조심 2019전2934 (2020.03.27)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. OOO 주식회사(이하 “청구법인”이라 한다)는 OOO 소재에서 OOO 골프장을 운영하는 법인으로 2016∼2018년 과세기준일 당시 보유 중인 과세대상물건(주택, 종합합산과세대상 토지 및 별도합산과세대상 토지)에 대하여「종합부동산세법 시행령」(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정된 것) 제4조의2 제1항 및 제5조의3 제1항.제2항(이하 “쟁점시행령 조항”이라 한다)에서 규정하는 산식에 따라 ‘종합부동산세액에서 공제하는 과세표준 금액에 대한 재산세로 부과된 세액’을 계산하여 아래와 같이 2016∼2018년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세를 신고.납부하였다. ＜표1＞ 청구법인 종합부동산세 및 농어촌특별세 신고.납부내역 나. 이후 청구법인은 2019.4.8. 쟁점시행령 조항이 종합부동산세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 한 상위 법률인 「종합부동산세법」(2015.8.28. 법률 제13499호로 개정된 것) 제9조 제3항, 제14조 제3항 및 제6항(이하 “쟁점법률 조항”이라 한다)에 위배된다고 주장하며 기 납부한 종합부동산세 및 농어촌특별세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2019.6.7. 쟁점시행령 조항에 따른 산식이 적법하다는 이유로 이를 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.7.18. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 쟁점시행령 조항상 재산세 공제 규정은 공제할 재산세액을 축소하고 있으므로 상위 법령인 쟁점법률 조항의 입법 취지에 반하는 것으로 위법하여 효력이 없다고 할 것이고, 그에 따른 처분청의 경정청구 거부처분도 위법하다. (1) 쟁점시행령 조항에 따른 종합부동산세 계산산식은 공제할 재산세액을 대법원OOO이 이미 위법하다고 판단한 종전 「종합부동산세법 시행규칙」에 따른 산식과 같이 [(감면후 공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율]의 산식으로 계산하도록 하여 공제할 재산세액을 축소하고 있는바, 쟁점 시행령 조항은 위 대법 판례의 취지와 같이 상위 법률인 쟁점법률 조항의 취지에 반하는 것으로 위법하다. (2) 최근 OOO법원OOO은 쟁점시행령 조항 및 산식에 의하면 이중과세된 부분이 여전히 남아 있게 되는데, 쟁점법률 조항은 재산세액의 공제범위를 정할 수 있는 권한까지 시행령에 위임한 것은 아니고 ‘해당 과세대상의 재산세로 부과된 세액 전부’를 공제하도록 규정한 것으로 보아야 하는바, 쟁점시행령 조항에 의하여 종전보다 공제액을 축소하는 것은 입법자의 의사에 반하여 위임의 범위를 넘는 것으로서 위법하여 효력이 없다고 판단하였다. (3) 따라서 ① 위법한 쟁점시행령 조항에 의한 산식에 따라 신고.납부된 종합부동산세 등과 ② 「종합부동산세법」이 예정한 공제할 재산세액[재산세 공정시장가액비율이 종합부동산세 공정시장가액비율보다 적거나 같은 경우, 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 ‘(공시가격- 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식에 의하여 계산된 금액]으로 계산한 종합부동산세액 등 간의 차액(①-②)은 감액경정되어야 함에도, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 위법하다. 나. 처분청 의견 쟁점시행령 조항의 산식은 쟁점법률 조항의 위임 취지 및 내용에 따라 재산세액 공제금액 계산식을 규정한 것으로 상위 법률인 쟁점법률 조항의 취지에 반한다고 보기 어렵다. (1) 쟁점법률 조항은 주택 등의 과세표준 금액에 대하여 해당 주택 등의 재산세로 부과된 세액을 종합부동산세에서 공제하도록 규정하고, 「종합부동산세법」 제9조 제4항 및 제14조 제7항은 주택 등 종합부동산세액의 계산에 있어서 주택 등 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 하고 있다. (2) 쟁점법률 조항은 주택 등 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택 등의 재산세로 부과된 세액을 주택 등 종합부동산세액에서 공제하도록 규정하고, 공제되어야 할 재산세는 주택 등 과세표준 금액에 대하여 부과된 재산세만이 공제대상이라는 것이며, 공제대상금액을 계산하기 위해서는 납세의무자에게 부과된 주택 등의 재산세 합계금액 중 종합부동산세 과세표준 금액에 대응하여 부과된 재산세액만을 공제대상으로 특정하여야 하므로 이를 구하는 산식을 쟁점시행령 조항에서 규정한 것이다. (3) 쟁점법률 조항은 공정시장가액비율이 반영된 과세표준 금액을 기준으로 하여 그에 관하여 부과된 재산세액을 공제하도록 규정함에 따라 쟁점시행령 조항의 산식을 [(주택 등의 공시가격-과세기준금액)×종합부동산세 공정시장가액비율×재산세 공정시장가액비율×재산세율]로 규정한 것이므로 위법하다고 볼 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 ‘재산세 공정시장가액비율’만을 적용하여 산정하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 종합부동산세법(2015.8.28., 법률 제13499호로 개정된 것) 제7조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자로서 국내에 있는 재산세 과세대상인 주택의 공시가격을 합산한 금액이 6억원을 초과하는 자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다. 제8조(과세표준) ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액［과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 "1세대 1주택자"라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액］에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다. 제9조(세율 및 세액) ③ 주택분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다. 제12조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다. 1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자 2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자 제13조(과세표준) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. ② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 제14조(세율 및 세액) ③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다. ⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다. (2) 종합부동산세법 시행령(2015.11.30., 대통령령 제26670호로 개정된 것) 제2조의4(공정시장가액비율) ① 법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 80을 말한다. ② 법 제13조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 80을 말한다. (단서 생략) 제4조의2(주택분 종합부동산에의 재산세 공제) ① 법 제9조 제1항에 따른 주택분 종합부동산세액(이하 "주택분 종합부동산세액"이라 한다)에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 주택분 과세표준 금액에 대한 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

