조심 2024서4850 (2025.07.08)

송파세무서장이 2024.6.4. 청구인에게 한 2020년 귀속 종합소득세 OOO원에 대한 경정청구 거부처분은 청구인, a, b, c 및 d을 조합원으로 하고 청구인을 대표로 하는 익명조합이 2020년 1월 경기도 이천시장 등과 체결한 기부채납계약서에 따라 경기도 이천시 OOO 외 7필지, 면적 1,256㎡)의 원가를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 경기도 이천시 OOO에서 b, c, a, d과 공동으로 익명조합A, B, C를 결성하였고, 청구인은 익명조합B의 대표이자 익명조합A(대표 a)와 익명조합C(대표 b)의 조합원(각 익명조합은 2017.4.5. 조합별로 사업자등록, 이하 각 익명조합A·B·C를 “A조합”, “B조합”, “C조합”이라 한다)으로, 청구인 외 4명은 물류센터(3개동) 건설을 위하여 2017년 4월경부터 경기도 이천시 OOO 외 26필지(합계 88,092㎡ 중 기부채납된 진입로 토지 1,256㎡ 포함)를 시차를 두고 공동으로 매입하였으며, 매입한 토지를 나누어 그 소유권을 각 조합의 대표자 명의로 등기하여 물류센터를 신축하였고, 청구인이 대표자인 B조합은 물류센터를 완공한 후 e(주)에 임대하여 창고임대업을 운영하다 2020.5.13. 이를 매각한 후 2021.5.29. 2020년 귀속 종합소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

＜표1＞ 익명조합의 각 지분현황

OOO

＜표2＞ 토지 및 물류창고 양도내역

OOO

나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2023.12.13.부터 2024.1.4.까지 기간 동안 청구인에 대한 2020년 귀속 개인통합조사를 실시한 결과 청구인이 필요경비로 계상한 개발부담금 일부(OOO원) 등을 부인하였고, 처분청은 2024.4.11. 청구인에게 2020년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

이에 청구인은 지방자치단체에 도로를 기부채납해야 했기 때문에각 조합의 지분별로 나뉘어 있던 물류센터 진입로 토지를 B조합 명의로 변경하기로 하였고, 그 과정에서 A조합과 B조합 진입로 토지비용 합계 OOO원을 B조합 장부에 누락(C조합은 장부에서 OOO원을 차감하여 B조합 장부에 정상반영)하였다며 이를 원가에 반영하여야 한다는 등의 내용으로 2024.3.12. 2020년 귀속 종합소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2024.6.4. 총수입금액에 대응하는 필요경비는 해당 유형자산의 양도당시의 장부가액으로 산정하여야 한다고 보아 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.8.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 진입로 토지는 당초 각 조합 토지계정에 지분비율로 취득한 것으로 계산되어 있던 것을 B조합이 단독명의로 변경하는 과정에서 B조합 장부에 반영하여야 할 진입로 토지 원가가 누락되었으므로 이를 필요경비로 인정하여야 한다.

(가) 청구인 외 4명으로 구성된 3개의 조합은 물류센터(3동)를 신축하여 창고임대업을 하기 위하여 익명조합 3개를 설립하고 조합별로 각각 사업자등록을 하였고, 2020년에 매각한 물류센터의 원가 중 토지(사업부지, 진입로 토지)는 매입 당시 이를 각 조합의 대표자 3명 공동명의로 계약 후 형질변경, 합병, 분할을 거쳐 각 조합 건물별 사업부지와 진입로 토지로 분리하여 소유권 이전 등기를 하였는데 이 때 진입로 토지는 도로를 건설하여 국가에 기부채납을 하여야 하므로 B조합 단독명의로 등기를 하였으며, 진입로 토지는 각 조합 구성원의 지분율이 같으므로 각 조합 공동소유로 하거나 어떤 한 조합의 소유로 하여도 차이는 없으나 각종 허가서류 및 등기서류 작성 등에 편리를 위하여 사업부지 면적이 가장 넓은 B조합 단독 소유로 한 것뿐이다.

(나) 토지 매입 당시인 2017년도는 조합별 사업부지가 확정되지 않아 각 조합별로 투자 비율에 의거 각 조합 장부에 토지금액을 계상하였다가 추후 조합별 사업부지와 진입로 토지가 확정된 2018년도에 각 조합에 계상되어 있는 토지가액을 실제 보유하는 면적기준으로 장부정리를 하였고, 그 과정에서 당초 장부상 토지는 각 조합별 지분에 따라 토지계정에 회계처리 되어 있었으나, 장부를 다시 작성하면서 사업부지와 진입로 토지를 분리하여 회계처리 하는 과정에서 사업용 부지는 각 조합 지분비율로 필지 분할을 하여 확정하였고, 당초 각 조합 토지계정에 지분비율로 취득한 것으로 계산되어 있던 것을 B조합이 단독으로 소유하기로 결정하여 A조합과 C조합 토지계정에서 차감하여 B조합 진입로 토지계정으로 다시 계상하는 과정에 오류가 발생하였다.

