조심 2021인5477 (2022.12.29)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구인은 OOO에 소재하는 OOO(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에서 2005년부터 AAA, BBB, CCC, DDD, EEE(청구인 포함 6인을 이하 “공동사업자”라 한다)와 공동사업을 영위하다가 2019.10.31. 폐업하였으며 쟁점부동산과 함께 공동사업자 명의의 같은 구 OOO 외 10필지(이하 “기타 대지”라 한다)를 일괄양도한 후 2019.12.24. 자신의 지분(10.5%)을 고려하여 취득가액을 OOO원, 양도가액은 OOO원, 장기보유특별공제액은 OOO원으로 하여 양도소득세 OOO원 신고·납부하였으나, 2020.6.22. 쟁점부동산의 시설장치 관련 감가상각비 부인액 OOO원을 취득가액에 가산 등을 하여야 한다는 취지로 경정청구를 하였다. 나. 처분청은 청구인의 신고내역을 검토하던 중 OOO서장으로부터 공동사업자인 AAA에 대한 2019년 양도소득세 조사시 장기보유특별공제가 과다하게 공제되었다는 과세자료를 통보받고 청구인이 당초 신고(2019.12.24.)한 양도가액에 쟁점부동산 등 중 2005.10.31. 취득분만 안분함으로써 장기보유특별공제가 과다하게 공제된 사실을 확인하여 쟁점부동산의 양도가액을 취득시기별로 ＜표1＞과 같이 다시 안분하는 한편 쟁점부동산의 증축 및 대수선 등의 자본적 지출액 중 지분율에 따른 청구인 귀속분(이하 “쟁점자본적지출액”이라 한다)을 OOO원으로 재계산하여 2021.1.21. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다. ＜표1＞ 청구인의 쟁점부동산 및 기타 대지 양도소득세 신고·경정 내역 ㅇㅇㅇ 다. 청구인은 이에 불복하여 2021.3.9. 이의신청을 거쳐 2021.8.30. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 처분청은 쟁점부동산의 쟁점자본적지출액을 OOO원으로 산정하였으나, 청구인을 포함한 공동사업자가 2005년부터 2019년까지 지출한 총 자본적 지출액은 OOO원이고, 이 중 OOO원이 청구인의 지분율에 대응하는 쟁점자본적지출액이므로 이를 양도가액에서 공제하여야 한다. ＜표2＞ 청구인 산정 쟁점부동산의 자본적 지출액 ㅇㅇㅇ (1) 쟁점부동산에서 영위한 공동사업은 법률상 조합에 해당하여 조합원의 입회나 탈퇴시 현금반환이 발생하고 이에 따라 지분권을 양도·양수하게 되므로 취득원가도 지분권을 양수한 자에게 귀속되어야 한다. (2) 쟁점부동산은 2005년부터 사업장으로 사용되면서 건물의 증축 및 대수선이 있었고 이에 따라 자본적 지출액이 지속적으로 발생하였으므로 이를 반영하여야 한다. (3) 청구인은 쟁점부동산과 관련하여 장부기록 보존기한이 오래되어 불가피하게 과세관청에 신고한 B/S 등을 이용하여 관련 자본적 지출액을 산출한 반면 처분청이 산정한 쟁점부동산의 자본적 지출액은 그 근거가 이해가 되지 않고 청구인이 산정한 자본적 지출액 중 평가증한 금액이 이중으로 공제된다는 의견 또한 받아들일 수 없다. 나. 처분청 의견 (1) OOO서에서 쟁점부동산의 공동사업자인 CCC에 대한 경정청구를 검토하면서 CCC이 주장한 자본적 지출액 전부를 필요경비로 보아 양도가액을 공제하였고, 이에 처분청도 장부상 실제 확인된 건물의 자본적 지출액 OOO원 중 청구인의 공유지분(10.5%) 해당금액인 OOO원과 시설장치와 비품에 대한 자본적 지출액 OOO원 중 청구인의 공유지분(10.5%) 해당금액인 OOO원을 필요경비에 반영하였다. (2) 그럼에도 불구하고 청구인은 쟁점사업장의 2019년 말 건물, 시설장치, 비품의 장부가액(2015.10.16. CCC과 전 소유자와의 포괄양수도 계약서 상 전체 부동산 평가금액인 OOO원을 근거로 재평가 증액한 장부가액)을 기준으로 자본적 지출액을 계산하여야 한다고 주장하고 있는바 이는 실제 비용을 부풀리는 결과와 다를 바 없어 청구주장을 받아들일 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점부동산의 자본적 지출액이 과소 계상되었다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 일부 개정되기 이전의 것) 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다. 1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다. 