조심 2023지3486 (2024.02.28)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2018.3.5. OOO수산물가공 및 물류센터용 토지 6,662.3㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)와 같은 리 OOO수산물가공 및 물류센터용 토지 6,662.3㎡(이하 “연접토지”라 한다)를 각 취득한 후, 같은 날 처분청에 이 건 토지와 연접토지를 「지방세특례제한법」 (2017.12.26. 법률 제15295호로 개정된 것, 이하 같다) 제78조 제4항에 따른 산업단지 입주기업이 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 취득하는 토지로 신고하여 취득세 등을 감면(50%)받고 나머지 취득세 등을 신고.납부하였고, 처분청은 2020년부터 2022년까지 이 건 토지와 연접토지에 대하여 재산세 과세대상구분을 저율의 분리과세를 적용하여 재산세 등을 부과하였다.

나. 이후 처분청은 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후, 3년이 경과할 때까지 정당한 사유없이 해당 용도로 직접 사용하지 않는 것으로 보아, 기 감면받은 이 건 토지의 취득세 등 합계 OOO원(가산세 포함)과 2020년부터 2022년까지의 재산세 과세대상구분을 종합합산과세대상으로 변경하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 재산세 등 합계 OOO원(위 취득세 등의 세액과 합하여 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 2022.12.22. 및 2022.12.26. 청구법인에게 각각 부과.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.3.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 정부의 “수산물 유통구조 개선 종합대책”(2013년 7월)의 일환으로 호남권소비자분산물류센터 건립을 위하여 이 건 토지와 연접토지를 각 취득한 후, 이들 토지들을

「지방세특례제한법」제78조

제4항에 따른 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 취득하는 토지로 신고한 후, 이들 토지에 대하여 그 취득세 등을 감면받았다.

(2) 그러나, 처분청은 이 건 토지에 대하여 토지 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 해당 용도로 직접 사용하지 않은 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과하였는바, 이는 다음과 같은 사유로 부당하다.

(가) 공장용 건축물의 부속토지의 범위는 일시적 현황이 아닌 그 사용목적과 용도 및 업종별 조업의 반경범위 등을 종합적으로 고려하여 판단(대법원 1995.11.21. 선고, 95누3312 판결, 조심 2021지2362, 2022.7.12. 등 다수, 같은 뜻임)하는바, 청구법인은 당초부터 물류센터용 건축물 등을 신축하기 위하여 이 건 토지와 연접토지를 하나의 전체부지로 보아 매입하였고, 실제로 공장등록증 및 건축물대장에서 이 건 토지와 연접토지가 2021.6.29. 연접토지상에 신축된 물류센터용 건축물의 부속토지로 등재가 되어 있는 등 이들 토지는 하나의 공장용 부지로서 일체성을 갖고 있다.

(나)

「지방세법」제106조

제1항 가목 및 같은 법 시행령 제102조 제1항 제1호와 같은 법 시행규칙 제50조에서 규정하는 재산세 분리과세대상 공장용지의 기준에 따르면, 연접토지상에 신축된 물류센터용 건축물 7,851㎡에 대해 공장입지 기준면적을 산정하면 60,648㎡인 것으로 확인되므로 이 건 토지와 연접토지를 모두 합한 13,324,7㎡는 공장입지 기준면적 이내에 해당한다.

(다) 또한 위 공장입지기준면적(60,648㎡) 대비 이 건 토지와 연접토지(13,324.7㎡)의 면적 비율은 약 21.9%에 불과하여, 일반적인 공장용 부속토지에 비하여 과다하다고 볼 수 없고, 이를 반영하여 처분청은 2020년부터 2022년까지 재산세를 부과하면서 공장입지기준 면적 이내의 토지로 보아 재산세를 분리과세대상으로 구분하였고, 현장사진에서 확인되는 것처럼 이들 토지 사이에는 도로나 울타리 등으로 구분된 경계를 가지고 있지 않으며 하나의 구를 이루고 있어 전체 토지가 경제적 일체를 이루고 있다.

