조심 2022인0022 (2022.04.26)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2002.2.15. 취득한 OOO 소재 대지 820.9㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 2002.11.15. 근린생활시설 1,935.36㎡(지하 1층～지상 3층, 이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하여 임대사업용으로 사용하다가 2019.6.14. OOO원에 양도한 후, 2019.8.15. 양도가액은 실지거래가액으로 하고, 취득가액은 OOO원[쟁점토지분(실지거래가액) OOO원, 쟁점건물분(환산가액) OOO원]으로 하여 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고.납부하였다.

나. OOO지방국세청(감사관)은 2020.8.18.부터 2020.9.2.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시하여 쟁점건물의 취득가액을 청구인의 임대사업과 관련한 장부가액 OOO원(고정자산 매입가액 OOO원에서 2019년도까지 감가상각비 누계액 OOO원을 차감한 금액으로, 이하 “쟁점장부가액”이라 한다)으로 경정하여 양도소득세를 과세하도록 처분지시하였고, 처분청은 이에 따라 2021.4.16. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정.고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2021.7.7. 이의신청을 거쳐 2021.11.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인이 2002년 쟁점건물을 신축할 당시에는 건축허가 및 사용승인을 위해 종합건설업자 명의가 필요하였고, 이에 건축물대장상 주식회사 AAA(이하 “AAA”이라 한다)이 쟁점건물을 시공한 것으로 되어 있으나, 실제로는 청구인이 지인을 현장소장으로 고용하여 설계, 업체 선정 및 인부관리 등 공사전반을 직접 진행하였는데, 이 과정에서 청구인은 자재구입과 관련된 지출증빙을 일일이 수령하지 못하였고 인건비도 일용직 인부들에게 현장에서 현금지급하여 증빙을 수취하지 못하였다. 비록 계좌이체를 통한 금융거래내역을 제출하기는 어려우나, 2001년 12월 토지조성시점부터 2002년 12월 잔금지급시까지 청구인의 OOO에서 인출된 현금은 OOO원이다.

(2) 처분청이 쟁점장부가액의 근거로 본 쟁점건물 건축 당시 수취한 세금계산서 내역(공급가액 OOO원)을 보면, AAA로부터 공급가액 OOO원의 세금계산서를 수취하고 기타 자재 및 공사와 관련된 세금계산서를 수취한 것으로 나타나는데, 이 외 공사 자재와 인건비 지출내역은 증빙이 없어 장부에 계상하지 못한 것이므로 일부 세금계산서로 확인되는 금원만을 취득가액으로 보는 것은 타당하지 아니하다.

(3) 처분청은 쟁점건물의 취득세 및 등록세 과세표준액이 OOO원으로, 쟁점장부가액과 유사하다는 의견이나, 2002년 쟁점건물 신축당시 취득세 및 등록세 과세표준은 납세자가 신고하는 금액이 지방자치단체에서 정한 기준금액 이상이면 그 가액을 기준으로 산정되므로 동 과세표준액이 실질취득가액을 반영하고 있다고 보기 어렵다.

(4) 쟁점장부가액상 평당 건축비는 OOO원(OOO원이라는 견적을 받았고, 청구인이 건축공사를 직접 진행하여 공사비를 절약하였더라도 평당 OOO원(총 공사비용 OOO원)이 소요되었을 것으로 보인다.

과밀부담금 산정을 위해 국토교통부에서 고시(제2001-358호, 2002.12.31.)하는 2002년도 표준건축비(OOO원/㎡)를 기준으로 계산하면, 쟁점건물의 건축비는 약 OOO원(1,935㎡×OOO원)으로, 이는 쟁점장부가액의 3배에 달한다.

쟁점건물은 철도(OOO지하철 1호선) 노선 위에 건축되었기에 땅을 파서 H빔 철근을 박는 방식 대신, 안전상 흙을 긁어낸 후 시멘트를 1m 두께로 부어 굳히고 H빔 철근을 박는 방식으로 진행되었고, 이 과정에서 600루베에 가까운 시멘트가 바닥에 깔렸는데, 이로 인해 많은 공사비가 소요되었다.

