조심2013서4339 (2014.01.16)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구인은 1999.4.28.부터 서울특별시 OOO에서 의류 임가공업체인 OOO’을 운영하고 있는 사업자로, 2004년 제2기 부가가치세 과세기간부터 2005년 제1기 부가가치세 과세기간(이하 “쟁점과세기간”이라 한다) 동안 OOO(이하 “쟁점거래처”라 한다)으로부터 공급가액 합계 OOO원(2004년 제2기 OOO원, 2005년 제1기 OOO원)의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 후 동 매입세액을 공제하고, 공급가액을 필요경비에 산입하여 부가가치세와 종합소득세를 각각 신고·납부하였다. 나. 처분청은 2012.11.26.부터 2013.1.14.까지 실시한 거래질서관련 세무조사 결과 청구인이 쟁점거래처로부터 수취한 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당된다고 보아 관련 매입세액을 불공제 및 필요경비 불산입하여 2013.3.12. 청구인에게 부가가치세 2004년 제2기 OOO원 및 2005년 제1기 OOO원, 종합소득세 2004년 귀속 OOO원 및 2005년 귀속 OOO원을 각각 경정·고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.5.29. 이의신청을 거쳐 2013.10.1. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 쟁점거래처는 폐업사실증명원에서 확인되는 바와 같이 도매 무역업으로 등재되어 평소 원단 등을 수입하였음에도 사정상 과거의 수입신고필증 등을 보관하지 못해 오다가 이 건 관련으로 그 당시 거래하였던 관세사를 통하여 수입신고필증을 일부 제출받았는바, 쟁점거래처는 수입신고필증상 상당량의 폴리에스터를 수입하고 있었음을 알 수 있는데, 이는 청구인이 과거 10년 전의 서류 중 일부를 확인한 것으로, 처분청은 단순히 쟁점거래처에 대한 전산상 확인만으로도 원단 등을 매입하였다는 사실을 확인할 수 있음에도 조세시효가 소멸된 자료의 과세논리를 위하여 혹은 무지로 쟁점거래처의 매입내역조차 확인하지 아니한 채 전산상으로 업종만을 확인하여 쟁점거래처가 폴리에스터 등 원단을 취급하지 않았다는 성급한 결론을 내리고 청구인이 자료상과 거래하였다고 확정하는 잘못을 범하였다. (2) 처분청은 자료상 고발 이후 5년이 경과한 시점에서 다시 세무조사를 하면서 단지 청구인이 제출한 2004년 7월부터 2005년 6월까지의 농협 예금계좌의 출금내역만을 검토하여 2004년 제2기 부가가치세 과세기간 중 현금 및 수표 출금액이 OOO천원으로, 당해 기간에 쟁점거래처와 세금계산서를 수취한 매입대가(OOO원)에 비하여 현저하게 부족하게 나타나는 등 타당성이 없으며, 기타 타인 송금란의 금액 OOO원도 동일인이 수차례 출금하여 물품대금과 관련이 없는 것으로 추정된다고 보았고, 거래기간 경과 후 미지급금액을 쟁점거래처의 예금계좌에 송금한 내역(2005.4.20.자 수표입금액 OOO원과 2005.4.26.자 계좌이체액 OOO원)조차 가공거래를 사실거래로 위장하기 위한 것으로 판단된다고 하면서 이를 인정하지 아니하고 있지만, 청구인은 원단 등을 취급하는 거래처가 주로 시장 등인 사정으로 인해 매입한 물품대금을 동 기간 내에 전부 지급할 수도 없고, 시장 등에서 수취한 현금 및 수표 등을 물품대금으로 지급하기도 하였을 뿐더러 종업원 명의로 무통장입금하는 경우도 있었는바, 청구인은 쟁점세금계산서 관련 거래에 있어 대금을 현금 및 수표 등으로 지급하고 추후에 미지급금을 정산하여 송금하였다. 청구인이 판단하기에 통상적인 자료상과의 거래는 거래시기에 공급가액과 유사한 금액을 계좌이체한 후 수수료 등을 제외하고 바로 되돌려 받는 것이지 청구인처럼 거래 후 수개월이 지난 후에 OOO원이라는 큰 금액을 쟁점거래처에 송금하는 일은 없을 것이고, 이는 반대로 청구인이 쟁점거래처와의 거래금액을 정산한 후 미지급금을 송금한 것이라는 방증이기도 할 것이다. 