조심 2020구8264 (2021.04.13)

OOO세무서장이 2020.6.30. 청구인에게 한 2019년 귀속 양도소득세 OOO의 환급을 구하는 경정청구에 대한 거부처분은 OOO창고용지 330㎡ 중 253.88㎡에 대하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 그 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2010.9.28. OOO 1,452㎡ 중 330㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)의 지목을 창고용지로 변경하여 쟁점토지 위에 건축면적(1층 바닥면적) 54㎡ 규모의 농사용 창고(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 신축하여 2017.1.11. 사용승인을 받았다.

나. 청구인은 쟁점토지 외 3필지의 토지가 OOO에 의거 OOO에 수용됨에 따라 2019.12.11. 아래 ＜표1＞과 같이 OOO에 양도하고, 2020.3.2. 2019년 귀속 양도소득세 OOO을 신고하였다.

＜표1＞ OOO의 수용내역

다. 청구인은 2020.5.19. 당초 양도소득세 신고시 쟁점토지에 대하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하지 아니하여 과다납부한 2019년 귀속 양도소득세 OOO을 환급하여 달라고 경정청구를 제기하였다.

라. 처분청은 2020.6.30. 쟁점토지는 양도 당시 농지가 아니므로 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상이 아니라고 보아 청구인의 경정청구에 대하여 거부통지를 하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2020.9.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점토지는 농사용 창고로 이용된 건물의 토지이므로 양도 당시 농지가 아니라고 보아 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

(가) 청구인은 2010.9.28. 쟁점토지를 포함한 OOO 소재 토지를 취득하고 해당 토지에서 대추밭을 일구었는데, 인근 9필지의 농지에서 포도농사를 짓고 있어 농사 용도로 사용할 창고가 필요하여 2014년 2월에 쟁점토지 위에 농사용 창고 착공신고를 하였다.

(나) 처분청은 쟁점토지의 지목이 2017.1.25. 창고용지로 변경되었으므로 쟁점토지는 2019.12.11. 양도 당시 농지가 아니라는 의견이나, 청구인은 쟁점토지 위에 쟁점건물을 지어 농사용 창고로 사용하였고, 쟁점건물의 건축물대장에도 “농사용 창고”로 명시되어 있다.

(다) 청구인은 쟁점토지 위에 농사용 창고를 신축하기 위해 OOO에 농지전용협의신청을 하였는데, OOO은 농사용 창고의 신축을 인정하여 농지보전부담금을 100% 감면하였다.

만일, 청구인이 처분청의 의견처럼 쟁점토지 위에 단순 가설물을 설치하려고 하였다면 2014.2.10.부터 2017.1.11.까지 3년이라는 긴 시간 동안 공사를 하여 OOO으로부터 농사용 창고에 대한 사용승인을 받지는 아니하였을 것이다.

(라) 이 밖에도 청구인의 농지원부에 쟁점토지가 등재되어 있는 점, 청구인은 쟁점토지 인근 1km 이내의 가까운 거리에 총 6,000㎡가 넘는 농지를 보유하면서 농사를 지었던 점, 쟁점건물의 재산세 과세내역상 용도코드가 719(기타농업생산시설), 715(농사용 창고)로 분류되어 농사용 창고로서 재산세가 부과된 점 등을 고려하면 쟁점토지는 농사용 창고의 부수토지(창고 정착면적 포함)로서 농지경영에 사용된 토지로 보아 자경농지에 대한 감면을 적용해야 한다.

(3) 처분청은 쟁점토지가 양도 당시 야적장으로 사용되었다고 보았으나, 쟁점토지와 연접한 OOO 토지에 적재된 청구인의 임차인 OOO 소유의 건축자재를 보고 착각한 것으로 보인다.

