조심 2024서4058 (2025.07.09)

성동세무서장이 2024.4.8. 청구인에게 한 2022년 귀속 종합소득세의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 2017.6.1. 설립된 주식회사 A(이하 “A” 또는 “회사”라 한다)은 애완동물 관련 용품 판매를 주업으로 하고 있고, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」(이하 “벤처기업법”이라 한다) 제2조 제1항에 따른 벤처기업에 해당하여 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다)상 벤처기업 특례가 적용되는 내국법인이다.

나. 청구인은 A의 임원(전략이사)으로 근무하면서 2019.12.27. 및 2020.6.1. 주식매수선택권 8,850주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 부여받았다.

다. 청구인은 2022.11.29. 주식매수선택권을 행사하기 위하여 회사에 신주인수청구서를 제출하였고, 2022.12.5. 행사주식에 대해 종합소득세가 아닌 양도소득세 과세를 적용받기 위하여 과세특례적용신청서와 주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 제출하였는데, 원천징수의무자인 A은 2022.12.13. 삼성세무서장에게 「조세특례제한법 시행령」 제14조의4 제3항에 따른 “주식매수선택권 행사주식 지급명세서”와 “특례적용 대상명세서”가 아닌 「조세특례제한법 시행령」 제14조의3 제2항에 따른 “벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례적용 대상명세서”를 제출하였다가, 2023년 11월경 이를 보완.제출하였다.

라. 한편, 청구인은 2022년 귀속 종합소득세 신고 시에는 위 주식매수선택권 행사 이익을 포함하지 않았다가, 2023.9.21. 동 금액에 대한 종합소득세 수정신고서를 제출하였으나, 관련 세액을 납부하지 아니하였는바, 처분청은 2023.11.1. 청구인에게 2022년 귀속 종합소득세 OOO원을 고지하였다.

마. 청구인은 2024.1.29. 쟁점주식에 대한 주식매수선택권 행사 이익이 조특법 제16조의4에 따라 양도소득세로 과세되어야 한다는 이유로 처분청에 위 2023.9.21.에 제출한 종합소득세 수정신고를 취소하는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 회사가 당초 법정제출기한까지 「조세특례제한법 시행령」 제14조의4 제3항에 따른 “주식매수선택권 행사주식 지급명세서”와 “특례적용 대상명세서”를 제출하지 아니하였으므로 종합소득세 과세가 정당하다는 이유로 2024.4.8. 이를 거부하였다.

바. 청구인은 이에 불복하여 2024.7.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 기획재정부는 조특법 제16조의4 과세특례 도입 당시 “법 적용요건을 갖춘 적격주식매수선택권에 해당한다면 양도소득세 과세방식을 선택할 수 있으며, 이 경우 주식매수선택권 전용금융계좌를 통하여 거래하도록 하여 추후 상장되더라도 과세될 수 있도록 관리해야 한다”고 하였다(기획재정부 2014.2.5.자 보도자료). 청구인은 기획재정부가 요구한 대로, 적격주식매수선택권 행사에 따라 발행된 쟁점주식을 처음부터 주식매수선택권 전용계좌로 입고 받아 철저하게 전용관리하였다(단 1초도 전용관리를 하지 않은 적이 없음).

(가) 청구인은 원천징수의무자인 회사와 주식매수선택권 행사를 협의할 때부터 과세특례를 적용받기로(즉, 회사가 근로소득으로 원천징수하지 않고 나중에 청구인이 양도소득으로 세금을 납부하기로) 하였고, 이를 위해 OOO에 전용계좌개설 신청을 하였다. 증권사에서 전용계좌를 개설하기 위해서는 회사가 증권회사에 스톡옵션 부여 및 행사 등 일정한 사실관계를 확인해 주어야 하기 때문에 신청일부터 수일의 시간이 소요된다. 이 건의 경우 회사의 확인 등 절차를 거쳐 2022.12.5. OOO에 전용계좌가 개설되었고, 같은 달 16일에 쟁점주식이 발행되어 위 전용계좌에 입고 되었다(주식매수선택권 전용계좌의 개설 및 해당 계좌로의 주식 입고는 모두 회사의 절차 진행이 필수적임). 이와 같이, 청구인이 보유한 주식매수선택권은 조특법에서 요구하는 요건을 모두 갖춘 적격주식매수선택권에 해당할 뿐만 아니라, 청구인이 이를 행사하여 회사로부터 쟁점주식을 입고받은 날부터 지금까지 전용계좌로 철저하게 관리하는 등 청구인이 할 수 있는 절차는 모두 이행하였다.

