) 쟁점분담금액의 손금불산입과 관련하여,

1) 조사청은 아래 ＜표2＞와 같이 청구법인과 이 건 법인이 이 건 기준(매출액 및 매출처수의 평균 비율)으로 나누어 산출된 당초 분담금액과 ‘매출액’ 비율만으로 나누어 산출된 금액의 차액(쟁점분담금액)을 손금불산입하여야 한다고 보았다.

＜표2＞ 쟁점분담금액 내역

(단위 : 만원)

주1)이 건 약정서(2012년 6월 중 체결된 것)의 별첨에 첨부된 2011사업연도의 ‘공통인건비 안분개산 내역’ 등에 의하면, 전체 금액에 쟁점인건비①이 포함됨이 확인됨

주2)이 건 기준(매출액 비율 및 매출처수 비율의 평균)을 적용하여 분담[내수.수출 판매부서 및 공통부서 등 3개로 구분하였고, 각 구분항목간 차이가 있으나, 청구법인 적용 분담비율이 조사청 적용 분담비율(매출액 비율)보다 높음]

2) 조사청은 이에 대한 증빙자료를 확인하였다.

가) 이 건 약정서(2012년 6월 중 청구법인과 이 건 법인 간 체결된 것으로 보이는 것)를 살펴보면, 두 법인은 사업목적상 업무의 효율성 제공, 비용절감 등을 위하여 지출한 공동인건비의 분담 등을 위해 동 약정을 체결하였고, 동 공동인건비는 직전 또는 해당 사업연도 매출액 및 매출처수 등과 같이 업무에 기여하는 업무량 정도에 따라 산정하는 것을 원칙으로 한다는 등의 내용이 기재되어 있다.

또한, 이에 첨부된 것으로, ‘공동인건비 비용분담 계산방식’ 제하의 문서(별첨1)를 살펴보면, 공동업무를 수행하는 부서를 3개[내수판매(영업팀).수출판매(수출팀.무역관리팀) 및 기타공통(재무팀, 기획팀, 전산팀, 중국법인 관리팀)로 나눈 후, 각 부서의 특성에 따라 직전 사업연도 매출액과 매출처수의 평균비율로 공동인건비를 분담한다는 등의 내용이 기재되어 있고,

‘2011년 공동인건비 안분계산 내역’의 문서(별첨2)를 살펴보면, 부서별 지출액을 청구법인과 이 건 법인의 직전 사업연도(2010) 매출액 및 매출처수의 평균비율로 나눈 금액을 각 법인에 배부한다는 내용이 기재되어 있다(두 법인은 이 건 사업연도 중 나머지에 대해서도 동일한 내용의 약정을 체결하였고, 각 약정서의 부서별 지출액에는 ‘중국관리’ 부서에 대한 것이 포함되어 있으며, 이 건 사업연도의 해당 금액은 위 ＜표2＞의 ‘쟁점인건비①’ 기재의 금액과 같다).

나) 쟁점인건비①과 기술용역료의 상계와 관련하여,

① 상품외주 및 기술용역 계약서[2011.1.1. 청구법인과 중국현지법인(청도OOO 유한공사) 간 체결된 것]의 주요 내용은 다음과 같다.

- 다 음 -

.동 계약은 청구법인이 요청한 사양의 제품의 제조를 중국현지법인이 수행하는 것을 목적으로 체결되었다.

.제조단가는 가공료.변동비용(매월 변경) 및 전년도 고정비용으로 구분하여 매월 적용하고, 물품대금은 청구법인이 매월 말일을 기준으로 중국현지법인의 출고에 해당하는 제품가격(제조단가)에 기술용역료를 공제한 금액을 다음 달 5일에 미화로 송금한다.

.청구법인은 중국현지법인의 위탁가공업무와 관련된 기술 및 경험을 소유하고 있는 제조전문 기술자와 전문행정요원을 중국현지법인에 파견.상주시켜 기술용역을 제공하고, 중국현지법인은 이에 대한 기술용역료를 청구법인에 지급한다.