다만, 청구인이 제출한 항공사진을 보면 임차인이 OOO 토지 외에도 쟁점토지 중 일부를 불법점거하여 농사 외의 용도로 사용한 것으로 나타나는데, 항공사진을 통해 측정한 결과 임차인이 농지 외에 용도로 사용한 면적은 76.12㎡이고 나머지 253.88㎡(쟁점토지 중 76.93%)는 농사용 창고 및 부수토지(차량진출입로 등)로 사용되었음이 확인되므로 해당 면적은 자경농지에 대한 감면대상으로 봄이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 양도 당시 쟁점토지를 농업용으로 사용하였다고 보기 어려우므로 쟁점토지에 대하여 자경농지에 대한 감면을 적용해 달라는 청구주장을 수용할 수 없다.

쟁점토지의 등기부등본을 보면 쟁점토지는 2017.1.25. 창고용지로 지목이 변경되어 있어 양도일 당시 농지가 아니었다.

(2) 처분청은 2020.6.16. 쟁점토지 소재지로 현지확인을 갔는데, 쟁점건물에 자동차가 주차되어 있었고, 화분, 블라인드 등이 있었는바 청구인은 농사용 창고 목적으로 신축한 쟁점건물을 주거용으로 사용한 것으로 보인다.

(가)

「조세특례제한법 시행규칙」 제27조

에서 “농지는 농지 경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농도ㆍ수로 등을 포함하는 것으로 한다”라고 되어 있어, 통상 농사에 필요한 물품 등을 보관하여 수시로 사용 가능한 창고는 농지 경영용으로 직접 인정된다고 볼 수 있으나, 해당 창고를 자동차 등의 주차공간으로 사용하였다면 이에 해당하지 않는다.

(나) 지방자치단체는 청구인이 쟁점토지 위에 농사용 창고의 신축 허가를 득한 사실을 근거로 쟁점건물을 농업용으로 분류하여 재산세를 부과한 것으로 보이나, 통상 재산세 과세를 위해 매년 실사를 실시하여 지목을 확인하지는 아니하므로 재산세 부과내역만을 근거로 쟁점건물을 농사용 창고로 사용하였다고 볼 수는 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지가 양도 당시 농지가 아니라고 보아 자경농지에 대한 감면적용을 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2019.12.11. 쟁점토지 외에 3필지의 토지를 양도한 후 2020.3.2. 제출한 양도소득세 신고서의 내용은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 청구인의 양도소득세 신고내역

(2) 청구인은 2020.5.19. 쟁점토지에 대해 자경농지에 대한 감면을 적용하여 아래 ＜표3＞과 같이 경정청구를 제기하였다.

＜표3＞ 청구인의 경정청구내역

(3) 처분청은 청구인의 경정청구에 대하여 2020.6.29. 아래와 같은 사유로 경정청구를 거부통지하였다.

(4) 쟁점토지의 등기부등본상 주요 변동내역은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 쟁점토지의 등기부등본상 주요 변동내역

(5) 쟁점건물 건축물대장의 주요 내용은 아래 ＜표5＞와 같다.

(6) 처분청이 제시한 경정청구 거부통지의 근거는 다음과 같다.

(가) 처분청이 2020.6.16. 쟁점토지 소재지에 출장을 갖다온 후 작성한 출장보고서의 주요 내용은 다음과 같다.

(나) 처분청이 제출한 2020.6.16. 쟁점토지 소재지 출장 당시 촬영사진을 보면 자가용이 창고 안에 주차되어 있고, 컨테이너박스로 지어진 가건물에 블라인드가 설치되어 있으며, 컨테이너박스 앞에는 화분들이 놓여 있다.

(7) 청구인이 이 건 심판청구시 제출한 증빙은 다음과 같다.

(가) OOO이 2020.6.11. 발행한 청구인에 대한농지원부의 주요 내용은 아래와 같다.

＜농지원부의 주요 내용＞

(나) 청구인은 쟁점토지 위에 농사용 창고를 신축하기 위해 건축신고를 함에 따라 OOO은 청구인과 농지전용협의를 실시한 후의 결과를 OOO에게 아래와 같이 통보OOO하는 내용의 공문을 시행한 것으로 나타난다.

