조심 2025서4379 (2026.03.10)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 서울특별시 종로구 OOO(이하 “쟁점부동산①”이라 한다)과 같은 동 OOO(이하 “쟁점부동산②”라 하고, 쟁점부동산①과 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)에서 부동산업을 영위하는 개인사업자로,

2015.7.29. 쟁점부동산①이 법원 경매(OOO)로 매각된 후, 청구인은 양도가액과 취득가액을 동일한 금액으로 하여 양도차익이 없는 것으로 2015년 귀속 양도소득세를 신고하는 한편, 2015년 귀속 종합소득세는 부동산임대업의 사업소득으로 수입금액은 OOO원, 이자비용을 필요경비로 계상하여 소득금액을 OOO원으로 신고(결손)하였고, 2016년 귀속 종합소득세는 당기순손실 OOO원으로 재무제표를 제출하였으나, 수입금액·필요경비·소득금액을 모두 OOO원으로 하여 기한후신고 하였다.

나. 처분청은 2016.9.30.부터 2016.12.18.까지 쟁점부동산①의 양도에 대한 양도소득세 조사한 결과, 쟁점부동산①의 양도소득을 부동산매매업의 사업소득으로 보아 양도소득세 과세를 제외하고 취득가액 등 증빙 미비로 2015년 귀속 종합소득세를 단순경비율로 추계결정하였다.

다. 한편, 청구인은 2023년 귀속 종합소득세를 신고하였다가, 2024.11.28. 수정신고(결정세액 OOO원, 기납부세액 OOO원, 추가납부할세액 OOO원)를 하였으나, 이를 납부를 하지 아니하였고, 이에 처분청은 2024.12.6. 2023년 귀속 종합소득세 OOO원을 무납부고지 하였다.

라. 청구인은 2025.5.20. 처분청에 2023년 귀속 종합소득세 신고 시 2015년 결손금 OOO원(이하 “쟁점결손금①”이라 한다)과 2016년 당기순손실 OOO원(이하 “쟁점결손금②”라 하고, 쟁점결손금①과 합하여 “쟁점결손금”이라 한다)을 이월결손금으로 반영하지 아니하였으므로 이를 공제하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.10.1. 쟁점결손금은 2023년 귀속 종합소득세 계산 시 공제가능한 이월결손금에 해당하지 아니한다고 보아 이를 거부하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2025.10.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 2006년부터 쟁점부동산에서 부동산건설을 하였고, 2015.12.31. 표준재무제표 상 건설자금에 대한 이자 손실 OOO원을 신고하였다.

(2) 2015년 7월 쟁점부동산①이 법원 경매로 매각되어 법원경매명세표상 OOO원 손실이 발생하였으나, 세무사가 이를 신고하지 아니하였다.

(3) 처분청은 쟁점부동산①의 양도와 관련하여 2016년 8월 청구인에게 양도소득세 OOO원의 과세예고를 하였고, 청구인은 실제 손실을 반영하기 위해 2016.9.30. 세무신고 자료를 바탕으로 양도소득에서 사업소득으로 변경하려 하였으나, 처분청은 사업소득으로 변경하기 위해서는 부동산건설공급(분양판매업)을 추가해야 한다고 회유하며, 세무지식이 없는 납세자를 기망하여 업종을 추가하게 만들었다.

(4) 처분청은 2016.11.2. 세목변경신고서를 정식 수리하였음에도 불과 27일 뒤인 당초 세목변경을 신청한 부동산 점포임대업을 제외하고, 2016.11.29. 실적이 전혀 없는 신규 ‘부동산매매업’을 근거로 추계결정하였으며, 2023년 귀속 종합소득세는 OOO원을 부과하였다.

(5) 이후 청구인은 2015년 12월 위의 세금을 납부하기 위해 대출을 받았고, 대출금과 이자손실이 축적되어 손실이 발생하여 급기야 대출금을 감당 못해 부도가 나 결국 2023.10.17. 제2차 경매에서 OOO원의 손실이 추가 발생하였다.