.기술용역료는 기술제공자의 기술정보대가 및 기술자의 급료, 현지공장 운영과 관련된 지급보증, 제경비 및 경영지도에 따른 수수료 등을 감안하여 상호합의로 결정하고(별도의 상호합의 사항이 없을 경우, 1톤당 OOO달러로 한다), 청구법인이 중국현지법인에 지급하여야 할 위탁가공비에서 이를 공제하는 방법으로 지불한다.

② ‘중국현지법인관리팀 인건비 수취내역(요약)’ 제하의 표(이 건 관련 과세적부심사시 청구법인이 정리하여 조사청에 제출한 것으로 보이는 것) 및 이와 관련한 금융거래내역(청구법인이 중국현지법인에 외화를 송금하였음을 입증하기 위해 제출한 외화송금확인서 등)을 살펴보면,

청구법인은 중국현지법인에 아래 ＜표4＞와 같이 총 구매액에서 ‘기술용역료 회수액’(‘중국법인관리팀 급여회수액’이 포함되어 있다)을 차감한 잔액을 미화로 지급하였고, 총 구매액은 아래 ＜표5＞와 같이 수입중량(톤)에 단위당 구매단가{화폐단위는 미화로 되어 있고, ‘원재료, 중국관리.기타 기술용역료, 및 기타 가공료’를 합산하여 산출되며, 위 ① 기재의 계약서의 ‘위탁가공비’[제조단가(제품가격)에 기술용역료를 합한 것]와 같은 것으로 보인다}를 적용하여 산출되는 것으로 나타난다.

＜표4＞ 청구법인이 중국현지법인에 지급한 외환금액 산출내역

(단위 : 천원)

주)기술용역료 중 지급보증수수료 등 계약상 회수금액

＜표5＞ 총 구매액 산출내역

(단위 : 톤, 달러)

③ 청구법인의 확인서[청구법인이 2016.7.7. 조사청에 제출한 것으로 보이는 ‘중국현지법인 기술용역료(당사 인력투입에 대한 대가 등) 수익에 대한 사실관계 확인서’ 제하의 문서]의 주요 내용은 다음과 같다.

- 다 음 -

.청구법인은 중국현지법인으로부터 당사 제품의 외주가공을 거친 제품을 공급받은 후 동 법인에 그 대금을 지급하고 있으며, 동 법인에 관리.기술지원을 위한 인력을 파견하고 동 법인으로부터 그 대가(기술용역료)를 수취하고 있는바, 동 기술용역료는 당사와 이 건 법인이 공동으로 각사의 인력을 투입함에 따른 대가이다.

.기술용역료는 ㉠청구법인과 중국현지법인 간 체결된 약정은 청구법인의 물품공급대가 지급과 기술용역료 수취를 그 대금결제시 ‘상계’하겠다는 의미일 뿐, 물품공급대가 산정시 이를 ‘차감’하겠다는 의미가 아닌 점, ㉡ 청구법인과 이 건 법인은 중국현지법인에 인력을 파견하고 그 대가로 이를 정상적으로 모두 수취하였는바, 투입된 인력과 그에 상응하는 인건비 수취(기술용역료)도 모두 실제 발생한 점, ㉢ 중국현지법인 파견직원 인건비(쟁점금액①)는 청구법인과 이 건 법인이 공동으로 각사의 인력을 투입한 서울사무실의 인건비(조사청이 모두 공동경비에 포함.배분할 대상으로 보았다)와 동일하게 보아야 하는 점, ㉣ 중국현지법인 파견직원 인건비가 위 약정에 따라 일부 회수되었다면, 지출액에서 회수액을 차감하여야 하는 것이고, 그렇지 않는다면, 발생원가를 정확히 집계하지 않는 것이 되어 결국 합리적이지 않은 공동경비 분담이 초래될 것인 점 등에 비추어 이 건 공동인건비에 당연히 포함되어야 한다.

(나) 이 건 연구개발인건비(쟁점인건비② 포함)에 대한 세무조정 등(연구.인력개발비 세액공제 배제, 연구.인력개발준비금 환입액 익금산입 및 동 준비금 미사용액의 이자상당액에 대한 법인세 부과)과 관련하여,

1) 조사청은 아래 ＜표3＞과 같이 청구법인이 계상한 당초 연구인력개발인건비 중 이 건 연구개발인건비(쟁점인건비② 포함)를 연구.개발에 전담하지 아니하는 인력에 대한 인건비로 보았다.