또한, 처분청의 고발과 관련하여 동대문경찰서 조사과정에서 작성된 진술조서를 보면, 청구인이 과거에 제출하였던 쟁점거래처와의 거래내역 및 세금계산서, 수입신고필증사본, 통장거래내역, 무통장입금표 등을 처분청에 이미 제출되었던 것으로 보임에도 처분청은 과거에 제출한 서류는 전혀 보관하고 있지는 아니한 것으로 보이는바, 만일 2008년도 소명 당시(검찰고발 당시) 청구인에게 보완하여야 할 증거서류가 무엇인지 분명히 하였다면 3～4년 전인 2004년도 및 2005년도의 예금계좌, 수표내역 등의 증거서류 확보는 용이하였을 것임에도 과거에 정확한 조사 없이 고발한 후 무혐의 판정을 받자 쟁점거래처와의 거래내역을 확인할 수 없다고 추정하여 거래사실을 부인하는 것은 부당하다. (3) 청구인은 2008년 11월 처분청이 발송한 세금계산서 수취 및 발행경위 확인서를 통하여 쟁점거래처와의 거래가 사실거래임을 소명하였음에도 고발조치 당하였고, 이후 이와 관련하여 2009.12.9. 서울북부지방법원에서 판결이 확정되었으나, 청구인과의 거래내역은 제외됨에 따라 청구인은 모든 것이 종결된 것으로 판단하여 이 건과 관련된 거래증빙 등을 폐기한 반면에 처분청은 2012.11.26.부터 2013.1.14.까지 다시 세무조사를 하면서 쟁점거래처와의 거래를 가공거래라고 확정하고 있는바, 10년 전의 거래에 대하여 다시 세무조사를 하는 관계로 과거에 제출하였던 서류는 검토조차도 할 수 없게 되었고, 더구나 처분청의 무리한 세무조사에 의하여 고발조치당하고 이후 법원의 확정판결을 거쳐 무혐의 판결을 받은 사안을 또 다시 5년 만에 세무조사를 실시한 후 자료상과의 거래라고 하면서 부과제척기간 10년을 적용하여 이 건 부가가치세 등을 부과한 것은 청구인의 법적안정성을 해치는 무리한 처분이라 하겠다. 설령, 처분청의 주장대로 최초 조사는 단지 자료소명에 불과하고 이후의 세무조사가 정식 조사라고 인정한다 하더라도 최초 조사 당시에 검찰에 고발까지 하였으면서도 왜 부과처분을 하지 아니한 채 자료조차 보관하지 못하고 있는 5년 후까지 미뤄 두었다가 이제와서 재조사를 하였는지 의문이고, 나아가 동일 과세관청인 처분청이 쟁점거래처를 조사한 후 청구인의 자 료를 파생하는데 5년이라는 기간이 경과되었다는 것은 자료상과의 거래인 시효소멸 기간까지 미뤄 두었다가 청구인에게 증거서류를 확보치 못하게 하고자 하는 의도였다고 볼 수밖에 없다. 이에 대하여 처분청은 당초 2008년도에 거래처 조회 시 청구인이 소명자료를 제출하지 않아 실물거래 없이 허위의 세금계산서만을 수취하여 고발하였다는 것인데, 증거서류 등이 부족하다는 이유로 검찰에 고발한 것은 이해가 되지만 제대로 조사도 하지 않고 단순히 소명하지 않았다는 이유로 검찰에 고발하였다는 주장은 도저히 이해할 수 없고, 고발할 정도의 중요사항을 조사없이 하였다면 이는 세무공무원의 재량권과 관련하여 직무수행의 한계를 벗어난 것으로 볼 수밖에 없으며, 검찰에 고발할 당시 처분청이 조사를 하였다면 이는 같은 세목을 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다는 「국세기본법」 제81조의4 의 규정을 위반하였다고 볼 수 있다. (4) 이와 같이 쟁점거래처가 폴리에스터 등 원단을 취급하지 않았다는 처분청의 주장은 수입신고필증으로 명백한 오류임이 확인되었고, 원단을 취급하지 않았기 때문에 자료상이라는 과세논리의 첫 출발이 결국 세무조사 과정에서의 금융거래 분석상 실물거래가 수반되지 않는 대금지급이라는 잘못된 결론에 도달하게 한 것으로 보이며, 이 건 조사가 재조사가 아니라는 처분청의 주장도 최초 조사 당시 검찰에 고발하였던 것으로 보아 인정될 수 없을 뿐더러 단지 시효 소멸과 관련된 자료를 처리하기 위한 과세논리에 불과하다 하겠으므로, 이 건 부가가치세 등의 부과처분은 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 청구인은 쟁점거래처가 농산물 등의 수입 뿐만 아니라 원단을 매입한 것이 확인되는 2004 2005사업연도 중의 수입신고필증 일부(4장, 상세내역 아래 <표1> 참조)를 제출하면서 쟁점거래처와의 거래가 실지거래라고 주장하나, 쟁점거래처는 사업자등록증상 농산물 도매 및 시계, 전기전자부품 도매업을 영위하는 것으로 되어 있고, 2004∼2006사업연도 중 농산물, 시계, 잡화류 수입금액이 OOO원(과세 OOO원, 면세 OOO원)에 달하는 등 농산물(버섯, 냉동옥수수 등), 잡화류(시계, 전기제품)의 도매업을 실제 영위한 것으로 판단되지만, 매출세금계산서 및 