(나) 다만, 조특법은 적격주식매수선택권 행사에 따라 주식을 발행한 법인에 대하여 ‘해당 주식에 관한 정보 및 관리 현황 등을 기재한’ 명세서를 관할 세무서에 제출하도록 요구하고 있는데, 회사 담당직원의 착오로 (쟁점 과세특례가 아닌) 다른 명세서를 관할 세무서에 제출하였다. 구체적으로, 회사는 청구인과 협의한 내용과 달리 (행사주식지급명세서와 과세특례적용대상명세서가 아닌) 납부특례적용대상명세서를 세무서에 제출하였다.

(2) 조특법 제16조의4의 주식매수선택권 과세특례의 입법취지 및 헌법상 자기책임의 법리를 고려하면, 조특법 시행령 제14조의4 제3항에서 “벤처기업”으로 하여금 관할 세무서에 “명세서”를 제출하도록 한 것은 납세협력의무를 규정한 것으로 해석해야 한다.

(가) 조특법 시행령 제14조의4에서 규정하고 있는 절차 규정은 크게 3가지인데, 먼저 ① 벤처기업 임직원(=납세자)이 금융투자업자를 통해 전용계좌를 개설한 다음 그 확인서를 첨부하여 특례적용신청서를 해당 벤처기업에 제출하는 절차, ② 벤처기업이 전용계좌에 주식을 입고하고, 그 주식명세서를 관할 세무서에 제출하는 절차(=이 사건에서 문제되는 절차이다), ③ 금융투자업자가 전용계좌거래현황신고서를 관할 세무서에 제출하는 절차가 그것이다.

위 3가지 절차는 모두 과세당국으로 하여금 “납세자가 적격주식매

수선택권 행사로 취득한 주식을 다른 상장주식과 함께 보관하지 않고, 별도의 계좌에서 전용 관리하며, 이를 매도한 경우 양도소득이 실

현된 사실”을 확인할 수 있도록 하는 절차이다. 세법은 적격주식매수선택권에 양도소득세 과세방식이라는 특례를 부여하여 주식매수선택권 제도가 활성화될 수 있도록 지원하는 대신에, 벤처기업과 임직원,금융투자업자에게 과세행정의 편의를 위해 협력을 해달라고 요구하고

있는 것이다.

(나) 즉, [위 ①절차] 벤처기업 임직원이 금융투자업자를 통해 주식을 보관할 전용계좌를 개설하고, 그 계좌개설확인서를 첨부하여 벤처기업에 특례적용신청을 하면, [위 ②절차] 벤처기업이 그 전용계좌에 주식을 입고하여 전용관리가 가능하도록 하고, 해당 주식명세서를 관할 세무서에 제출하게 된다. 또한, [위 ③절차] 금융투자업자는 전용계좌거래현황신고서를 관할 세무서에 제출하여 전용계좌의 거래내역을 과세당국에 알리는 역할을 하게 된다. 이와 같이, ①?③절차는 전체적으로 하나의 목적(=주식의 전용관리)을 위해 작동하고 있다.

(다) 그런데, 위 ② 및 ③ 절차의 경우 납세자인 당사자(=벤처기업

임직원)가 아니라 벤처기업 및 금융투자업자가 이행하는 절차라는 점

에서, 이를 납세자의 과세특례적용 요건으로 할 수 없음은 너무나도분명하다. 벤처기업과 금융투자업자가 이행해야 하는 절차를 벤처기업 임직원(=납세자)에 대한 특례적용 요건으로 해석하는 것은 헌법상자기책임의 원칙에 정면으로 반하는 것으로서 위헌적인 해석이기 때문이다. 예를 들어, 벤처기업이 임직원으로부터 특례적용 신청을 받고도 고의 또는 과실로 전용계좌에 주식을 입고하지 않거나, 임직원의신청서 제출 자체를 부당하게 반려하는 경우 또는 기한 내에 과세관청에 주식명세서를 제출하지 않는 경우, 금융투자업자가 처음부터 전용계좌를 개설해주지 않거나 전용계좌거래현황 신고서를 기한 내에 관할 세무서에 제출하지 않는 경우, 납세자인 벤처기업 임직원은 자기가 관여할 수 없는 사정으로 인해 과세특례를 적용받지 못하는 결과가 발생한다. 이는 본인의 행위가 아닌 타인의 행위로 불이익을 받는 것이므로, 헌법상 자기책임의 원칙에 정면으로 반하는 것일 뿐만 아니라, 주식매수선택권 제도 활성화를 통해 국가 경제에 이바지한다는 쟁점 과세특례의 입법 취지에도 반하는 결과가 된다. 이와 같이, 벤처기업과 금융투자업자가 이행해야 하는 조특법 시행령 제14조의4의 절차는 납세자에 대한 필수적인 과세특례적용 요건에 해당하지 않음이 분명하다. 따라서 이를 근거로 납세자인 청구인에게 과세특례 적용을 배제하여서는 아니된다.

