조심 2018구3016 (2019.11.21)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO외 467필지상에 OOO 979세대와 상가 83호를 신축하는 재건축사업(이하 “재건축사업”이라 한다)을 위하여 2006.11.30. 조합설립인가를 받아 설립된 주택재건축조합이다.

나. 청구법인은 재건축사업과 관련하여 조합원들로부터 현물출자받아 취득한 부동산(이하 “종전자산”이라 한다)을 2007.11.9.에 사업시행인가일인 2007.7.20.을 기준으로 한 감정가액들의 평균액인 OOO원(이하 “사업시행감정가액”이라 한다)으로 장부에 계상하였다가 이를 2013.6.30. 건설용지로 대체하였으며, 2015.4.1. 현금청산금 등 OOO원을 차감하여 그 장부가액을 OOO원으로 하였다.

다. 이후 청구법인은 조합원들 소유였던 종전자산에 대하여 현물출자에 따른 신탁등기일인 2008.3.27.을 기준으로 2015년 11월에 소급하여 감정평가한 가액의 평균액인 OOO원(이하 “쟁점소급감정가액”이라 한다)을 그 취득가액으로 보아 위 건설용지 장부가액 OOO원과의 차액인 OOO원을 건설용지로 추가 계상하여 2015사업연도 법인세를 신고하였다.

라. 처분청은 2017.4.20.부터 2017.6.5.까지 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 당초 적정하게 계상한 종전자산 장부가액(OOO원)을 2015년 11월에 소급감정평가를 받아 OOO원만큼 임의로 평가증한 것으로 보아 수익사업인 일반분양분에 해당하는 건설용지비 OOO원(경비안분비율 OOO)을 손금불산입하는 등의 경정을 하여 2018.4.16. 청구법인에게 2015사업연도 법인세 OOO원을 고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2018.7.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 청구법인이 재건축사업의 조합원들로부터 현물출자 받은 종전자산 취득가액의 평가기준일을 사업시행인가일인 2007.7.20.로 하여 2007.11.9. 감정평가한 사업시행감정가액으로 산정하여야 한다는 의견이나, 재건축사업의 사업시행인가일과 청구법인의 종전자산 취득시기인 관리처분계획인가일(2008.1.31.)과 6개월 이상 차이가 있고, 사업시행감정가액은 「도시 및 주거환경정비법」(이하 “도정법”이라 한다)상 관리처분계획 수립을 위한 특수목적 감정가액으로서 재건축 개발이익이 미반영된 감정가액에 해당하므로 이를 청구법인의 종전자산 취득당시의 시가로 보아 그 취득가액으로 하는 것은 타당하지 않다.

(2) 반면, 쟁점소급감정가액은 재건축사업을 위한 종전자산의 신탁등기일(2008.3.27.)을 평가기준일로 하여 2곳의 감정평가법인이 2015년 11월에 감정평가한 가액의 평균액으로서 소급감정가액이기는 하나, 대법원 및 조세심판원은 소급감정평가를 하더라도 그 감정평가액이 시가에 부합하면 이를 시가로 인정하고 있고, 쟁점소급감정가액은 청구법인의 재건축사업으로 인한 과세소득을 정확하게 산정하기 위하여 감정평가 관련 법규에 따라 일반거래를 위한 2008.3.27. 당시의 시가를 적법하게 평가한 감정가액이고, 그 평가기준일이 청구법인의 종전자산 취득시기인 2008.1.31.(관리처분계획인가일)과 2달 정도 차이 밖에 나지 않으므로 쟁점소급감정가액을 청구법인의 종전자산 취득가액으로 인정하여야 한다.

(3) 이 건 재건축사업은 확정지분제 방식으로서 그 재건축사업으로 인한 이익(일반분양에서 발생하는 이익)은 모두 시공사에 귀속되는 점, 재건축조합은 사실상 도관 성격이고, 재건축사업의 조합 및 조합원에게 실질적으로 귀속되거나 발생한 이익은 없는 점, 재건축조합의 수익사업에 대한 법인세와 그 조합원이 부담하는 양도소득세는 이중과세의 소지가 있는 점 등을 아울러 고려할 때, 처분청이 청구법인에게 한 이 건 법인세 부과처분은 위법·부당하므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 종전자산에 대한 사업시행감정가액은 재건축사업으로 인한 개발이익이 미반영된 것으로 이를 청구법인이 재건축사업의 조합원들로부터 현물출자받아 취득할 당시(2008.1.31.)의 시가로 볼 수 없다고 주장하나, 그 감정평가서상 평가가액 산출근거에 따르면 재건축사업의 부지를 당해 토지와 유사한 이용가치를 지닌다고 인정되는 표준지 공시지가를 기준으로 공시기준일부터 가격시점까지의 지가변동률과 위치, 규모, 형태, 이용상황, 주변환경 및 기타 제반사항을 종합 참작하여 평가한 것으로 나타나는바, 재건축사업으로 예상되는 개발이익이 반영된 것으로 볼 수 있다.

