조심2013서4944 (2014.01.20)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가.청구인은 OOO 소재 무허가주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 재건축한 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2003.12.30. 신축하여 소유하다가 2007.11.16. 쟁점주택을 OOO에 양도한 후, 처분청에 양도소득세 OOO을 신고·납부하였다. 나. 청구인은 쟁점주택의 경우 그 취득일 2003.12.30.(사용승인일)부터 5년 이내에 양도하였으므로 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에서 규정한 양도소득세 전액 감면 대상에 해당된다고 보아 2009.3.5. 경정청구를 하였고, 처분청은 청구인의 경정청구를 받아들여 청구인이 신고한 양도소득세를 전액 감면하였다. 다. 그 후 처분청은 쟁점주택의 양도소득금액 중 종전주택 취득일(1997.3.24.)부터 쟁점주택의 취득일(2003.12.30.) 전일까지 발생한 양도 소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에서 규정한 감면 대상에 해당되지 않는다고 보아 2013.5.4. 청구인에게 쟁점주택의 양도에 따른 2007년 귀속 양도소득세 OOO(이하 “이 건 양도소득세”라 한다)을 경정·고지하였다. 라. 청구인은 이에 불복하여 2013.7.29. 이의신청을 거쳐 2013.11.15. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에서 쟁점주택과 같은 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 전액 감면하되 그 취득일로부터 5년 이 경 과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하도록 규정하고 있음에도 처분청은 취득일부터 5년 이내에 양도한 쟁점주택에 대하여 양도소득세를 전액 감면하지 아니하고, 마치 쟁점주택을 신축 한지 5년이 경과한 후 양도하는 것으로 보아「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항의 산식에 산출한 감면대상 양도소득금액을 양도소득금액 에서 차감하여 양도소득세를 부과한 것은 법령에 근거하지 않은 위법한 처분이다. (2) 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 산식에 분모와 분자 모두 “취득당시의 기준시가”로 되어 있음에도 처분청이 분자의 경우에는 쟁점주택의 취득당시 기준시가로, 분모의 경우에는 종전주택의 취득당시 기준시가로 하여 양도소득세를 부과한 것은 처분청의 자의적 해석에 의한 것일 뿐 아니라, 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 산식에 분모의 “취득당시의 기준시가”를 종전주택의 취득 당시 기준시가로 하여야 한다고 하더라도 청구인은 종전주택의 가격에 청산금을 더한 금액으로 쟁점주택을 취득하였으므로 위 산식 분모의 “취득당시의 기준시가”에는 종전주택 본래의 기준시가 뿐 아니라 청구인이 쟁점주택을 신축할 당시 납부한 청산금도 포함되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 청구인은 쟁점주택 취득일로부터 5년 이내에 신축주택을 양도하였음에도 처분청이 신축 후 5년 이후에 양도한 것으로 보아 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 산식 을 준용하여 감면대상 소득금액을 계산한 후 양도소득세를 과세한 처분은 부당하고 주장하고 있으나, 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에 따른 양도 소득세를 감면함에 있어 그 감면대상소득은 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 한정하여야 할 것으로서 그 감면대상 소득금액을 산출하기 위하여 이 건 계산식을 준용한 것이고, 청구인의 주장과 같이 쟁점주택의 양도소득세를 전부 감면하는 경우 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 취득할 때까지 발생한 양도소득도 감면대상에 포함되는바, 이는 감면대상 소득을 지나치게 확대한 것으로 받아들일 수 없다. (2) 감면대상 소득금액을 계산함에 있어서「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항을 준용한 것은 「조세특례제한법」제99조의3 제1항과 그 수임규정인 「조세특례제한법 시행령」제99조의3 제2항의 입법 취지를 감안하여 감면되는 양도소득세를 합리적으로 산정하기 위한 것이므로 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항이 적용될 것으로 당연히 예정된 영역이 아니라는 이유로 같은 법 시행령을 준용하지 않아야 한다는 신청인의 주장은 받아들일 수 없으므로 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항을 준용하여 양도소득금액에서 감면소득금액을 차감하는 방식으로 양도소득세를 경정한 당초 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 종전주택의 취득일부터 쟁점주택의 취득(신축)일까지 발생한 양도 소득금액이 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에서 규정한 감면 대상에 해당되지 않는다고 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부 나. 