＜표3＞ 이 건 연구개발인건비 내역

(단위 : 명, 만원)

주1) 연구.개발에 전담하지 아니하는 인력의 인건비

주2) 이 건 연구개발인건비 중 청구법인 공장분(쟁점인건비② 포함)

2) 조사청은 이에 대한 증빙자료(쟁점인건비② 관련)를 확인하였다.

가) 청구법인의 조직도(2012.12.3. 기준으로 작성된 것으로 보이는 것)를 살펴보면, 청구법인은 본사, 서울사무소, 공장 및 해외지사로 구성되어 있었고, 총 직원 93명 중 직위가 ‘이사’ 이상인 임원은 7명이었으며, 공장의 경우 총무관리팀, 생산팀, 품질경영팀 및 기술연구소로 구성되어 있었고, 총 직원 17명 중 직위가 ‘이사’ 이상인 임원은 이OOO(이사)과 서OOO(상무)으로, 이들은 위 부서들 중 어느 하나에 소속되지 않았으며, 기술연구소에 1명의 직원(대리 김OOO)이 소속되어 있는 것으로 나타난다.

나) 이OOO의 인사이동 내역(청구법인이 2016.3.2. 기준으로 출력한 것으로 보이는 ‘사원 리스트’ 제하의 문서)를 살펴보면, 이OOO은 2003.6.1. 부장으로 특채된 후, 2010.3.1. 이사로 승진하였다가, 2015.1.1. 상무로 승진한 것으로 나타난다.

다) 청구법인의 해외출장보고서[중국 등 외국출장 결과를 정리한 것으로 보이는 것(출장자 중 이OOO이 포함되어 있다)] 및 관련 회계처리 내역(2014년 중 계정과목 ‘여비교통비’ 관련 적요, 출장자, 출장지.목적 등이 기재된 것)을 살펴보면, 이OOO은 정보수집, 신제품 조사, 시장동향파악, 원재료 업체 발굴 등을 목적으로 2010년 이후 20회 이상 중국, 일본, 말레이시아 등의 외국 출장을 다녀왔던 것으로 나타난다.

(2)이에 대한 청구주장 및 관련 증빙자료는 아래와 같다.

(가)청구법인은 이 건 공동인건비 중 상당부분(30～40%)이 ‘매출처수’와 무관한 부서들과 관련된다는 처분청 의견이 부당하고(기획팀, 전산팀 및 재무팀, 중국현지법인 관리 직원이 ‘매출’과 밀접한 관련성이 있다는 청구주장과 관련하여, 2016.6.22. 청구법인이 조사청에 제출한 것으로 보이는 ‘공동인건비 배부기준에 대한 당사의 소명’ 제하의 문서를 제출하였다), 이 건 기준에 ‘매출처수’ 비율을 포함하는 것은 다음과 같은 이유로 정당하다고 주장한다.

-다 음 -

. 청구법인 및 이 건 법인의 ‘거래처’ 특성의 유사성상 이를 관리하는 영업직원(신규거래처 발굴, 고객사 관리 등을 주된 업무로 한다)의 투입이 거의 유사함에 비추어 이 건 기준을 통해 ‘매출처수’가 실제 업무에 비례한다고 보아야 한다[이 건 법인의 경우, 단일 사업부문(철강)으로 이루어져 있고, 이는 기간산업으로서 주요 거래처가 대부분 ‘도시(인근 포함)’에 소재하고 있으며, 내수.수출 모두 거래처별 매출단위 및 매출금액이 크고, 청구법인의 경우에도 서로 다른 산업환경을 가진 2개 사업부문(합섬섬유로프 및 STS특수강)으로 이루어져 있으며, 이 중 STS특수강의 경우 주요 거래처가 도시에 소재하고 있고, 제품의 특성상 내수.수출 모두 다수의 소량 매출로 이루어진다].

