조심 2023중9825 (2024.01.11)

구리세무서장이 2023.2.14. 청구인에게 한 2021년 귀속 양도소득세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요 가. 청구인은 경기도 구리시 수택동 OOO 소재 주택(이하 “쟁점주택”이라 한다) 및 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2021.6.24. 수용을 원인으로 하여 양도(쟁점주택 OOO원, 쟁점토지 OOO원)하고 2021.8.18. 양도소득세를 신고·납부하였다. 나. 이 후 청구인은 쟁점주택은 미등기라 1세대 1주택을 적용할 수 없으나, 등기된 쟁점토지는 1세대 1주택 비과세요건을 충족한다고 하여 이에 따른 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 2022.12.1. 제기하였다. 다. 처분청은 청구인이 특정건축물 양성화 조치에 따라 쟁점주택의 등기가 가능하였음에도 미등기 상태로 양도하였으므로 쟁점주택의 부수토지인 쟁점토지 또한 1세대 1주택 비과세가 적용될 수 없다고 보아 2023.2.14. 경정청구 거부처분을 하였다. 라. 청구인은 이에 불복하여 2023.4.27. 이의신청을 거쳐 2023.8.21. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 쟁점토지는 1세대 1주택 비과세요건을 충족한다. (가) 양도된 쟁점주택의 면적은 91.19㎡이고(LH 보상금 조서), 쟁점토지의 면적은 153.7㎡로 「소득세법」 제89조 에 따른 지역별 배율 이내의 토지에 해당하여 쟁점토지의 면적 전부가 비과세 대상 주택부수토지에 해당한다. (나) 양도 당시 국내에 1주택만을 소유한 1세대의 주택 및 그 부수토지가 수용될 때 1세대 1주택 비과세의 적용은 「소득세법 시행령」 제154조 에 따라 사업인정고시일 이전 취득한 경우 보유기간 및 거주기간에 제한없이 적용하고 있다. (다) 청구인과 그 생계를 같이하는 세대원은 양도 당시 쟁점주택 외에 다른 주택을 보유하지 않았고, 미등기의 쟁점주택 건물 및 쟁점 토지는 수택E구역 주택재개발정비사업(경기도 구리시 고시 OOO호)의 사업인정고시일인 2019.1.2. 이전에 취득한 쟁점주택 및 그 부수토지로서 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하고 있다. (2) 처분청은 쟁점주택을 특정건물 양성화조치에 따라 등기할 수 있었으나 등기하지 않은 경우 등기된 그 주택의 부수토지 또한 1세대 1주택 비과세가 배제되는 것으로 적용하였으나, 주택 건물의 등기 여부와 별개로 등기된 주택 부수토지는 1세대 1주택 비과세 적용 대상에 해당한다. (가) 이 건 심판청구와 같은 사례에 대하여 당시 국세심판원은 “청구인은 당해 주택 중 건물부분은 1985.6.28 무허가건물 양성화조치로 등기가 가능한데도 이를 등기하지 아니한 상태에 있다가 양도하였고, 청구인은 등기되지는 아니하였지만 건축물 관리대장에는 등재되었기 때문에 미등기자산이 아니라고 하나, 이 경우의 등기란 부동산등기부상 등재를 말하는 것이므로 당해 주택 중 건물부분은 미등기 양도자산에 해당된다 할 것이므로 양도소득세의 비과세혜택이 배제된다고 하겠다. 결국, 처분청이 비과세되는 1세대1주택의 혜택을 배제하더라도 당해 양도주택 가운데 등기되지 아니하고 양도한 건물 부분에서 발생한 소득에 대하여 과세하는 것은 별론으로 하고 이 건 토지의 양도소득에 대하여 비과세를 배제하고 과세한 당초 처분은 부당하다”(국심 1984서2005, 1985.2.15.)고 결정하였다. (나) 미등기 건물이 수용된 경우 1세대 1주택 비과세 여부에 대한 답변에서 기획재정부 재산세제과-464(2009.2.9.)는 “ 「소득세법」 제89조 제3호에 규정하는 1세대 1주택으로서 건물은 미등기 상태로 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」의 규정에 의하여 협의매수 또는 수용된 경우 양도소득세가 과세되는 것이며, 그 부수토지는 등기된 상태에서 양도한 경우 건물이 정착된 면적에 지역별로 정한 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 부수토지에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하는 것임”으로 회신하고 있다. (다) 양도소득세 집행기준OOO(미등기주택에 딸린 토지의 비과세 여부)는 “미등기주택에 딸린 토지로서 비과세요건을 갖추었고 등기가 된 경우 토지의 양도소득은 1세대 1주택 비과세를 적용받을 수 있다”고 규정하고 있는 것을 고려할 때 과세관청의 경정청구 기각 근거인 양도, 서면인터넷방문4팀-OOO(2007.3.5.) 