(라) 이 건 토지는 연접토지상의 물류센터용 건축물과 공사기간(2019.11.18.~2021.6.29.) 동안 건축공사업체 사무실, 자재보관 창고, 야적장 등의 용도로 사용하였고, 공장용 건축물의 부속토지 이외에는 타 용도로 사용할 수 없는 제3자에게 임대한 사실이 없는 언제든지 공장용으로 사용 가능한 토지로서 청구법인은 이 건 토지를 나대지 상태로 방치한 것이 아니라 기 신축한 연접토지상의 물류센터용 건축물의 여유부지로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 물류센터용 건축물을 신축할 목적으로 이 건 토지를 취득한 후, 공사업체 사무실을 설치하고, 간이창고와 야적장 및 주차장 용도로 이 건 토지를 사용하였다고 주장하나, 청구법인이 이 건 토지를 물류센터용 건축물 신축에 공사착공 등의 용도로 사용하지 않은 상태에서 일부를 공사업체 사무실.야적장 등의 용도로 사용하였다 하더라도 이러한 용도만으로 당초 취득목적인 산업용 건축물(물류센터) 신축을 위하여 직접 사용하였다고 볼 수 없다.

(2) 또한 2017년부터 2022년까지의 위성사진ㆍ출장보고서 등에 의하면, 청구법인이 취득한 이 건 토지와 인근의 연접토지는 각각 동일면적(6,662.3㎡)으로 경계가 구분되어 있고, 이 건 토지는 2018년부터 나대지 상태의 토지로서 그 취득일부터 3년이 경과하고서야 평탄화 작업 등이 진행되었으므로 처분청이 이 건 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 정당한 사유없이 해당 용도대로 직접 사용하지 않은 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

이 건 토지는 연접한 인근 토지상에 신축된 물류센터용 건축물의 부속토지 및 공장입지기준면적 이내의 토지임에도 이 건 취득세 등을 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료를 보면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 어업인의 경쟁력 강화 등을 목적으로 어업인의 교육지원사업, 수산물 가격안정 사업, 금융사업 등을 영위하기 위하여 「수산업협동조합법」에 따라 설립된 법인이다.

(나) 청구법인은 2017.8.24. 처분청과 투자협약을 체결한 후, 2018.3.5. 이 건 토지와 연접토지를 각 취득하였고, 이 중 연접토지에 대하여는 2018.7.8. 처분청으로부터 건축허가를 받아 2019.11.28.부터 착공을 하여 2021.6.29. 수산물 가공 및 물류센터용 건축물 7,581.51㎡를 신축하였다.

(다) 청구법인은 2018.3.5. 이 건 토지와 연접토지를 각 취득한 후, 그 취득가액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

(라) 처분청은 2018.5.18. 이 건 토지와 연접토지에 대하여

「지방세특례제한법」제78조

제4항에 따른 취득세 감면대상 토지인 것으로 보아, 그 취득세 등 합계 OOO원을 감면하였다.

(마) 전라남도지사(세정과장)는 2022.10.26.부터 2022.11.14.까지 청구법인에 대하여 세무조사를 실시하여, 이 건 토지 취득일부터 3년이 경과할 때까지 물류센터용 건축물을 신축하지 않은 사실을 확인하였고, 이에 처분청은 기 감면한 이 건 토지에 대하여

「지방세특례제한법」제78조

제5항에 따른 취득세 추징사유가 발생한 것으로 보아 2022.12.22. 및 2022.12.26. 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과.고지하였다.

(바) 출장복명서에 의하면, 처분청은 2022.11.8. 이 건 토지ㆍ연접토지 현장을 방문하여 이 건 토지가 나대지 상태로 방치되었다는 사실을 확인하였다고 기재되어 있다.

OOO

(사) 항공사진(사진첨부는 생략)에 의하면, 2021년 현재 연접토지상의 물류센터용 건축물은 신축된 것으로 나타나는 반면 이 건 토지는 2019년부터 나대지(2021년 현재 일부 컨터이너박스 등 적치물이 존재사는 것은 확인) 상태인 것으로 나타난다.

(아) 현장사진(사진첨부는 생략)에 의하면, 청구법인은 이 건 토지상에 공사업체 사무실, 간이창고, 야적장, 주차장의 용도로 사용하였고, 이후 물류센터용 건축물 신축을 위한 평탄화 작업을 하였고, 동 현장사진은 촬영일자는 2021.4.8.~2021.6.3.까지 인 것으로 나타나며, 이에 대해 처분청은 청구법인이 한 평탄화 작업은 이 건 토지 취득일부터 3년이 경과한 날부터 시행하였다는 의견이다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 연접토지상에 수산물 가공 및 물류센터용 건축물을 이미 신축하였고, 이 건 토지는 기 신축한 건축물의 부속토지 또는 공장입지기준면적 이내의 토지로서 취득세 감면대상 및 재산세 분리과세 대상 토지라고 주장한다.