(3) 최근 국세청과 기획재정부는 조특법 시행령 제14조의3 제2항에 따른 특례적용신청서를 같은 항 또는 같은 조 제5항에서 규정한 기한

내에 제출하지 않았더라도 기한 후 신고 등을 통해 조특법 제16조의3에 따른 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례의 적용을 받을수 있다는 입장을 밝혔다(서면-2023-법규소득-0008, 2024.7.25., 기획재정부 소득세제과-754, 2024.7.17.). 위 예규들은 주식매수선택권과 관련한 절차적 요건을 충족하지 못하였더라도 사후적으로 그 요건을 보완하였다면 특례 적용을 긍정하는 것이 벤처기업 우수인력 유치를 지원한다는 입법 취지에 부합한다는 판단이 전제되어 있다.

(가) 납세의무자인 벤처기업 임직원이 벤처기업에 제출하는 서류 혹은 납세의무자가 아닌 벤처기업이 관할 세무서에 제출하는 명세서를 일부 늦게 제출하거나 그 내용에 흠결에 있다고 하더라도, 과세이연특례나 납부특례를 신청하겠다는 의사를 사후적으로 분명하게 밝힌 경우, 특례적용을 긍정하는 것이 벤처기업 우수인력 유치를 지원하는 입법 취지에 부합한다는 점은 납부특례와 과세이연특례 간에 아무런 차이가 없다. 따라서 이 건 과세특례신청 절차와 관련하여 일부를 법정기한보다 다소 늦게 진행하였다고 하더라도, 사후적으로 보완하여 해당 절차를 모두 완료하였다면 과세특례 적용을 부인할 수는 없다.

(나) 특히, 이 건은 2022.12.10. 회사의 회계담당 직원의 착오로 과세이연특례가 아닌 납부특례 적용을 위한 서류인 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례적용대상명세서가 제출되었으나, 청구인이 2023년 9월경 위 사실을 인지하고 회사에 절차 이행을 요구하였다. 이에 따라, 회사는 2023.11.10. 이 사건 과세이연특례 적용을 위한 서류인 주식매수선택권 행사주식지급명세서와 특례적용대상명세서를 제출하였다. 즉, 과세이연특례 적용을 위한 절차적 요건을 기한 내에 일부 충족하지 못하긴 하였지만 기한 후 이를 보완하였다. 따라서 납부특례에 관한 최근의 예규들의 취지를 고려하면, 기한 후 절차적 요건을 보완한 청구인에게는 과세이연특례가 적용될 수 있고, 이와 다른 전제에서 한 이 건 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인이 원천징수의무자인 회사에 과세특례 관련 서류를 기한 내 제출하였으나, 회사가 착오로 납부특례적용대상명세서를 잘못 신고한 것이라는 청구인의 주장은 신뢰할 수 없다.

(가) 회사는 2022.12.13. 청구인의 과세특례 신고 시 청구인이 직접 서명한 ‘벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부 특례적용대상명세서’를 제출하였는 바, 이는 청구인이 납부특례적용신청에 동의한 것으로 판단되므로 원천징수의무자의 제출의무 해태로 볼 수 없으며, 따라서 청구인이 당초 법정기한 내 과세특례 관련 서류를 제출하였다는 주장은 신뢰하기 어렵다.

(나) 조특법 시행령 제14조의4 제2항에 따르면 특례를 적용받고자 하는 벤처기업 임직원은 주식매수선택권 전용계좌개설확인서와 특례적용신청서를 주식매수선택권 행사일 전일까지 벤처기업에 제출하여야 하는데, 청구인은 청구이유서에서 밝힌바와 같이 2022.12.5. 전용계좌개설 확인서를 수령하여 같은 날 특례적용신청서와 함께 회사에 제출하였다. 그러나 청구인의 주식매수선택권 행사일은 2022.11.29.로 확인되므로, 가사 청구인이 법정기한 내 과세특례 관련 서류를 회사에 제출했다고 하더라도 주식매수선택권 행사일인 2022.11.29. 이후인 2022.12.5. 전용계좌개설 확인서를 제출하였으므로 조특법 제16조의4에서 정한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례 적용을 받을 수 없음이 타당하다.