답변인 “미등기 양도제외자산의 범위에는 특정 건물(무허가 주택 등)의 양성화 조치에 따라 등기가 가능한 경우에도 등기를 하지 않고 양도한 경우는 해당하지 않음”의 의미는 미등기 양도제외자산의 범위에 양성화 조치에 따라 등기할 수 있었던 건물은 해당하지 않는다는 답변임에도 그 등기된 부수토지까지 비과세 적용을 배제한 것은 과세관청의 자의적인 확대해석이다. (라) 따라서, 주택부수토지의 1세대 1주택 비과세의 적용은 해당 토지의 비과세 요건 충족 여부 및 그 토지의 등기 여부에 따라 결정되어야 함에도 주택 건물의 등기 여부에 따라 그 부수토지의 비과세 적용을 결정한 과세관청의 처분은 부당하다고 할 것이다. 나. 처분청 의견 (1) 쟁점주택이 「소득세법 시행령」 제168조 제1항에 따른 등기가 불가능한 미등기양도자산에서 제외되는 것인지 살펴보면, 쟁점주택은 1979년 9월에 취득하고, 1985년 2월 전입하여 계속 거주한 것을 확인할 수 있으며, 「특정건축물 정리에 관한 특별조치법」은 1981.12.31. 시행되었고, 1981.12.31.부터 1985.06.30.까지 적용되며, 적용 범위는 1981.12.31. 당시 사실상 완공된 건축물로서 쟁점주택은 이에 해당하여 등기가 가능했던 주택으로 판단되고, 질의회신(서면인터넷방문상담4팀-OOO, 2007.6.27.)에 따르면, 무허가주택이 특정건축물 양성화조치에 따라 등기가 가능한 주택에 해당되는 경우에 미등기 상태로 양도하는 때에는 1세대 1주택 비과세가 적용되지 아니하는 것이다. (2) 집행기준OOO에서 미등기주택에 딸린 토지의 비과세 여부에 대하여 미등기주택에 딸린 토지로서 비과세요건을 갖추었고 등기가 된 경우 토지의 양도소득은 1세대 1주택 비과세를 적용받을 수 있다고 규정하고 있으나, 「소득세법 시행령」 제168조 의 ‘미등기양도제외 자산’에 해당되는 경우를 말하는 것으로 보이며, 따라서 특정건축물 양성화조치에 따라 등기가 가능했던 쟁점주택은 ‘미등기양도 자산’으로 볼 수밖에 없고, 청구인도 등기가 불가능한 재산은 아니라고 답변하였다. (3) 이상과 같이 청구인은 쟁점주택을 특정건축물 양성화조치에 따라 등기가 가능했음에도 미등기 상태로 양도한 것으로, 양도차익을 목적으로 보유했는지 여부와 무관하게 부수토지인 쟁점토지는 1세대 1주택 비과세 적용대상이 아닌 것으로 판단된다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점주택은 미등기상태이나, 그에 부수된 쟁점토지는 등기된 상태로 양도하였으므로 쟁점토지에 대하여는 1세대 1주택 비과세가 적용되어야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다. 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 제91조(양도소득세 비과세 또는 감면의 배제 등) ① 제104조 제3항에서 규정하는 미등기양도자산에 대하여는 이 법 또는 이 법 외의 법률 중 양도소득에 대한 소득세의 비과세에 관한 규정을 적용하지 아니한다. 제104조(양도소득세의 세율) ③ 제1항 제10호에서 “미등기양도자산”이란 제94조 제1항 제1호 및 제2호에서 규정하는 자산을 취득한 자가 그 자산 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 자산은 제외한다. (2) 소득세법 시행령 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다. 2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다. 가. 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우 제168조(미등기양도제외 자산의 범위 등) ① 법 제104조 제3항 단서에서 “대통령령으로 정하는 자산”이란 다음 각 호의 것을 말한다. 4. 법 제89조 제1항 제3호 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택으로서 「건축법」에 따른 건축허가를 받지 아니하여 등기가 불가능한 자산 (3) 특정건축물 정리에 관한 특별조치법(1981.12.3.1 법률 제3533호로 개정된 것) 제2조 (용어의 정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. 