. 매출은 거래처 관리를 통한 수주의 결과(거래처 관리는 매출에 직접 영향을 미친다)이므로 이 건 기준에서 ‘매출액’과 ‘매출처수’를 서로 동일한 가중치로 본 것은 정당하다.

.이 건 기준을 통한 공동경비의 배분은 청구법인의 기업공개(IPO) 컨설팅시 가장 합리적인 방법으로 선택된 것인바, 납세자가 조세회피 등 목적 없이 선택한 배분방법을 배제한 채, 단순히 ‘매출액’ 기준으로만 공동경비를 배분하는 것은 실질을 배제하는 것이어서 부당하다.

(나)청구법인은 이OOO이 입사 당시부터 연구전담부서에서 근무하였다고 주장하면서, 이에 대한 증빙자료를 제출하였고, 첫 번째로, ‘조직개편 및 인사변동사항(DSR)’ 제하의 문서(2003.6.1. 시행된 것)을 살펴보면, 이OOO은 2003.6.1. 신설된 청구법인의 공장 내 기술연구팀 소속으로, 같은 날 기술연구, 공정개선 등의 업무를 수행하기 위해 입사(당시 직급은 ‘부장’, 직위는 ‘팀장’이었음)한 것으로 나타나고,

두 번째로, ‘정기인사(DSR)’ 제하의 문서(2010.3.1. 시행된 것)를 살펴보면, 이OOO은 2010.3.1. ‘이사’로 승진하였으며, 그 당시 위 기술연구소의 소속이었음이 나타난다.

(3)기획재정부가 발간한 ‘2007년 간추린 개정세법’을 살펴보면, 쟁점조항에는 종전에 비출자공동사업 중 공동광고선전비의 경우 매출액.매출원가.인건비 비율을, 그 외의 경비의 경우 매출액 비율을 각 배분기준으로 규정하다가, 특수관계가 아닌 법인 간에 지출된 것(약정에 따른 배분 인정)을 제외한 공동경비에 대하여 ‘매출액 비율’을 그 배분기준으로 한다는 내용으로 개정되었고, 특수관계가 아닌 법인 간에는 조세회피 발생 가능성이 크지 아니함에 비추어 약정에 의한 공동경비배분을 인정(인건비.매출원가 비율을 활용사례가 없어 삭제)한다(개정이유)는 등의 내용이 나타난다.

(4)우리 원이 심리기간 중 양측에 요청(쟁점인건비①의 지출 및 그 상당액을 상계하였다는 기술용역료의 각 귀속 주체 확인)하여 확인한 결과, 양측은 그 귀속 주체가 청구법인이라는 점에 대한 이견이 없었다[처분청은 이러한 사실이 청구법인과 중국현지법인 간 체결된 기술용역계약서, ‘중국현지법인관리팀 인건비 수취내역(요약)’ 제하의 표에 나타난다는 의견이다].

(5)처분청은 2017.5.10., 청구법인은 같은 날.2017.6.14. 개최된 조세심판관회의에 각 출석하여 당초 청구이유 및 이에 대한 처분청 의견과 같은 취지의 진술과 더불어 아래와 같은 취지로 진술하였다.

(가)청구법인은 다른 법인 소속으로 스테인리스 관련 연구개발을 하던 이OOO을 같은 연구개발을 하게 할 목적으로 채용하였는바, 연구개발 외 다른 업무에 종사하게 할 이유가 없었고, 이OOO이 조직도상 임원으로서 다른 부서를 총괄하는 것으로 나타나더라도, 이러한 형식보다는 그 업무내용 등의 실질로 연구개발활동 전담 여부를 판단하여야 하며(경영전반을 담당하는 상무로 승진한 후에는 그 인건비를 연구.인력개발비 세액공제 등의 대상에서 제외하였다), 경영관리차원에서 해외출장을 다녀 온 것이 아닌 이상, 단순히 해외출장 횟수 및 그 내용(정보수집, 신제품 조사 등)만으로 연구개발활동에 전담하지 않았다고 단정할 수는 없으며(해외출장도 연구개발활동에 필요한 것이었다), 처분청이 이 건 과세처분을 할 때, 청구법인 본사의 기술연구소 소장의 인건비를 연구.인력개발비 세액공제 등의 대상으로 보았으면서, 지점(공장)의 기술연구소 소장이었던 이OOO의 인건비(쟁점인건비②)에 대해서는 그 대상이 아니라고 보는 것은 부당하다는 등의 취지로 진술하였다.