(2) 조특법에서 규정한 과세특례신청 절차는 납세협력의무가 아닌 필수적인 절차이다.

(가) 벤처기업 임원들이 주식매수선택권을 행사하면 벤처기업은 주식행사이익(행사가격과 시가의 차액)을 「법인세법 시행령」 제19조에 따라 손금에 산입할 수 있고, 임직원이 주식매수선택권 행사이익에 대해 과세특례를 신청하여 양도소득세를 납부하면, 주식매수선택권 행사에 따라 발생하는 비용을 손금에 산입할 수 없다. 즉, 주식매수선택권 행사이익에 대해 개인의 소득세가 증가하면 법인세는 감소하고, 개인 소득세가 감소하면 법인세는 증가하는 상황이 발생하게 된다. 따라서 과세특례신청의 기한 후 신고를 인정하게 되면, 벤처기업의 법인세가 과세특례신청 여부에 따라 수시로 변경되어 법적안정성이 저하될 것이다.

(나) 또한 기한 후 신고를 인정하게 된다면, 주식매수선택권 행사를 한 임원이 행사이익에 대해 과세특례신청을 하지 않고, 소득세를 납부하였다가 해당 주식의 양도시점에 주가가 권리행사 시 가격보다 하락하여 양도소득세가 유리한 경우 과세특례 기한 후 신고를 하고, 납부한 소득세에 대해 경정청구하거나, 반대로 과세특례신청을 하고도 해당 주식 양도 시 주가가 크게 상승하여 양도소득세 부담이 크다면 과세특례신청을 철회하고 소득세를 납부하는 등의 행태가 증가할 수도 있다.

(3) 과세특례신청 절차에 대해 납세협력의무에 해당한다는 해석은 조세법률주의에 대한 법적안정성과 예측성을 훼손할 수 있다.

(가) 벤처기업 임원이 주식매수선택권 행사이익에 대해 종합소득세를 납부하였으나, 이후 소급하여 과세특례 적용을 신청하게 되면 과거 행사이익을 손금에 산입한 벤처기업은 당초 비용을 손금부인하여 법인세와 가산세를 납부하여야 한다. 반대로 과세특례를 신청한 임직원이 과세특례의 신청을 취소하여 종합소득세를 신고한다면 벤처기업은 당초 손금불산입한 주식행사 이익을 손금산입하여 경정청구를 해야 한다. 이와 같이 벤처기업에 근무하는 많은 임원들이 주식매수선택권 행사이익에 대해 기한 후 신고를 한다면 벤처기업은 자신의 의사에 반해 법인세를 수정신고하거나 경정청구를 해야하는 불합리한 상황이 되어 조세법률관계가 불안정하고 예측 불가능한 상황이 발생하게 된다.

(나) 과세특례 적용을 위한 신청기한을 법령에서 명시한 것은 벤처기업의 근로소득세 원천징수 의무와 법인세 신고기한 이전에 법인세를 확정하고 조세법률주의의 안정성과 예측성을 확보하기 위한 것이다. 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건에 대한 조세법규의 해석은 법문대로 해석해야 하고 확장해석이나 유추해석을 하는 것은 허용되지 아니하며, 감면요건 규정은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합할 것이다.

(다) 조세심판원은 과세특례가 납세자의 과세이연 및 해당 법인으로의 과세전가 효과가 나타나 법령상의 과세특례 신청 여부에 대한 납세자의 의사표시가 명확히 요구되므로, 조특법 시행령 제14조의4에서 정한 절차를 준수하지 못한 경우, 과세특례 규정을 적용할 수 없다(조심 2021서6907, 2022.12.13.)고 한 바 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

조특법 특례적용 서류를 법정기한 경과 후 제출한 경우 조특법 제16조의4에 따른 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례를 적용받을 수 있는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 조특법상 기업의 임직원이 부여받은 주식매수선택권은 이를 행사함으로써 얻은 이익에 대하여 근로소득으로 보아 과세하도록 하고 있는데, 납부특례신청에 의하여 원천징수의무자는 소득세를 원천징수하지 아니할 수 있고, 임직원은 종합소득세 신고 시 5년에 걸쳐 분할 납부할 수 있도록 규정하고 있다. 또한 일정 요건을 갖춘 적격주식매수선택권에 대해서는 임직원이 원천징수의무자(회사)에게 관련 서류를 첨부하여 과세특례를 신청하는 경우, 소득세를 과세하지 아니하고 주식양도 시 양도소득세로 과세되는데, 주식매수선택권 행사이익에 대한 비과세, 납부특례 및 과세특례를 적용받기 위한 절차는 아래 ＜표1＞.＜표2＞와 같다.

