조심 2022인1866 (2022.06.29)

OOO서장이 2021.11.5. 청구인에게 한 2020년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 아래 ＜표1＞과 같이 주식회사 AAA(이하 “매수법인”이라 한다)에게 2019.11.1. OOO 소재 답 OOO㎡(이하 “쟁점①농지”라 한다)를 OOO원에, 2020.2.20. 같은 리 OOO 소재 답 OOO㎡(이하 “쟁점②농지”라 한다)를 OOO원에 매도한 후 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제69조 제1항 및 제133조 제1항 제1호에 따른 양도소득세 감면한도 OOO원을 각각 적용하여 2019.11.1. 2019년 귀속 양도소득세 OOO원, 2020.3.31. 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였고, 2020.2.20. 쟁점①농지에 대한 추가보상금 OOO원을 지급받은 후 이를 쟁점①농지의 양도가액에 가산하여 2020.3.31. 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 수정신고하였다.

＜표1＞ 쟁점①농지, 쟁점②농지 매매계약 및 대금정산 내역

○○○

나. 처분청은 청구인이 매수법인에게 쟁점①농지와 쟁점②농지를 함께 판매하였음에도 조특법에 따른 양도소득세 감면한도를 각각 적용받고자 형식적으로 각 농지의 매매계약 및 잔금청산일을 분리함으로써 양도소득세를 과소신고하였다고 보아 쟁점①농지 및 쟁점②농지의 양도일을 쟁점②농지의 양도일인 2020.2.20.로 하여 2021.11.5. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2022.1.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점①농지와 쟁점②농지는 별도의 필지로 청구인은 이를 2019.11.1., 2020.2.20. 각각 매도하였으므로 「소득세법」상 쟁점①농지와 쟁점②농지의 양도시기는 각각 2019년, 2020년으로 보아야 한다.

(가) 청구인은 1965.1.12. 취득하여 평생 농사를 지어오던 쟁점①농지와 쟁점②농지를 청구인의 의사와 무관하게 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따라 OOO 일반산업단지사업을 시행하는 매수법인에게 매도하였는바, 청구인은 쟁점①농지, 쟁점②농지에 대해 각각의 손실보상 협의계약을 체결하였다.

(나) 또한 쟁점①농지와 쟁점②농지는 청구인이 이를 취득할 당시부터 별도의 필지로 분할되어 있었고, 각 농지는 약 100m 정도 떨어져 있다.

(다) 나아가 쟁점①농지의 매매대금 OOO원은 2019.11.1. 청구인의 OOO 지점 계좌(356-1410-****-93)에, 쟁점②농지의 매매대금 OOO원은 2020.2.20. OOO좌(100537-02-00****)에 각각 전액 입금되었는바, 잔금청산일도 상이하다.

(2) 청구인은 세법의 혜택을 부당하기 받기 위해 매수법인과 어떠한 행위도 한 사실이 없으며 처분청의 과세처분은 사실관계 오인 및 자의적인 판단에 따라 이루어진 것이다.

(가) 청구인과 사업시행자인 매수법인 간에는 아무런 관계도 없고, 오히려 청구인의 의사와 무관하게 이를 매도하였으며 매수법인은 경기도 OOO의 인허가 및 사업시행 일정, 보상가액 결정과정을 고려하여 쟁점①농지와 쟁점②농지를 나누어 매입한 것이지 청구인이 세법의 혜택을 부당하게 받기 위해 매수법인과 어떠한 담합 행위를 할 하등의 이유가 없다.

(나) 청구인은 평생을 농업에 종사한 농민으로 생활의 터전이 OOO 일반산업단지 사업부지에 편입되어 수용당한 것을 처분청은 청구인이 마치 세법의 혜택을 부당하게 받기 위해 매수법인과 공모하여 허위의 매매계약서를 작성하였다고 보아 이 건 과세처분을 하였는바, 처분청은 실질과세 및 근거과세의 원칙 및 「소득세법」상 자산의 양도시기를 잘못 적용하였으므로 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점①농지와 쟁점②농지에 관한 매매계약서를 별도로 작성한 후 잔금청산일을 달리하여 2019년, 2020년 각 과세기간 별로

조특법 제69조

에 따른 양도소득세 감면을 적용받았다.

(가) 청구인이 쟁점①농지와 쟁점②농지를 8년 이상 자경한 사실 및 각 농지의 양도가액, 취득가액에 대하여는 다툼이 없다.

(나) 또한, 쟁점①농지 및 쟁점②농지에 대한 매매계약서에 의하면, 청구인은 쟁점①농지 및 쟁점②농지를 각각 2019.10.14., 2020.2.14. 매도하기로 한 후 계약일로부터 1∼2주 후인 2019.11.1., 2020.2.20. 매매대금을 각각 지급받았는바, 이에 따라 각 과세기간 별로

조특법 제69조

에 따른 양도소득세 감면을 적용받았다.

(2) 그러나 청구인은 쟁점①농지와 쟁점②농지를 함께 양도하였음에도 조특법상 양도소득세 감면한도 적용을 회피하기 위해 형식상 쟁점①농지와 쟁점②농지의 양도시기를 달리한 것이다.

(가) 쟁점①농지와 쟁점②농지를 포함한 일대가 일반산업단지로 지정됨에 따라 매수법인은 그 일대를 모두 매수하여야 하는 상황으로서 일부만 매수한 상태에서는 사용이 불가한바, 쟁점①농지와 쟁점②농지는 매수법인이 일괄적으로 매수할 것이 예정되어 있었다.

