국심2006서1600 (2006.12.01)

OO세무서장이 2006.3.30. 청구인에게 한 종합소득세 2000년 귀속 3,593,650원, 2001년 귀속 3,951,700원, 2002년 귀속 2,825,930원, 및 2003년 귀속 10,435,230원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요 청구인은 의료기구 제조업을 영위하는 주식회사 OOOOO(이하 “청구외법인”이라 한다)의 대표자로서 1996.5.15. 의료기기인 OOOOOO에 대한 특허(이하 “쟁점특허권”이라 한다)를 출원하고 심사가 진행중인 1997.8.29. 청구외법인과 특허권 사용(대여)계약을 체결하였으며, 그 사용대가로 매분기말 부가가치세 신고금액의 5%에 상당하는 금액을 지급받아 종합소득세를 신고하였다. 청구인은 1998.11.26.자로 특허가 결정되고 특허등록원부에 등록됨에 따라 청구외법인과 당초의 계약서에 근거하여 사용료는 5%를 유지하되, 사용기간은 특허권의 종료기간까지로 정하여 기술이전(양도)계약을 체 결한 후, 1999.3.4. 쟁점특허권을 청구외법인에게 명의이전하고, 1999년부터 사용료를 수령하여 기타소득으로 신고해 오다가 기술이전소득은 사업소득으로 보아야 한다는 관련 예규가 나옴에 따라 2003년부터 사업자등록을 하여 부가가치세 등을 신고납부하였다. 처분청은 청구인이 특허권을 대여한 후, 매년 반복적이고 계속적으로 수수료를 수령한 것으로 보고 관련 예규에 근거하여 사업소득으로 보아 2006.3.30. 청구인에게 종합소득세 2000년 귀속 3,593,650원, 2001년 귀속 3,951,700원, 2002년 귀속 2,825,930원, 및 2003년 귀속 10,435,230원, 합계 20,806,510원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.4.27. 이 건 심판청구를 제기하였다 . 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 1975년부터 의료용 소모품 제조회사에 영업사원으로 근무하면서 외국으로부터 수입하는 의료소모품을 대체할 수 있는 고가의 의료용 소모품이 많음에 착안하고 1993년경부터 개인의 비용을 투자하여 의료용 소모품의 개발에 착수하였으며 많은 시행착오를 거듭하다가 개발에 성공하여 1996년에 특허를 출원하게 되었고 심사가 진행중인 1997년에 청구외법인과 특허권 사용계약을 체결하였다 . 청구인은 1998년 12월에 특허를 받아 등록하였고 쟁점특허권을 청구외법인이 직접 소유하기를 원하여 당초 계약서에 근거하여 특허권의 종료기간까지 기술이전계약을 체결하였으며 계약체결일로부터 1년이내인 1999년 3월에 쟁점특허권을 양도하였고, 1999년부터 사용료를 수령하여 기타소득으로 신고해 오다가 기술이전소득은 사업소득으로 보아야 한다는 관련 예규가 나옴에 따라 청구인은 2003년부터 사업자등록을 하여 현재까지 부가가치세 등을 신고납부해 오고 있다. 관련 규정에 의하면, 자산 또는 권리를 대여하고 그 대가로 받는 금품은 기타소득에 해당하는 바, 청구인은 쟁점특허권을 양도하였고 양도대가를 일시가 아닌 분할하여 수령하고 있으며, 쟁점특허권을 기술이전계약에 근거하여 청구외법인에게 양도하였으므로 쟁점특허권의 양도는 일시재산소득으로 보아야 하며, 청구인의 경우 특허권의 양도에 따른 변경계약서의 작성이 있었고 특허등록원부상의 명의이전이 있었음에도 처분청은 이 건 조사시 위와 같은 사실을 간과하고 이 건 과세하였는 바, 일시재산소득의 경우 관련 비용이 확인되지 아니하면 필요경비 80%를 수입금액에서 차감하는 것이므로 당초처분은 취소하여야 한다. (2) 한편, 1998.12.28. 