매출계산서를 실제 품목 및 실물흐름과 무관하게 실지거래 없는 타 업체에게 가공으로 발행하여 세금계산서 교부의무 위반으로 고발된 반면에 청구인은 쟁점세금계산서상 쟁점거래처로부터 2004년 제2기 부가가치세 과세기간 동안에는 원단부자재와 자재를, 2005년 제1기 부가가치세 과세기간 동안에는 폴리(원단)를 공급받는 등 쟁점거래처가 실제 취급한 품목과 완전히 상이한 품목을 공급받은 것으로 나타나고 있어 청구인이 수취한 쟁점세금계산서는 실제 거래없이 임의로 발행된 것으로 판단된다. <표1> 청구인이 제출한 쟁점거래처의 수입신고필증 내용 또한, 청구인이 수동제출한 수입신고필증에는 원단 등을 수입한 것으로 되어 있지만, 국세통합시스템상 쟁점거래처의 수입신고내용(상세내역 아래 <표2> 참조)을 검토한 결과 청구인이 수동제출한 수입신고필증과 수입거래처, 세번부호, 품목에 차이가 있는 것으로 확인되고 있다(관세율은 동일함). <표2> 국세통합시스템상 쟁점거래처의 수입신고필증 내용 더구나 수입거래처의 상호(***Food)를 보면 음식물을 취급하는 것으로 추정되며, 관세청 사이트OOO를 통해 위 <표1>과 <표2>의 수입신고필증상 세번부호와 관세율을 조회한 결과, 고사리(0712902010) 및 당근(0706101000)의 수입관세율은 30%인 반면에 폴리에스터(5402599000)의 관세율은 8%인 것으로 확인되는데, 청구인이 수동제출한 수입신고필증상의 수입품목은 원단임에도 8%가 아닌 30%의 관세율이 적용된 것으로 볼 때, 청구인이 수동제출한 수입신고필증은 사실과 다른 신고필증으로 판단되고, 쟁점거래처는 위 <표2>에 나타난 수입신고필증상의 거래처로부터 고사리, 당근 등을 실제로 수입한 것으로 판단되므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없다. (2) 청구인은 처분청이 청구인 명의의 OOO 예금계좌에 대해 쟁점과세기간(2004년 7월 2005년 6월) 중의 출금액만 검토하여 해당 기간의 수표 및 현금출금액이 매입대가에 비해 현저히 부족하다는 이유로 쟁점거래처로부터의 매입금액을 가공으로 보는 것은 정당하지 않으며, 또한 거래기간 경과 후 미지급금을 쟁점거래처 명의의 예금계좌로 지급한 OOO원마저 정상거래로 인정하지 않는 것은 부당하다고 주장하나, 쟁점과세기간 중 청구인의 매출세금계산서 발행내역과 청구인 명의의 예금계좌(OOO 0**-12-1*****)로 매출대금을 송금받은 내용은 아래 <표3>과 같은데, 청구인이 쟁점거래처로부터 쟁점세금계산서를 수취한 2004년 7월부터 2005년 3월까지 매출신고 공급대가 OOO원 중 OOO원(약 80%)을 위 청구인 명의의 농협 예금계좌로 수령한 사실이 확인되므로 해당 계좌는 사업에 주로 사용되었다고 보이지만, 쟁점거래처로부터의 매입액이 청구인의 매입신고액의 대부분을 차지함에도 위 OOO 예금계좌로 매출대금이 입금된 이후 쟁점거래처로 매입대금이 결제된 사실이 전혀 나타나지 않고 있다. 더구나 매출대금이 해당 계좌에 입금된 이후 출금된 형태를 보면, 입금 이후 수일 내에 실제 매입거래처로 추정되는 십수명에게 십만원에서 백만원 단위로 송금(폰뱅킹)되는 일이 반복적으로 이루어지고 있고, 입금 이후 수시로 백만원 이하의 소액으로 현금 및 수표 출금하는 것을 볼 때, 동 금액들이 실제 매입처 및 인건비로 지급되는 것으로 판단되므로 쟁점거래처로부터 원단을 매입한 것으로 하여 쟁점세금계산서를 수취한 것은 전액 실제로 매입거래 없이 가공으로 세금계산서만 수수한 것으로 판단된다. <표3> 쟁점과세기간 중 청구인의 매출대금 수령내역 한편, 청구인은 2005.4.20. 쟁점거래처에 건넨 수표입금분 OOO원이 입금되었고, 2005.4.26. OOO’ 명의로 OOO원을 타행송금하는 등 쟁점거래처 대표 김OOO 명의의 예금계좌로 OOO원을 입금한 사실이 확인되고 있음에도 매입 전체를 가공으로 보아 부인하는 것은 부당하다고 주장하나, 청구인이 제출한 김OOO 명의의 예금계좌(OOO은행 3**-04-5*****) 입·출금내역을 검토한 결과, 해당 계좌는 2004.10.26. 개설된 이후 6개월이 경과하도록 전혀 거래가 없다가 2005년 4월에 2차례의 입·출금거래만 이루어졌으며, 그 이후에는 입·출금거래 자체가 전혀 이루어지지 아니하여 실제 사업에 사용하던 계좌로 보기 어렵고(상세내역 아래 <표4> 참조), 2005.4.20. 