조심 2022인1445 (2022.08.19)

OOO서장이 2021.10.7. 청구인에게 한 2020년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO(이하 “쟁점농지1”이라 한다) 및 같은 동 OOO(이하 “쟁점농지2”라 하고, 쟁점농지1·2를 통칭하여 “쟁점농지”라 한다)를 2010.11.4. 협의분할에 의한 상속을 원인으로 취득하여 2014.2.26. 각각 소유권이전등기를 하였다.

나. 청구인은 쟁점농지1에 대하여 2019.11.12. 공공용지의 협의취득을 원인으로 2019.11.19. 쟁점농지1의 소유권을 주식회사 AAA(이하 “양수법인”이라 한다)에게 이전하였고, 쟁점농지2에 대하여는 2020.1.20. 공공용지의 협의취득을 원인으로 2020.1.22. 쟁점농지2의 소유권을 양수법인에게 이전하였는바, 이에 대한 양도소득세 신고 시

「조세특례제한법」제69조

에 따른 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면세액 OOO원씩을 각각 적용하여 처분청에 2020.1.31. 쟁점농지1에 대한 2019년 귀속 양도소득세 OOO원 및 2020.3.31. 쟁점농지2에 대한 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 각각 신고하였다.

다. 처분청은 청구인의 양도소득세 신고내용을 검토한 결과, 청구인이 8년 이상 자경농지에 대한 과세기간별 양도소득세 감면한도OOO를 부당하게 회피하고자 형식적으로 쟁점농지에 대한 잔금을 각기 다른 과세연도에 수취하여 서로 다른 거래인 것처럼 양도소득세를 신고한 것으로 보고, 쟁점농지의 매매거래를 사실상 하나의 거래로 보아 최종잔금일인 2020.1.22.을 양도일로 하여 2021.10.7. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 163,985,300원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2021.12.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 아버지인 고(故) AAA이 1977년에 취득하여 경작한 쟁점농지를 2010.11.4. 상속을 원인으로 취득한 이래 9년 이상을 농업에 종사하던 중 쟁점농지 소재지가 OOO시에서 시행하는 ‘AAA(이하 “쟁점개발사업”이라 한다)’의 사업시행지역으로 확정되어 아래 OOO과 같이 2019.11.19. 및 2020.1.22. 쟁점농지를 양수법인에게 각각 양도하였다.

(2) 처분청은 쟁점농지의 거래를 하나의 거래로 보아 8년 이상 자경농지에 대한 과세기간별 양도소득세 감면한도OOO를 적용하였으나, 이는 다음과 같은 사유로 부당하다.

(가) 청구인은 8년 이상 자경농지 감면세액을 과다하게 받을 의도로 가장행위를 통하여 쟁점농지의 과세기간을 달리하여 양도한 것이 아니다.

1) 당시 쟁점개발사업은 사업시행자인 양수법인의 PF(프로젝트 파이낸싱)가 원활히 진행되지 아니하고, 보상가액도 인근지역의 평균보상액보다 현저히 낮아 토지수용신청 최소요구동의율(50%)이 충족되지 아니한 상황에서 OOO시가 양수법인의 사업자지위를 박탈하는 소송을 진행하는 등 여러 가지 문제가 있었다.

이러한 상황에서 양수법인은 토지수용신청 최소요구동의율을 확보하기 위하여 2017년 보상가액보다 약 15% 증액한 금액을 보상가액으로 산정하였고, 2019.12.9.부터 2019.12.31.까지 재감정평가를 실시(쟁점토지1은 2019.11.19. 양도)하여 2019년 계약자에 대하여 재감정평가액이 증액된 보상가액보다 높을 경우 그 차액을 지주들에게 지급하는 방식으로 지주들의 매매계약을 독려하였다.

쟁점개발사업은 OOO에 따라「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」의거하여 진행된 사업으로 쟁점농지의 양도시기가 다른 것은 청구인이 수용을 당하는 처지에서 청구인에게 가장 유리한 방법을 선택하여 양도하고자 한 행위였을 뿐이다.