구 조세감면규제법 제11조 에서 기술이전소득의 감면을 조세특례제한법 제12조 로 변경하면서 개정 전에는 감면율 100% 적용하던 것을, 개정 후부터는 감면율 50%를 적용하되, 같은 법 부칙 제5조 규정에 의하여 1998년 이전 계약분에 대하여는 100%의 감면율을 적용하여야 하므로 위 개정 전에 계약을 체결한 청구인에게도 100% 감면규정을 적용하여야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 기술이전계약서 제2조 제4호에 의하면 청구인의 사전 서면동의없이 제3자에게 동 특허권을 제공하거나 양도할 수 없으며, 계약의 효력이 존속하는 동안 본 계약에 의하여 취득되는 제반권리와 의무를 제3자에게 제공하거나 양도할 수 없다고 규정하고 있으므로 쟁점특허권이 공부상 명의이전되었다 하더라도 실질적인 권리의 이전인 양도로 볼 수 없으며, 청구외법인은 특허권에 대한 배타적인 권리를 행사할 수 없으므로 사업소득으로 부과한 당초처분은 정당하다. (2) 기술이전소득에 대한 감면비율은 기술이전계약이 당초 1997.8.29.에 체결되어 2002.12.31까지 만료되었으며, 2003년에 재계약한 것이므로 감면비율 50%를 적용한 당초처분은 적법하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 (1) 특허권에 대해 청구외법인과 기술이전 계약을 체결하고 사용료를 받은 경우 이를 특허권 양도대금의 분할 수입으로 보고 일시재산소득으로 볼 수 있는지 여부 (2) 감면규정 적용시 1998.12.31. 이전(조특법 §12 개정 전) 계약분으로 보아 100% 감면율을 적용할 수 있는지 여 부 나. 관련법령 (1) 소득세법 제20조의 2 【일시재산소득】 ① 일시재산소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다. (1995. 12. 29 신설) 1. 대통령령이 정하는 서화 골동품의 양도로 인하여 발생하는 소득 (1995. 12. 29 신설) 2. 광업권, 어업권, 산업재산권, 산업정보, 산업상 비밀，상표권, 영업권(대통령령이 정하는 점포임차권을 포함한다), 토사석의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발 이용권 기타 이와 유사한 자산이나 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득 (1995. 12. 29 신설) ② 일시재산소득금액은 당해연도의 총수입금액에서 이에 소요된 필요경비를 공제한 금액으로 한다. (1995. 12. 29 신설) ③ 일시재산소득의 범위는 대통령령으로 정한다. (1995. 12. 29 신설) (2) 소득세법 제21조 【기타소득】 ① 기타소득은 이자소득 배당소득 부동산임대소득 사업소득 근로소득 일시재산소득 연금소득 퇴직소득 양도소득 및 산림소득 외의 소득으로 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.(2000.12.29. 개정) 7. 제20조의 2 제1항 제2호의 자산 또는 권리를 대여하고 그 대가로 받는 금품 ② 기타소득금액은 당해연도의 총수입금액에서 이에 소요된 필요경비를 공제한 금액으로 한다.(1994. 12. 22 개정) (3) 소득세법시행령 제40조의 2 【일시재산소득의 범위】 ② 법 제20조의 2 제1항 제2호에 규정하는 상표권 은 상표법에 의한 상표 서비스표 단체표장 및 업무표장에 관한 권리를 말한다.(1995. 12. 30 신설) (4) 소득세법시행령 제87조 【기타소득 등의 필요경비계산】 다음 각호의 1에 해당하는 기타소득 또는 일시재산소득에 대하여는 거주자가 받은 금액의 100분의 75(제3호 및 제4호의 경우에는 100분의 80)에 상당하는 금액을 필요경비로 한다. (1999. 12. 31 개정) 2. 법 제21조 제1항 제9호 제18호 및 제19호의 기타소득 (2000. 12. 29 개정) 3. 법 제21조 제1항 제15호의 기타소득 (2000. 12. 29 개정) 4. 법 제20조의 2 제1항 제2호의 일시재산소득 및 법 제21조 제1항 제7호의 기타소득으로서 필요경비가 확인되지 아니하는 것 (1995. 12. 