즉, 진입로 토지 계정 오류금액은 C조합의 진입로 토지 지분원가인 OOO원을 B조합 토지계정에 정상적으로 반영하였으나, A조합과 B조합 진입로 토지비용 합계 OOO원은 기존 장부에서 차감한 이후 B조합 장부에 계상하지 아니하였으므로 이를 원가로 추가 계상하여야 하고, 위 누락 비용 외 2020.7.22. 도로 준공검사비용으로 측량업체에 지급한 OOO원 역시 물류센터 매각 이후 지급하여 누락이 되었는바, 세무조사시 부인된 보상금 및 개발부담금 등을 제외한 진입로 토지의 청구인 원가 추인액 OOO원을 포함한 OOO원에서 청구인의 지분 36%를 감안하면 총수입금액이 OOO원으로 감소하여 2020년 경정된 종합소득세 금액에서 OOO원을 환급하여야 한다.

(2) 처분청의 의견은 아래와 같은 이유로 타당하지 아니하다.

(가) 토지의 매입금액은 매매계약서에 따라 각 조합의 장부에 계상되었고, 이는 양도인들의 양도소득세 신고서에서도 확인되는 금액이다.

(나) 처분청은 조사청의 조사과정에서 청구인의 2020년 귀속 종합소득세의 필요경비가 확정되었다는 의견이나,

조사청의 조사는 2020년에 발생한 수입금액과 2019년에서 이월된 장부에 계상된 원가에 2020년 추가로 발생한 필요경비에 한하여 조사결정을 한 것으로 조사 당시 취득원가 금액을 확인하기 위하여 사업 시작점인 2017년부터 매각 시점인 2020년까지의 장부계상 내역에 대한 자료제출을 요구하여 조사청이 모두 확인하였는데 이 때 2018년에 발생한 오류 내용이 확인되었고 이에 청구인도 그러한 사실을 인지하게 되었으나, 세무조사는 2020년도를 대상으로 하고 있어 조사대상 범위를 확대하지 않고 당초 조사대상 연도인 2020년도에 대해서만 결정을 하였다.

(다) 청구인은 조사청의 세무조사 과정에 확인된 원가오류 부분에 대하여 2018년, 2019년 귀속 종합소득세 수정신고를 하였고, 2020년 귀속에 대하여는 종합소득세 경정청구를 제기하였는데, 수정신고에 대해서는 결정통지가 없었고, 2020년 귀속에 대하여 경정청구를 기각한다는 통지를 받았다. 2018년 2019년 귀속분 종합소득세 수정신고는 인정을 하면서 연결되어 확정될 수밖에 없는 2020년 귀속 종합소득세 경정청구를 거부하였으므로 이 건 경정청구 거부처분은 취소하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 「소득세법 시행령」 제55조 제1항 제7호는 사업소득의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 사업용 자산인 경우 사업용 유형자산의 양도가액을 총수입금액에 산입한 경우 해당 사업용 유형자산의 양도 당시 장부가액으로 산정하도록 하고 있고, 장부금액을 산정함에 있어서도 실질과세원칙에 따라 총수입금액에 대응하는 필요경비로 계산하는 것이 합리적임에도 진입로 토지에 대해서 청구인이 대표인 B조합 단독소유로 계상하였다.

(2) 공동사업자의 장부금액은 임의대로 결정하여 계상하여서는 안 되는 것이고, 사업용 토지와 진입로 토지 비용이 장부상 누락되었다는 청구인 주장을 보면, 총사업소득에 대응되는 필요경비가 누락되었음을 확인할 수 있는 현금지출부분에 대응하는 가지급금 등을 확인할 수 없으며, 진입로 토지에 대해서도 단독 소유로 계상해야 할 근거를 확인할 수 없고, 실질과세원칙에 따라 총수입금액에 대응하는 필요경비로 계산하는 것이 합리적임에도 원가배분을 자의적으로 하는 등 청구주장에 신빙성이 없으며, 조사청의 세무조사를 통해 관련 장부 등을 제출받아 2020년 귀속 종합소득세에 대한 필요경비를 조사하여 결정한 것이므로 이 건 거부처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

익명조합의 장부에 누락된 진입로 토지 원가 등을 필요경비로 반영하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제43조(공동사업에 대한 소득금액 계산의 특례) ① 사업소득이 발생하는 사업을 공동으로 경영하고 그 손익을 분배하는 공동사업[경영에 참여하지 아니하고 출자만 하는 대통령령으로 정하는 출자공동사업자(이하 “출자공동사업자”라 한다)가 있는 공동사업을 포함한다]의 경우에는 해당 사업을 경영하는 장소(이하 “공동사업장”이라 한다)를 1거주자로 보아 공동사업장별로 그 소득금액을 계산한다.

