조심 2021서1400 (2021.09.03)

OOO서장이 2020.8.13. 청구인에게 한 2017년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요 가. 청구인은 1985.4.5. OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 상속받아 1995년 12월경 그 지상에 연면적 1,105.25㎡의 상가건물(이하 “쟁점건물”이라 하고 “쟁점토지”와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축·취득하여 보유하던 중 2017.8.29. 쟁점부동산을 OOO원에 양도한 후 양도가액은 위 실거래가액으로 하고 쟁점토지 취득가액은 실거래가액( 「상속세 및 증여세법」 제61조 제1항 제1호에 의한 개별공시지가 OOO원)으로 하였으나 쟁점건물은 실지 취득가액이 불분명하다고 보아 환산가액 OOO원을 취득가액으로 하여 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다. 나. 처분청은 2020.4.3.∼2020.6.30. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점건물의 장부가액인 OOO원(이하 “쟁점장부가액”이라 한다)을 실지취득가액으로 보아 2020.8.13. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2020.11.2. 이의신청을 거쳐 2021.1.8. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 쟁점건물의 장부가액은 증빙이 미비하고 청구인이 직접 도급을 주어 시공한 전기, 인테리어 등의 공사비용이 누락되어 있어 실지취득가액으로 볼 수 없다. (가) 쟁점장부가액을 살펴보면, 건물의 최초 장부가액(1996년 기말 건물가액)이 OOO원으로 주식회사 AAA(이하 “AAA”라 한다)의 신축공사비 세금계산서 수취분 OOO원 외에는 아무런 증빙이 없고, 처분청도 설계비 및 공사감리 계산서가 쟁점장부가액에서 누락되었음을 확인하였으며, 건축허가비, 취·등록세, 각종분담금 등 제세공과금, 전기·수도공사비, 일용임금 등 신축공사의 주요 부분이 누락되었다. AAA는 일반건축공사업자로 철근, 콘크리트골조 공사만 하였을 뿐, 전기, 설비, 인테리어, 조경 등 나머지 공사는 청구인이 직접 도급을 주어 시공하였으나 영세한 미등록사업자들로부터 세금계산서 등을 수취하지 못하여 누락된 부분이 많음에도 처분청이 장부가액이 실지취득가액이라는 증빙도 없이 이를 인정하는 것은 부당하다. (나) 신축 당시인 1995년 신축 당시 OOO가 공시한 m2당 표준건축비 OOO원(건설교통부 고시 제1995-1호, 1995.1.3.)을 쟁점건물의 연면적(1,105.25㎡)에 적용하여 산출한 건축비는 OOO으로 쟁점장부가액이 표준건축비의 65%에 불과하여 취득가액의 주요 부분이 허위이거나 그 증빙이 미비하다는 것을 알 수 있고, 쟁점부동산 신축 공사를 진행한 1995.1.1.∼1996.12.31 기간 동안 청구인의 신한은행 계좌 거래내역에서는 AAA의 공사비 OOO원 외 기타부수공사 관련 출금액 OOO원이 확인되는바, 그 합계액인 약 OOO원(상기 표준건축비 OOO원과 유사함)이 쟁점건물의 실지취득가액에 해당하나, 청구인은 쟁점건물 신축당시 지방에 근무 중이어서 건물신축 비용만 조달하였을 뿐 지출 등의 사항은 어머니가 주로 관여하였던바, 청구인으로서는 26년이 경과한 지금 이를 증명할 수 있는 증빙 등이 전무하여 부득이 쟁점건물 취득가액을 환산가액으로 신고하였다. (다) 쟁점토지의 경우는 임의 계상된 장부가액 OOO원을 무시하고 상속 당시 상속가액(기준시가) OOO원을 취득가로 결정하면서 쟁점건물은 마찬가지로 임의 계상된 쟁점장부가액을 취득가로 인정하는 것은 모순이다. 따라서 쟁점토지의 취득가액으로 장부가액이 아닌 기준시가를 적용하였듯이 쟁점건물의 취득가액도 장부가액을 무시하고 기준시가를 적용하여야 한다. (2) 청구인이 기준시가(환산가액)로 신고한 쟁점건물의 취득가액을 실거래가로 결정할 수 없다. (가) 「소득세법」 제114조 제2항 및 제4항은 신고내용의 오류 등이 있는 경우 실제 거래에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 경정하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제6항은 위 조항에 따라 경정 시 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 신고한 경우로서 신고가액이 사실과 다를 때 경정한다고 규정하고 있는바, 청구인이 쟁점건물의 취득가액을 실지거래가액이 아닌 기준시가(환산가액)로 신고하였음에도 불구하고 처분청이 이를 허위 실거래가액으로 신고하였다고 보아 쟁점장부가액으로 경정한 것은 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 청구인이 장부기장하고 종합소득세 신고한 쟁점장부가액을 실지취득가액으로 본 처분은 정당하다. (가) 청구인은 