1. “특정건축물”이라 함은 무허가건축물 및 위법시공건축물을 말한다. 2. “무허가건축물”이라 함은 건축법 제5조 의 규정에 의한 건축허가를 받지 아니하거나 신고를 하지 아니하고 건축한 건축물을 말한다. 3. “위법시공건축물”이라 함은 건축법 제5조 의 규정에 의한 건축허가를 받거나 신고를 하고 건축한 건축물로서 동법의 규정에 적합하지 아니하여 동법 제7조 의 규정에 의한 준공검사를 마치지 아니한 건축물을 말한다. 제3조 (적용범위) 이 법은 특정건축물로서 이 법 공포당시 사실상 완공된 건축물(增ㆍ改築된 建築物을 포함 한다. 이하 “對象建築物”이라 한다)에 적용한다. 다만, 관계법령의 규정에 의하여 지정된 재개발구역, 도시계획시설, 토지구획정이사업지구, 개발제한구역, 접도구역, 산임지역, 군사시설보호구역, 해ㆍ공군기지(保衛區域을 포함한다) 또는 대통령령으로 정하는 바에 따라 지정하는 상습재해지구 및 환경정비지구안의 건축물(開發制限區域안에서는 指定이전에 建築된 建築物은 제외한다)은 그러하지 아니하다. 제6조(준공검사필증의 교부) 시장ㆍ군수는 심의위원회가 제7조의 규정에 적합하다고 심의의결한 대상건축물에 대하여는 건축법 기타 관계법령의 규정에 불구하고 당해 건축물의 소유자에게 준공검사필증을 교부하여야 한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청과 청구인이 제출한 심리자료를 보면 다음의 사실관계가 나타난다. (가) 청구인과 세대원(배우자)의 부동산취득양도내역과 보유주택현황을 살펴보면 쟁점주택 취득(1979.9.10.)후 양도일(2021.6.24.)까지 보유주택은 쟁점주택 1건으로 나타난다. (나) 양도당시 쟁점주택이 미등기상태이었던 점에 대하여는 처분청과 청구인간 다툼이 없고, 쟁점토지의 경우 등기사항전부명세서를 통하여 등기된 사실을 확인할 수 있는바, 청구인이 제출한 쟁점주택 및 쟁점토지 관련 현황은 아래 ＜표1＞과 같다. ＜표1＞ 쟁점주택 및 쟁점토지 관련 현황 (다) 청구인이 경기도 구리시 주택재개발사업(수택E구역 주택재개발정비사업)에 따라 쟁점주택 및 쟁점주택을 수용되어 보상금을 수령한 내역은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 쟁점주택 및 쟁점토지 관련 보상금조서 내역 (라) 청구인이 쟁점주택 및 쟁점토지를 양도하고 2021년 귀속 양도소득세를 신고한 내역은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 청구인의 양도소득세 신고 내역 (단위 : ㎡, 원)

(마) 미등기주택에 딸린 토지의 비과세 여부를 규정하고 있는 양도소득세 집행기준(OOO)은 다음과 같다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 양도한 쟁점주택이 미등기양도자산에서 제외되는 주택이 아니므로 이에 대한 1세대 1주택 비과세가 제외되고, 그 부수토지인 쟁점토지에 대하여도 1세대 1주택 비과세가 배제되는 것이 타당하다는 의견이나, 이 건의 경우, 쟁점주택은 등기가 가능하였음에도 미등기 상태로 양도하였으므로 1세대 1주택 비과세가 배제되는 것은 타당하다고 할 것이나, 쟁점토지는 등기가 완료된 상태였고, 청구인은 쟁점주택 외에 다른 주택을 소유한 사실이 없는 것으로 나타나므로 청구인은 등기된 쟁점토지의 부수토지인 쟁점토지에 대하여는 1세대 1주택 비과세를 적용받을 수 있을 것으로 보이는 점, 미등기주택에 딸린 토지의 비과세 여부를 규정하고 있는 양도소득세 집행기준OOO)에 따르면, “미등기주택에 딸린 토지로서 비과세 요건을 갖추었고 등기가 된 경우 토지의 양도소득은 1세대 1주택 비과세를 적용받을 수 있다”고 규정하고 있는 점, 미등기양도 자산에 대하여 비과세 및 감면에 관한 규정을 배제한 「소득세법」제91조 제1항의 입법취지가 투기의 목적으로 또는 부당하게 조세를 회피할 목적으로 토지 또는 건물, 부동산에 관한 권리 등을 미등기 전매하는 것을 규제하기 위한 것임을 고려할 때, 청구인은 쟁점주택 취득(1979.9.10.)후 양도일(2021.6.24.)까지 보유주택은 쟁점주택 1건으로 나타나고, 청구인의 쟁점주택 및 쟁점토지의 양도에 투기 또는 조세회피 목적이 있었다고는 볼 수 없으므로 쟁점토지 상의 쟁점주택이 비록 미등기로 양도되었다 하여 그 부수토지까지 비과세적용을 배제하는 것은 부당하다고 볼 수 있는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지 상의 쟁점주택 양도에 대하여는 비과세 규정의 혜택을 배제하더라도 등기된 부수토지인 쟁점토지에 대하여 비과세 규정을 배제한 이 건 양도소득세 부과처분은 잘못이 있다고 판단된다(국심 1993서713, 1993.7.16., 같은 뜻임). 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

미등기주택, 부수토지