② 제1항에 따라 공동사업에서 발생한 소득금액은 해당 공동사업을 경영하는 각 거주자(출자공동사업자를 포함한다. 이하 “공동사업자”라 한다) 간에 약정된 손익분배비율(약정된 손익분배비율이 없는 경우에는 지분비율을 말한다. 이하 “손익분배비율”이라 한다)에 의하여 분배되었거나 분배될 소득금액에 따라 각 공동사업자별로 분배한다.

③ 거주자 1인과 그의 대통령령으로 정하는 특수관계인이 공동사업자에 포함되어 있는 경우로서 손익분배비율을 거짓으로 정하는 등 대통령령으로 정하는 사유가 있는 경우에는 제2항에도 불구하고 그 특수관계인의 소득금액은 그 손익분배비율이 큰 공동사업자(손익분배비율이 같은 경우에는 대통령령으로 정하는 자로 한다. 이하 “주된 공동사업자”라 한다)의 소득금액으로 본다.

(2) 소득세법 시행령

제55조(사업소득의 필요경비의 계산) ① 사업소득의 각 과세기간의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것 외에는 다음 각 호에 규정한 것으로 한다.

7. 사업용 자산에 대한 비용

가. 사업용 자산(그 사업에 속하는 일부 유휴시설을 포함한다)의 현상유지를 위한 수선비

나.∼라. 생략

7의2. 법 제160조 제3항에 따른 복식부기의무자(이하 "복식부기의무자"라 한다)가 사업용 유형자산의 양도가액을 총수입금액에 산입한 경우 해당 사업용 유형자산의 양도 당시 장부가액(법 제33조의2 제1항에 따른 감가상각비 중 업무사용금액에 해당하지 않는 금액이 있는 경우에는 그 금액을 차감한 금액을 말한다)

8. 사업과 관련이 있는 제세공과금(법 제57조 제1항에 따른 세액공제를 적용하지 않는 경우의 외국소득세액을 포함한다)

9.∼28. 생략

제100조(공동사업합산과세 등) ① 법 제43조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 출자공동사업자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 자로서 공동사업의 경영에 참여하지 아니하고 출자만 하는 자를 말한다.

1. 공동사업에 성명 또는 상호를 사용하게 한 자

2. 공동사업에서 발생한 채무에 대하여 무한책임을 부담하기로 약정한 자

(3) 상법

제78조(의의) 익명조합은 당사자의 일방이 상대방의 영업을 위하여 출자하고 상대방은 그 영업으로 인한 이익을 분배할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다.

제79조(익명조합원의 출자) 익명조합원이 출자한 금전 기타의 재산은 영업자의 재산으로 본다.

제81조(성명, 상호의 사용허락으로 인한 책임) 익명조합원이 자기의 성명을 영업자의 상호 중에 사용하게 하거나 자기의 상호를 영업자의 상호로 사용할 것을 허락한 때에는 그 사용 이후의 채무에 대하여 영업자와 연대하여 변제할 책임이 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 사업내용 및 경과는 다음과 같다.

(가) 청구인 외 2명이 사업자등록 신청시 제출된 익명조합계약서는 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 익명조합계약서(A조합 일부 발췌)

OOO

(나) B조합(대표자 청구인)은 2018.7.19. e와 물류센터 임대차계약을 체결한 후, 2018.11.28. f과 분양형토지신탁계약을 체결하였고, 2019.1.17. 물류센터 도급공사계약을, 물류센터 신축전인 2019.10.16. 토지 및 물류센터(착공일은 2019.1.30., 사용승인일은 2020.2.3.) 매매계약을 체결하였다.

＜표4＞ 부동산매매계약서(일부 발췌)

OOO

(다) 2020년 1월 기부채납 계약서에 따르면 진입로 토지 경기도 OOO 토지 등 8필지 1,256㎡와 사업부지 2필지 825㎡ 합계 10필지 2,081㎡에 대하여 기부하는 자(수탁자) ㈜f, 기부하는 자(위탁자) 청구인, 기부받는 자 경기도 이천시장으로 기재되어 있다(＜별지＞ 기부채납 계약서).

(2) 청구인이 제출한 종합소득세 수정신고 경위 및 경정청구 내용은 다음과 같다.