＜표1＞ 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례 절차

ㅇㅇㅇ

＜표2＞ 납부특례와 과세특례 비교

(2) 처분청과 청구인이 제출한 과세특례신청서 등 심리자료를 보면, 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 회사는 2019.12.27. 및 2020.6.1. 청구인에게 주식매수선택권(8,850주)을 부여하였고, 청구인은 2년 이상 근무함으로써 2022년 6월에 적격주식매수선택권 행사자격을 취득하였다.

(나) 청구인의 쟁점주식에 대한 주식매수선택권 행사에 관한 내용은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 청구인의 주식매수선택권 행사 내용

ㅇㅇㅇ

(다) 청구인은 적격주식매수선택권의 과세특례를 적용받기 위하여 2022.12.5. 회사에 전용계좌개설확인서(OOO 465-****-**20-0) 및 과세특례적용신청서를 제출하였고, 회사는 2022.12.16. 해당 계좌에 쟁점주식을 입고하였다.

(라) 회사는 2022.12.13. 청구인의 위 적격주식매수선택권 행사이익에 대해 원천징수의무자로서 과세특례가 아닌 납부특례신청서를 제출하였고, 청구인의 과세특례 적용을 위한 행사주식 지급명세서(조특법 시행규칙 별지 제6호의7 서식)와 특례적용 대상명세서(조특법 시행규칙 별지 별지 제6호의8 서식)를 제출하지 아니하였다가 2023.11.10. 이를 관할 세무서장에게 제출하였는바, 세부내용은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 회사의 과세특례신청 제출 문서

ㅇㅇㅇ

(마) 청구인이 회사로부터 부여받은 주식매수선택권이 조특법 시행령 제16조의4에서 규정하고 있는 적격주식매수선택권에 해당하는지 여부에 대해서는 처분청과의 다툼이 없는 것으로 나타난다.

(3) 조특법상 주식매수선택권의 납부특례에 관한 기획재정부의 유권해석(기획재정부 소득세제과-754(2024.7.17.)을 보면, ‘「조세특례제한법 시행령」 제14조의3 제2항에 따른 특례적용신청서를 같은 항 또는 같은 조 제5항에서 규정한 기한 내에 제출하지 않더라도 기한 후 신고 등을 통해 「조세특례제한법」 제16조의3에 따른 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례의 적용을 받을 수 있다’라고 회신한 사실이 확인된다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

조특법 제16조의4에서 규정하고 있는 주식매수선택권 행사자의 과세특례 신청서 제출 의무는 원천징수의무자가 특례 적용 대상자를 파악하고, 과세관청은 주식매수선택권의 행사내용 및 종합소득세 또는 양도소득세 신고·납부의무 이행 여부를 파악하고 관리하기 위하여 납세자의 자료제출의무를 규정한 것이라 할 것이고, 과세특례 제도는 주식매수선택권 행사자에 대한 과세이연(해당 주식 처분 시 양도소득으로 과세) 및 해당 법인에 대한 과세 영향(근로소득으로 과세되는 경우 손금인정 또는 양도소득으로 과세되는 경우 손금불인정)이 나타나므로 법령상 과세특례 신청에 대한 행사자의 명확한 의사표시가 요구된다고 할 것이다.

이 건에서 청구인은 쟁점주식에 대한 적격주식매수선택권 행사 시부터 조특법 제16조의4 제2항에 따른 과세특례 규정을 적용받기 위하여 회사가 과세관청에 제출할 법정기한 이전인 2022.12.5. 회사에 특례적용신청서와 주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 제출하였고 2022.12.16. 전용계좌에 쟁점주식이 입고된 점으로 보아 청구인은 과세특례 적용을 받기 위한 의사표시를 하고 필수적인 절차를 이행한 것으로 보이는 점, 무신고 결정 또는 기한 후 신고 등으로 조세특례의 적용배제를 규정한 조특법 제128조에서 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례 조항(조특법 제16조의2?4)은 열거되어 있지 아니하고 적격주식매수선택권의 행사 시에 신청서류 제출기한 미충족시 과세특례를 배제한다고 명시적으로 규정하고 있지 아니한 점, 청구인은 주식매수선택권 행사 시부터 쟁점주식이 적격주식매수선택권에 해당하여 과세특례를 적용받기 위한 제반 서류를 정상적으로 제출하였고, 회사의 경우에도 법정제출 기한에 서류를 제출하였으나 직원의 착오로 다른 서류를 제출한 상황에서 이를 바로잡기 위하여 관련 서류를 보완.제출한 사실로 볼 때 이 건에서 과세특례 적용을 배제하는 것은 벤처기업의 우수인력 유치 지원이라는 과세특례 취지를 감안하면 다소 불합리해 보이는 점 등에 비추어, 청구인의 쟁점주식에 대한 적격주식매수선택권의 행사 이익은 조특법 제16조의4 제1항 및 제2항에 따라 양도소득세로 부과하는 것이 타당하다 할 것이다.