30 개정) (5) 조세특례제한법 제12조 【기술이전소득에 대한 세액감면】 ① 특허권 또는 실용신안권(이하 이 조에서 특허권등 이라 한다)의 등록을 한 내국인이 당해 특허권등을 2003년 12월 31일까지 양도 또는 대여하거나 대통령령이 정하는 기술비법(이하 기술비법 이라 한다)을 보유하고 있는 내국인이 계약에 의하여 당해 기술비법을 2003년 12월 31일까지 제공함으로써 발생하는 소득에 대하여는 당해 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. (1998. 12. 28 개정) ② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다. (1998. 12. 28 개정) (6) 조세특례제한법 부칙(1998. 12. 28) ◎ 제5조(기술이전소득세액감면에 관한 적용례) : 제12조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도·제공하거나 대여하는 분부터 적용한다. ◎ 제11조(기술이전소득세액감면에 관한 경과조치) : ① 이 법 시행일 전에 특허권·실용신안권 및 기술비법을 대여한 분에 대하여는 당해 대여기간이 종료할 때까지는 종전의 조세감면규제법 제11조 의 규정에 의한다. (7) 조세감면규제법 제11조 【기술이전소득에 대한 세액감면】 ① 특허권 또는 실용신안권(이하 이 조에서 특허권 등 이라 한다)의 등록을 한 내국인이 당해 특허권 등을 내국인에게 양도 또는 대여하거나 대통령령이 정하는 기술비법(이하 기술비법 이라 한다)을 보유하고 있는 내국인이 계약에 의하여 당해 기술비법을 내국인에게 제공함으로써 발생하는 소득에 대하여는 당해 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 면제한다. (1993. 12. 31 개정) 다. 사실관계 및 판단 <쟁점(1)에 대하여 본다> (1) 처분청은 청구인이 특허권을 대여한 후, 매년 반복적이고 계속적으로 수수료를 수령한 것으로 보고 사업소득으로 보아 이 건 과세한 사실이 심리자료에 의하여 확인되며, 이에 대해 청구인은 특허등록원부상 특허권이 명의이전되었음에도 처분청은 이 건 조사시 위와 같은 사실을 간과하였는 바, 특허권을 양도하는 경우 기타소득인 일시재산소득으로 보아야 한다고 주장하면서 특허등록원부 등을 제출하고 있는 바, 위 증빙 등에 의하여 일시재산소득으로 볼 수 있는지 여부에 대해 본다. (2) 청구인(을)은 특허등록일 이전인 1997.8.29. 청구외법인(갑)과 특허권 사용계약을 체결하였는 바, 그 내역을 보면, ① 갑은 을의 특허권을 독점 사용하고, ② 특허권 사용료는 기준금액의 5%로 하며 계약기간은 1998.1.1.～2002.12.31.로 하되, 계약만기일로부터 60일 이전에 갑과 을이 별도의 의사표시가 없는 한 1년씩 자동연장된 것으로 간주한다고 약정한 사실이 확인된다. (3) 청구인(을)과 청구외법인(갑)은 특허등록일 이후인 1998.12.21. 기술이전(양도)계약을 체결하였는 바, 그 내역을 보면, ① 위 “특허권 사용계약서”상 의 특허출원중인 특허권이 1998.11.26. 특허결정되어 1998.12.11. 특허번호 OOOOOOOOO로 등록되어 당초 계약서상의 미비 사항을 보완하여 특허권의 명의이전시기는 계약체결일로부터 1년 이내에 쌍방이 합의하여 정하는 때로 하고, ② 본 계약은 계약체결일에 효력을 발생하며, “계약특허”의 특허권이 종료되는 연도말(특허기간 연장을 포함)까지 효력을 유지하고 ③ (갑)은 경상기술료로 “생산개시일”로부터 특허권이 종료되는 연도말까지 총매출액의 5%를 (을)에게 현금으로 지급하는 것으로 약정하고 있 다. (4) 특허청장이 2002.10.21.자로 발급한 특허등록원부에 의하면 ① 특허번호는 OOOOOOOOO, ② 특허결정일은 1998.11.26., ③ 발명의 명칭은 OOOOOO이고 ④ 존속기간(예정)만료일은 2016.5.15.이며 등록일은 1998.12.11.