조심2012서5221 (2013.01.31)

OOO세무서장이 2012.7.13. 청구인에게 한 2009년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 서울특별시 OOO OOO O OOOOOO OO OOO-OOOO 양도소득 중 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에 따른 양도소득세 감면대상 소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구인은 2000.9.6. 서울특별시 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하여 보유하던 중 재건축으로 인해 서울특별시 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 2004.9.30.(사용승인일) 취득하여 보유하다가 2009.12.28. OOO원에 양도한 후 「조세특례제한법」제99조의3 에 의한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세 감면신청을 하였다. 나. 처분청은 ① 양도소득세가 감면되는 소득은 신축주택 취득 후 5 년간 발생한 소득인 것으로 보고 이를 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항에 의하여 OOO원으로 계산한 후 ② 양도소득세 산출세액에 양도소득과세표준 중 기본공제금액을 제외한 감면대상 소득금액이 차지하는 비율을 곱하여 감면세액을 계산하는 방식으로 양도소득세를 계산하여 20 12.7.13. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다. 다 . 청구인은 이에 불복하여 2012.11.19. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 「조세특례제한법」제99조의3 제1항은 “신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 금액에서 빼는 것”으로 규정하고 있는바, 신축주택 취득일부터 5년이 경과한 후에 적용되는 것이지, 5년 이내에 양도한 경우에는 적용되지 않는 것이며, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에도 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 전체 양도소득금액 중 5년이 경과한 후에 발생한 양도소득을 차감한 금액이라고 해석하는 것이 타당한 바, 종전주택 철거 후 주택을 신축하여 신축주택을 양도한 경우 종전주택을 양도하는 것이 아니므로 신축주택의 양도소득만이 있을 뿐이며, 종전주택의 양도소득이란 개념상 존재할 수 없는 것이다. 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산산식에 있어 분자와 분모에서 “취득시 기준시가”라는 동일한 용어를 사용하고 있어 분자는 신축주택의 기준시가, 분모는 종전주택의 취득시 기준시가로 해석하는 것은 근거가 없고, 그 동안 국세청의 업무처리 지침 등 관행을 믿고 신뢰에 따라 누구나 동일한 방식으로 계산해 온 방식을 변경된 예규(국세청 재산세과-220, 2009.1.20.)에 따라 소급적용하는 것은 소급과세금지의 원칙에 어긋나는 등 처분청의 과세처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 「조세특례제한법」제99조 3에 따른 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정은 입법 당시 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있고, 신축주택 취득으로 인한 5년 동안의 양도소득세를 감면하여 주택건설시장의 활성화에 목적이 있으므로 신축주택 취득일부터 5년 동안 발생한 양도소득금액에 대하여는 100% 감면혜택을 주고, 신축주택 취득일로부터 5년 이후 발생하는 양도소득금액에 대하여는 감면을 배제하고 있으므로 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대하여는 감면을 배제함이 타당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 ① 신축주택 양도에 따른 양도소득세 감면대상 소득금액 계산시 적용되는 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항 산식 중 분모·분자의 취득당시의 기준시가를 종전주택 및 신축주택 취득당시의 기준시가로 해석하여 과세한 처분의 당부 ② 쟁점①에서 정한 방식에 따라 계산한 감면대상 소득을 양도소득금액에서 직접 차감하여 양도소득세 과세표준과 세액을 계산하여야 하는지, 아니면 산출세액에 과세표준에서 기본공제 후의 감면소득금액이 차지하는 비율을 곱하여 감면세액을 계산하여야 하는지 여부 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 해당 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 해당 신축주택이 「소득세법」 제89조 제1항제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 : 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다. 2. 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 ④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 ② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】 ① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} (3) 국세기본법 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 청구인은 2000 .9.6. 종전주택을 취득하였고, 재건축으로 인해 종전주택 멸실 후 2004.9.30.(사용승인일) 신축주택을 취득하였으며, 2009.12.28. 신축주택을 양도한 사실이 등기부등본 등에 의하여 나타난다. (나) 청구인은 신축주택 양도에 따른 양도소득세를 자진신고하면서 양도소득세 OOO원을 감면신청한 것으로 나타난다. (다) 처분청은 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항에 의한 산식 분자의 취득당시 기준시가를 종전 주택의 취득당시 기준시가를 적용하여 감면소득(OOO원)을 산출하였고, 전체 양도소득금액(OOO원)에 따른 산출세액(OOO원)에 감면소득에서 양도소득 기본공제(OOO원)를 한 후의 금액이 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 감면세액(OOO원)을 계산하는 방식으로 양도소득세액을 계산하였음이 양도소득세 경정결의서 등에 의하여 나타난다. <처분청이 계산한 양도소득세 감면대상 소득금액> (라) 살피건대, 청구인은 「조세특례제한법 시행령」제40조 에 의한 계산산식을 적용함에 있어서 분자는 신축주택의 기준시가, 분모는 종전주택의 취득시 기준시가로 해석하는 것은 근거가 없고, 소급과세금지의 원칙에 어긋나는 등 처분청의 과세처분은 부당하다는 주장이나, 「조세특례제한법」제99조의3 에서 규정하고 있는 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 종전주택을 취득하여 보유하다가 재건축 등에 의해 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 「조세특례제한법」제99조의3 에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 점, 「조세특례제한법 시행령」제99조의3 제2항은 「조세특레제한법」제99조의3 에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있는 바, 같은 법 시행령 제40조 제1항에 따른 감면대상 양도소득 계산산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘종전주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것(조심 2011서1349, 2011.6.30. 외 다수)인 점 등에 비추어 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3 에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이므로 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (2) 쟁점② 관련하여 직권으로 심리하기로 한다. (가) 「조세특례제한법」제99조의3 제1항은 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면을 규정하면서 취득한 날로부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하되, 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 취득한 날로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하도록 규정하고 있어서, 5년 이내에 양도하는 경우와 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에 대하여 달리 규정하고 있으며, 청구인은 신축주택을 2004.9.30. 취득하여 2009.12.28. 양도하여 위 조항 후단이 적용되는 것으로 나타난다. (나) 살피건대, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것인바(대법원 2003.1.24.선고 2002두9537 판결 등 다수), 「조세특례제한법」 및 그 시행령에서는 세액의 감면뿐만 아니라 소득공제 등 다양한 형태의 조세특례를 규정하고 있는데, 「조세특례제한법」제99조의3 은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 「조세특례제한법」제99조의3 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점, 그리고 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합하여 보면, 「조세특례제한법」제99조의3 에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 하고, 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 마찬가지로 그 양도소득금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정할 것은 아니다 할 것이다(대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결 및 조심 2012서3421, 2012.12.31., 같은 뜻임). (다) 따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 처분청이 계산한 감면대상 양도소득금액(OOO원)을 양도소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.