즉, 총 손실은 임대손실 OOO원, 1차 경매손실 OOO원, 종합소득세 OOO원, 2차 경매손실 OOO원의 합계 OOO원의 손실이 발생하였다. 부당하게 추계로 부과된 세금을 내느라 쟁점부동산을 헐값으로 매각하지 아니해도 될 OOO원 건물을 OOO원에 매각하는 순손실을 입었다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 2010.4.14. 쟁점부동산을 신축하여 2011.11.11. 근린생활시설 및 산후조리원으로 사용승인을 받았다.

(가) 청구인은 2010.11.1. 쟁점부동산에 주업종을 부동산업(점포임대)으로 사업자등록을 하였고, 2011.3.17. 서비스업(산후조리원)을 부업종으로 등록하였다.

(나) 청구인은 2011.6.2.∼2011.12.6. A에서 쟁점부동산을 담보로 총 6회에 걸쳐 OOO원(이하 “쟁점차입금①”이라 한다)을 차입하였으나, 기한 내 원리금을 상환하지 못하였고, B(A 채권인수자)는 쟁점부동산에 대한 담보권을 실행하여 임의경매(OOO)를 통해 2015.7.29. 쟁점부동산①을 제3자에게 OOO원에 매각하였다.

(다) 이에 따라 청구인은 2015.9.30. 쟁점부동산①의 양도가액과 취득가액을 동일하게 하여 양도차익이 없는 것으로 2015년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였고, 2015년 귀속 종합소득세 신고 시 경매로 변제한 이자비용 OOO원을 필요경비로 계상하고 부동산임대업의 사업소득 OOO원을 결손(쟁점결손금①)으로 신고하였다.

(라) 처분청은 2016.9.30.부터 2016.12.18.까지 쟁점부동산①의 양도에 대하여 조사를 하였고, 이에 청구인은 쟁점부동산①의 경매가 부동산매매업자의 사업행위임을 주장하며 2016.11.1. 주업종을 부동산 건설공급, 분양판매업으로 사업자등록 정정신고를 하였으며, 이에 따라 처분청은 양도소득세 과세를 제외하고 해당 소득을 부동산매매업자의 사업소득으로 추계결정(단순경비율)하였다.

(마) 청구인은 쟁점부동산①의 경매로 쟁점차입금①을 상환하였고, 이후 쟁점부동산②를 담보로 A으로부터 2016.1.13. 및 2016.2.29. 각각 OOO원씩(총 OOO원) 신규로 차입하였다.

2016.12.21. C로부터 OOO원을 차입(이하 “쟁점차입금②”라 한다)하여 A 대출 OOO원을 상환하였고, 2017.8.13. 2016년 귀속 종합소득세 기한후신고 시 세법상 소득금액 및 필요경비를 모두 “OOO원”으로 신고하였다.

(2) 청구인은 쟁점결손금을 2023년 귀속 종합소득세 신고시 공제하여달라고 주장하나,

(가) 쟁점결손금①은 2023년 귀속 종합소득세 계산시 이월결손금으로 공제할 수 없다.

1) 처분청은 쟁점부동산①의 양도와 관련하여 부동산매매업자의 사업소득으로 보아 2015년 귀속 종합소득세를 단순경비율에 의해 추계결정(수입금액의 83.1%를 필요경비로 인정함)하였고, 이에 대하여 청구인은 이를 납부하였으며, 이에 대하여 불복을 제기한 바 없다.

2) 청구주장과 같이 쟁점결손금①이 부동산임대업에서 발생한 결손금으로 보더라도 「소득세법」 제45조 제3항 제2호에 따라 부동산임대업에서 발생한 결손금은 부동산임대업의 소득금액에서만 공제가능한 바, 2023년 귀속 부동산임대업 외의 사업소득 및 기타소득에서 공제할 수는 없다.

(나) 쟁점결손금② 또한 2023년 귀속 종합소득세 계산 시 이월결손금으로 공제할 수 없다.

1) 청구인은 2016년 귀속 종합소득세 신고 시 결손금을 계상하지 아니하였고, 부과제척기간의 경과로 경정하기도 어려운바, 2023년 귀속 종합소득세 계산 시 쟁점결손금②를 이월결손금으로 공제할 수 없다.

