조심 2022구6442 (2022.11.02)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2018.12.20. OOO 소재 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)와 건물(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 쟁점건물을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득하여 부동산 임대사업을 영위하던 중, 2020.10.12. 주식회사 AAA(이하 “AAA”라 한다)에게 쟁점부동산을 양도하기로 계약을 체결하고, 2020.10.30. 계약금 OOO원을, 2021.6.30. 잔금 OOO원을 수령한 후 쟁점부동산을 양도(쟁점건물 가액은 OOO원으로 산정)하였다.

나. 처분청은 2021.9.14.∼2021.9.23. 기간 동안 청구법인에 대한 현장확인을 실시한 결과,

「부가가치세법」 제29조

제9항 및 같은 법 시행령 제64조에 근거하여 기준시가로 안분 계산한 금액을 쟁점건물의 가액으로 하고, 쟁점부동산 중 건물분 양도에 대한 세금계산서 미발급 가산세를 적용하여 2022.5.2. 청구법인에게 2021년 제1기 부가가치세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 경정ㆍ고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.5.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점부동산은 매매계약 당시 임대차 계약관계 및 명도가 종료되어 공실상태였고, 전지가 단전되는 등 실제 건물로서 기능을 할 수 없어 건물의 효용가치가 이미 상실된 상태였으며, 매매가격 협상 시 건물 철거비용으로 나대지 상태의 토지보다 오히려 쟁점부동산 가치가 저평가 되었다.

쟁점부동산 매매계약서를 살펴보면, “본 부동산은 신축을 위해 철거예정이므로 건물 매매 대금은 없으며, 토지매매 대금으로 하고, 부가세는 없는 것으로 한다”는 내용이 명시되어 있다.

또한

「부가가치세법」 제29조

제9항 제2호에서 규정하는 “사업자가 실지거래가액으로 구분한 가액이 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우”를 철거예정 건물에 적용하는 것은 실질과세 원칙에 반하여 부당하다. 동 규정은 자산 가액의 자의적 구분에 의한 조세회피 방지를 위한 규정으로 실지거래가액이 불분명한 경우에 적용되는 것이고, 실지거래가액이 분명한 경우에는 적용 대상이 아닌 것으로 판단된다.

2021.12.8. 개정된 「부가가치세법」에서도 “건물이 있는 토지를 추득하여 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우” 사업자가 실지 구분한 실지거래가액을 그대로 인정하도록 규정하였는바, 이와 같이 세법을 개정한 이유는 건물이 있더라도 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우 실제 건물의 효용가치가 없어 건물가치를 OOO원으로 하더라도 실지거래가액으로 볼 수 있기 때문이다.

(2)

「부가가치세법」 제29조

제9항의 규정은 자산의 임의평가를 통한 조세회피를 방지하기 위한 규정으로, 부당하게 저가로 재화와 용역을 공급하는 자의 과세표준을 같은 법 시행령 제64조에 따라 재계산하는 효력만을 지니고 있을 뿐, 실지 거래를 재구성하는 효력을 지니고 있지 않고, 사인 간 적법 유효하게 성립한 법률행위 자체를 부인하는 것도 아닌 것으로 판단되는바, 쟁점건물의 부가가치세가 과소신고 되었다 하더라도 세금계산서가 미교부되었다고 볼 수는 없다.

조세심판원은 부당행위계산부인과 관련하여 세금계산서 미발급 가산세를 부과한 사건에서 “법인의 부당한 행위라 하더라도 거래 자체의 기초적 사실행위는 세법상 적법하고 유효하게 성립하는 것이므로 사실행위를 부인하거나 무효화하는 등의 실체적 변동을 일으키게 하는 것이 아니라 소득금액을 계산함에 있어서만 부당하다고 인정되는 부분에 한해 재계산하는 것에 불과하다고 보아야 할 것이므로 이 건의 경우처럼 면세재화 또는 과세재화의 공급시점에서 시가를 공급가액으로 기재하지 않았다고하여 세금계산서 또는 계산서가 미교부되었거나 부실기재되었다고 볼 수는 없을 것이다(조심 2002중1451, 2004.3.12.)”고 판단한 바 있고, 대법원도 유사한 취지로 판결(대법원 2004.9.23. 선고 2002두1588 판결)한 바 있다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점건물은 2007.9.13. 소유권보존 등기를 경료한 집합상가 건물로 양도등기일인 2021.6.30. 기준 만 13년 밖에 되지 않은 건물이고, 청구법인의 2021년 제1기 부가가치세 신고서상 임대보증금 OOO이 2021.6.30.까지 계상된 것으로 보아 매매계약 체결당시 임대차계약관계 및 명도가 종료된 것으로 볼 수 없는 점, 매매계약 체결당시 쟁점건물의 장부가액이 OOO원으로 계상된 점 등으로 미루어 볼 때 건물의 효용가치가 상실된 상태로 볼 수 없다.