(나)처분청은 청구법인에 기술연구소가 있다는 것은 인정하나, 이OOO은 기술연구소와 품질경영팀의 각 팀장을 겸직하는 주OOO의 직속상관이었음에 비추어 연구개발 업무가 아닌 품질경영팀의 업무에 대한 결재를 하는 사람이 연구개발 업무 외 다른 업무를 겸직하지 않았다는 청구주장은 사회통념상 타당하지 않다는 등의 취지로 의견을 진술하였다.

(6)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대,

청구법인은 이 건 기준(공동경비 분담비율)에 ‘매출처수’ 비율을 포함하여 당초 분담금액을 계산한 것은 매출액 비율로만 하는 것보다 합리적이므로 동 분담금액 전부가 손금산입되어야 함에도, 처분청이 이를 부인하고 당초 분담금액과 ‘매출액’ 비율만 적용하여 재계산한 금액의 차액을 손금불산입한 것은 부당하다고 주장하나,

「법인세법」제26조

및 쟁점조항에 의하면, 특수관계가 있는 비출자공동사업자의 공동경비 중 ‘매출액’ 비율(직전 사업연도 매출액 총액에서 해당 법인의 매출액이 차지하는 비율)에 해당하는 분담금액을 초과하는 금액을 손금불산입한다고 규정하고 있을 뿐, ‘매출처수’ 비율 또는 약정에 따른 분담비율을 분담금액 계산의 기준으로 한다는 문언은 없는 점, 2008.2.22. 대통령령 제20619호로 일부개정된 「법인세법 시행령」의 쟁점조항에서 특수관계 없는 비출자공동사업자의 경우에만 약정에 따른 분담비율을 공동경비 분담금액 계산의 기준으로 할 수 있도록 한 것은 조세회피가 발생할 가능성이 크지 아니하기 때문인 점 등에 비추어 이 건과 같이 특수관계가 있는 비출자공동사업자의 공동경비는 ‘매출액’ 비율만으로 그 분담금액을 계산하는 것이 타당하다 하겠다.

따라서, 처분청이 당초 분담금액과 이 건 공동인건비 중 ‘매출액’ 비율에 해당하는 분담금액의 차액을 손금불산입하여 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점①-1.에 대하여 살피건대,

처분청은 청구법인과 이 건 법인이 당초 분담금액 계산시 쟁점인건비①을 이 건 공동인건비(공동경비)에 포함한 적이 있었고, 청구법인이 이를 지출한 후 중국현지법인으로부터 기술용역료(세부적으로 ‘중국현지법인 파견직원 인건비’ 항목)를 수취하였다는 사실로 인하여 동 직원이 청구법인과 이 건 법인의 업무를 공동으로 수행한 사실이 달라지지 아니한다는 이유로 이 건 공동인건비에서 쟁점인건비①을 차감하여야 한다는 청구주장이 이유 없다는 의견이나,

쟁점인건비①은 청구법인이 본인과 이 건 법인의 공동 부서인 ‘중국현지법인 관리팀’을 위하여 지출한 비용에는 해당되지만, 그것에 상당하는 금액을 중국현지법인으로부터 지급받을 기술용역료(수익)와 상계(이를 통하여 위 ＜표4＞ 기재와 같이 중국현지법인에 지급하여야 할 위탁가공료에서 그 금액만큼 차감한 잔액을 지급하였다)함으로써 회수한 사실이 확인되는 이상, 결과적으로 ‘지출된 비용’으로 볼 수는 없다고 할 것이므로 공동경비 배분대상인 이 건 공동인건비에서 제외하는 것이 타당하다고 판단된다.