(2) 청구법인은 사업시행감정가액을 재건축사업 조합원들의 현물출자가액으로 볼 수 없다고 주장하나, 청구법인은 사업시행감정가액을 조합원들의 권리가액, 청산금(분담금 또는 환불금) 산출의 기준가액으로 하였다.

(3) 청구법인은 2015년 11월에 종전자산에 대하여 2008.3.27.을 평가기준일로 하여 소급감정평가를 하여 재건축사업의 건설용지 장부가액을 OOO원 추가로 계상하였으나, 이는 회계상으로만 재건축사업 조합원들이 현물출자한 것으로 계상한 것일 뿐, 위와 같이 조합원들의 권리가액, 청산금 산출시 기준가액으로 사용한 사실이 없으므로 실질적으로 이는 재건축사업 조합원들의 현물출자가액이 아니라 임의 평가증에 불과한 것으로 보아야 한다.

(4) 또한, 청구법인은 재건축사업에서 탈퇴한 조합원으로부터 사업부지 등을 사업시행감정가액을 기준으로 산정한 가액으로 매수하였는바, 그 매매사례가액에 의하여 청구법인이 재건축사업의 조합원들로부터 종전자산을 현물출자받을 당시의 시가를 평가하더라도 그 취득가액은 사업시행감정가액과 달리 산정되지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 조합원들로부터 현물출자받은 종전자산의 취득가액을 쟁점소급감정가액으로 평가하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제41조【자산의 취득가액】① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산은 제작원가에 부대비용을 가산한 금액

3. 제1호 및 제2호외의 자산은 취득당시의 대통령령이 정하는 금액

제42조【자산.부채의 평가】① 내국법인이 보유하는 자산과 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각은 제외하며, 이하 이 조에서 "평가"라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 자산과 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1.「보험업법」이나 그 밖의 법률에 따른 고정자산의 평가(장부가액을 증액한 경우만 해당한다)

2. 재고자산 등 대통령령으로 정하는 자산과 부채의 평가

② 제1항 제2호에 따른 자산과 부채는 그 자산 및 부채별로 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가하여야 한다.

(2) 법인세법 시행령

제14조【재산가액의 평가 등】① 법 제16조 제1항 각 호의 규정에 의하여 취득한 재산 중 금전외의 재산의 가액은 다음 각호에 의한다.

1. (본문 생략)

다. 기타의 경우에는 취득당시 법 제52조의 규정에 의한 시가(이하 "시가"라 한다). (단서 생략)

제72조【자산의 취득가액 등】① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

3. 현물출자.합병 또는 분할에 의하여 취득한 자산：장부에 계상한 출자가액 또는 승계가액. 다만, 그 가액이 시가를 초과하는 경우에는 그 초과금액을 제외하고, 제61조 제2항 각호의 1에 해당하는 금융기관의 재정경제부령이 정하는 금전채권 등의 경우에는 피합병법인 등의 장부가액으로 한다.

제89조【시가의 범위 등】 ① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인 및 코스닥상장법인이 발행한 주식을「한국증권선물거래소법」에 따른 한국증권선물거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국증권선물거래소 최종시세가액)에 의한다.

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1.「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

(3) 조세특례제한법

제104조의7【정비사업조합에 대한 과세특례】②「도시 및

주거환경정비법」제18조

에 따라 설립된 조합(전환정비사업조합을 포함하며, 이하 이 조에서 "정비사업조합"이라 한다)에 대해서는

「법인세법」제1조

에도 불구하고 비영리내국법인으로 보아「법인세법」(같은 법 제29조는 제외한다)을 적용한다. 이 경우 전환정비사업조합은 제1항 단서에 따라 신고한 경우만 해당한다.