지하가 없는 단층 건축물을 지을 때에도 평당 OOO원 이상이 소요되므로 지하철이 통과하는 토지 위에 지하 1층～지상 3층 규모의 건축물을 평당 OOO원으로 건축하는 것은 불가능하다. 청구인이 건설현장소장을 경험한 자의 도움을 받아 당시 시세를 반영하여 산정해 본 결과, 공사비용은 약 OOO원 정도로 산출되었다.

(5) 납세자가 금융자료와 도급계약서 등을 제시하지 아니한 채 환산취득가액보다 높은 장부가액을 취득가액으로 인정해 달라고 주장하였다면, 과세관청은 이를 인정하지 않았을 것인바, 이처럼 쟁점장부가액이 실질을 반영하고 있지 아니하므로 당시 시세를 고려하여 소급감정하거나 환산가액을 취득가액으로 적용함이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 과세관청은 반드시 취득과 관련된 증빙서류에 의하지 않더라도 장부의 기재를 실지취득가액이라고 볼 수 있는 상당한 사정을 증명하면 족하고, 그러한 상당한 사정이 증명된 때에는 장부가액을 부인하려는 납세자가 장부가액을 실지 취득가액으로 인정할 수 없는 사정을 증명하여야 한다(OOO고등법원 2014.5.28. 선고 2013누53389 판결).

(2) 청구인이 2003년부터 2018년까지 종합소득세를 신고하면서 제출한 대차대조표상에는 쟁점토지가액 OOO원, 쟁점건물가액 OOO원, 감가상각비 누계액 OOO원이 계상되어 있고, 청구인은 2002.7.23. 쟁점건물을 소재지로 하여 부동산 임대업을 개업하면서 2002년 제2기 부가가치세 신고시 고정자산 매입금액으로 OOO원을 신고하여 OOO원을 환급받았다.

(3) 청구인은 국토교통부에서 고시하는 2002년도 표준건축비(OOO원/㎡)를 기준으로 건축비를 계산하면, 쟁점건물의 공사비가 약 OOO원에 이른다고 주장하나, 표준건축비는 서울 시내 일정규모 이상의 대형건축물(업무용 25,000㎡)을 대상으로 산정한 것이어서 이를 적용하여 쟁점건물의 건축비를 산정하는 것은 타당하지 아니하다.

(4) 청구인은 쟁점부동산의 양도소득세 신고시 쟁점토지는 종합소득세 신고서상 계상된 토지가액을 실지거래가액으로 하여 신고한 점, 쟁점건물을 신축한 후 사업용으로 사용하며 사업소득금액 계산시 계속하여 감가상각비를 계상하고 이를 필요경비로 공제한 점, 청구인은 쟁점부동산의 대차대조표상 가액이 임의계상되었다는 증빙을 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어, 환산취득가액을 부인하고 쟁점장부가액을 실지취득가액으로 보아 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

장부가액을 쟁점건물의 실지취득가액으로 보아 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 개정된 것)

제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(

「지적재조사에 관한 특별법」 제18조

에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 “의제취득일”이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액

다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

가. 제1항 제1호 나목에 따른 환산가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액

나. 제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액

③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.

⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지) ⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정된 것)

제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 “감정평가업자”라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 국세청의 전산자료에 의하면, 청구인은 쟁점건물을 소재지로 하여 부동산 임대업을 영위하면서 위생용 섬유제품 제조업, 금융업(대부)을 영위한 것으로 확인된다.

(2) 쟁점부동산에 대한 청구인의 양도소득세 신고 및 처분청의 경정내역은 아래 OOO과 같은데, 청구인은 양도소득세 신고시 취득가액에 대해 쟁점토지는 실지거래가액(OOO원)으로, 쟁점건물은 환산가액(OOO원)으로 신고하였고, 이에 대하여 처분청은 쟁점건물의 환산취득가액을 부인하고 장부상 건물가액(고정자산 매입금액 OOO원에서 감가상각비 누계액을 차감한 가액)을 실지취득가액으로 하여 양도소득세를 경정하였다.

(3) 쟁점부동산의 등기사항전부증명서 등에 의하면, 청구인은 2002.2.15. 취득한 쟁점토지에 2002.11.15. 쟁점건물을 신축한 후, 2019.6.14. 쟁점부동산을 사단법인 BBB에 양도하였고, 신축 당시 금융권에서 대출을 받은 사실은 없는 것으로 나타난다.