따라서, 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제16조의3(벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례) ① 벤처기업 임원 등이 2024년 12월 31일 이전에 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권 및 「상법」 제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익(제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다)에 대한 소득세는 다음 각 호에 따라 납부할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사가격과 시가와의 차액을 현금으로 교부받는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대하여 벤처기업 임원 등이 원천징수의무자에게 납부특례의 적용을 신청하는 경우 「소득세법」 제127조, 제134조 및 제145조에도 불구하고 소득세를 원천징수하지 아니한다.

2. 제1호에 따라 원천징수를 하지 아니한 경우 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득금액에 대한 「소득세법」 제70조 및 제76조에 따른 종합소득과세표준 확정신고 및 확정신고납부 시 벤처기업 주식매수선택권 행사이익을 포함하여 종합소득 과세표준을 신고하되, 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 관련한 소득세액으로서 대통령령으로 정하는 금액의 5분의 4에 해당하는 금액(이하 이 항에서 “분할납부세액”이라 한다)은 제외하고 납부할 수 있다.

3. 제2호에 따라 소득세를 납부한 경우 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 다음 4개 연도의 「소득세법」 제70조 및 제76조에 따른 종합소득과세표준 확정신고 및 확정신고납부 시 분할납부세액의 4분의 1에 해당하는 금액을 각각 납부하여야 한다.

② 벤처기업 임원 등이 제1항에 따라 소득세를 납부하는 중 「소득세법」 제74조 제4항의 사유가 발생한 경우에는 해당 규정을 준용한다.

③ 제1항과 제2항을 적용하는 경우 특례 신청절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제16조의4(벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례) ① 벤처기업 또는 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업의 임원 또는 종업원으로서 대통령령으로 정하는 자(이하 이 조에서 “벤처기업 임직원”이라 한다)가 2024년 12월 31일 이전에 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 주식매수선택권(이하 이 조에서 “적격주식매수선택권”이라 한다)을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대해서 벤처기업 임직원이 제2항을 적용받을 것을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청한 경우에는 「소득세법」 제20조 또는 제21조에도 불구하고 주식매수선택권 행사시에 소득세를 과세하지 아니할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사 당시 실제 매수가액이 해당 주식매수선택권 부여 당시의 시가보다 낮은 경우 그 차액(이하 “시가 이하 발행이익”이라 한다)에 대해서는 주식매수선택권 행사시에 「소득세법」 제20조 또는 제21조에 따라 소득세를 과세한다.

1. 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제16조의3에 따른 주식매수선택권으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖출 것

2. 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권의 행사일부터 역산하여 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 해당 행사일이 속하는 과세기간까지 전체 행사가액의 합계(이하 이 조에서 “전체 행사가액”이라 한다)가 5억원 이하일 것

② 적격주식매수선택권 행사시 제1항에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우 적격주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식(해당 주식의 보유를 원인으로 해당 벤처기업의 잉여금을 자본에 전입함에 따라 무상으로 취득한 주식을 포함한다)을 양도하여 발생하는 양도소득(제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다)에 대해서는 「소득세법」 제94조 제1항 제3호 각 목에도 불구하고 주식등에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 과세한다.

③ 제2항에 따라 양도소득세를 과세하는 경우 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우(주식매수선택권 행사 이후 제5항에 따라 소득세를 과세한 경우를 포함한다)에는 해당 주식매수선택권의 행사에 따라 발생하는 비용으로서 대통령령으로 정하는 금액을 「법인세법」 제19조, 제20조 및 제52조에도 불구하고 해당 벤처기업의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

⑥ 적격주식매수선택권을 부여하는 벤처기업 및 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조 제1항에 따른 금융투자업자는 적격주식매수선택권의 부여 및 행사와 관련한 자료, 적격주식매수선택권의 행사로 취득한 주식의 이체자료 등 제1항부터 제5항까지를 적용하기 위하여 필요한 자료로서 대통령령으로 정하는 자료를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑦ 제2항에 따라 양도소득세를 과세하는 경우에는 제14조 제1항 제7호를 적용하지 아니한다.