(다) 청구인은 쟁점건물 및 쟁점토지가 농사용 시설로 분류되어 재산세가 부과되었다고 주장하며 재산세 정기과세내역서를 아래 ＜표6＞·＜표7＞과 같이 제출하였다.

＜표6＞ 쟁점건물에 대한 재산세 부과내역

＜표7＞ 쟁점토지에 대한 재산세 부과내역

(라) 청구인은 처분청이 제시한 쟁점토지 촬영사진에 나타난 “지게차 및 건축 관련 공구”는 쟁점토지와 연접한 OOO 소재 토지를 임차한 임차인의 적재물이고, 임차인이 쟁점토지 위에 무단으로 컨테이너박스를 설치하고, 쟁점토지 위에 건설자재를 적재하였다고 주장하며 아래와 같은 자료를 제시하였다.

1) 청구인은 임차인OOO에게 원상회복을 촉구하기 위해 아래와 같은 내용의 내용증명 우편물(2016.9.26. 송부)을 송부하였다.

2) 청구인은 쟁점토지 위에 임차인이 무단으로 점거하여 사용한 컨테이너박스 및 야적장을 제외한 농사용 창고로 사용된 쟁점건물 부수토지(쟁점건물 장착면적 포함)의 면적은 253.88㎡ 주장하며, 그 근거자료로 항공사진을 제출하였다.

(8) OOO에서 확인한바 청구인의 주소지인 OOO에서 쟁점토지까지의 거리는 2km 내외인 것으로 나타난다.

(9) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,

「조세특례제한법 시행규칙」제27조

제1항에서 농지의 범위는 ‘전·답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지, 농지경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소·농도·수로 등’으로 규정하고 있는바 쟁점토지의 공부상 지목이 농지가 아니라고 하더라도 농지경영에 직접 필요한 시설물의 토지는

「조세특례제한법 시행령」제66조

제4항에서 정한 자경농지에 대한 감면대상 토지에 해당하는 것으로 보아야 할 것이다.

이 건의 경우 처분청은 농사용 창고로 신축된 쟁점건물이 농사 외의 용도로 사용되어 있었고, 쟁점토지 위에 주거용으로 사용된 것으로 보이는 컨테이너박스 형태의 가건물 등이 있었으므로 쟁점토지가 농지에 해당하지 않는다는 의견이나, 청구인은 쟁점토지 위에 농사용 창고를 신축하기 위해 OOO과 농지전용에 대한 협의 결과 쟁점토지를 농사용 창고부지로 하여 조건부 동의를 받았고, 이에 따라 청구인은 쟁점토지 위에 쟁점건물을 지어 용도를 농사용 창고로 건축물대장에 등재하였으며, 쟁점토지는 건축 이후에도 계속 농사용 시설의 부속토지로 하여 재산세가 부과된 점, 청구인은 쟁점토지 인근에서 거주하며 여러 필지의 전, 답, 과수원을 보유하고 있었는바 농사용 창고로 신축한 쟁점건물을 농사 외의 용도로 사용할 별다른 이유가 없었던 것으로 보이고, 처분청이 제시한 현장확인 당시 촬영사진만으로는 쟁점건물이 농사용 창고로 사용되지 않았다고 단정하기 어려워 보인다 할 것이다.

다만, 청구인은 스스로 쟁점토지의 항공사진을 근거로 쟁점토지 중 76.12㎡는 임차인이 무단으로 컨테이너박스 등을 설치하여 농업용으로 사용되지 않았음을 인정하고 있으므로 해당 면적을 제외한 나머지 253.88㎡는 쟁점토지의 양도 당시 농지의 경영에 필요한 시설물의 부속토지로서 농지에 해당하는 것으로 보아 자경농지에 대한 감면을 적용하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (단서 생략)

(2) 조세특례제한법 시행령

제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. (각 호 생략)

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는

「소득세법 시행령」 제162조

에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

(3) 조세특례제한법 시행규칙

제27조(농지의 범위 등) ① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전·답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소·농도·수로 등을 포함하는 것으로 한다.