2) 납세의무자는 경제활동을 할 때 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 하며OOO, 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 선택한 여러 가지의 법률관계 중 하나가 과중한 세금부담을 회피하기 위한 행위였다 하더라도, 가장행위에 해당한다고 볼만한 특별한 사정이 없는 이상 유효하다 할 것이고,

실질과세원칙에 따라 특정 거래행위를 조세회피행위로 보아 그 효력을 부인하려면 조세법률주의 원칙상 법률에 개별적이고 구체적인 부인규정이 마련되어 있어야 할 것인데OOO,

전술한 바와 같이 청구인은 쟁점농지1을 양도한 이후 쟁점농지2의 재감정평가 결과를 확인한 뒤, 협의매수·수용재결 등 다양한 방법을 통하여 쟁점농지2를 양도하고자 하였을 뿐, 의도적으로 양도시기를 늦춘 것이 아니다.

(나) 처분청이 과세근거로 제시한 예규·판례와 청구인의 쟁점농지 양도행위는 서로 다른 행위이다.

1) 처분청은 아래 OOO와 같이 조세심판결정례, 국세청 예규 및 법원 판례를 과세근거로 제시하였다.

위 OOO와 같이 처분청이 제시한 사례는, 당초부터 하나였던 토지를 과세기간을 달리하여 지분으로 양도한 행위에 명백한 이유가 없고, 조세회피목적 이외에 달리 납득할 만한 다른 이유가 없어 사실상 하나의 거래라고 판단한 것이다.

2) 반면, 아래 OOO과 같이 하나의 토지라 하더라도 양도 전에 분할등기가 이루어진 경우 및 당초부터 구분등기되어 있던 개별 필지를 각각 양도한 경우에는, 별개의 자산으로 보아 과세기간을 달리하여 양도한 행위를 인정한 사례도 있다.

OOO 하나의 토지를 양도 전 분할등기한 경우, 당초부터 구분등기되어 있던 개별 필지를 각각 양도한 경우의 사례

3) 이와 같이 하나의 토지를 지분으로 쪼개서 양도하는 행위는 그러한 행위에 특별한 당위성이 없는 경우 조세회피목적이 있다고 보아 실질과세가 적용되나, 구분등기되어 있는 토지는 서로 다른 재산에 해당하여 과세기간을 달리하여 양도하였다는 사유만으로는 조세회피목적이 있었다고 인정되지 아니함을 알 수 있다.

청구인은 처분청이 과세근거로 제시한 사례와 같이 하나의 토지를 지분으로 쪼개서 양도한 것이 아니고, 과거부터 구분등기되어 있던 쟁점농지1·2에 대한 보상을 더 많이 받기 위하여 청구인에게 유리한 방식을 선택함으로써 불가피하게 양도시기가 달라진 것일 뿐인바, 쟁점농지의 양도를 하나의 거래로 단정할 수 없다.

(다) 처분청은 막연한 추정만으로 쟁점농지의 양도행위를 하나의 거래라고 주장하고 있다.

1) 실질과세원칙은 납세자의 행위나 계산이 사실과 다른 경우, 조세회피목적이 있는 경우에 한해 조세법률주의와 납세자의 예측가능성, 법적안정성 등을 훼손하지 아니하는 범위 내에서 제한적으로 적용OOO하여야 하고, 그러한 사정이 있는지는 과세관청이 증명OOO하여야 한다.

2) 그러나 처분청은 서로 다른 2개의 필지인 쟁점농지를 하나의 농지로 단정해 놓은 상태에서, “매수인이 동일하다, 한 번에 양도할 수 있었다”와 같은 막연한 추정만으로 실질과세원칙을 적용하였으나, 청구인이 양수법인과 쟁점농지의 수용에 대하여 일괄적으로 계약서를 작성한 뒤 보상시기만을 달리한 것인지, 사전에 일괄적인 수용에 합의한 뒤 보상시기만을 달리한 것인지, 이중계약서 등을 작성하여 보상시기를 달리하였는지 등 청구인이 세액감면을 과다하게 받을 의도로 보상시기를 조정하였다는 것에 대한 입증 없이 단순히 연접한 농지라는 사실과 매수자가 동일하다는 사유만으로 청구인의 법률행위를 제한하는 것은 납세자의 재산권을 부당하게 침해하는 것으로 실질과세원칙에 위배된다 할 것이다.