2020.10.12. 체결된 매매계약서에 따르면 전문에 ‘매수인이 본건 부동산을 매수하여 이를 철거’라는 내용만 언급되어 있을 뿐 계약서에 토지, 건물 가액 구분기재가 없었고, 제1조의1.2 및 1.6에서 부가가치세에 관한 세금계산서 발급과 부가가치세 지급에 관한 내용이 언급되어 있으며, 2021.6.2. 체결된 변경 매매계약서 제3조 1.1에도 변경 후 매매대금은 ‘부가가치세를 제외하고 OOO원’이라고 기재하였다. 청구법인이 불복과정에서 제출한 부동산매매계약서는 부가가치세 환급 현장확인시 제출한 적이 없는 계약서이며, 2020.10.12. 최초 계약서와 2021.6.2. 변경 작성된 계약서는 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 경우에 해당한다.

계약서 등 사실관계로 판단한 바에 따르면 쟁점부동산의 양도는 실지거래가액이 불분명한 경우에 해당하나 설령 쟁점건물의 철거가 예정되어 있는 사정으로 쟁점 건물 가액을 OOO원으로 볼 여지가 있다고 하더라도 그 구분가액 OOO원은 기준시가에 의해 안분계산한 건물가액 OOO원과 100분의 30이상 차이가 나는 경우에도 해당하므로 이 경우에도

부가가치세법 시행령 제64조

에 따라 쟁점건물의 공급가액을 계산함이 타당하다.

또한 2021.12.8. 개정된 「부가가치세법」은 2022.1.1.부터 시행되므로, 쟁점부동산의 양도에 이를 적용할 여지가 없고, 청구법인이 실질과세 원칙에 따르면 쟁점건물은 부가가치세 적용 대상이 아니라고 주장하나, 쟁점건물의 철거가 예정되어 있다는 사정만으로 양도일 현재 존재하는 건물이 있음에도 건물을 공급하지 않음을 주장하는 것은 적절하지 않다.

(2) 청구법인이 사례로 든 ‘조심 2002중1451, 2004.3.12.’ 및 ‘대법원 2004.9.23. 선고 2002두1588 판결’의 가산세 적용은 거래행위는 인정하나 과세표준을 재계산한 경우이며, 재화의 공급 자체를 부인하여 신고한 쟁점거래와는 달리 볼 필요가 있다.

또한 과세관청에서 확인한 2020.10.12. 부동산매매계약서와 2021.6.2. 변경 부동산매매계약서에 따르면 청구법인은 부가가치세 과세대상임을 인지하고 있었고, 건물의 양도가 사업의 양도에 해당하지 않는 한 세금계산서 발급 대상에 해당하므로 세금계산서 미발급 가산세 부과는 적정하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점건물은 철거가 예정된 건물로서 이에 대해 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

② 세금계산서 미발급 가산세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법

제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우

제33조(세금계산서 발급의무의 면제 등) ① 제32조에도 불구하고 세금계산서(전자세금계산서를 포함한다. 이하 같다)를 발급하기 어렵거나 세금계산서의 발급이 불필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 세금계산서를 발급하지 아니할 수 있다.

② 제32조에도 불구하고 대통령령으로 정하는 사업자가 제46조 제1항에 따른 신용카드매출전표등을 발급한 경우에는 세금계산서를 발급하지 아니한다.

제60조(가산세) ② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 이 경우 제1호 또는 제2호가 적용되는 부분은 제3호부터 제5호까지를 적용하지 아니하고, 제5호가 적용되는 부분은 제3호 및 제4호를 적용하지 아니한다.

1. 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하는 경우 그 공급가액의 1퍼센트

2. 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 공급가액의 2퍼센트. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 1퍼센트로 한다.

가. 제32조 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하여야 할 의무가 있는 자가 전자세금계산서를 발급하지 아니하고 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기에 전자세금계산서 외의 세금계산서를 발급한 경우

나. 둘 이상의 사업장을 가진 사업자가 재화 또는 용역을 공급한 사업장 명의로 세금계산서를 발급하지 아니하고 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기에 자신의 다른 사업장 명의로 세금계산서를 발급한 경우

(2) 부가가치세법 시행령

제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한

「소득세법」 제99조

에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우 : 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우 : 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

제71조(세금계산서 발급의무의 면제 등) ① 법 제33조 제1항에서 "세금계산서를 발급하기 어렵거나 세금계산서의 발급이 불필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역을 공급하는 경우를 말한다.