(4) 조세특례제한법 시행령

제104조의4【정비사업조합의 수익사업의 범위】법 제104조의7 제2항을 적용할 때 정비사업조합이「도시 및 주거환경정비법」에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은

「법인세법」제3조

제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다.

(5) 도시 및 주거환경정비법

제28조【사업시행인가】① 사업시행자(괄호 생략)는 정비사업을 시행하고자 하는 경우에는 제30조의 규정에 의한 사업시행계획서(이하 "사업시행계획서"라 한다)에 정관등과 그 밖에 건설교통부령이 정하는 서류를 첨부하여 시장ㆍ군수에게 제출하고 사업시행인가를 받아야 한다. 인가받은 내용을 변경하거나 정비사업을 중지 또는 폐지하고자 하는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 때에는 시장ㆍ군수에게 이를 신고하여야 한다.

제48조【관리처분계획의 인가 등】① 사업시행자(주거환경개선사업을 제외한다)는 제46조의 규정에 의한 분양신청기간이 종료된 때에는 이 법이 정하는 바에 의하여 기존의 건축물을 철거하기 전에 제46조의 규정에 의한 분양신청의 현황을 기초로 다음 각호의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장ㆍ군수의 인가를 받아야 하며, 관리처분계획을 변경ㆍ중지 또는 폐지하고자 하는 경우에도 같다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 때에는 시장ㆍ군수에게 신고하여야 한다.

1.분양설계

2.분양대상자의 주소 및 성명

3.분양대상자별 분양예정인 대지 또는 건축물의 추산액

4.분양대상자별 종전의 토지 또는 건축물의 명세 및 사업시행인가의 고시가 있은 날을 기준으로 한 가격

5.정비사업비의 추산액 및 그에 따른 조합원 부담규모 및 부담시기

6.분양대상자의 종전의 토지 또는 건축물에 관한 소유권 외의 권리명세

7.그 밖에 정비사업과 관련한 권리 등에 대하여 대통령령이 정하는 사항

③ 사업시행자는 제46조의 규정에 의하여 분양신청을 받은 후 잔여분이 있는 경우에는 정관등 또는 사업시행계획이 정하는 목적을 위하여 보류지(건축물을 포함한다)로 정하거나 조합원 외의 자에게 분양할 수 있다. 이 경우 분양공고와 분양신청절차 등 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑤주택재개발사업에서 제1항 제3호ㆍ제4호의 규정에 의한 재산을 평가할 때에는 다음 각 호의 방법에 의한다.

1.제1항 제3호의 분양예정지인 대지 또는 건축물의 추산액은 시.도의 조례가 정하는 바에 의하여 산정하되, 시장.군수가 추천하는 부동산가격공시및감정평가에관한법률에 의한 2인 이상의 감정평가업자의 감정평가 의견을 참작하여야 한다.

2.제1항 제4호에 규정된 사항중 종전의 토지 또는 건축물의 가격은 시장.군수가 추천하는 부동산가격공시및감정평가에관한법률에 의한 감정평가업자 2인 이상이 평가한 금액을 산술평균하여 산정한다.

3.제1호 및 제2호의 규정에 불구하고 관리처분계획을 변경.중지 또는 폐지하고자 하는 경우에는 분양예정인 대지 또는 건축물의 추산액과 종전의 토지 또는 건축물의 가격은 사업시행자 및 토지등소유자 전원이 합의하여 이를 산정할 수 있다.

⑥주택재건축사업에서 사업시행자가 제1항 제3호 및 제4호의 규정에 의한 재산에 대하여 부동산가격공시및감정평가에관한법률에 의한 감정평가업자의 평가를 받고자 하는 경우에는 제5항 각 호의 규정을 준용하여 할 수 있다.

(6) 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률

제5조【감정평가의 의뢰】① 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 또는 그 밖에 대통령령으로 정하는 공공단체(이하 “국가등”이라 한다)가 토지등의 관리.매입.매각.경매.재평가 등을 위하여 토지등을 감정평가하려는 경우에는 감정평가업자에게 의뢰하여야 한다.

② 금융기관.보험회사.신탁회사 또는 그 밖에 대통령령으로 정하는 기관이 대출, 자산의 매입.매각.관리 또는 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」에 따른 재무제표 작성을 포함한 기업의 재무제표 작성 등과 관련하여 토지등의 감정평가를 하려는 경우에는 감정평가업자에게 의뢰하여야 한다.