3) 설령 쟁점농지가 연접한 농지라 하더라도 쟁점농지는 1977년 이전부터 구분등기되어 있던 별개의 재산이고, 청구인이 이에 대한 보상가액, 보상방법(현금수용, 대토, 수용재결 등) 및 보상시기를 달리하여 청구인에게 유리한 방법으로 양도한 것은 헌법에 명시된 납세자의 재산권행사에 해당하는바, 처분청이 이를 부인하기 위해서는 그러한 사정과 객관적인 증빙으로 증명하여야 한다.

4) 또한,「조세특례제한법」은 과도한 양도소득세의 감면을 제한할 목적으로 1개의 과세기간에 최대 OOO원의 한도를 설정하고, 이를 보완할 목적으로 5개 과세기간의 합계 감면액을 최대 OOO원으로 제한하고 있는 점 등을 고려하면, 처분청에서 2개 과세기간에 과도한 세액감면이 발생하였다는 이유로 세액감면을 배제하기 위해서는 그에 부합하는 명시적인 법적인 장치 또는 근거가 필요하다.

(3) 이와 같이 쟁점농지는 구분된 별개의 자산으로서 이에 대한 보상가액, 보상방법 및 보상시기의 결정은 청구인의 독립적인 재산권행사에 해당하는 점, 쟁점농지의 양도시기가 상이한 것에 대한 타당한 이유가 있는 점, 청구인의 양도행위가 조세회피에 해당한다는 처분청의 구체적인 입증이 없는 점, 처분청이 막연한 추정만으로 실질과세 원칙을 과도하게 적용한 것은 조세법률주의 및 엄격해석의 원칙에 위배되어 납세자의 예측가능성 및 재산권을 부당하게 침해한 것인 점 등을 종합적으로 고려해 볼 때, 처분청의 이 사건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 처분청에 누적된 채무로 인하여 쟁점농지1을 어쩔 수 없이 협의양도하고, 보상금액 전액을 OOO에 대한 채무상환에 사용하였다고 소명하였는데,

쟁점토지 보상금과 관련하여 청구인과 OOO이 각각 작성한 합의서(각각의 합의서 모두 작성일자는 미상이고, 이하 쟁점토지1에 대한 합의서를 “쟁점합의서1”, 쟁점토지2에 대한 합의서를 “쟁점합의서2”, 쟁점합의서1·2를 통칭하여 “쟁점합의서”라 한다)에 따르면, 쟁점농지1의 수용가액이 OOO원임에도 청구인은 OOO원 중 OOO원만을 채무상환에 사용하였고, 이후 쟁점농지2 양도 시 추가로 OOO만을 상환한 것으로 확인된다.

청구인이 쟁점농지1 양도 시 수취한 보상금 전액으로 채무를 상환하였다면 과중한 이자부담을 현저히 줄일 수 있었으나, 특별한 이유 없이 일부만 상환하고 남은 보상금은 본인이 수령하였는바, 이는 청구인이 쟁점농지1만을 먼저 양도한 타당한 사유가 될 수 없다.

(2) 청구인은 처분청이 막연한 추정만으로 쟁점농지의 양도행위를 하나의 거래로 보아 과세하였다고 주장하나, 쟁점농지의 부동산등기부등본에 따르면, 청구인은 쟁점농지1·2를 해당 채무에 대한 공동담보로 제공한 사실을 확인할 수 있는데,

쟁점농지의 거래가 별개로 이루어진 것이라면, 청구인이 쟁점농지1을 매도하고 채무를 일부 상환하였을 때 쟁점농지2의 부동산등기부등본 상 채권최고액이 조정되고, 공동담보내역도 말소되었을 것이나, 쟁점농지2 양도 후에야 근저당권설정등기가 말소된 것은 쟁점농지의 매도가 하나의 거래이고, 쟁점농지에 대한 일련의 거래가 합의된 것임을 방증하는 것이다.

