조심 2025중3219 (2026.02.09)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO에서 ‘A’이라는 상호로 도매업 및 부동산매매업을 영위하는 개인 사업자로서 2021년 과세기간 동안 OOO 일원 과수원 등 농지 10필지 총 19,302㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2016년부터 2020년까지 4명으로부터 취득한 후 각 필지를 수 개의 필지로 분할하여 대지로 지목변경 후 이 중 6,247㎡를 총 11차례 양도하고 총 양도가액 OOO원에 대한 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 조사과정에서 확인한 사업내역 및 이력, 부동산 취득, 보유현황, 양도의 규모, 횟수, 상대방 등에 비추어 볼 때 쟁점토지의 양도는 사업활동임이 명백하므로 쟁점토지에 대한 소득구분을 양도소득이 아닌 사업소득으로 확정하고, 「소득세법」 제64조에 따른 부동산매매업자에 대한 세액 계산의 특례를 적용하여 농어촌특별세 OOO원을 환급하고, 2025.7.1. 청구인에게 2021년 종합소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.7.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「소득세법」 제64조 제1항 제2호 나목의 적용대상이 되는 기타 사업소득에 대한 과세표준(주택등매매차익에 해당하지 않는 나머지 과세표준을 말하며, 이하 “쟁점과세표준”이라 한다)을 그 자체로 정당하게 산출하지 않고 종합소득과세표준에서 주택등매매차익을 공제하는 방식으로 산출하는 것은 정당하지 않고, 쟁점과세표준은 그 소득의 종류에 따라 별도로 계산하는 것이 타당하다.

즉, 청구인의 기타 사업의 수입금액인 OOO원에 대응하는 필요경비 OOO원, 이월결손금 OOO원 등을 반영하여 계산하는 것이 정당한 계산 방식이라 할 것이고, 만약 주택등매매차익의 장기보유특별공제 규모가 달라지면 기타 사업의 수입금액보다 쟁점소득금액의 과세표준이 더 커지는 모순이 발생하기 때문에 처분청의 계산방식은 타당성이 없다.

양도차익 계산과정까지는 양도소득세와 사업소득세의 계산구조가 동일하므로 동일한 기준으로 계산하여 양도차익을 계산하고 양도차익 이후의 과정은 계산구조가 다르므로 비사업용 토지는 양도소득세 계산구조에 따라 장기보유특별공제, 양도소득기본공제를 적용하여 산출세액을 계산하고 쟁점과세표준은 소득공제와 결손금 등을 반영하여 계산하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

조세법률주의 원칙에서 파생되는 엄격해석 원칙은 조세법규를 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 한다고 규정하고 있으며, 합리적 이유 없이 확장해석해거나 유추해석하는 것을 허용하지 아니한다(OOO).

청구인의 쟁점과세표준은 사업용 토지 및 임대업에 대한 과세표준으로서 종합소득세 과세표준(OOO원)에서 주택등매매차익의 해당 과세기간 합계액(OOO원)을 공제한 금액으로 「소득세법」 제64조 제1항 제2호 나목에 따라 계산한 과세표준이고, 부동산매매업자에 대한 세액계산 특례의 입법취지가 양도소득세 중과세를 회피하는 조세회피수단으로 부동산매매업이 이용됨을 방지하고 비사업용토지 등 특정 부동산을 팔아 얻은 이익에 대해 종합소득세와 양도소득세 중 더 많은 세금을 내도록 하여 과세의 공정성을 확보하려는데 그 목적이 있다 할 것이므로 계산방식에 타당성이 없다는 청구인의 주장은 이유 없다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

부동산매매업자에 대한 세액계산 특례를 적용하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제14조(과세표준의 계산) ① 거주자의 종합소득 및 퇴직소득에 대한 과세표준은 각각 구분하여 계산한다.

② 종합소득에 대한 과세표준(이하 “종합소득과세표준”이라 한다)은 제16조, 제17조, 제19조, 제20조, 제20조의3, 제21조, 제24조부터 제26조까지, 제27조부터 제29조까지, 제31조부터 제35조까지, 제37조, 제39조, 제41조부터 제46조까지, 제46조의2, 제47조 및 제47조의2에 따라 계산한 이자소득금액, 배당소득금액, 사업소득금액, 근로소득금액, 연금소득금액 및 기타소득금액의 합계액(이하 “종합소득금액”이라 한다)에서 제50조, 제51조, 제51조의3, 제51조의4 및 제52조에 따른 공제(이하 “종합소득공제”라 한다)를 적용한 금액으로 한다.

제55조(세율) ① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "종합소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다.

제64조(부동산매매업자에 대한 세액 계산의 특례) ① 대통령령으로 정하는 부동산매매업(이하 “부동산매매업”이라 한다)을 경영하는 거주자(이하 “부동산매매업자”라 한다)로서 종합소득금액에 제104조 제1항 제8호 및 제10호의 어느 하나에 해당하는 주택 또는 토지의 매매차익(이하 이 조에서 “주택등매매차익”이라 한다)이 있는 자의 종합소득 산출세액은 다음 각 호의 세액 중 많은 것으로 한다.

1. 종합소득 산출세액

2. 다음 각 목에 따른 세액의 합계액

가. 주택등매매차익에 제104조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액의 합계액

나. 종합소득과세표준에서 주택등매매차익의 해당 과세기간 합계액을 공제한 금액을 과세표준으로 하고 이에 제55조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액

② 부동산매매업자에 대한 주택등매매차익의 계산과 그 밖에 종합소득 산출세액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지

(2) 소득세법 시행령

제122조(부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례) ② 법 제64조제1항에 따른 주택등매매차익은 해당 자산의 매매가액에서 다음 각 호의 금액을 차감한 것으로 한다.

1. 제163조제1항부터 제3항까지 및 제5항에 따라 계산한 양도자산의 필요경비

2. 법 제103조에 따른 양도소득 기본공제 금액

3. 법 제95조제2항에 따른 장기보유 특별공제액

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 결의서상 나타나는 종합소득산출세액계산서(주택매매업자용) 및 청구인이 주장하는 계산방식을 비교하면, 처분청 계산방식은 쟁점과세표준을 계산함에 있어 종합소득과세표준(1호)에서 주택등매매차익의 과세표준(2호)을 차감하여 계산함에 따라 이월결손금이 전부 사용되지 않는 것으로 나타나지만, 청구인 계산방식은 쟁점과세표준을 계산함에 있어 이월결손금이 전부 사용됨에 따라 쟁점과세표준 산출세액이 처분청 계산방식에 비해 적게 나오는 것으로 확인되며, 이는 각각 아래 ＜표1＞ 및 ＜표2＞와 같다.

(표 삽입을 위한 여백임)

＜표1＞ 처분청 계산방식

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＜표2＞ 청구인 계산방식

ㅇㅇㅇ

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 처분청의 쟁점과세표준 산정 방식이 부당하다고 주장하나, 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 합리적 이유 없이 확장해석해거나 유추해석하는 것을 허용하지 아니하는 것인바, 「소득세법」 제64조 제1항 제2호 나목에 따르면 쟁점과세표준은 종합소득과세표준에서 주택등매매차익의 해당 과세기간 합계액을 공제한 금액을 과세표준으로 하도록 규정하고 있는 점, 「소득세법」 제64조는 부동산매매업이 양도소득세 중과제도에 대한 조세회피수단으로 이용됨을 방지하려는 취지인 점 등에 비추어, 처분청이 「소득세법」 제64조 제1항 제2호 나목에 따라 쟁점과세표준을 계산할 때 종합소득과세표준에서 주택등매매차익을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 청구인에게 이 건 종합소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.