해당 계좌에 입금된 수표 OOO원이 실제 청구인이 지급한 금액이라는 사실을 확인할 수 없을 뿐만 아니라 청구인 명의의 OOO 예금계좌에서도 해당 금액의 출금사실이 확인되지 아니한 상태에 있는 반면에 청구인이 쟁점거래처로부터 매입세금계산서를 수취한 기간(2005년 1월～2005년 3월 중 3매, 공급가액 OOO원)의 예정신고기한 즈음에 1회에 걸쳐 OOO원을 송금한 내용 등은 가공으로 세금계산서 수수하고 사실거래로 위장하기 위해 나타나는 전형적인 거래형태에 해당되므로 청구인의 주장은 적정하지 않다. <표4> 쟁점거래처 대표 김OOO 명의의 예금계좌 입·출금내역 (4) 청구인은 쟁점세금계산서 관련 거래를 가공거래로 보아 부과제척기간을 10년으로 적용한 것은 부당하고, 2008년 세무조사 당시 청구인은 쟁점거래처와의 거래내역을 소명하기 위해 세금계산서, 수입신고필증사본, 통장거래내역, 무통장입금표 등을 증거서류로 제출하였던 것으로 기억되지만 처분청은 과거 서류를 검토하지 않고 2012년 조사시점에 소명서류가 없다는 이유로 부가가치세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하나, 처분청은 2008년～2009년 초에 쟁점거래처에 대한 자료상조사를 실시하면서 쟁점거래처의 매출처인 청구인에게 거래처 조회를 위해 “세금계산서 수취 및 발행 경위 확인서”를 발송하였는데, 이는 청구인에 대한 세무조사가 아니라 단순한 거래처 조회를 실시한 것이므로 2012년 12월에 부분조사를 실시한 것은 중복조사에 해당되지 아니한다. 쟁점거래처는 청구인과 전혀 다른 품목인 농산물을 주로 취급한 업체로서 세금계산서 가공교부 혐의로 고발조치되었으며, 청구인이 쟁점거래처에게 대금을 지급한 사실도 확인되지 않는 등 실제 거래 없이 가공으로 매입세금계산서만 수취한 것으로 확인되므로, 청구인의 쟁점세금계산서 수취는 ‘사기 기타 부정한 방법’에 해당된다 할 것이어서 부과제척기간 10년을 적용한 것은 적정하다. 또한, 청구인은 2008년 세무조사 당시 쟁점거래처와의 거래를 입증하기 위해 세금계산서, 무통장입금증 등 각종 서류를 제출하였다고 주장하지만, 쟁점거래처에 대한 종결보고서상에는 소명자료가 제출되지 않았다고 되어 있을 뿐더러 종결보고서 관련자료를 확인한 결과 청구인이 제출하였다고 하는 소명자료는 발견되지 아니한다. (5) 이와 같이 청구인은 쟁점거래처로부터 실제 거래 없이 가공으로 쟁점세금계산서를 수취하였으므로, 쟁점거래처와의 거래를 가공거래로 보아 이 건 부가가치세 등을 부과한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 (1) 청구인이 수취한 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당된다고 볼 수 있는지 여부 (2) 청구인과 쟁점거래처와의 거래를 가공거래로서 ‘사기 기타 부정한 방법’에 의한 거래로 보아 부과제척기간 10년을 적용한 처분의 적정 여부 나. 사실관계 및 판단 (1) 청구인에 대한 처분청의 거래질서관련 조사종결 보고서(2013년 1월) 내용은 아래 <표5>와 같다. <표5> 거래질서관련 조사종결 보고서 내용 (2) 처분청이 제출한 청구인이 운영한 OOO’의 주요 매출처 관련 청구인 명의의 예금계좌(OOO 0**-12-1*****) 입·출금내역은 아래 <표6>과 같고, 쟁점거래처의 수입통관내역(OOAE화면)은 위 <표2>와 같다. <표6> 청구인 명의의 예금계좌 입·출금내역 (3) 품목별 관세율표(세계HS정보시스템)는 아래 <표7>과 같다. <표7> 품목별 관세율표 (4) 청구인이 쟁점거래처로부터 수취한 쟁점세금계산서상 품목란에는 원단부자재, 자재대, 폴리 외 등이 기재되어 있다. (5) 처분청의 쟁점거래처 관련 자료상조사 종결보고서(2009년 1월)에는 “쟁점거래처는 OOO 등에 가공세금계산서를 발행한 사실이 확인되어 다른 업체의 매출 및 매입처에 대한 실거래 여부를 확인하기 위해 자료상 혐의자로 선정되어 조사에 착수하였는데, 매출처인 청운어패럴(청구인)과는 쟁점과세기간 동안 OOO원 상당의 거래가 있었지만, OOO(청구인)에서 거래관련 소명자료를 제출하지 않았으며 조사업체인 쟁점거래처(김OOO)에서 제출한 금융거래내역에서도 거래관련 내역이 확인되지 않는 등 객관적인 거래사실을 인정할 수 없으므로 실물거래 없이 허위의 세금계산서를 발행한 가공거래로 확정함”이라고 되어 있다. (6) 청구인이 제출한 쟁점거래처의 수입신고필증 내용은 위 <표1>과 같은데, 쟁점거래처는 OOO로부터 폴리에스터를 수입한 것으로 되어 있고, 쟁점거래처 폐업사실증명원에는 업태와 종목이 각각 도매와 무역(농산물, 시계)으로 기재되어 있으며, 2003.10.15. 