(나)

「지방세법」제106조

제1항 제3호에서 분리과세대상 토지 를과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지로 규정하면서 그 가목에서 공장용지ㆍ전ㆍ답ㆍ과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지를 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제102조 제1항에서 법 제106조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다고 규정하면서 그 제1호에서 공장용지를 제101조 제1항 제1호 각 목에서 정하는 지역에 있는 공장용 건축물(제103조 제1항 제2호 및 제3호의 건축물을 포함한다)의 부속토지로서 행정안전부령으로 정하는 공장입지기준면적 범위의 토지를 규정하고 있다.

한편,

「지방세특례제한법」제78조

제4항에서「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지에 입주한 자가 산업용 건축물등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2019년 12월 31일까지 경감하고, 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)하되, 같은 조 제5항에서 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징하도록 규정하고 있다.

(다) 2019~2021년까지의 연도별 항공사진, 출장복명서(2022.11.8.) 등 심리자료에 의하면 이 건 토지와 연접토지는 하나의 담장 등으로구분되어 있지 아니하고, 각각 별개의 지번으로 구분된 토지인 것으로 확인되는 점, 청구법인이 주장하는 일부 시설(간이창고 등)이 설치되어 있는 점을 제외하면 이 건 토지는 사실상 나대지 상태의 토지로서 산업단지 내에서 산업용 건축물 등을 해당 용도로 직접 사용하는 것이란 해당 토지를 당초 취득목적인 산업용 건축물 등의 신축에 사용하는 것만을 의미하는 것이지 산업용 건축물 등을 신축하지 아니하고 필요에 따라 잠시 다른 용도로 사용하는 것까지를 모두 직접 사용에 포함되는 토지인 것으로 보기 어려운 점(조심 2017지1104, 2017.12.21., 같은 뜻임), 이 건 토지가 연접토지상에 신축된 건축물(수산물 가공 및 물류센터용)의 공장입지기준면적 이내의 토지라 하더라도 이 건 토지의 이용현황에 따라 판단하여야 하는바, 이 건 토지외 연접토지는 하나의 담장 등으로 구분되어 있지 아니한 별도로 필지가 분할된 토지로서 그 이용현황이 사실상 나대지 상태인 것으로 확인되므로 재산세 분리과세대상 토지로 보기도 어려운 점 등에 비추어, 이 건 토지를 취득세 감면대상 또는 재산세 분리과세대상 토지로 보아 달라는 청구주장을 인용하기는 어렵다 할 것이다.

(라) 따라서, 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「지방세기본법」 제96조

제7항과

「국세기본법」 제80조의2

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2023.3.14. 법률 제19230호로 개정된 것)

제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지

2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지

나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험ㆍ연구ㆍ검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

다. 철거ㆍ멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지

3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가. 공장용지ㆍ전ㆍ답ㆍ과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지

나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중 소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야

(2) 지방세법 시행령(2023.3.14. 대통령령 제33325호로 개정된 것)

제102조(분리과세대상 토지의 범위) ① 법 제106조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

1. 공장용지 : 제101조 제1항 제1호 각 목에서 정하는 지역에 있는 공장용 건축물(제103조 제1항 제2호 및 제3호의 건축물을 포함한다)의 부속토지로서 행정안전부령으로 정하는 공장입지기준면적 범위의 토지. 다만, 「건축법」 등 관계 법령에 따라 허가 등을 받아야 하는 건축물로서 허가 등을 받지 않은 공장용 건축물이나 사용승인을 받아야 하는 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 않고 사용 중인 공장용 건축물의 부속토지는 제외한다.

(3) 지방세특례제한법(2017.12.26. 법률 제15295호로 개정된 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2019년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 공장용 건축물(

「건축법」 제2조

제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다.

나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선(

「건축법」 제2조

제1항 제9호에 해당하는 경우로 한정한다)하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2019년 12월 31일까지 경감한다.

다. 가목의 부동산에 대해서는 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

⑦ 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 공장의 업종 및 그 규모, 감면 등의 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.

⑧ 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(같은 항 제2호나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조 제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다.

(4) 전라남도 도세 감면 조례(2017.12.28. 전라남도조례 제4582호로 개정된 것)

제8조(산업단지 등에 대한 감면) ① 법 제78조 제8항에 따른 “조례로 정하는 율”은 다음 각 호와 같다.

1. 법 제78조 제4항 제2호 가목의 경감률에 추가하는 경감률은 100분의 25로 한다.

2. 법 제78조 제4항 제2호 나목의 경감률에 추가하는 경감률은 100분의 15로 한다.

② 제1항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우