「소득세법」 제19조 제2항에 따르면, 세법상 결손금은 필요경비가 총수입금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액을 말하는 것이고, 손익계산서상의 당기순손실을 의미하는 것이 아닌 세법상 결손금인데, 청구인은 2016년 귀속 종합소득세 신고 당시 결손금을 계상하지 아니하였는바, 같은 법 제45조 제3항 단서에 따라 부과제척기간 경과 후 새로 확인된 결손금은 이월공제가 불가하므로 2023년 귀속 종합소득세에서 이월결손금으로 공제할 수 없다.

2) 청구인은 2016.12.21. C로부터 쟁점차입금②를 차입하였으나, 이는 부동산매매업에 따라 직접 사용된 부채로 보기 어렵다.

청구인은 쟁점차입금②를 쟁점부동산②의 공사대금으로 사용하였다고 주장하나, 쟁점부동산②는 이미 2011.11.11. 사용승인 받은 건물로 차입시점과 공사완료시점 간에 시간적 차이가 크며 차입금이 청구인의 다른 계좌와 타인에게 이체된 금융거래내역만 있을 뿐, 청구인이 쟁점차입금②를 공사대금으로 사용하였는지 개인적인 용도로 사용하였는지가 불분명하다.

(다) 이와 같이 2015년 귀속 종합소득세는 추계결정으로 확정되었으므로 별도의 결손금이 존재할 수 없고, 2016년 결손금은 신고·계상된 사실이 없으므로 청구인이 주장하는 쟁점결손금은 이월결손금 공제요건을 충족하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점결손금이 2023년 귀속 종합소득세 계산 시 공제가능한 이월결손금에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제26조의2(국세의 부과제척기간) 제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우 : 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(역외거래의 경우 10년)

③ 제1항 및 제2항 제1호의 기간이 끝난 날이 속하는 과세기간 이후의 과세기간에 다음 각 호의 금액(이하 이 항에서 “이월결손금등”이라 한다)을 공제하는 경우 해당 이월결손금등이 발생한 과세기간의 소득세 또는 법인세의 부과제척기간은 제1항 및 제2항 제1호에도 불구하고 이월결손금등을 공제한 과세기간의 법정신고기한으로부터 1년으로 한다.

1. 「소득세법」 제45조 제3항, 「법인세법」 제13조 제1항 제1호, 제76조의13 제1항 제1호 또는 제91조 제1항 제1호에 따른 이월결손금

2. 「조세특례제한법」 제144조제1항에 따라 이월된 세액공제액

(2) 소득세법(2017.1.1. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것)

제19조(사업소득) ② 사업소득금액은 해당 과세기간의 총수입금액에서 이에 사용된 필요경비를 공제한 금액으로 하며, 필요경비가 총수입금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액을 “결손금”이라 한다.

제27조(사업소득의 필요경비의 계산) ① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

② 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정된 것에 대해서는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의 필요경비로 본다.

③ 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제45조(결손금 및 이월결손금의 공제) ① 사업자가 비치ㆍ기록한 장부에 의하여 해당 과세기간의 사업소득금액을 계산할 때 발생한 결손금은 그 과세기간의 종합소득과세표준을 계산할 때 근로소득금액ㆍ연금소득금액ㆍ기타소득금액ㆍ이자소득금액ㆍ배당소득금액에서 순서대로 공제한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 “부동산임대업”이라 한다)에서 발생한 결손금은 종합소득 과세표준을 계산할 때 공제하지 아니한다. 다만, 주거용 건물 임대업의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 부동산 또는 부동산상의 권리를 대여하는 사업

③ 부동산임대업에서 발생한 결손금과 제1항 및 제2항 단서에 따라 공제하고 남은 결손금(이하 “이월결손금”이라 한다)은 해당 이월결손금이 발생한 과세기간의 종료일부터 10년 이내에 끝나는 과세기간의 소득금액을 계산할 때 먼저 발생한 과세기간의 이월결손금부터 순서대로 다음 각 호의 구분에 따라 공제한다. 다만, 「국세기본법」 제26조의2에 따른 국세부과의 제척기간이 지난 후에 그 제척기간 이전 과세기간의 이월결손금이 확인된 경우 그 이월결손금은 공제하지 아니한다.