(4) 쟁점건물의 일반건축물대장(아래 OOO 참고)에 의하면, 쟁점건물은 2002.4.19. 착공하여 2002.11.15. 사용승인되었고, 건축주는 청구인, 설계자.공사감리자는 주식회사 CCC, 공사시공자는 AAA인 것으로 나타난다.

(5) 국세청의 전산자료에 의하면, 청구인은 2002.7.23. 쟁점건물을 사업장으로 하여 부동산 임대업을 영위하는 것으로 사업자등록(개업일 : 2002.6.26., 과세유형 : 일반과세자)을 하였고, 2002년 제2기 부가가치세 신고시 아래 OOO과 같이 고정자산 매입금액으로 OOO원(공급가액)을 신고한 사실이 확인된다.

(6) 청구인의 종합소득세 신고내용 등에 의하면, 쟁점건물의 기초가액은 OOO원, 2003～2019년 귀속 종합소득세 신고시 필요경비로 신고한 감가상각비 누계액은 OOO원인 것으로 나타난다.

(7) 쟁점건물 취득세 및 등록세 영수증에 의하면, 쟁점건물의 취득세 및 등록세 과세표준액은 OOO원이고, 청구인은 2002.12.4. 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 등록세 등 OOO원 합계 OOO원을 납부한 것으로 나타난다.

(8) 청구인이 제출한 증빙서류의 주요내용은 다음과 같다.

(가) 청구인은 쟁점부동산 지하에 OOO지하철이 통과하고 있어 일반적인 공사와 달리 터파기 공사시 다량의 시멘트가 투입되었다고 주장하며, 쟁점부동산의 토지이용계획확인서(철도보호지구), 쟁점부동산 현장사진 등을 제출하였다.

(나) 청구인은 국토교통부에서 고시한 ‘2002년 귀속 표준건축비’를 적용하면, 쟁점건물의 공사비는 약 OOO원(연면적 1,935㎡×표준건축비 OOO원/㎡) 정도라고 주장하며, 아래 OOO의 표준건축비 자료를 제출하였다.

(다) 청구인은 2001년 12월 토지조성시점부터 2002년 12월 잔금지급시까지 쟁점건물 공사비용 명목으로 현금 등을 지출하였다고 주장하며, 청구인의 OOO 거래내역(2001.12.10.부터 2002.12.3.까지 OOO원이 출금되었고, 수취인은 기재되어 있지 아니함)을 제출하였다.

(라) 청구인은 영수증을 제시할 수는 없으나, 당시 건축시세를 확인하기 위하여 건설현장소장 경험이 있는 자로부터 공사비용 계산내역을 받았다고 주장하며, 아래 OOO의 공사비용 계산내역을 제출하였다.

(9) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

청구인은 쟁점장부가액을 상회하는 공사비용을 지출하였으나 증빙이 미비하여 실지취득가액을 확인하기 어려우므로 당시 시세를 고려하여 소급감정하거나 환산가액을 적용하여야 한다고 주장한다.

그러나 실지취득가액이 매매계약서 등 취득관련서류에 의하여 직접적으로 입증되지 않더라도 여러 정황에 비추어 장부가액이 실지거래가액을 계상한 것으로 보이는 경우 장부가액을 실지취득가액으로 보는 것이 합리적이라고 볼 수 있는데(조심 2012구1854, 2012.6.20. 외 다수 참조),

청구인은 쟁점건물을 취득한 후 부동산임대사업에 사용하면서 취득시점부터 양도시점까지 발생한 사업소득금액의 계산시 감가상각비를 계상하여 이를 필요경비로 공제한 점, 청구인은 2002년 제2기 부가가치세 신고한 공급가액 OOO원 이외에 인건비·자재비 등 쟁점건물 신축에 상당한 비용이 지출되었다고 주장하나, 이에 대한 증빙자료(금융증빙, 공사계약서 등)를 제시하지 못하고 있는 점, 이외에 청구인이 제시한 표준건축비나 공사비용 계산내역 등으로는 쟁점건물의 실지취득가액을 확인하기 어렵고, 장부가액을 실지취득가액과 다르게 기재할 특별한 사정을 밝히지 못하고 있는 점 등에 비추어, 처분청이 청구인이 신고한 환산취득가액을 부인하고 쟁점장부가액을 취득가액으로 적용하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.