③ 제1항 또는 제2항에 따라 감정평가를 의뢰하려는 자는 제33조에 따른 한국감정평가사협회에 요청하여 추천받은 감정평가업자에게 감정평가를 의뢰할 수 있다.

④ 제1항 및 제2항에 따른 의뢰의 절차와 방법 및 제3항에 따른 추천의 기준 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(7) 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 시행령

제5조【감정평가업자의 추천】① 법 제33조 제1항에 따른 한국감정평가사협회(이하 “협회”라 한다)는 법 제5조 제3항에 따라 감정평가업자 추천을 요청받은 경우에는 요청을 받은 날부터 7일 이내에 감정평가업자를 추천하여야 한다.

② 협회는 법 제5조 제3항에 따라 감정평가업자를 추천할 때에는 다음 각 호의 기준을 고려하여야 한다.

1. 감정평가 대상물건에 대한 전문성 및 업무실적

2. 감정평가 대상물건의 규모 등을 고려한 감정평가업자의 조직규모 및 손해배상능력

3. 법 제39조에 따른 징계건수

4. 그 밖에 협회가 추천에 필요하다고 인정하는 사항

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 재건축사업의 사업시행구역은 OOO 일원의 64,186.10㎡이고, 조합원은 195명이며, 신축한 아파트 및 상가는 각 979세대 및 83호이다.

(2) 청구법인은 2007.7.20. 재건축사업의 사업시행인가를 받았고, 2007.10.12. 시공사를 OOO 주식회사로 선정하여 지분제 방식으로 재건축사업을 시행하기로 하는 계약을 체결하였으며, 2008.1.31. 관리처분계획인가를 받았고, 2015.8.28. 신축 아파트 및 상가를 준공하였다.

(3) 사업시행감정가액(OOO원)은 청구법인이 재건축사업의 관리처분계획을 위하여 조합원들로부터 현물출자받은 종전자산에 대하여 평가기준일을 2007.7.20.(사업시행인가일)로 하여 2007.11.12. 경일 및 가온 감정평가법인이 산출한 감정평가액의 산술평균액이다.

(가) 위 감정평가서상 그 평가목적은 재건축사업에 편입되는 토지, 건물, 구분소유건물(다세대주택) 등에 대한 평가로서 관리처분계획을 위한 종전자산의 감정평가라고 기재되어 있고, 그 평가방법으로 토지는 공시지가 기준방식, 건물은 원가방식, 구분건물은 비교방식을 적용하여 평가한 것으로 나타난다.

(나) 그 중 토지의 평가방법이 구체적으로 기재된 부분을 보면,「부동산가격 공시 및 감정평가에 관한 법률」, 「감정평가에 관한 규칙」, 기타 감정평가에 관한 관련 제 규정에 의거하여 당해 토지와 유사한 이용가치를 지닌다고 인정되는 표준지 공시지가를 기준으로 공시기준일부터 가격시점까지의 지가변동률과 위치, 규모, 형태, 이용상황, 주변환경 및 기타 제반 사항을 종합 참작하여 평가하였다고 기재되어 있다.

(4) 쟁점소급감정가액(OOO원백만원)은 청구법인이 법인세 신고를 목적으로 재건축사업 대상 토지의 취득가액 산정을 위해 2015.11.23. 의뢰하여 경일 및 가온 감정평가법인이 2008.3.27.(신탁등기일)을 평가기준일로 하여 2015.11.25. 산출한 종전자산에 대한 감정평가액의 산술평균액이다.

(가) 위 감정평가서상 그 평가목적은 재건축사업에 편입되는 토지, 건물, 구분소유건물(다세대주택)로서 현물출자자산(종전자산)에 대한 일반거래 목적의 감정평가라고 기재되고 있고, 그 평가방법으로 토지는 공시지가 기준방식, 건물은 원가방식, 구분건물은 비교방식을 적용하여 평가한 것으로 나타난다.

(나) 그 중 토지의 평가방법이 구체적으로 기재된 부분을 보면, 「부동산가격 공시 및 감정평가에 관한 법률」, 「감정평가에 관한 규칙」, 기타 감정평가에 관한 관련 제 규정에 의거하여 당해 토지와 유사한 이용가치를 지닌다고 인정되는 표준지 공시지가를 기준으로 공시기준일부터 가격시점까지의 지가변동률과 위치, 규모, 형태, 이용상황, 주변환경 및 기타 제반 사항을 종합 참작하여 평가하였다고 기재되어 있다.