(가) 청구인은 2017년 초 물류센터 부지가 맹지였으므로 진입로 확보를 위하여 진입로 토지를 추가 매수하기로 하고, g 외 2명으로부터 OOO원에 매입하였으며, 이를 각 조합별 지분율로 장부에 계상하였다가, 2018.12.31. 각 조합 토지계정에서 B조합 토지2(진입로 토지) 계정으로 진입로 토지 원가를 계상하고자 하였으나, 기존 A조합과 B조합의 장부에서 차감만하고 계상하지 아니하였고, C조합의 지분만 B조합의 장부에 계상되었으며, 청구인은 2020년 진입로 토지 1,256㎡를 경기도 이천시에 기부채납하였다.

＜표5＞ 진입로 토지 장부 계상 내역

OOO

(나) 청구인은 진입로 토지 계정(토지2)상 오류(진입로 토지원가 누락)를 정정하기 위하여 아래 ＜표6＞과 같은 내용으로 2018년 및 2019년 귀속 종합소득세 수정신고를 하면서 2020년 귀속 종합소득세 경정청구를 제기하였고, 그 근거로 사업부지 필지분할 및 공유물 분할내역, 토지 취득비용 계산서, 안분근거, 부동산 매매계약서, 지적도, 재무상태표, 계정별원장, 유보소득조정명세서 등을 첨부하였으며, 각 조합의 2018~2019년도 계정별원장 및 청구인의 유보소득조정명세서에서 각 조합의 지분별 진입로 토지 계상 및 이관 등 내역 및 원가가 확인된다.

＜표6＞ 2018년 및 2019년 종합소득세 수정신고 및 경정청구 내역

OOO

(다) 청구인의 2020.1.1.~2020.12.31. 계정별원장 계정과목 토지1에 따르면, 7.22. 도로공사기성검사(준공검사), 거래처는 h측량토목설계사무소 차변 OOO원, 잔액 OOO원으로 기재되어 있고, 2020.7.22. 작성일인 전자세금계산서에 따르면, 공급자는 h측량토목설계사무소이고 공급받는자는 청구인 외 4명, 품목은 도로공사 기성검사(준공시), 공급가액은 OOO원, 세액은 OOO원으로 기재되어 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인 외 3명이 지분별로 수익을 배분하기로 약정하였음에도 진입로 토지에 대하여 B조합의 명의로 진입로 토지 소유권 이전을 하기로 합의하였다는 근거자료가 없어 이를 총수입금액에 대응하는 필요경비로 보기 어렵다는 의견이나,

기부채납 예정이었던 진입로 토지는 기부채납의 편의를 위하여 2018.12.31. 각 조합 토지계정에서 B조합 토지2(진입로 토지) 계정으로 원가를 계상하고자 하였다는 주장에 신빙성이 있어 보이고,

2018~2019년도 각 조합별 계정별원장 및 청구인의 유보소득조정명세서에 의하면 기존 A조합과 B조합, C조합의 장부에 진입로 토지 계정으로 각 조합의 지분별 원가를 계상하였다가 이후 A조합과 B조합의 장부에서 동 원가를 차감만 하고 B조합의 장부에 계상하지 아니하였고, C조합 지분의 원가만 B조합의 장부에 계상한 것으로 보이며, 이후 청구인은 2020년 진입로 토지 1,256㎡를 경기도 이천시에 기부채납하였는바, 2019년 B조합 장부에 당초 A조합과 B조합의 지분별 로 계상하였던 진입로 토지 원가 합계액 OOO원이 누락된 것으로 보이는 점,

청구인의 2020.1.1.~2020.12.31. 계정별원장 계정과목 토지1 및 2020.7.22. 작성된 전자세금계산서에 따르면, 도로공사 준공검사 금액으로 공급가액 OOO원, 세액 OOO원을 지급한 것으로 보이므로 도로 준공검사 후 진입로 토지를 기부채납하였을 것으로 보이는 점,

한편, 익명조합은 지분별로 수익을 배분하는 구조임에도 청구인은 각 조합의 토지계정에서 B조합 토지계정으로 원가를 계상하기로 한 합의서 등 근거서류를 제시하지 못하고 있고, 이러한 진입로 토지 원가누락 사실이 세무조사 시 발견이 되어 인지하게 되었다고 소명하고 있는 점 등에 비추어, 처분청은 조사청 세무조사 시 익명조합의 진입로 토지 원가누락을 확인하였는지 여부, 익명조합별 장부와 세금계산서 등을 재조사하여 B조합의 원가누락금액을 확인하고 이를 필요경비로 반영하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 기부채납 계약서

OOO