조심2008지1075 (2009.09.11)

청구법인이 2008.9.22. 신고한 등록세 623,688,420원, 지방교육세 124,737,680원, 합계 748,426,100원은 이를 취소한다.

1. 처분 개요 가. 청구법인은 2005.5.9. OOO OOO OO OOOO 토지 40,090.5㎡(OOO OOOOOOOOO OOOOO OOOOOOOO, OO OO O OOOO OO)를 OOOO(주)로부터 취득하고, 2008.9.22. 이 건 토지의 취득가액 31,184,421,230원을 과세표준으로 하고 「지방세법」제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 후 등록세 623,688,420원, 지방교육세 124,737,680원, 합계 748,426,100원을 자진신고하였으며, 청구법인이 「지방세법」제283조 제2항의 규정에 의해 건설업자인 OOOO(주)가 건설공사별 회계처리를 목적으로 설립한 별도법인(이하 “특수목적법인”이라 한다)에 해당하는 것으로 하여 2008.10.8. 처분청에 이 건 토지의 소유권이전에 따른 등록세 감면신청을 하였다. 나. 처분청은 청구법인을 건설업자인 OOOO(주)가 출자하여 설립하지 아니하고 OOOO(주)의 전체 주주인 OOO, OOO, OOO(이하 “OOO 외 2인”이라 한다)이 출자하여 설립하였으므로 「지방세법」제283조 제2항에서 규정하고 있는 특수목적법인에 해당하지 않아등록세 감면대상이 아님을 2008.10.14. 청구법인에게 통보하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.12.10. 심판청구를 하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 OOOO(주)가 아닌 OOOO(주)의 전체 주주인 OOO 외 2인이 출자하여 설립한 것으로 되어 있으나, 이는 업무착오에 의한 것이고, 청구법인이 OOOO(주)의 이사회 결의와 주주총회 결의에 따라 설립된 점, 청구법인의 자본금이 OOOO(주)에서 출자되었음이 금융증빙 등에 의해 확인되는 점, 청구법인이 OOOOO OOO지점에서 프로젝트 파이낸싱(P.F) 대출시 OOOO(주)가 연대보증을 한 점, OOOO(주)가 소를 제기하여 청구법인의 주식이 OOOO(주) 소유임을 판결받아 주식을 명의개서하고 주주 명부를 정정한 점 등을 감안하면 청구법인은 OOOO(주)가 출자하여 설립한 것으로 보아야 한다. (2) 「지방세법」제283조 제2항에서는 특수목적법인에 대한 구체적인 요건을 규정하고 있지 않으며, 이 규정은 건설업자가 여러 종류의 건설사업을 추진하는 과정에서 특히 아파트건설부분 등에서 당해 법인 전체의 자금사정에 의해 아파트건설에 차질이 우려되는 경우에 아파트건설 부분만 별도로 법인을 설립하여 분양받은 자들의 권익을 보호하기 위해 마련된 조치임을 감안할 때, 청구법인은 위 규정의 특수목적 수행을 위하여 설립된 법인에 해당하므로 이 건 토지에 대한 등록세는 감면되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인이 「지방세법」제283조 제2항의 규정에 의한 등록세 등의 면제 대상에 해당하기 위해서는 이 건 토지의 매도자인 OOOO(주)가 직접 설립·출자한 법인이어야 하나, 청구인은 OOOO(주)의 주주인 O OO 외 2인이 출자·설립한 법인이므로 위 규정에 의한 등록세 면제대상에 해당하지 않는다. (2) 청구법인은 업무착오로 OOOO(주)가 아닌 OOO 외 2인이 주주 가 된 것이라 하나, 사회통념상 인정하기 어렵고 사업에서 발생한 이익을 개인주주로 귀속시키기 위해 개인을 출자자로 하였을 가능성도 있는 점, 법인설립 이후 이 건 심판청구일까지 4년이 경과하도록 주주명부를 개서한 사실이 없는 점, OOOO(주)가 주식납입대금 5억원을 주주 OOO의 가수금 변제로 회계처리한 점 등을 감안하면 청구법인을 OOOO(주)가 출자하여 설립한 법인으로 보기 어렵다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 청구법인이 건설업자가 건설공사별 회계처리를 목적으로 설립한 별도법인에 해당하는지 여부 나. 