로서 특허권자의 변경내역은 아래와 같이 등재되어 있다. OOOO OOOOOO OO OOOO (5) 처분청은 기술이전계약서 제2조 제4호에서 청구인의 사전 서면동의없이 제3자에게 동 특허권을 제공하거나 양도할 수 없으며 계약의 효력이 존속하는 동안 본 계약에 의하여 취득되는 제반권리와 의무를 제3자에게 제공하거나 양도할 수 없다고 규정하고 있는 점으로 보아 비록, 쟁점특허권이 특허등록원부상은 명의가 이전되었다 하더라도 실질적인 양도로 볼 수 없으며, 청구외법인은 특허권에 대한 배타적인 권리를 행사할 수 없으므로 사업소득으로 보아야 하는 것으로 판단하였으나, 우리 심판원에서 확인한 바에 의하면, 위 조항 및 양식은 한국기술거래소의 표준서식에 기재되어 있는 조항 및 정형화된 서식으로서 “기술이전계약”의 경우 양도·양수인 당사자간의 기술사용 및 개발에 관한 권익 보호를 위해 “기술이전계약서” 작성시 정형적인 문구로 사용되고 있음이 확인된다. 따라서 처분청에서 위 계약서의 내용을 청구외법인이 특허권에 대한 배타적인 권리를 행사할 수 없는 것으로 해석하여 사실상 특허권의 양도(기술이전)가 없었던 것으로 보는 것은 잘못이 있는 것으로 보인다. (6) 위 사실관계 등을 종합해 볼 때, 청구인은 쟁점특허권을 양도하였고 그 양도대가를 분할하여 수령하고 있는 바, 쟁점특허권을 기술이전계약에 근거하여 청구외법인에게 양도하였고 그 사실이 특허등록원부상 명의변경 내용에 의하여도 확인되므로 쟁점특허권의 양도는 일시재산소득으로 보아 과세하는 것이 타당하다 하겠다. 따라서 청구인이 쟁점특허권을 청구외법인에게 대여한 것으로 보고 사업자로 보아 이 건 종합소득세를 과세한 처분은 타당성이 결여된 것으로 판단된다. <쟁점(2)에 대하여 본다> (1) 처분청은 기술이전소득에 대한 감면비율을 적용함에 있어서 기술이전계약이 당초 1997.8.29.에 체결되어 2002.12.31까지 만료되었으며, 2003년에 재계약하였으므로 1999.1.1. 이후 계약체결분부터 적용되는 개정된 조세특례제한법 제12조 규정의 적용대상으로 보아 감면율 50%를 적용하여 이 건 과세한 사실이 심리자료에 의하여 확인되며, 이에 대해 청구인은 1998년 이전계약분이므로 구 조세감면규제법 제11조 및 부칙 규정에 의거 100%의 감면율을 적용하여야 한다고 주장하므로 이에 대해 본다. (2) 기술이전소득세액 감면에 관한 규정은 당초 구 조세감면규제법 제11조 에서 특허권을 양도·대여하는 경우 소득세를 면제하는 것으로 규정하고 있었으나, 개정된 조세특례제한법 제12조 에서 아래와 같이 그 감면율을 50%로 개정하였고 같은 법 부칙 제5조(기술이전소득세액감면에 관한 적용례)에서 제12조의 개정 규정은 이 법 시행 후 최초로 양도·제공하거나 대여하는 분부터 적용한다고 규정하였다. 따라서 동 부칙의 입법취지는 법 시행일 이전에 성립된 종전의 계약 등에 대한 소급효 금지원칙 을 구체화하여 규정함으로써 1998.12.31. 이전 계약분에 대하여는 종전 규정이 적용됨을 알 수 있다. OOOO OOOO OOOO OOOO (3) 처분청은 기술이전소득에 대한 감면비율은 기술이전계약이 당초 1997.8.29.에 체결되어 2002.12.31까지 만료되었으며, 2003년에 재계약한 것이므로 감면비율 50%를 적용한 당초처분은 적법한 것으로 보았으나, 위 계약은 특허출원 상태의 1차 계약이고 1998.11.26. 특허가 결정된 후, 청구인과 청구외법인간에 1998.12.21. 작성한 기술이전계약서(2차 계약)에 의하면, 그 만료기간이 특허권이 종료되는 연도(2016.5.15)로 기재되어 있으며, 1차 계약은 기술사용(대여) 계약인 반면, 2차 계약은 기술이전(양도) 계약으로서 그 성격이 다른 별개의 계약이라 할 것이고 그 계약일이 위 개정된 법령 시행일인 1999.1.1. 전인 1998.12.21.이므로 종전 조세감면규제법 제11조 규정에 의하여 감면율 100%를 적용하는 것이 타당하다 하겠다. 따라서 처분청이 감면율 50%를 적용하여 이 건 과세한 처분은 타당성이 결여된 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.