(다) 마지막으로, 쟁점②에 대하여 살피건대,

처분청은 이OOO이 청구법인의 조직도상 기술연구소가 아니라 다른 부서(총무관리팀, 생산팀, 품질경영팀)를 총괄하는 직위(이사)에 있었고, 동 연구소 외 품질경영팀의 각 팀장을 겸직하는 직원(OOO)의 직속상관이었으며, 해외출장 후 작성한 보고서(20여건) 및 이에 대한 회계처리상 연구개발 외 다른 업무(신규거래처 발굴, 시장동향 파악, 품질 사후관리 등)를 담당하였다는 등의 이유로 그 인건비 또는 업무가 연구.인력개발을 위한 비용에 해당하지 아니하거나 연구개발에 포함되지 아니하는 것으로 보아야 한다는 의견이나,

이OOO은 인사변동내역에 의하면 2003.6.1. 기술연구, 공정개선 등의 업무를 수행하기 위하여 팀장으로 채용(직급은 ‘부장’)된 후 2010.3.1.(이사 승진일)까지 기술연구소 소속이었던 점, 처분청이 담당업무가 연구개발에 해당하지 아니한다고 본 근거인 청구법인의 조직도 및 해외출장보고서 외에 실제 연구개발이 아닌 다른 업무를 수행하였음을 입증할만한 증빙자료가 제시되지 아니한 점, 해외출장시 행한 시장조사 등은 공통부서 소속으로 경영관리 등의 목적으로 한 것이 아니라 기술연구소 소속으로 연구개발에 부수하여 수행하였다고 보이는 점, 청구법인의 공장에 기술연구소가 있다는 사실은 처분청도 인정하고 있음에도 그곳에 연구소장 등의 관리자 없이 직원 1명(대리 김OOO)만 소속되어 연구개발을 하였다는 것은 사회통념에 부합하지 아니한다고 보이는 점 등에 비추어 청구법인의 조직도 등과는 달리 기술연구소 소장으로서 연구개발을 수행하였다고 보는 것이 타당하다 하겠다.

따라서, 처분청이 이OOO의 인건비를 연구.인력개발비 세액공제 및 연구.인력개발준비금 충당의 각 적용대상이 아니라고 보고, 이에 대하여 세액공제의 배제, 준비금 환입액의 익금산입 및 동 준비금 미사용액에 대한 이자상당액의 산정을 하여 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1)쟁점① 관련

(가)법인세법(2015.12.15. 법률 제13555호로 일부개정되기 전의 것)

제26조[과다경비 등의 손금불산입] 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

4.법인이 그 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 경영함에 따라 발생되거나 지출된 손비

(나)법인세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20619호로 일부개정되기 전의 것)

제48조[공동경비의 손금불산입] ① 법인이 당해 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중 다음 각 호의 기준에 의한 분담금액을 초과하는 금액은 당해 법인의 소득금액 계산에 있어서 손금에 산입하지 아니한다.

1.출자에 의하여 특정사업을 공동으로 영위하는 경우에는 출자총액 중 당해 법인이 출자한 금액의 비율

2.제1호 외의 경우로서 해당 조직.사업 등에 관련되는 모든 법인 등(이하 이 항에서 “비출자공동사업자”라 한다)이 지출하는 공동광고선전비 외의 비용에 대해서는 직전 사업연도의 매출액 총액에서 당해 법인의 매출액이 차지하는 비율. 다만, 공동행사비 및 공동구매비 등 재정경제부령이 정하는 손비에 대해서는 참석인원수.구매금액 등 재정경제부령이 정하는 기준에 의할 수 있다.

3.제1호 외의 경우로서 비출자공동사업자가 지출하는 공동광고선전비에 대하여는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기준 중 해당 법인이 선택한 기준. 이 경우 나목 또는 다목의 기준을 선택한 때에는 5개 사업연도 동안 변경할 수 없다.

가.비출자공동사업자의 직전 사업연도의 매출액 총액에서 해당 법인의 매출액이 차지하는 비율. 이 경우 국내 또는 국외에서 지출한 공동광고선전비에 대해여는 수출금액 및 국내의 매출액 등 재정경제부령으로 정하는 기준에 따를 수 있다.