⑧ 제1항을 적용받으려는 벤처기업 임직원은 대통령령으로 정하는 바에 따라 주식매수선택권 행사로 취득한 주식만을 거래하는 전용계좌를 개설하여야 한다.

⑨ 제1항은 벤처기업 임직원이 적격주식매수선택권을 행사하는 시점에 그 주식매수선택권을 부여한 기업이 더 이상 벤처기업에 해당하지 아니하게 된 경우에도 적용한다.

⑩ 제1항부터 제7항까지를 적용하는 경우 특례 신청ㆍ운영절차 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제128조(추계과세 시 등의 감면배제) ② 「소득세법」 제80조 제1항 또는 「법인세법」 제66조 제1항에 따라 결정을 하는 경우와 「국세기본법」 제45조의3에 따라 기한 후 신고를 하는 경우에는 제6조, 제7조, 제12조 제1항ㆍ제3항, 제12조의2, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항, 제62조 제4항, 제63조 제1항, 제63조의2 제1항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6 제1항ㆍ제2항, 제96조, 제96조의2, 제96조의3, 제99조의9 제2항, 제99조의11 제1항, 제99조의12, 제102조, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항, 제121조의22 제2항, 제121조의33 제2항을 적용하지 아니한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제14조의3(벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례) ① 법 제16조의3 제1항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 말한다. 이 경우 해당 과세기간의 종합소득금액과 주식매수선택권 행사이익에 따른 소득금액을 계산할 때 법 제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다.

② 법 제16조의3 제1항에 따라 소득세를 납부하려는 벤처기업의 임원 또는 종업원(이하 이 조에서 “벤처기업 임원 등”이라 한다)은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 5일까지 기획재정부령으로 정하는 특례적용신청서(이하 이 조에서 “특례적용신청서”라 한다)를 원천징수의무자에게 제출하여야 한다.

③ 제2항에 따라 특례적용신청서를 제출받은 원천징수의무자는 기획재정부령으로 정하는 특례적용 대상명세서를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제2항에 따라 특례적용신청서를 제출한 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득금액에 대한 「소득세법」 제70조에 따른 종합소득과세표준 확정신고를 할 때 특례적용신청서의 사본을 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑤ 제2항부터 제4항까지의 규정에도 불구하고 제2항의 기간 내에 특례적용신청서를 제출하지 아니한 벤처기업 임원 등으로서 법 제16조의3 제1항에 따라 소득세를 납부하려는 자는 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득금액에 대한 「소득세법」 제70조에 따른 종합소득과세표준 확정신고를 할 때 특례적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

제14조의4(벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례) ① 법 제16조의4 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업”이란 벤처기업이 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 인수한 기업을 말하며, 법 제16조의4 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 자”란 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제16조의3 제1항에 따른 주식매수선택권을 부여받은 임직원(「벤처기업육성에 관한 특별법」 제16조의3 제1항에 따른 주주총회의 결의가 있는 날 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외하며, 이하 이 조에서 “벤처기업 임직원”이라 한다)을 말한다.

1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 10을 초과하여 보유하게 되는 자

2. 해당 법인의 주주로서 「법인세법 시행령」 제43조 제7항에 따른 지배주주 등에 해당하는 자

3. 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 10을 초과하여 보유하는 주주

4. 제3호의 주주와 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 친족관계 또는 경영지배관계에 있는 자

② 법 제16조의4 제1항을 적용받으려는 벤처기업 임직원은 기획재정부령으로 정하는 특례적용신청서에 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 첨부하여 주식매수선택권 행사일 전일까지 해당 벤처기업에 제출해야 한다.

③ 제2항에 따라 특례적용신청서를 제출받은 벤처기업은 주식매수선택권 행사로 지급하는 주식을 제10항에 따른 주식매수선택권 전용계좌로 입고하고, 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 행사주식 지급명세서(이하 이 조에서 “주식매수선택권 행사주식 지급명세서”라 한다)와 기획재정부령으로 정하는 특례적용 대상명세서(이하 이 조에서 “특례적용 대상명세서”라 한다)를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조 제1항에 따른 금융투자업자(이하 이 조에서 “금융투자업자”라 한다)는 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서(이하 이 조에서 “주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서”라 한다)를 매분기 종료일의 다음 달 말일까지 본점 또는 주사무소 소재지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑤ 법 제16조의4 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