1. 택시운송 사업자, 노점 또는 행상을 하는 사람, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 사업자가 공급하는 재화 또는 용역

2. 소매업 또는 미용, 욕탕 및 유사 서비스업을 경영하는 자가 공급하는 재화 또는 용역. 다만, 소매업의 경우에는 공급받는 자가 세금계산서 발급을 요구하지 아니하는 경우로 한정한다.

3. 법 제10조제1항, 제2항 및 제4항부터 제6항까지의 규정에 따른 재화

4. 법 제21조(제31조 제1항 제5호에 따른 원료, 같은 조 제2항 제1호에 따른 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화와 같은 항 제2호부터 제4호까지의 규정에 따른 한국국제협력단, 한국국제보건의료재단 및 대한적십자사에 공급하는 재화는 제외한다), 제22조 및 제23조(공급받는 자가 국내에 사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인인 경우와 법 제23조 제2항에 따른 외국항행용역으로서 항공기의 외국항행용역 및 「항공사업법」에 따른 상업서류 송달용역으로 한정한다)에 따른 재화 또는 용역

5. 제33조 제2항 제1호, 제2호, 제5호(공급받는 자가 국내에 사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인인 경우로 한정한다), 제6호 및 제7호(일반여행업자인 경우로 한정한다)에 따른 재화 또는 용역과 법 제24조 제1항 제1호에 따른 외교공관등에 공급하는 재화 또는 용역

6. 부동산 임대용역 중 제65조 제1항 및 제2항이 적용되는 부분

7.

「전자서명법」 제2조

제8호에 따른 전자서명인증사업자가 같은 조 제6호에 따른 인증서를 발급하는 용역. 다만, 공급받는 자가 사업자로서 세금계산서 발급을 요구하는 경우는 제외한다.

8. 법 제53조의2 제1항 또는 제2항에 따라 간편사업자등록을 한 사업자가 국내에 공급하는 전자적 용역

9. 그 밖에 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인에 공급하는 재화 또는 용역. 다만, 그 비거주자 또는 외국법인이 해당 외국의 개인사업자 또는 법인사업자임을 증명하는 서류를 제시하고 세금계산서 발급을 요구하는 경우는 제외한다.

(3) 국세기본법

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2020.10.12. 매매대금을 OOO원으로, 잔금 지급일을 2021.6.30.로 각 정하여 AAA와 쟁점부동산에 대한 매매계약(이하 “1차 매매계약”이라 한다)을 체결하였고, 2021.6.2. 쟁점부동산 매매대금을 OOO원으로 증액하는 변경계약(이하 “2차 매매계약”이라 한다)을 체결하였으며, 2021.6.28. 다시 매매계약서를 작성(이하 “3차 매매계약”이라 한다)하였는데, 3차 매매계약서에 특약사항으로 “8. 본 부동산(건물)은 신축을 위해 철거예정이므로 건물매매대금은 없으며 토지매매대금으로 하고, 부가세는 없는 것으로 한다”고 기재되어 있다.

(나) 처분청은 쟁점부동산의 가액을 기준시가를 기준으로 안분계산하고, 쟁점건물 가액을 OOO원으로 산정하였다.

(다) OOO가 발급한 전기사용 계약해지 확인서에 따르면 쟁점건물에 대해 2020.8.21. 전기사용 계약이 해지된 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점건물은 효용가치가 이미 상실된 상태였으며, 건물 철거비용으로 나대지 상태의 토지보다 오히려 쟁점부동산 가치가 저평가 되었으며, 쟁점부동산 매매계약서에 건물 가액은 OOO원으로 하는 것으로 내용이 명시되어 있으므로 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 쟁점부동산의 양도는

「부가가치세법」 제29조

제9항에서 규정하는 ‘사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우’에 해당하는바, 쟁점건물의 양도에 대해 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 보인다.

다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대,

「부가가치세법」 제29조

제9항의 규정은 실지 거래를 재구성하는 효력을 지니고 있지 않고, 사인 간 적법 유효하게 성립한 법률행위 자체를 부인하는 것도 아니므로 가산세 부과는 부당하다고 주장하나, 청구법인이 제시한 조세심판 사례는 부당행위계산부인과 관련한 것으로 이 건 처분에 원용하기는 어려운 것으로 판단되고, 쟁점건물의 양도가

「부가가치세법」 제33조

및 같은 법 시행령 제71조에 따른 세금계산서 발급 의무가 면제되는 경우에 해당하는 것으로 보이지 않으며, 가산세 감면의 정당한 사유가 있다는 등의

「국세기본법」 제48조

에 따른 가산세 감면 대상에 해당되는 것으로 보이지 않는 점 등에 비추어 위의 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.