(3) 일반적인 부동산 거래관행에 따르면, 매매계약서 상 계약금, 중도금 및 잔금 지급일이 지정되나, 쟁점합의서에는 계약일자가 명시되어 있지 아니하고, 당초 처분청이 청구인에게 해명자료로 요구한 손실보상과 관련된 최초 계약서 및 금융증빙조차 제출하지 못하고 있다.

또한, 청구인은 쟁점농지의 부동산등기부등본 상 접수일이 다르다는 이유만으로 쟁점농지의 거래를 하나의 거래로 볼 수 없다고 주장하나, 청구인은 쟁점농지에 대한 양도협의가 이루어지고, 보상금을 지급받기 직전에 쟁점합의서를 작성한 것으로 판단된다.

(4) 청구인은 양수법인이 2019.12.9.부터 2019.12.31.까지 재감정평가를 실시하여 2019년 계약자에 대하여 재감정평가액이 증액된 보상가액보다 높을 경우 그 차액을 지주들에게 지급하는 방식으로 지주들의 매매계약을 독려하였다고 주장하나, 청구인은 다른 지주들과 달리 증액된 보상가액에 대한 수정신고내역이 없고, 아래 OOO와 같이 쟁점농지의 면적당 수용단가가 OOO원으로 동일하게 나타나는바, 쟁점농지의 거래는 하나의 거래로 판단된다.

(5) 청구인은 조세회피목적 외에 쟁점농지를 2과세기간에 나누어 거래할 이유가 없고, 회피된 양도소득세를 매매가액에 반영할 경우, 청구인과 양수법인 모두 혜택을 누릴 수 있어 청구인이 조세회피목적의 거래형식을 갖출 충분한 유인이 있다고 판단된다.

(6) 이와 같이 쟁점농지1·2는 OOO에 공동담보로 제공되어 있었던바, 청구인의 일련의 채무상환과정에 비추어 볼 때 쟁점농지의 거래를 각각의 독립된 거래로 볼 수 없고, 쟁점합의서1·2는 양도소득세 감면한도를 회피하기 위한 목적으로 작성된 것으로 판단되는바, 처분청이 쟁점농지의 거래를 하나의 거래로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점농지1·2의 양도를 하나의 거래로 보아

「조세특례제한법」제69조

에 따른 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도를 1억원으로 적용한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제14조[실질과세] ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

(2) 소득세법

제98조[양도 또는 취득의 시기] 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

(3) 소득세법 시행령

제162조[양도 또는 취득의 시기] ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

(4) 조세특례제한법

제69조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. ＜단서 생략＞

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

제133조[양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도] ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 해당 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.

나. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조 또는 제77조의2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점농지의 등기사항전부증명서에 의하면, 청구인은 쟁점농지1에 대하여 2019.11.12. 공공용지의 협의취득을 원인으로 2019.11.19. 쟁점농지1의 소유권을 양수법인에게 이전하였고, 쟁점농지2에 대하여는 2020.1.20. 공공용지의 협의취득을 원인으로 2020.1.22. 쟁점농지2의 소유권을 양수법인에게 이전하였는바, 표제부 상 쟁점농지는 적어도 1977.7.8.부터 각각 구분등기된 토지인 것으로 나타난다.

(2) 양수법인이 발급한 토지·건물수용(협의매수)확인원에 의하면, 양수법인은 2019.11.19. 쟁점농지1의 보상금액을 OOO원, 보상일자(등기이전일)를 2019.11.19.로 하여 수용(협의매수)확인원을 발급하였고, 2020.1.22. 쟁점농지2의 보상금액을 OOO원, 보상일자(등기이전일)를 2020.1.22.로 하여 수용(협의매수)확인원을 발급한 것으로 나타난다.