관련 법령 (1) 지방세법 제283조 (법인합병 등에 대한 감면) ② 「건설산업기본법」에 의하여 등록된 건설업자(이하 이 항에서 “건설업자”라 한다)가 건설공사별 회계처리를 목적으로 설립한 별 도법인이 당해 공사를 수행하기 위하여 출자한 건설업자로부터 취 득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 대도시안에 소재하는 건설업자가 대도시안에 설립하는 별도법인의 설립등기에 대하여 등록세를 과세함에 있어서는 제138조 제1항의 세율을 적용하지 아니한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 먼저, 청구법인의 이 건 토지 취득과 관련한 사실관계를 보면, (가) OOOO(주)는 2003.5.2. 한국토지공사로부터 이 건 토지 40,083㎡를 매매대금 29,619,000,000원(2003.5.2～2005.4.27, 5회 분납조건)에 취득하는 계약을 하였고, 2005.4.1. 이 건 토지 면적을 40,092㎡로, 매매대금을 29,626,420,000원으로 계약을 변경하였다. (나) 청구법인은 2005.4.15. 주택건설 및 분양공급업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로 설립당시 주주는 OOOO(주)의 전체 주주인 OOO, OOO, OOO으로 되어 있다. (다) 청구법인과 농협중앙회간 2005.5.4. 체결된 대출약정서에서 차주(청구법인)는 대주(OOOOO)에 대한 대출 원리금 상환의무를 담보하기 위하여 차주의 주주 OOO 외 2인이 소유한 차주 발행 주식에 대하여 대주를 근질권자로, 피담보 채무를 2백60억원으로 하는 근질권설정계약을 체결하고, 차주는 최초인출인 이전까지 대주가 동의하는 형식과 내용으로 대표이사, OOOO(주) 및 시공회사가 작성한 각 연대보증서를 제출하는 것으로 되어 있다. (라) 청구법인, OOOO(주) 및 한국토지공사는 2005.5.9. OOOO(주)로부터 청구법인이 이 건 토지에 대한 매수인의 지위을 양수하는 내용의 권리의무승계계약을 체결하였으며, 동 계약서에는 OOOO(주)가 한국토지공사로부터 소유권 이전등기를 한 후 청구법인에게 다시 소유권 이전 등기를 하는 것으로 되어 있다. (마) OOOO(주)는 2008.7.31. 이 건 토지를 한국토지공사로부터 매매를 원인으로 하여 소유권이전 등기를 하였고, 청구법인은 2008.9.22. OOOO(주)로부터 이 건 토지의 소유권 이전 등기를 하기 위해 처분청에 등록세 자진신고를 하고, 2008.10.8. 지방세법 제283조 제2항에 의한 등록세 감면신청을 하였으나, 처분청은 2008. 10.14. 감면에 해당하지 않음을 통보하였다. (2) 다음으로, 청구법인의 설립과 관련된 사실을 보면, (가) 청구법인의 자본금은 2005.4.15. OOOO(주)의 예금계좌(OOOO OOOOOOOOOOOOOOOOO)에서 5억원이 수표 3장으로 출금되어, 동 일자에 OOOOOO(주)의 주식납입금으로 보관(OOOO OOOO) 되었다가 2005.4.18. OOOOOO(주) 예금계좌(OOOOOOOOOOOOOOOOO)로 입금되었음이 확인되고, OOOO(주)는 이에 대한 회계처리를 2005. 4.15. 주주임원 단기채무계정에 주주 OOO의 가수금 반제로 하였다. (나) OOOO(주)의 2005.3.15. 