사실관계 및 판단 (1) 청구인은 1997.3.24. 종전주택인 OOO 소재 무허가주택의 건물을 취득한 후, OOO로부터 종전 주택이 무상 점유하고 있던 토지를 취득하였으며, 종전주택이 OOO 주택재개발사업부지에 포함됨에 따라 주택재개발사업에 조합원 으로 참여하여 청산금 OOO을 납부하고 2003.12.30. 쟁점주택을 취득하였다. 그 후 청구인은 쟁점주택의 취득일부터 5년 이내인 2007.10.31.에 쟁점주택을 OOO에 양도하고 2008.5.23. 양도소득세 OOO을 신고·납부하였다가 경정청구를 통하여 양도소득세를 전액 감면(환급)받은 것으로 나타난다. (2) OOO지방국세청은 쟁점주택과 같이 신축(취득)일부터 5년 이내에 양도한 주택이라 하더라도 그 감면대상 소득금액은 신축(쟁점)주택 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액에 한정될 뿐 종전주택의 보유기간 중에 발생한 양도소득은 감면대상 소득금액에서 제외된다는 취지의 지침을 처분청에 통보하였다. (3) 한편 청구인은 쟁점주택의 양도에 따른 양도차익과 양도소득금액을 OOO으로, 양도소득세 과세표준을 OOO으로, 산출세액을 OOO으로 각각 산출한 후, 종전주택의 보유기간(1997.3.24.～2003.12.30.)에 발생한 양도소득도 감면대상소득에 해당된다고 보아 쟁점주택의 양도소득세는 전액 감면대상으로 보았다. (4) 처분청은 종전주택의 보유기간 동안 발생한 양도소득은 감면대상 에서 제외된다는 OOO지방국세청의 지침에 따라 쟁점주택의 감면대상 소득금액을 산출하기 위하여 쟁점주택과 종전주택의 기준시가를 아래와 같이 결정 하였다. 한편 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항에서 규정한 감면대상 양도소득금액 산식은 아래와 같다.

(5) 처분청은 위 산식에서 분모의 “취득 당시의 기준시가”를 종전주택의 취득(1997.3.24.)당시 기준시가인 OOO로, 분자의 “취득 당시의 기준시가”는 쟁점주택의 신축(2003.12.30.) 당시의 기준시가인OOO 으로, 분모의 “양도 당시 기준시가”와 분자의 “취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가”(5년이 되기 전에 양도하였으므로 양도당시의 기준시가이다)는 쟁점주택의 양도 당시 기준시가인 OOO 으로 보아 감면대상소득의 비율을 47.09%로 결정하고 이를 양도소득 OOO에 적용하여 감면대상소득 OOO을 구한 후 감면대상 소득을 안분하여 양도소득세 과세표준 OOO을 산출하였고 , 이를 근거로 양도소득세 OOO(납부불성실 가산세 OOO 포함)을 산출하여 청구인에게 경정·고지하였다. (6) 「조세특례제한법」제99조의3 제1항 본문 및 제2호에서 거주자가 자기가 건설한 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함 으로써 발생하는 소득 중 2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100 에 상당하는 세액을 감면하되 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다 고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제40조 제1항은 “당해 부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액” 이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있다. (7) 위 법령과 사실관계 등을 종합하여 살피건대, 위와 같은 「조세특례제한법」제99조의3 제1항 명문의 규정상 신축주택 양도에 따른 양도소득 중 그 취득한 날부터 5년내에 양도하는 경우 5년간 발생한 양도소득금액만이 감면대상인 것이 명확하므로 종전주택 취득시점부터 쟁점주택 취득 전까지 발생한 양도소득금액 등은 감면대상이 아닌 것으로 보아야 할 것인바, 「조세특례제한법」제99조의3 제4항의 위임에 따라 감면대상 소득금액을 계산하는 같은 법 시행령 제40조 제1항 산식 에서 분자의 “취득당시의 기준시가”는 쟁점주택의 신축당시 기준시가 이고, 분모의 “취득당시의 기준시가”는 종전주택의 취득당시 기준시가를 말하는 것으로 보는 것이 신축주택의 감면되는 양도소득세를 합리적으로 산정하기 위한 「조세특례제한법」제99조의3 의 입법취지에 부합된다고 볼 때, 처분청이 이와 같이 감면대상 소득금액을 계산한 것은 타당하다고 할 것이다(조심 2012서2934, 2012.8.22. 외 다수 같은 뜻). 따라서, 처분청이 종전주택의 보유기간 중 발생한 양도소득금액을 감면대상 소득에서 제외하기 위하여 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항에 따른 산식을 적용한 것은 적법하다고 할 것이고, 같은 산식은 종전주택을 포함한 쟁점 주택의 양도소득 중 종전주택 보유기간 중 발생한 양도 소득의 비율을 산출하기 위한 것으로서 청구인이 납부한 청산금은 쟁점 주택의 양도차익 산정 시 필요경비로 보아 이미 공제되었는바, 청구인이 납부한 청산금을 같은 산식의 분모의 “취득당시의 기준시가”에 더하는 것은 사실상 이중공제에 해당된다고 할 것이므로 이에 대한 청구주장 또한 받아들이기 어렵다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.