(5) 청구법인이 2013년 4월에 인가받은 재건축사업의 관리처분(변경)계획안 주요 내용은 다음과 같다.

(6) 청구법인의 재건축사업 관리처분계획 인가신청 첨부서류인 ‘분양대상자별 청산액 추산내역서’ 등에 의하면 권리가액 산정에 사용된 비례율은 OOO로 확인되고, 청구법인은 사업시행감정가액을 조합원별 종전자산의 기준가액으로 하였으며, 그 기준가액에 위 비례율을 곱하여 산정된 금액을 조합원별 권리가액(무상지분금)으로 확정하였고, 이와 같이 확정된 조합원별 권리가액과 조합원별 분양가액(분양예정 추산액)과의 차액에 대하여 청산금(분담금 또는 환불금)을 확정한 사실이 확인된다.

(7) 청구법인은 이 건 재건축사업에서 탈퇴한 조합원의 토지 및 건물의 현금청산금은 권리가액의 OOO 상당액(사업시행감정가액 OOO 상당액)으로 산출하는 것으로 2013년 4월에 관리처분인가를 받았고, 청구법인은 탈퇴조합원(현금청산대상자)의 종전자산을 2008년 3월～2013년 3월 기간 중 현금청산금 OOO원을 지급하고 매수하였다.

(8) 청구법인의 2013사업연도~2015사업연도 법인세 신고내역은 다음과 같다.

(9) 청구법인의 2015사업연도 법인세 신고내역을 보면, 수입금액은 OOO원(일반분양수입이며 인도기준에 의해 수익을 인식하였음)이고, 매출원가는OOO이며, 그 매출원가 중 당기총공사비용은 건설용지비 OOO원이고, 이 중 건설용지비 OOO원은 사업시행감정가액에서 현금청산금 등을 차감한 OOO원, 쟁점소급감정가액 관련 증액분 OOO원, 탈퇴조합원에 대한 종전자산 현금청산금 및 법무비용 OOO원인 것으로 확인된다.

(10) 청구법인에 대한 외부회계 감사보고서(2007.1.1～2015.9.30)상 주석사항의 주요내용은 다음과 같다.

(11) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 조합원들로부터 현물출자받은 종전자산의 취득가액을 쟁점소급감정가액으로 산정하여야 한다고 주장하나, 쟁점소급감정가액은 청구법인이 수익사업인 일반분양이 완료된 이후에 그 과세소득을 축소할 의도로 조합원들로부터 현물출자받은 종전자산의 취득시기인 관리처분계획인가일(2008.1.31.)이 아니라 신탁등기일(2008.3.27.)을 기준시점으로 하여 2015년 11월에 약 7년 전에 종전자산의 시가에 대한 소급감정을 의뢰하여 평가가 이루어진 것이어서 청구법인이 이를 취득할 당시의 객관적인 시가로 인정하기 어려운 점, 반면 청구법인이 당초 장부에 계상한 종전자산의 장부가액(사업시행감정가액)은 주택재건축사업의 사업시행인가일인 2007.7.20.을 기준시점으로 하여 그 당시인 2007년 11월에 2곳의 감정평가기관에서 평가한 감정가액의 산술평균액인 점, 이를 기준가액으로 하여 청구법인(주택재건축조합)이 재건축 사업을 시행하여 조합원들의 권리가액 산정과 탈퇴 및 청산 조합원들에 대한 보상을 하였으므로 사업시행감정가액을 당해 자산의 매매사례가액으로 볼 수 있는 점, 이 건의 경우 청구법인이 시행한 재건축사업의 사업시행인가일과 관리처분계획인가일 사이의 기간 동안 종전자산의 시가가 특별히 변동한 사실이 객관적으로 확인된다고 보기 어려운 점 등을 종합적으로 고려할 때, 청구법인이 종전자산을 조합원들로부터 현물출자받아 취득한 당시인 2008년부터 2015년 11월에 이에 대한 소급감정평가를 실시하기 전까지 장부에 계상한 종전자산의 장부가액(사업시행감정가액)이 그 시가에 부합하는 것으로 봄이 타당하므로 청구법인이 2015년 11월에 종전자산의 장부가액을 OOO원만큼 임의로 평가증한 것으로 보아 수익사업인 일반분양분에 해당하는 건설용지비 OOO원을 손금불산입하는 등의 경정을 하여 처분청이 청구법인에게 이 건 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.