개업하였다가 2006.12.18. 폐업한 것으로 나타나고 있다. (7) 청구인이 제출한 쟁점거래처 대표 김OOO의 예금계좌 입·출금내역은 위 <표4>와 같다. (8) 청구인이 제출한 허OOO의 2009.5.8.자 (참고인)진술조서를 보면, 청구인이 운영한 OOO의 세무대리인인 허OOO는 피의자 최OOO(쟁점거래처 실 사업자) 외 1명에 대한 조세범처벌법 위반 피의사실에 관하여 2009.5.8. 서울동대문경찰서에 임의 출석하여 “쟁점거래처로부터 의류원단인 폴리에스터 및 부자재(안감) 등을 구입한 것이 사실이며, 2004년 제2기 동안에는 OOO원 상당을, 2005년 제1기 동안에는 OOO원 상당을 매입한 것이 사실이다”라고 하면서 “청구인(OOO)이 쟁점거래처로부터 폴리에스터 및 부자재(안감) 등을 구입하여 OOO세무서에 부가가치세 신고를 한 사실이 있다”라고 진술하였고, “대금결제는 주로 현금으로 하였다는 이야기를 들었고, 일부 금액인 OOO원은 쟁점거래처 대표 김OOO 명의의 통장으로 입금을 하였다”라고 하면서 그 사실을 입증할만한 증빙자료가 있는지에 대하여 “2004년과 2005년 쟁점거래처와의 거래내역 및 세금계산서, 수입신고필증사본, 통장거래내역, 입금표 등을 가지고 왔는데 제출하겠다”라고 진술한 것으로 되어 있다. (9) 청구인이 제출한 세금계산서 수취 및 발행 경위 확인서를 보면, 처분청은 2008년 11월 청구인에게 쟁점거래처로부터 쟁점세금계산서를 수취한 경위에 대하여 확인을 요청한 것으로 나타나고 있다. (10) 청구인이 제출한 쟁점거래처 실 사업자인 최OOO과 관련한 서울북부지방법원 판결문(사건번호 2009고단3508 조세범처벌법 위반)에는 “최OOO은 2003.10.15.경부터 2006.12.18.경까지 서울특별시 OOO에서 쟁점거래처를 실제로 운영했던 자로서, 2005.1.25.경 처분청에 2004년 제2기 부가가치세 확정신고를 하면서 재화 또는 용역을 공급하지 아니하였음에도 불구하고 마치 ㈜OOO에 OOO원 상당의 재화를 공급한 것처럼 별지 범죄일람표(1) 기재와 같이 총 5회에 걸쳐 합계 OOO원 상당의 허위기재 매출처별세금계산서 합계표를 제출하였다. 최OOO은 2005.1.25.경 처분청에 2004년 제2기 부가가치세 확정신고를 하면서 재화 또는 용역을 공급받지 아니하였음에도 불구하고 마치 주차상회로부터 OOO원 상당의 물품을 공급받은 것처럼 별지 범죄일람표(2) 기재와 같이 총 5회에 걸쳐 합계 OOO원 상당의 허위기재 매입처별세금계산서 합계표를 OOO세무서에 제출하였다”라고 되어 있지만, 별지내역인 범죄일람표1(매출처별 허위세금계산서 합계표 제출)과 범죄일람표2(매입처별 허위세금계산서 합계표 제출)에는 청구인과 관련된 내용은 나타나고 있지 아니한다. (11) 「부가가치세법」 제16조 제1항 전단 및 제1호부터 제5호까지는 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기)에 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성 연월일, 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항을 적은 계산서를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제17조 제1항 제1호·제2호와 제2항 제1호부터 제7호까지는 사업자가 납부하여야 할 납부세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하되, 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액 등은 공제하지 아니한다고 규정하고 있다. (12) 그 외 관련법령은 별지 기재와 같다. (13) 먼저 쟁점①에 대하여 본다. 