(3) 쟁점합의서에 의하면, 청구인과 OOO은 작성일자 미상의 날짜에 쟁점농지1에 대하여는 OOO원을, 쟁점농지2에 대하여는 OOO원을 OOO이 지정한 계좌로 각각 지급하고, OOO은 채무변제가 이행됨과 동시에 쟁점농지에 대한 근저당권 등의 말소서류를 교부하도록 한 것으로 나타난다.

한편, 쟁점농지의 등기사항전부증명서에 의하면, OOO은 쟁점농지1에 대하여 2015.11.13. 채권최고액 OOO원에 대한 근저당권 및 지상권을 설정하고, 2019.12.11. 위 근저당권 및 지상권이 말소된 것으로 나타나며, 쟁점농지2에 대하여 2015.11.13. 채권최고액 OOO원에 대한 근저당권 및 지상권을 설정하고, 2020.1.28. 위 근저당권 및 지상권이 말소된 것으로 나타난다.

이에 대해 처분청은 쟁점농지의 거래가 별개로 이루어진 것이라면, 청구인이 쟁점농지1을 매도하고 채무를 일부 상환하였을 때 쟁점농지2의 부동산등기부등본 상 채권최고액이 조정되고, 공동담보내역도 말소되었을 것이나, 쟁점농지2 양도 후에야 근저당권설정등기가 말소된 것은 쟁점농지의 매도가 하나의 거래이고, 쟁점농지에 대한 일련의 거래가 합의된 것임을 방증하는 것이라는 의견이다.

(4) 처분청이 제출한 양수법인과 쟁점개발사업 대상 지역의 지주 간에 체결한 2020.2.14.자 손실보상협의계약서에 의하면, 제14조(특약)에서 “본 계약의 매매대금은 2017년도 감정평가금액의 15%를 할증한 금액으로 하여 양수법인이 해당 지주에게 지급하고, 양수법인은 추후 재평가 금액이 본 계약의 매매대금을 초과하는 경우에는 그 차액을 정산하여 해당 지주에게 지급한다.”라고 규정하고 있는 것으로 나타난다.

한편 양수법인과 해당 지주가 2020.2.14. 작성한 합의서에 의하면, 해당 합의서에는 “양수법인과 해당 지주는 보상협의계약 체결한 토지가 2019년 재감정평가로 인해 보상금액이 증액됨에 따라 기 협의한 보상금OOO과 비교하여 보상금의 증액분이 발생할 경우, 양수법인은 증액된 보상금의 차액을 해당 지주가 지정한 계좌에 지급하고, 본 합의서는 양수법인과 해당 지주 간에 체결된 손실보상협의계약에 우선한다.”라고 기재되어 있고, 첨부서류로 ‘보상금 청구서 및 보상금 내역’ 외 신분증사본, 예금통장사본, 인감증명서 등을 첨부하도록 하고 있는 것으로 나타난다.

이에 대해 처분청은 청구인이 양수법인과 체결한 당초 매매계약서, 손실보상협의계약서 및 재감정평가에 따른 증액보상금 지급 관련 합의서 등을 제출하지 아니하였고, 다른 지주들과 달리 증액된 보상가액에 대한 수정신고내역이 없으며, 위 2. 청구인 주장 및 처분청 의견의 OOO와 같이 쟁점농지의 면적당 수용단가가 OOO원으로 동일하다는 의견이다.

(5) 청구인이 심리기간 중 우리 원에 제출한 쟁점농지에 대한 손실보상협의계약서, 쟁점농지2에 대한 보상금청구서의 주요내용은 다음과 같다.

(가) 쟁점농지에 대한 손실보상협의계약서에 의하면, 청구인과 양수법인은 쟁점농지1에 대하여 2019.11.12. 보상금액을 OOO원으로 하여 손실보상협의계약을 체결하였고, 쟁점농지2에 대하여는 2020.1.20. 보상금액을 OOO원으로 하여 손실보상협의계약을 체결한 것으로 나타난다.