나.비출자공동사업자의 직전 사업연도의 매출원가 총액에서 해당 법인의 매출원가가 차지하는 비율

다.비출자공동사업자의 직전 사업연도의 인건비 총액에서 해당 법인의 인건비가 차지하는 비율

②제1항의 규정을 적용함에 있어서 매출액의 범위 등 분담금액의 계산에 관하여 필요한 사항은 재정경제부령으로 정한다.

(다)법인세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20619호로 일부개정된 것)

제48조[공동경비의 손금불산입] ① 법인이 당해 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중 다음 각 호의 기준에 의한 분담금액을 초과하는 금액은 당해 법인의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1.출자에 의하여 특정사업을 공동으로 영위하는 경우에는 출자총액 중 당해 법인이 출자한 금액의 비율

2.제1호 외의 경우로서 해당 조직.사업 등에 관련되는 모든 법인 등(이하 이항에서 “비출자공동사업자”라 한다)이 지출하는 비용에 대해서는 다음 각 목의 기준

가.비출자공동사업자 사이에 제87조 제1항 각 호의 어느 하나의 관계가 있는 경우 : 직전 사업연도 매출액 총액에서 해당 법인의 매출액이 차지하는 비율. 다만, 공동행사비 및 공동구매비 등 재정경제부령이 정하는 손비에 대하여는 참석인원수.구매금액 등 재정경제부령으로 정하는 기준에 따를 수 있다.

나.가목 외의 경우 : 비출자공동사업자 사이의 약정에 따른 분담비율. 다만, 해당 비율이 없는 경우에는 가목의 비율에 따른다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 매출액의 범위 등 분담금액의 계산에 관하여 필요한 사항은 재정경제부령으로 정한다.

(라)법인세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22035호로 일부개정되고, 2016.2.12. 대통령령 제26981호로 일부개정되기 전의 것)

제48조[공동경비의 손금불산입] ① 법인이 당해 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중 다음 각 호의 기준에 의한 분담금액을 초과하는 금액은 당해 법인의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1.출자에 의하여 특정사업을 공동으로 영위하는 경우에는 출자총액 중 당해 법인이 출자한 금액의 비율

2.제1호 외의 경우로서 해당 조직.사업 등에 관련되는 모든 법인 등(이하 이항에서 “비출자공동사업자”라 한다)이 지출하는 비용에 대해서는 다음 각 목의 기준

가.비출자공동사업자 사이에 제87조 제1항 각 호의 어느 하나의 관계가 있는 경우 : 직전 사업연도 또는 해당 사업연도의 매출액 총액 중 법인이 선택하는 금액(선택하지 아니한 경우에는 직전 사업연도의 매출액 총액을 선택한 것으로 보며, 선택한 사업연도부터 연속하여 5개 사업연도 동안 적용하여야 한다)에서 해당 법인의 매출액이 차지하는 비율. 다만, 공동행사비 및 공동구매비 등 기획재정부령이 정하는 손비에 대하여는 참석인원수.구매금액 등 기획재정부령으로 정하는 기준에 따를 수 있다.

나.가목 외의 경우 : 비출자공동사업자 사이의 약정에 따른 분담비율. 다만, 해당 비율이 없는 경우에는 가목의 비율에 따른다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 매출액의 범위 등 분담금액의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

제87조[특수관계인의 범위] ① 법 제52조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 특수관계인"이란 법인과 다음 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자(이하 "특수관계인"이라 한다)를 말한다. 이 경우 본인도

「국세기본법」 제2조

제20호 각 목 외의 부분 후단에 따라 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

1.임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(

「상법」 제401조의2

제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족

2. 주주등(소액주주등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족

3.법인의 임원·사용인 또는 주주등의 사용인(주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인 외의 자로서 법인 또는 주주등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족

4.해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

5.해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제4호까지의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

6.당해 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인이나 개인

7.당해 법인이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 의한 기업집단에 속하는 법인인 경우 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원

(마)법인세법 시행규칙(2016.3.7. 기획재정부령 제544호로 일부개정되기 전의 것)

제25조[매출액의 범위 등] ① 영 제48조 제1항 제2호 가목에 따른 매출액은 기업회계기준에 의한 매출액(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자업자, 투자매매업자 또는 투자중개업자의 경우에는 영 제40조 제1항 제1호 및 제2호에 따라 산정한 금액으로 할 수 있다. 이하 이 조에서 같다)으로 한다.