살피건대, 청구인은 쟁점거래처 수입신고필증, 쟁점거래처 대표 김OOO의 예금계좌 입·출금 내역 둥을 제시하면서 쟁점세금계산서 관련 거래는 정상거래라고 주장하나, 매입거래처로부터 수취한 세금계산서상의 거래를 실물이 수반된 정상적인 거래로 보려면 해당 거래처가 정상사업자로서 실지거래에 따른 것임을 납세의무자가 객관적으로 입증한 경우에만 인정할 수 있다고 봄이 타당하다 할 것인바, 이 건의 경우 국세통합시스템상 쟁점거래처의 수입신고필증 내역에는 고사리 등 농산물을 수입한 것으로 되어 있고, 이에 합당한 관세율이 적용된 것으로 나타나고 있는 반면에 청구인이 제출한 수입신고필증에는 쟁점거래처가 원단 등을 수입한 것으로 되어 있지만 해당 관세율이 아닌 다른 관세율이 적용된 것으로 나타나 신뢰하기 어려운 자료로 보이는 점, 청구인 명의의 예금계좌 입·출금내역상 청구인이 쟁점거래처로 매입대금을 송금한 내역이 나타나고 있지 아니한 점, 쟁점거래처 대표 명의의 예금계좌 입·출금내역상 당해 계좌로 입금된 금액이 실제 청구인이 원단 등을 매입하고 지급한 금액이라고 보기 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 청구인이 쟁점거래처로부터 쟁점세금계산서 상당의 물품을 실제 구입하였다고 인정하기는 어렵다. 한편, 청구인은 처분청의 조사가 중복조사에 해당된다고 주장하나, 2008년 11월경 처분청이 청구인에게 쟁점거래처로부터 쟁점세금계산서를 수취한 경위에 대하여 확인을 요청한 것으로 나타나고 있지만, 이는 단지 거래처 조회를 실시한 것에 불과할 뿐 청구인에 대한 세무조사를 실시한 것으로 볼 수 없으므로 처분청이 2012년 12월에 실시한 청구인에게 부분조사를 중복조사에 해당된다고 볼 수는 없다 할 것이며, 나아가 조세범처벌법 위반으로 고발된 자는 청구인이 아닌 쟁점거래처의 실 사업자인 최OOO으로 나타나고, 처분청은 오류 또는 탈루가 있는 것이 발견된 때에는 부과제척기간 이내에는 이에 대하여 경정할 수 있으므로 최OOO 관련 서울북부지방법원의 확정 판결로 모든 것이 종결되었다는 청구주장도 받아들이기 어렵다. 따라서 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구인이에게 이 건 부가가치세와 종합소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. (14) 다음으로 쟁점②에 대하여 본다. 살피건대, 위장·가공세금계산서를 수수함으로써 위장·가공거래에 대한 결제 증빙이나 계약서 등을 실제 거래인 것처럼 조작하는 행위는 과세관청의 조세부과 및 징수를 불가능하게 하거나 현저하게 곤란하게 하는 적극적인 부정행위에 해당하는바, 쟁점①에서 살펴본 바와 같이 청구인은 쟁점거래처로부터 폴리에스터 등을 실제 구입하지 아니하였음에도 세금계산서를 수취하여 매입세액공제를 과다하게 공제받았다고 볼 수 있고, 그렇다면 청구인이 가공거래에 따라 수수한 쟁점세금계산서 관련 거래는 10년의 국세부과제척기간을 적용함이 타당하다 하겠으므로(조심 2013서85, 2013.3.20. 같은 뜻), 이 건 부가가치세 등의 부과처분이 부과제척기간이 경과된 위법한 처분이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 , 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [별지] 관련 법령 (1) 부가가치세법(2006.3.24. 법률 제7876호로 개정되기 전의 것) 제16조【세금계산서】 ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다. 1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭 2. 공급받는 자의 등록번호 3. 공급가액과 부가가치세액 4. 작성년월일 5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항 제17조【납부세액】 ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다. 1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액 2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액 ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 2. ～ 5. (생략) 제21조【결정 및 경정】 ① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다. 1. 