취·등록세 등 제반비용이 누락된 쟁점장부가액을 객관적 증빙도 없이 실지거래가액으로 보는 것이 부당하다고 주장하나, 추계조사방법은 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요부분이 미비하여 신뢰성이 없는 등 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용되는 것이므로 납세자가 비치, 기장한 장부 등에 일부 허위로 기재된 부분이 포함되어 있다고 하더라도 그 부분을 제외한 나머지 부분은 모두 사실에 부합하는 자료임이 분명하여 이를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 실지조사의 방법에 의하여 결정하는 것인바OOO 쟁점장부가액을 부인하기 위해서는 관련 장부의 중요 부분이 허위로 기재되어 있음이 확인되어야 하나 청구인의 경우 건설업자로부터 건축가액에 상당하는 세금계산서 수취하였고, 일부 제반비용이 누락되었다 하더라도 장부 자체를 부인할 정도로 신뢰성 없는 것으로 보기 어려우므로 이를 실지취득가액으로 본 당초 처분은 정당하다. (나) 처분청은 쟁점장부가액의 신뢰성을 확인하고자 용도, 구조, 사용승인일 등이 쟁점건물과 유사하고 쟁점건물과 직선거리 30m이내의 인근 건물의 신축가액을 조사하였고, 비교건물의 ㎡당 신축가액이 쟁점장부가액과 차이가 없는 것을 확인한바 쟁점장부가액이 신빙성이 있다고 보았다. 또한 청구인은 쟁점건물 신축당시 지방에 근무 중이어서 건물신축 비용만 조달하였을 뿐 지출 등의 사항은 어머니가 주로 하였다고 주장하고 있으나, 국세청에 제출된 건축 당시 청구인의 소득세 신고 내역에 따르면 청구인은 OOO 소재 OOO에 근무하였고, 당시 주소지도 OOO인 것으로 확인된다. (다) 청구인은 쟁점토지의 취득가액을 장부가액 OOO원이 아닌 상속 당시 기준시가 OOO원으로 결정한 것은 모순이라고 주장하나, 상속받아 취득한 토지는 상속 당시 평가액이 실지취득가액이 되는 것으로 청구인의 경우 쟁점토지의 상속세 신고 사실 확인되지 않으므로 상속당시 기준시가가 실지취득가액이 되는 것인바, 청구인도 양도소득세 신고시 토지를 취득 당시 기준시가 OOO원으로 신고하였다. (2) 「소득세법」 제114조 제2항에 따라 청구인의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있음을 확인하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한 처분은 정당하다. 청구인은 처분청이 「소득세법」 제114조 제6항을 위법하게 적용하였다고 주장하나 위 조항은 납세자가 납세자가 취득가액을 실가로 신고하였으나 허위로 확인되는 경우 과세관청이 조사 확인한 실가에 의해 과세할 수 있도록 명문화한 규정으로 쟁점건물의 취득가액을 환산가액으로 신고한 청구인에게는 해당되지 않으며, 처분청은 같은 법 제114조 제2항에 따라 적법하게 과세하였다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점건물의 실지취득가액이 불분명하므로 환산취득가액을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비 계산】 ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다. 1. 취득가액 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액 2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것 3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 ③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자 산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다. 제100조【양도차익의 산정】 ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다. ② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산 한다. 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다. ④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다. ⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다. (2) 소득세법 시행령 제163조【양도자산의 필요경비】 ⑪ 법 제97조 제7항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법을 말한다. 2. 거주자가 부동산 취득시 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제3조 제1항에 따른 부동산의 실제거래가격(이하 이 호에서 "실제거래가격"이라 한다)을 기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여 확인하는 방법. 