조심2013서3361 (2013.12.04)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구인은 1988.5.28. OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 종전주택이 재건축되어 조합원의 자격으로 OOO(전용면적 84.98㎡이며, 이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 2005.6.23.(사용승인일) 취득하여 2007.7.11. 양도하고, 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다가, 2008.7.10. 「조세특례제한법」제99조의3 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 특례규정( 이하 “쟁점특례규정”이라 한다)을 적용하여 기납부한 양도소득세 전액을 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2008.8.18. 청구인의 경정청구를 받아들여 납부한 양도소득세를 환급(농어촌특별세 OOO원 경정·고지)하였다. 나. 처분청은 쟁점특례규정을 적용함에 있어서 종전주택의 취득일로부터 쟁점신축주택 취득일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 않는다고 보아, 2003.4.19. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원 (농어촌특별세 OOO원 환급) 을 경정·고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.7.17. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 쟁점특례규정상 거주자가 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 정함으로써 5년 이내의 양도의 경우와 5년이 경과된 후의 양도의 경우로 구분하여 감면의 방법과 범위를 정하고 있는바, 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 5년간 발생한 양도소득금액은 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 계산식(이하 “쟁점계산식”이라 한다)을 준용하도록 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에 위임하고 있으나, 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 계산방법을 달리 정하거나 위임된 바가 없다. 처분청은 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)에 따라 감면소득금액을 재계산하였으나, 동 예규는 쟁점특례규정의 법리를 오해한 것이고, 쟁점특례규정이 신설된 이후부터 동 예규가 생산되기 전까지는 수년 동안 조합원이 취득하는 신축주택을 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세의 100분의 100을 감면해 오면서 그 해석과 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여져 비과세 관행이 성립되었다. (2) 처분청은 청구인의 경정청구를 받아들여 기납부한 양도소득세를 전액 환급하였다가 납부불성실가산세 OOO원을 포함하여 양도소득세 OOO원을 경정고지하였는바, 청구인은 처분청의 양도소득세 환급결정으로 양도소득세의 100% 감면을 확신할 수 밖에 없었으므로 납부의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있어 이 건 납부불성실가산세는 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 쟁점특례규정상 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득으로 규정하고 있어 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함된다고 보기 어려우므로, 쟁점계산식의 분모의 ‘취득당시의 기준시가’를 ‘종전주택의 취득당시 기준시가’를 적용하여 종전주택의 양도소득을 감면대상에서 배제하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 「조세특례제한법」제99조의3 규정에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세는 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득 전부에 대하여 감면하여야 한다는 청구주장의 당부 ② 이 건 납부불성실가산세를 과세한 처분의 당부 나. 사실관계 및 판단 (1) 처분청 심리자료 등에 의하면, 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 1988.5.28. 종전주택을 취득하였고, 종전주택이 재개발되어 쟁점신축주택을 2005.6.23. 취득(사용승인일)하였으며, 2007.7.11. 양도하였다. (나) 쟁점신축주택은 쟁점특례규정의 신축주택취득기간(2001.5.23. ～ 2003.6.30.) 내에 사용승인이 되지 않았으나, 일반분양분 세대는 신축주택취득기간내에 최초 매매계약이 체결되었으므로 과세형평성상 조합원 분양분인 쟁점신축주택도 쟁점특례규정 적용대상이다. (다) 쟁점신축주택 양도에 따른 양도소득금액은 OOO원이며, 종전주택과 쟁점신축주택의 기준시가 내역은 아래 <표>와 같다. <표> 기준시가 내역 (다) 처분청은 쟁점계산식의 분모인 “취득당시 기준시가”를 종전주택의 취득당시 기준시가를 산입하여 쟁점특례규정의 감면소득금액을 계산하였다. (2) 청구인은 쟁점특례규정 적용시 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 쟁점산식의 적용없이 양도차익 전액에 대하여 감면해야 한다고 주장하고 있다. (3)「조세특례제한법」(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) 제1항에는 거주자가 같은 항 제1호 및 제2호에 해당하는 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제99조 제1항 및 제40조에는 “당해 부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액” 이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있다. {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} (4) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 종전주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 「조세특례제한법」제99조의3 에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인바, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은「조세특례제한 법」제99조의3에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니하는 것이고, 「조세특례제한법 시행령」제99조의3 제2항은 「조세특례제한법」제99조의3 에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주 택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있는바, 「조세특례제한법 시행령」제40조 에서 규정하고 있는 쟁점계산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취 득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘종전주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이라 할 것이므로(조심 2011서1349, 2011.6.30. 같은 뜻임), 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득 전부에 대하여 감면하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 청구인은 이 건 양도소득세 납부의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있어 납부불성실가산세는 취소되어야 한다고 주장하나, 「조세특례제한법」제99조의3 제1항은 신축주택을 취득 후 양도시 신축주택의 보유기간 중에 발생한 양도소득세를 감면해주는 조항으로서 이 건 양도소득세는 구주택에서 발생한 양도소득은 감면소득에 해당되지 않는다고 보아 정당하게 과세한 것이고, 납부불성실가산세는 지연이자의 성격도 있으므로 처분청이 납부불성실가산세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.