확정신고를 하지 아니한 때 2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때 4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때 ③ 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항과 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류 또는 탈루가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다. 제31조【기장】 ① 사업자는 자기의 납부세액 또는 환급세액과 관계되는 모든 거래사실을 대통령령이 정하는 바에 의하여 장부에 기록하고 사업장에 비치하여야 한다. ③ 사업자는 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 기록한 장부와 제16조 및 제32조의 규정에 의하여 교부하거나 교부받은 세금계산서 또는 영수증을 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 확정신고를 한 날로부터 5년간 보존하여야 한다. (2) 소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제27조【필요경비의 계산】 ① 부동산임대소득금액·사업소득금액·일시재산소득금액·기타소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다. ② 당해연도전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 당해연도에 확정된 것에 대하여는 당해연도전에 필요경비로 계상하지 아니한 것에 한하여 당해연도의 필요경비로 본다. 제80조【결정과 경정】 ① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의하여 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 당해연도의 과세표준과 세액을 결정한다. ② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고를 한 자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다. 1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때 2. 제163조의 규정에 의한 매출·매입처별계산서합계표 또는 제164조·제164조의2의 규정에 의한 지급조서의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때 3. (생략) ④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다. (3) 국세기본법 제26조의2【국세 부과의 제척기간】 ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다. 1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다. 제81조의4【세무조사권 남용 금지】 ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다. ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다. 1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우 3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우 4. 제65조 제1항 제3호(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우 5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (4) 국세기본법 시행령 제63조의2【중복조사의 금지】 법 제81조의4 제2항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우 2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우 3. 삭제 <2013.2.15.>