다만, 실제거래가격이 전소유자의 부동산양도소득과세표준 예정신고 또는 확정 신고시의 양도가액과 동일한 경우에 한한다. ⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액"이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다. 제176조의2【추계결정 및 경정】 ① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우 2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조 제4호에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 "감정평가업자"라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우 (3) 소득세법 시행규칙 제79조【양도자산의 필요경비 계산 등】 ③ 영 제163조 제11항 제2호에서 "기획재정부령으로 정하는 방법"이란 「부동산 거래신고에 관한 법률」 제3조 제1항에 따라 신고( 「주택법」 제80조의2 에 따른 주택 거래신고를 포함한다)한 실제거래가격을 관할 세무서장이 확인하는 방법을 말한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인은 1985.4.5. 협의분할로 인한 상속을 원인으로 쟁점토지를 취득하였고, 1994.12.24. 쟁점건물 신축허가를 받아 1995.3.20. 착공하여 1995.12.30. 소유권보존등기를 하였으며 쟁점건물의 건축물대장에서 건축주 청구인, 설계자·공사감리자 BBB(OOO건축, 211-94-1****), 공사시공자 CCC(AAA)가 확인된다. (2) 청구인은 1995.1.1. 쟁점건물에 ‘DDD’라는 상호로 부동산업(일반과세자)을 개업하였고, DDD의 1995년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고서에 의하면 AAA(138-81-0****)로부터 합계 OOO원의 매입세금계산서를 수취한 사실이 확인되나, AAA 매입세금계산서 OOO원 외 설계 및 공사감리 관련 세금계산서 등은 확인되지 않는다. (3) 청구인은 1996년 귀속 종합소득세 신고시 기말 건물가액을 OOO원과 감가상각비 OOO원을 신고하였고 1996년∼2016년 기간 동안 종합소득세 신고시 쟁점건물가액 내역은 아래 ＜표2＞와 같으며 쟁점건물의 취·등록세 신고납부내역은 확인되지 않는다. ＜표2＞ 청구인의 종합소득세 신고시 쟁점건물가액 신고내역 OOO (4) 처분청이 쟁점장부가액의 신뢰성을 입증하기 위하여 제시한 비교건물의 주요 현황은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 쟁점건물과 비교건물 현황 OOO (5) 청구인이 2021.4.5. 작성하여 제출한 확인서에 의하면 쟁점건물신축 당시 OOO 소재 OOO에 시간강사로 출강하는 등 시간이 없어 부득이하게 어머니가 공사를 주도하여 진행하였고, 당시 AAA는 일반공사만 수행하였을 뿐 설계, 전기, 보일러, 인테리어, 배관 등의 부수공사는 세금계산서 등을 수취하지 못하였으며, AAA의 공사비 OOO원은 어머니의 자금으로 지출하였으나 기타 부수공사비 OOO원은 청구인의 OOO 계좌에서 인출하였다고 되어있고, 청구인이 제출한 1995.1.1.∼1996.12.31. 기간 동안 청구인 명의 OOO 계좌(975-04-073***)의 거래내역에서는 아래 ＜표4＞와 같이 출금내역 OOO원이 나타난다. ＜표4＞ 청구인 명의 OOO 계좌 출금 내역 OOO (6) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 장부기장하여 종합소득세 신고시 제출하였던 쟁점장부가액을 실지취득가액으로 보아 양도소득세를 경정한 처분은 정당하다는 의견이나, 양도차익의 산정에 있어서 기준이 되는 실지거래가액이라 함은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미하고OOO, 납세의무자가 작성, 비치하고 있는 장부에 자산가액이 기재되어 있다 하더라도 그 기재가 자산의 실지취득가액을 확정시키는 효과가 있다고 볼 수 없음은 물론 그 기재가 실지취득가액으로 추정된다고 할 수는 없는 것인 점OOO, 처분청이 실지취득가액으로 본 쟁점장부가액은 일반건축공사업자인 AAA로부터 수취한 세금계산서 OOO원을 근거로 장부에 기장한 금액으로 철근, 콘크리트 등 골조 공사 외 기타 공사비용과 제반비용 등이 누락되었을 가능성이 큰 것으로 보여지는 점, 청구인이 위 세금계산서 수취분 OOO원 외 전기, 설비, 인테리어, 조경 등 직접 도급을 주어 시공한 공사비용 OOO원이 추가로 소요되었다고 주장하며 제출한 청구인 명의 OOO 계좌(975-04-073***)의 1995.1.1.∼1996.12.31. 기간 동안 거래내역에서 합계 OOO원의 출금내역이 확인되는 점 등에 비추어 쟁점장부가액을 실지취득가액으로 인정하기 어렵고, 따라서 처분청이 쟁점장부가액을 실지취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.