임시주주총회 의사록 및 이사회 회의록에 의하면, 이 건 토지에 연면적 72,623㎡ 규모의 임대주택 및 부대복리시설을 신축하고 분양하는 사업과 관련하여 별도법인인 청구법인을 설립하여 당해 공사를 수행하기 위한 모든 제반업무와 임대분양 관리 및 회계처리하는 것을 승인한 것으로 나타난다. (다) OOOO(주)의 2005 사업년도 외부감사 보고서에는 재무제표에 대한 주석사항으로 「 OOOO OO임대아파트 신축공사와 관련하여 특수목적법인인 OOOOOO(주)를 설립하고 전기중 당사가 분양받은 OOOO OOOOO 용지를 OOOOOO(주)에 장부가액에 매도 하였다」라고 되어 있고, 2008 사업년도 외부감사 보고서에는 「 등기부상 OOOOOO(주)의 주주는 당사의 대표이사 외 2명으로 되어 있지만, 설립당시 주식대금 5억원이 당사통장에서 출자금으로 직접 출금되어 설립된 법인으로 실질적인 주주는 OOOO(주)임」으로 기재되어 있다. (라) OOOOO OOO 지점의 확인서(OO OOO OOOOOOOO, OOOOOOOOOO)에 의하면, OOOO OOOO 아파트 신축관련 프로젝트금융을 취급함에 있어 동 프로젝트 사업의 원만한 진행을 위하여 본 사업과 관련된 특수목적법인을 설립토록 하였고, 특수목적법인인 청구법인의 실질적인 지배권은 OOOO(주)에 있어 OOOO(주)를 연대보증토록 하였다고 확인하고 있다. (마) OOOO(주)는 피고를 OOO 외 2인으로 하고 소를 제기하여 OOOO OO(주)가 발행한 액면금 10,000원의 보통주식 50,000주는 OO OO (주)의 주식임을 확인하는 판결( OOOOOO OOOOOOOOOOO, OOOOO OOOOO OO, OOOOO OO) 을 받아 주식 명의개서 및 주주명부를 정정하고 자본금 출자에 관한 회계처리도 주주 OOO의 가수금 반제가 아닌 관계회사 출자금으로 정정하였다. (3) 처분청은 청구법인이 OOOO(주)가 직접 출자하여 설립하지 아니하고 OOOO(주)의 주주인 OOO 외 2인이 출자·설립한 법인이므로 등록세 면제대상에 해당하지 않는다고 보았으나, 「지방세법」제283조 제2항의 규정의 입법 취지는 「건설산업기본법」에 의하여 등록된 건설업자가 여러 종류의 건설사업을 추진하는 과정에서 특히 아파트건설부분 등에서 당해 법인 전체의 자금사정으로 인하여 아파트건설에 차질이 우려될 경우에 이 아파트건설부분만을 별도의 법인으로 설립하여 분양받은 자들의 권익을 보호하기 위해 마련된 것으로서 토지 등을 특수목적법인으로 소유권 이전하여 별도의 사업을 추진하는 경우 발생하는 등록세 등은 새로운 취득이기 보다는 건설산업의 구조 건전화 과정에서 발생하는 형식적인 소유권 이전 등기에 불과하여 감면하는 것이고, 당해 규정에서 별도로 “건설공사별 회계처리를 목적으로 설립한 별도법인”에 대한 구체적인 요건은 규정하지 아니하고 있다. (4) 청구법인의 경우 위의 사실관계 등에서 청구법인의 자본금을 실질적으로 OOOO(주)에서 출자하였음이 금융증빙 등에 의해 확인되는 점, OOOO(주)의 주주총회 의사록과 외부 감사보고서에서 청구법인을 OOOO(주)가 건설공사별 회계처리를 위해 설립하였고, 청구법인의 실질적인 주주는 OOOO(주)임을 명시하고 있는 점, 이 건 토지상의 임대아파트 신축과 관련하여 OOOOO OOO 지점에서 프로젝트파이낸싱(P.F) 대출시 특수목적법인인 청구법인의 설립을 요구하였으며 OOOO(주)가 연대보증을 한 점, OOOO(주)와 OOO 외 2인이 서로 어떠한 손익도 없는 상태에서 착오로 OOO 외 2인이 청구법인의 주주가 된 사실을 인정하고 있으며, 이를 확인하기 위해 소를 제기하여 OOOOOO(주)가 발행한 전체주식이 OOOO(주)의 주식임을 확인하는 확정판결을 받아 주식 명의개서 및 주주명부를 정정하고 회계처리도 정정한 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인은 「지방세법」제283조 제2항에서 규정하고 있는 건설산업기본법에 의하여 등록된 건설업자인 OOOO(주)가 건설공사별 회계처리를 목적으로 설립한 별도법인에 해당하는 것으로 판단되며, 이 건 토지의 소유권 이전에 따른 등록세 등을 면제함이 타당한 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세법」제77조 제5항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.