1. 제1항 및 제2항 단서에 따라 공제하고 남은 이월결손금은 사업소득금액, 근로소득금액, 연금소득금액, 기타소득금액, 이자소득금액 및 배당소득금액에서 순서대로 공제한다.

2. 부동산임대업에서 발생한 이월결손금은 부동산임대업의 소득금액에서 공제한다.

④ 제3항은 해당 과세기간의 소득금액에 대해서 추계신고(제160조 및 제161조에 따라 비치ㆍ기록한 장부와 증명서류에 의하지 아니한 신고를 말한다. 이하 같다)를 하거나 제80조 제3항 단서에 따라 추계조사결정하는 경우에는 적용하지 아니한다. 다만, 천재지변이나 그 밖의 불가항력으로 장부나 그 밖의 증명서류가 멸실되어 추계신고를 하거나 추계조사결정을 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

제80조(결정과 경정) ③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.

(3) 소득세법 시행령

제55조(사업소득의 필요경비의 계산) ① 사업소득의 각 과세기간의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것 외에는 다음 각 호에 규정한 것으로 한다.

13. 총수입금액을 얻기 위하여 직접 사용된 부채에 대한 지급이자

제143조(추계결정 및 경정) ③ 법 제80조 제3항 단서에 따라 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 방법에 따른다. 다만, 제1호의2는 단순경비율 적용대상자만 적용한다.

1의2. 수입금액(「고용정책 기본법」 제29조에 따라 고용노동부장관이 기업의 고용유지에 필요한 비용의 일부를 지원하기 위해 지급하는 금액으로 재정경제부령으로 정하는 것은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에서 수입금액에 단순경비율을 곱한 금액을 공제한 금액을 그 소득금액으로 결정 또는 경정하는 방법

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구인은 2010.4.14. 쟁점부동산을 신축하여 2010.11.1. 쟁점부동산에 주업종을 부동산업(점포임대)으로 사업자등록하였고, 2011.3.17. 서비스(산후조리원)를 부업종으로 추가 등록하였으며, 2011.11.11. 근린생활시설 및 산후조리원으로 사용승인을 받았다.

＜표1＞ 쟁점부동산 내역

(단위 : ㎡)

○○○

(나) 청구인은 2011.6.2.∼2011.12.6. 기간 동안 A으로부터 쟁점부동산을 담보로 총 6회에 걸쳐 OOO원(쟁점차입금①)을 차입하였으나 기한 내 원리금을 상환하지 못하였고, 이에 따라 B는 담보권을 실행하여 2015.7.29. 쟁점부동산①이 OOO원에 경매로 매각되면서 쟁점차입금①은 변제되었다.

＜표2＞ 쟁점부동산의 등기부등본상 담보로 설정한 근저당 내역

(단위 : 백만원)

○○○

*채권최고액은 대출금액의 130% 설정됨

(다) 이에 따라 청구인은 2015.9.30. 쟁점부동산①의 처분을 양도가액과 취득가액을 같은 금액으로 하여 양도차익 없이 2015년 귀속 양도소득세를 신고하였고, 2016.5.31. 2015년 귀속 종합소득세 신고 시 경매로 변제한 이자비용 OOO원을 필요경비로 계상하여 OOO원의 부동산임대업의 사업소득을 결손(쟁점결손금①)으로 신고하였다.

(라) 한편, 처분청은 2016.9.30.부터 2016.12.18.까지 쟁점부동산①의 경매와 관련하여 양도소득세를 조사한 결과, 청구인은 쟁점부동산①의 양도에 대하여 당초 양도소득으로 신고하였으나, 조사 당시 청구인은경매로 처분된 쟁점부동산①의 처분 소득이 부동산매매업자의 사업행위임을 주장하면서, 2016.11.1. 주업종을 부동산 건설공급, 분양판매업(업종코드 451102)으로 사업자등록을 정정하였고,

이에 따라 처분청은 2016.11.30. 쟁점부동산①의 처분 소득이 부동산매매업자의 사업소득에 해당한다고 보아 양도소득세의 과세를 제외하였고, 취득가액 등에 대한 증빙이 확인되지 않아 2015년 귀속 종합소득세를 단순경비율로 추계결정하였다.