(나) 쟁점농지2에 대한 보상금청구서에 의하면, 청구인은 2020.1.20. 보상금액을 손실보상협의계약서 상 보상금액과 같은 금액인 OOO원으로 하여 양수법인에게 쟁점농지2에 대한 보상금을 청구한 것으로 나타나는바, 청구인은 양수법인의 쟁점농지2에 대한 재감정평가 결과, 재감정평가 전 보상가액과 동일한 가액으로 평가되어 보상금 증액분 없이 쟁점농지2를 양수법인에게 양도한 것으로, 쟁점농지2의 보상금을 더 많이 받기 위하여 재감정평가 결과를 확인한 후에 쟁점농지2를 양도한 것이라고 주장하고 있다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점농지의 매매거래가 사실상 하나의 거래라는 의견이나, 납세의무자가 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 선택한 여러 가지의 법률관계 중 하나가 과중한 세금부담을 회피하기 위한 행위였다 하더라도, 가장행위에 해당한다고 볼만한 특별한 사정이 없는 이상 유효한 것이고, 결과적으로 낮은 조세부담이 발생하였다 하여 과세관청이 조세회피목적에 대한 구체적인 입증 없이 사법상 사적자치의 원리에 따라 합리적인 경제인의 입장에서 적법하게 이루어진 계약형식이나 세법상 기간과세의 원칙을 무시하고 과세권을 행사하는 것은 실질과세원칙에 위배되어 부당한 것인바, 청구인이 양도시점에 임박하여 분필 등 임의적 변경행위 등을 통하여 토지를 분리하였다거나 결합된 토지의 공유지분을 나누어 양도한 것이 아니라 당초부터 구분등기되어 있던 쟁점농지가 양수법인에게 각각 수용된 것으로, 처분청에서 청구인이 조세회피목적으로 쟁점농지를 2과세기간에 나누어 양도하였다는 것에 대한 객관적인 입증을 하지 못하고 있고, 단지 처분청의 추정만으로 청구인에게 세법 등의 혜택을 부당하게 받기 위한 가장된 행위 또는 거래가 있었다고 단정하기 어려워 보이는 점, 처분청은 청구인이 다른 지주들과 달리 증액된 보상가액에 대한 수정신고내역이 없고, 쟁점농지의 면적당 수용단가가 동일한 점 등을 고려할 때, 청구인이 쟁점농지를 2과세기간에 나누어 양도한 것에 대한 합리적인 사유가 없다는 의견이나, 쟁점농지2의 손실보상협의계약서 및 보상금청구서에 의하면, 쟁점농지2의 보상가액이 재감정평가 전의 보상가액과 동일하게 나타나는바, 양수법인의 쟁점농지2에 대한 재감정평가 결과, 쟁점농지2의 보상금 증액분은 없었던 것으로 보이고, 증액된 보상금을 수취하지 아니한 청구인이 양도소득세 수정신고를 하지 아니한 것은 당연한 것으로, 채무상환을 위하여 쟁점농지1을 먼저 양도하고, 쟁점농지2는 양수법인의 재감정평가 결과를 확인한 후 양도한 것이라는 청구주장에 신빙성이 있어 보이는 점, 처분청은 청구인이 채무상환을 위하여 쟁점농지1을 먼저 양도한 것이라고 소명하였음에도 쟁점농지1의 보상금으로 채무를 전액 상환하지 아니하였고, 청구인 채무의 상당액이 상환되었음에도 쟁점농지2의 채권최고액이 조정되지 아니하였으며, 쟁점농지2를 양도한 후에야 근저당권설정등기가 말소된 점 등을 고려할 때, 쟁점농지의 매매거래를 하나의 거래로 보아야 한다는 의견이나, 이를 청구인이 조세회피목적으로 쟁점농지를 2과세기간으로 나누어 양도하였다는 것에 대한 직접적인 증빙으로 보기는 어려워 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점농지의 매매거래를 하나의 거래로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.