1. 벤처기업이 주식매수선택권을 부여하기 전에 주식매수선택권의 수량ㆍ매수가액ㆍ대상자 및 기간 등에 관하여 주주총회의 결의를 거쳐 벤처기업 임직원과 약정할 것

2. 제1호에 따른 주식매수선택권을 다른 사람에게 양도할 수 없을 것

3. 사망, 정년 등 기획재정부령으로 정하는 불가피한 사유가 있는 경우를 제외하고는 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제16조의3 제1항에 따른 주주총회의 결의가 있는 날부터 2년 이상 해당 법인에 재임 또는 재직한 후에 주식매수선택권을 행사할 것

⑥ 법 제16조의4 제2항에 따라 양도소득세를 납부하려는 벤처기업 임직원은 「소득세법」 제105조 및 제110조에 따라 양도소득과세표준을 신고하는 경우 제2항에 따른 특례적용신청서 제출에 대하여 해당 벤처기업이 발급하는 기획재정부령으로 정하는 특례신청확인서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑦ 법 제16조의4 제4항에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 말한다. 다만, 주식매수선택권의 행사 당시 실제 매수가액이 해당 주식매수선택권 부여 당시의 시가보다 낮은 주식매수선택권의 경우에는 본문에 따른 금액에서 법 제16조의4 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 시가 이하 발행이익을 제외한 금액을 말한다.

⑨ 법 제16조의4 제6항에서 “대통령령으로 정하는 자료”란 주식매수선택권 행사주식 지급명세서, 특례적용 대상명세서 및 주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서를 말한다.

⑩ 법 제16조의4 제8항에 따라 벤처기업 임직원은 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 전용계좌를 개설해야 한다. ＜신설 2023.2.28.＞

1. 벤처기업 임직원 본인의 명의로 개설할 것

2. 금융투자업자가 벤처기업 임직원의 다른 매매거래계좌와 구분하여 ‘주식매수선택권 전용계좌’의 명칭으로 별도로 개설ㆍ관리할 것

3. 주식매수선택권 행사로 취득한 주식만을 거래할 것

4. 계좌 개설 이후 1개월 내에 주식이 입고되지 않을 경우에는 해당 계좌를 폐쇄하는 내용으로 사전에 약정할 것

(3) 조세특례제한법 시행규칙

제61조(서식 등) ① 세액감면 신청 등에 관한 서식은 다음 각 호에 따른다.

7의3. 영 제14조의3 제2항에 따른 특례적용신청서 : 별지 제6호의3서식

7의4. 영 제14조의3 제3항에 따른 특례적용 대상명세서 : 별지 제6호의4서식

7의5. 영 제14조의4 제2항에 따른 특례적용신청서 : 별지 제6호의5서식

7의6. 영 제14조의4 제2항에 따른 주식매수선택권 전용계좌개설확인서 : 별지 제6호의6서식

7의7. 영 제14조의4 제3항에 따른 주식매수선택권 행사주식 지급명세서 : 별지 제6호의7서식

7의8. 영 제14조의4 제3항에 따른 특례적용 대상명세서 : 별지 제6호의8서식

7의9. 영 제14조의4 제4항에 따른 주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서 : 별지 제6호의9서식

7의10. 영 제14조의4 제6항에 따른 특례신청확인서 : 별지 제6호의10서식

[별지 6호의3?10서식]

(4) 법인세법 시행령

제19조(손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

19의2. 「상법」 제340조의2ㆍ제542조의3, 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제16조의3 또는 「소재ㆍ부품ㆍ장비산업 경쟁력 강화 및 공급망 안정화를 위한 특별조치법」 제56조에 따른 주식매수선택권(「상법」 제542조의3에 따른 주식매수선택권은 해당 법인의 임직원에게 부여하는 것으로 한정하며, 이하 이 호에서 “주식매수선택권”이라 한다), 「근로복지기본법」 제39조에 따른 우리사주매수선택권(이하 이 호에서 “우리사주매수선택권”이라 한다)이나 금전을 부여받거나 지급받은 자에 대한 다음 각 목의 금액. 다만, 해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10 범위에서 부여하거나 지급한 경우로 한정한다.

가. 주식매수선택권 또는 우리사주매수선택권을 부여받은 경우로서 다음의 어느 하나에 해당하는 경우 해당 금액

1) 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 금전 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우의 해당 금액

2) 약정된 주식매수시기에 주식매수선택권 또는 우리사주매수선택권 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의 실제 매수가액과 시가의 차액

나. 주식기준보상으로 금전을 지급하는 경우 해당 금액