(2)쟁점② 관련

(가)조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 일부개정되기 전의 것)

제9조[연구.인력개발준비금의 손금산입] ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구ㆍ인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구ㆍ인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(

「법인세법」 제43조

의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1.해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

2.손금에 산입한 준비금이 제1호에 따라 익금에 산입할 금액을 초과하면 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 연구ㆍ인력개발에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 전에 익금에 산입할 수 있다.

④ 제2항 제2호 또는 제3항에 따라 연구ㆍ인력개발준비금을 익금에 산입하는 경우 해당 준비금 중 연구ㆍ인력개발에 사용하지 아니한 금액에 상당하는 준비금에 대해서는 해당 과세연도 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며 해당 세액은

「소득세법」 제76조

또는

「법인세법」 제64조

에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육ㆍ훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

제10조[연구.인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

1.연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2.연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3.제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

가.해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

나.해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1) 중소기업인 경우 : 100분의 25

(나)조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 일부개정되기 전의 것)

제8조[연구 및 인력개발준비금의 범위 등] ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. (단서 생략)

② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

1. 일반적인 관리 및 지원활동

2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

3. 반복적인 정보수집 활동

4. 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동

5. 특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무

6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사·탐사하는 활동

7. 위탁받아 수행하는 연구활동

③ 법 제9조 제4항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액"이란 제1호의 금액에 제2호의 기간과 제3호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1.연구·인력개발준비금을 손금에 산입한 과세연도에 그 준비금을 손금에 산입하지 아니하고 계산한 소득세액 또는 법인세액에서 그 준비금을 손금에 산입하여 계산한 소득세액 또는 법인세액을 뺀 금액

2.손금에 산입한 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 익금에 산입한 과세연도의 종료일까지의 기간

3. 1일 1만분의 3

제9조[연구 및 인력개발비에 대한 세액공제] ① 법 제10조 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)을 말한다. 다만, 제8조 제1항 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1.기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 별표 7에 따른 신성장동력산업 분야별 대상기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 "신성장동력산업연구개발업무"라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다.

2.신성장동력산업연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비

② 법 제10조 제1항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)을 말한다. 다만, 제8조 제1항 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1.기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 별표 8에 따른 원천기술 분야별 대상기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 "원천기술연구개발업무"라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다.

2.원천기술연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비

(다)조세특례제한법 시행규칙(2017.3.17. 기획재정부령 제614호로 일부개정되기 전의 것)

제7조[연구 및 인력개발비의 범위] ① 영 별표 6 제1호 가목 1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)를 말하며, 영 별표 6의 제1호 가목 1)에 따른 연구개발서비스업이란 「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원

특별법」 제18조

제2항에 따라 미래창조과학부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조 제4호 가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 "연구개발서비스업"이라 한다)을 말한다.

1.「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제16조 제1항 및 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

2.

「문화산업진흥 기본법」 제17조의3

제1항에 따른 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서

② 영 제9조 제1항 제1호 및 같은 조 제2항 제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 연구소 및 전담부서"란 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업으로서 영 제9조 제1항 제1호 및 같은 조 제2항 제1호에 따른 신성장동력산업연구개발업무 및 원천기술연구개발업무(이하 이 항에서 "해당업무"라 한다)만을 수행하는 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업(이하 이 조에서 "신성장동력산업·원천기술연구개발 전담부서등"이라 한다)을 말한다. 다만, 일반연구개발을 수행하는 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업으로서 해당업무에 관한 별도의 조직을 구분하여 운영하는 경우에는 그 내부 조직을 신성장동력산업·원천기술연구개발 전담부서등으로 본다.

③ 영 별표 6의 제1호 가목 1)에서 "기획재정부령으로 정하는 자"란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. 다만, 주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다. (각 호 생략)