제5조의3(토지분 종합부동산에의 재산세 공제) ① 법 제14조 제1항에 따른 토지분 종합합산세액에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

② 법 제14조 제4항에 따른 토지분 별도합산세액에서 같은 조 제6항에 따라 공제하는 별도합산과세대상인 토지에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

(3) 지방세법 제110조(과세표준) ① 토지ㆍ건축물ㆍ주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조 제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장 가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다. (4) 지방세법 시행령 제109조(공정시장가액비율) 법 제110조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 다음 각 호의 비율을 말한다. 1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 70 2. 주택 : 시가표준액의 100분의 60 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 종합부동산세 과세기준일 현재 각 보유하고 있는 과세대상물건(주택, 종합합산과세대상 토지 및 별도합산과세대상 토지)에 대하여 「종합부동산세법」제14조 제3항에 따라 2016∼2018년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세를 신고하면서 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 쟁점시행령 조항에 따라 계산하여 공제하였고, 이후 청구법인은 “쟁점시행령 조항은 상위 법률에 위배되어 무효이므로 ‘공제할 재산세액’을 재계산하여야 한다”고 주장하면서 기 납부한 종합부동산세 및 농어촌특별세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점시행령 조항에 따른 산식이 적법하다는 이유로 이를 거부하였다. (2) 기획재정부 발간 ‘2015 간추린 개정세법’에 따르면, 기획재정부는 대법원 OOO 판결 이후 종합부동산세액에서 공제할 재산세액의 이중과세 논란 및 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세액의 과다공제 방지를 위하여 2015.11.30. 「종합부동산세 시행령」제4조의2 및 제5조의3에 의한 계산식을 다음과 같이 개정하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2016∼2018년 귀속 종합부동산세 계산시 ‘공제되는 재산세액’을 재산세 공정시장가액비율만을 적용하여 산정하여야 한다고 주장하나, 「종합부동산세법」상 재산세액 공제규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 ‘납부할 종합부동산세’에서 공제함으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다 할 것인바, 「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로, 「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각 규정하고 있고, 2015.11.30. 「종합부동산세법 시행령」개정으로 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 규정한 같은 법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항의 각 계산식에서 분자에 해당하는 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분에 대하여 재산세로 부과된 세액’이라 함은 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액’으로 규정하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 종합부동산세액 계산시 ‘공제되는 재산세액’을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여야 하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다OOO. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.