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액 2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것 3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 ② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다. 1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다. 가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. 제160조의2(경비 등의 지출증명 수취 및 보관) ① 거주자 또는 제121조 제2항 및 제5항에 따른 비거주자가 사업소득금액 또는 기타소득금액을 계산할 때 제27조 또는 제37조에 따라 필요경비를 계산하려는 경우에는 그 비용의 지출에 대한 증명서류를 받아 이를 확정신고기간 종료일부터 5년간 보관하여야 한다. 다만, 각 과세기간의 개시일 5년 전에 발생한 결손금을 공제받은 자는 해당 결손금이 발생한 과세기간의 증명서류를 공제받은 과세기간의 다음다음 연도 5월 31일까지 보관하여야 한다. ② 제1항의 경우 사업소득이 있는 자가 사업과 관련하여 사업자(법인을 포함한다)로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지출하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 제163조 및 「법인세법」 제121조 에 따른 계산서 2. 「부가가치세법」 제32조 에 따른 세금계산서 3. 「여신전문금융업법」에 따른 신용카드매출전표(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령으로 정하는 것을 사용하여 거래하는 경우 그 증명서류를 포함한다) 4. 제162조의3 제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입한 사업자가 재화나 용역을 공급하고 그 대금을 현금으로 받은 경우 그 재화나 용역을 공급받는 자에게 현금영수증 발급장치에 의하여 발급하는 것으로서 거래일시ㆍ금액 등 결제내역이 기재된 영수증(이하 “현금영수증”이라 한다) ③ 제2항을 적용할 때 사업자가 같은 항 제2호의 세금계산서를 받지 못한 경우 「부가가치세법」 제34조의2 제2항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하여 보관하였을 때에는 제2항의 수취ㆍ보관의무를 이행한 것으로 본다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 비용 지출에 대한 증명서류의 수취ㆍ보관에 관한 사항과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령 제67조(즉시상각의 의제) ② 제1항에서 “자본적 지출”이란 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 수선비를 말하며, 다음 각 호에 해당하는 지출을 포함하는 것으로 한다. 1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조 2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치 3. 빌딩 등의 피난시설 등의 설치 4. 재해 등으로 인하여 건물ㆍ기계ㆍ설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구 5. 기타 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것 제163조(양도자산의 필요경비) ③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다. 1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 2005년부터 쟁점부동산에서 공동사업을 영위하면서 증축 및 대수선 등으로 발생한 비용을 자본적 지출액으로 산정하여 양도소득세 경정청구를 하였으나, 처분청은 제출된 계정별 원장 및 세금계산서 등을 근거로 쟁점부동산의 쟁점자본적지출액을 OOO원으로 보아 2021.1.21. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 고지하였다. 청구인은 쟁점부동산의 쟁점자본적지출액이 OOO원임에도 처분청이 이를 과소 산정하였다는 이유로 이의신청을 거쳐 심판청구를 제기하였다. ＜표3＞ 쟁점부동산 관련 청구인의 신고 및 경정 내역 ㅇㅇㅇ (나) 청구인은 당초 심판청구시 2005년부터 2019년까지 쟁점부동산의 쟁점자본적지출액을 OOO원으로 청구하였으나, 이후 항변서등을 통하여 이를 정정하였고 정정한 내역은 ＜표4＞와 같으며, 수정사유는 장부기록 보존기한 만료에 따라 ‘과세관청 전산자료(쟁점부동산의 B/S 등)’를 이용하는 과정에서 ‘자료점검결과 오류’가 발생하였다고 설명하였다. ＜표4＞ 청구인 산정 쟁점부동산의 총 자본적 지출액 변경 내역 ㅇㅇㅇ (다) 청구인은 쟁점부동산의 쟁점자본적지출액의 산정근거와 2015년 쟁점부동산의 평가증을 제외하는 산식을 각각 ＜표5＞, ＜표6＞과 같이 제시하였으나, 자본적 지출액은 신고시 제출된 B/S 기록을 근거로 작성하였다고 주장하며 별도의 자본적 지출액 내역은 제출하지 아니하였다. [OOO원(＜표4＞에 따른 청구인의 자본적 지출액) - OOO원(＜표6＞에 따른 청구인 평가증분, OOO원×10.5%)= OOO원] ＜표5＞ 청구인이 산정한 쟁점부동산의 B/S상 자본적 지출액 ㅇㅇㅇ ＜표6＞ 청구인이 산정한 2015년 평가증 제외 금액 ㅇㅇㅇ (라) 처분청은 세금계산서 등을 근거로 쟁점자본적지출액을 OOO원으로 산정하였고 구체적인 내역은 ＜표7＞, ＜표7-1＞, ＜표7-2＞ 및 ＜표7-3＞과 같다. ＜표7＞ 처분청 산정 쟁점부동산의 쟁점자본적지출액 ㅇㅇㅇ ＜표7-1＞ 쟁점자본적지출액 중 건물분 상세 ㅇㅇㅇ ＜표7-2＞ 쟁점 자본적 지출액 중 시설장치분 상세 ㅇㅇㅇ ＜표7-3＞ 쟁점자본적지출액 중 비품분 상세 ㅇㅇㅇ (마) 국세청 포털시스템에 의하면 쟁점부동산 관련 사업자등록 내역은 ＜표8＞과 같다. ＜표8＞ 쟁점부동산 관련 사업자등록 현황 ㅇㅇㅇ (바) 쟁점부동산의 지분변동내역은 ＜표9＞와 같다. ＜표9＞ 쟁점부동산의 지분변동내역 ㅇㅇㅇ (사) 쟁점부동산의 최대지분을 소유했던 CCC이 쟁점부동산과 관련하여 2015년에 임의평가증을 하고 감가상각비를 과대계상하였음을 확인하는 내용의 확인서는 ＜그림＞과 같다. ＜그림＞ CCC의 쟁점부동산 임의평가증 확인서 ㅇㅇㅇ (아) 쟁점부동산의 대차대조표상 건물, 비품, 시설장치의 금액은 ＜표10＞과 같다. ＜표10＞ 쟁점부동산 대차대조표상 건물, 비품, 시설장치 금액 변동내역 ㅇㅇㅇ (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 처분청이 쟁점부동산의 쟁점자본적지출액을 과소산정하였다고 주장하나, 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리할 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 할 것이므로 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지의 여부가 다투어지고 납세의무자측이 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자측에서 이를 입증할 필요가 있다고 할 것인바(대법원 1997.9.26. 선고 96누8192판결 같은 뜻), 청구인이 쟁점부동산의 자본적 지출액과 관련한 세금계산서 등의 증빙서류가 아니라 과세관청에 소득세 과세표준 등 신고시 제출하였다는 재무제표를 근거로 역산한 쟁점자본적지출액은 그 모수인 총 자본적 지출액의 실제 지출여부 등을 확인하기 어렵고 청구인이 쟁점자본적지출액으로 주장하는 금액도 여러번 변경되어 그 금액을 신뢰하기 어려운 반면에 처분청은 2011년부터 2018년까지 제출된 세금계산서 등 증빙자료를 근거로 쟁점자본적지출액을 산정한 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점자본적지출액이 과소 계상되었다는 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.