(나) 이와 관련하여 처분청은 이 건 과세처분 전 청구인에게 해명 요구를 하였는데, 청구인은 수년 전부터 쟁점①농지 및 쟁점②농지의 수용 사실에 관하여 알고 있었고, 청구인과 매수법인 간 매매계약서에는 2017년 손실보상 협의통보서가 첨부되어 있는바, 청구인과 매수법인은 2017년부터 쟁점①농지 및 쟁점②농지의 수용에 관하여 협의한 것으로 보인다.

(다) 이러한 사실을 종합하면 청구인은 매수법인과 쟁점①농지, 쟁점②농지의 매매에 관한 협의를 마친 후 대금을 지급받기 직전

조특법 제69조

에 따른 양도소득세 감면을 추가로 받고자 이에 관한 매매계약을 각각 작성한 것으로 판단된다.

(라) 나아가 청구인은

조특법 제69조

에 따른 양도소득세 감면을 추가로 받고자 하는 목적 외에는 이에 관한 매매계약을 별도로 나눌 목적이 없으며 이로 인해 회피된 양도소득세를 매매가액에 반영할 경우 청구인과 매수법인 모두 혜택을 나눌 수 있어 조세회피 목적의 거래형식을 갖출 충분한 유인이 있다고 볼 수 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점①농지와 쟁점②농지는 사실상 하나의 거래로 양도한 것임에도 과세기간별 양도소득세 감면한도(OOO)를 각각 적용받기 위해 과세연도를 달리하여 양도한 것으로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것)

제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제133조【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 해당 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.

가. 5개 과세기간의 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

나. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조 또는 제77조의2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

(3) 국세기본법(2020.6.9. 법률 제17339호로 개정되기 전의 것)

제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

제16조【근거과세】① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

(4) 소득세법

제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

(5) 소득세법 시행령

제162조【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

7. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①농지와 쟁점②농지에 대한 손실보상협의계약서 및 합의서의 주요 내용은 아래와 같다.

(가) 쟁점①농지에 대한 2019.10.14.자 손실보상협의계약서

○○○

(나) 쟁점②농지에 대한 2020.2.14.자 손실보상협의계약서

○○○

(다) 청구인과 매수법인 간 2020.2.14.자 합의서

○○○

(2) 청구인이 제출한 금융거래내역에 의하면, 청구인은 2019.11.1. 청구인 명의의 OOO 계좌(356-1410-****-93)로 쟁점①농지 매매대금 OOO원을, 2020.2.20. 청구인 명의의 OOO 계좌(100537-02-00****)로 쟁점②농지 매매대금 OOO원 및 쟁점①농지 추가보상금 OOO원을 입금받은 것으로 나타난다.

(3) 청구인이 제출한 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점①농지와 쟁점②농지는 별도로 구분등기된 필지로서 청구인은 쟁점①농지를 1965.1.12. 취득한 후 2019.11.1. 매수법인에게 ‘공공용지의 협의취득’을 원인으로, 쟁점②농지를 1965.1.12. 취득한 후 2020.2.20. 매수법인에게 ‘공공용지의 협의취득’을 원인으로 매도한 것으로 나타난다.

(4) 쟁점①농지 및 쟁점②농지와 관련한 청구인의 정기 및 수정신고 내역 및 처분청의 결의내역은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 청구인의 양도소득세 신고 내역 및 처분청의 결의 내역

○○○

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가)

「국세기본법」제14조

제3항은 “제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.”고 규정한바, 이는 실질과세 원칙의 적용 태양 중 하나를 규정하여 조세공평을 도모하고자 한 것으로 과세대상이 되는 행위 또는 거래를 우회하거나 변형하여 여러 단계의 거래를 거침으로써 부당하게 조세를 감소시키는 조세회피행위에 대처하기 위해 그와 같은 여러 단계의 거래 형식을 부인하고 실질에 따라 과세대상인 하나의 행위 또는 거래로 보아 과세할 수 있도록 한 것이며, 납세의무자는 한편으로 경제활동을 할 때에 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중의 하나를 선택할 수 있으므로 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 하고, 여러 단계의 거래를 거친 후의 결과에는 손실 등의 위험 부담에 대한 보상뿐만 아니라 외부적인 요인이나 행위 등이 개입되어 있을 수 있으므로 그 여러 단계의 거래를 거친 후의 결과만을 가지고 그 실질이 하나의 행위 또는 거래라고 쉽게 단정하여 과세대상으로 삼아서는 안 된다(OOO 판결, 같은 뜻임).

(나) 처분청은 쟁점①농지와 쟁점②농지의 일대는 일반산업단지로 지정되어 매수법인이 일괄매입할 것이 예정되어 있으므로 청구인이 각 농지의 양도일을 달리하였다고 한 것은 조특법상 양도소득세 감면한도 적용을 회피하기 위한 것 외 다른 목적이 없는 것으로 보아야 한다는 의견이나, 각 농지의 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점①농지와 쟁점②농지는 청구인이 이를 취득한 1965.1.12.부터 현재까지 구분등기된 개별 필지에 해당하는 점, 쟁점①농지와 쟁점②농지에 대한 손실보상협의계약서, 금융거래내역에 의하면, 청구인과 매수법인은 해당 농지에 대한 매매계약서를 각각 별도로 작성하여 매매대금을 각각 별도로 수수하였는바,

「소득세법」제98조

및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제2호에 따라 쟁점①농지의 양도시기는 2019.11.1., 쟁점②농지의 양도시기는 2020.2.20.로 보이는 점, 처분청이 제시한 과세근거는 납세의무자가 선택한 법률관계의 결과를 기초로 한 것에 불과한 반면, 그 외 처분청이 제출한 자료만으로는 청구인에게 조특법상 양도소득세 감면한도 적용을 통해 조세를 회피하고자 하는 목적이 있다고 인정하기 어려운 점 등을 종합하면, 처분청이 쟁점①농지와 쟁점②농지의 양도시기를 2020.2.20.로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.