＜표3＞ 2015년 귀속 종합소득세 경정내역

(단위 : 원)

○○○

*추계결정 소득금액 = 수입금액(양도가액) - 수입금액 × 단순경비율(83.1%)

(마) 청구인은 쟁점부동산①의 경매로 쟁점차입금①을 상환하였고, 2016.1.13., 2016.2.29. 쟁점부동산②를 담보로 A으로부터 OOO원 차입하였다가, 2016.12.21. C로부터 OOO원을 차입(쟁점차입금②)하여 A 대출 OOO원을 상환하였다.

＜표4＞ 쟁점차입금② 내역

(단위 : 백만원)

○○○

(바) 청구인은 2017.8.13. 2016년 귀속 종합소득세 기한후신고 시 쟁점차입금②에서 발생한 이자비용 OOO원을 2016년도 손익계산서상 영업외비용으로 계상하고 당기순손실 OOO원(쟁점결손금②)으로 하는 재무제표를 제출하였으나, 세법상 결손금 공제 및 신고없이 필요경비와 소득금액 모두 OOO원으로 신고하였다.

(사) 청구인은 2024.11.28. 2023년 귀속 종합소득세 수정신고 시 2017∼2022년 발생한 결손금 OOO원을 이월결손금으로 부동산임대업 외의 사업소득금액에서 공제하여 신고하였다.

＜표5＞ 2023년 귀속 종합소득세 수정신고 내역

(단위 : 원)

○○○

＜표6＞ 2023년 귀속 종합소득세 수정신고시 이월결손금 공제내역

(단위 : 원)

○○○

(아) 청구인은 처분청에 2023년 귀속 종합소득세 신고 시 공제한 이월결손금 OOO원 중 2021년 결손금 OOO원, 2022년 결손금 OOO원을 공제 제외하고, 신고 누락한 쟁점결손금①·②를 공제하여 2023년 귀속 종합소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 이를 거부하였다.

(자) 청구인이 제기한 2023년 귀속 종합소득세 경정청구에 대한 처분청(서울지방국세청)의 경정청구 검토내용은 다음과 같다.

○○○

(2)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점결손금을 2023년 귀속 종합소득세 신고시 공제하여달라고 주장하나,

「소득세법」 제45조 제3항 제2호에 따르면, 이월결손금은 해당 이월결손금이 발생한 과세기간의 종료일부터 15년 이내에 끝나는 과세기간의 소득금액을 계산할 때 먼저 발생한 과세기간의 이월결손금부터 순서대로 공제하는데, 부동산임대업에서 발생한 이월결손금은 부동산 임대업의 소득금액에서 공제한다고 규정하고 있고, 다만 「국세기본법」 제26조의2에 따른 국세부과의 제척기간이 지난 후에 그 제척기간 이전 과세기간의 이월결손금이 확인된 경우 그 이월결손금은 공제하지 아니한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제4항에는 같은 법 제80조 제3항 단서에 따라 추계조사 결정을 하는 경우 (이월)결손금 공제하지 아니한다고 규정하고 있다.

처분청은 2016.12.1. 쟁점부동산①의 양도에 대하여 부동산매매업자의 사업소득으로 보아 취득가액 등 증빙미비로 2015년 귀속 종합소득세를 단순경비율에 의해 추계결정(수입금액의 83.1%를 필요경비로 인정함)하였는바, 「소득세법」 제45조 제4항에 따라 쟁점결손금①을 공제하기 어려워 보이는 점, 청구주장과 같이 쟁점결손금①을 부동산임대업에서 발생한 결손금으로 보더라도 「소득세법」 제45조 제3항 제2호에 따라 부동산임대업에서 발생한 이월결손금을 2023년 귀속 부동산임대업 외의 사업소득금액에서 공제하기는 어려워 보이는 점, 「소득세법」 제45조 제3항 단서조항에는 ‘국세부과의 제척기간이 지난 후에 그 제척기간 이전 과세기간에 확인된 이월결손금을 공제하지 아니한다’고 규정되어 있는바, 청구인은 2016년 귀속 종합소득세 신고 시 쟁점결손금②를 신고한 바 없고, 2023년 귀속 종합소득세 계산시 제척기간이 경과하여 이를 공제하기 어려운 점 등에 비추어, 위 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.