국심1997중1445 (1998.02.27)

남양주세무서장이 97.3.3 청구인에게 결정고지한 96년 2기분 부가가치세 121,030,250원은 이를 취소한다.

1. 사실 및 처분개요

청구법인은 중소기업협동조합법에 의하여 91.11.13 설립된 비영리법인으로서 처분청으로부터 92.10.1 사업자등록증(등록증번호:OOOOOOOOOOOO,업태:비영리, 종목:OO협동조합)을 교부받아 법인세법상 제의무를 이행하여 오다가 93.5.22 아파트형 공장을 신축분양 및 임대할 목적으로 공장설립 허가를 받아 공사를 진행하던중 시공업체인 청구외 (주)OO으로부터 96.9.30 1회 기성 공급가액 1,000,000,000원에 대한 매입세금계산서(이하 “쟁점(1)세금계산서”라 한다)를 교부받고, 96.10.30 2회 기성 공급가액 1,090,000,000원과 96.12.28 3회 기성 공급가액 1,000,000,000원(이하 모두 “쟁점(2)세금계산서”라 한다)에 대한 세금계산서를 각각 교부받아 96년 제2기 부가가치세확정신고시 위 세금계산서와 관련된 매입세액 309,000,000원을 공제 받은바 있으나,

처분청은 97.2.20에 실시한 환급현지확인조사 결과 쟁점(1)세금계산서는 사업자등록전 교부받은 세금계산서라는 이유로 이의 매입세액을 전액 불공제하고, 설령 적법한 세금계산서라 하더라도 위 공급가액 1,000,000,000원중 479,431,492원은 진입로공사와 관련된 토지기반 조성공사에 해당하므로 위 금원에 대하여는 매입세액공제 대상이 아니라고 보고 있고,

쟁점(2)세금계산서상의 공급가액 2,090,000,000원중 100,275,000원은 공장용지조성을 위한 공사대금으로 보아 위 2건의 세금계산서와 관련된 매입세액중 10,027,500원을 불공제하여 97.3.3 청구인에게 96년 제2기분 부가가치세 121,030,250원을 결정 고지(추징)하였다.

청구법인은 이에 불복하여 97.4.15 심사청구를 거쳐 97.6.16 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

1. 청구주장(1)

쟁점(1)세금계산서를 사업자등록후 교부받은 세금계산서에 해당된다는 주장으로

가. 청구법인은 조합인가를 받기 이전부터 OO단지 조성사업을 추진하고 있었으며 조합설립인가를 득하고 법인설립등기를 필한 다음 등기부등본 및 정관 등 관련 서류를 첨부하여 1992.9.28 남양주세무서장(이하 “처분청”이라 한다)에게

부가가치세법 제5조

제1항의 규정에 의하여 사업자등록을 신청 한 바에 따라 92.10.1 처분청은 청구법인에게 적법하게 사업자등록증을 교부한 바 있고,

나. 1996.10.7, 업태에 부동산을, 종목에 아파트형공장 분양 및 임대를 추가하여 사업자등록증을 정정교부 받은 사실이 있음에도 처분청이 당초의 사업자등록증상 번호를 사업자등록번호가 아닌 법인의 고유번호라고 본 것은 부당하고,

다. 92.10.1 적법하게 사업자등록증을 교부받고 사업을 하여 오던중 96.9.30 쟁점(1)세금계산서를 교부받았으므로 위 매입세액은 공제되어야 한다.

2. 청구주장(2).

가. 1회기성분중 진입로공사비 479,431,492원, 세액 47,943,149원이

부가가치세법 제17조

제2항 제2호, 제3의2호, 제4호의 규정에 의하여 매입세액불공제 대상이라고 본데 대하여,

나. 위 진입로공사는 명칭은 진입로공사로 이를 완공후 흙을 덮고 남양주시에 기부채납하기로 되어 있으며, 관련 행정기관으로부터 하천공작물설치허가를 받아 계단식 콘크리트박스를 설치하여 빗물 및 오수의 통로로 사용하기 위한 구축불공사로서, 법인세법 시행규칙[별표1] 건축물 등의 기준내용연수 및 내용연수 범위표(제27조 관련)상의 구분 2 내지 3에 해당하는 감가상각자산에 해당되므로 이에 대한 매입세액은 당연히 공제되어야 한다.

3. 청구주장(3)

가. 청구법인은 처분청이 2·3회 기성분중 토공사비 100,275,000원(2회 61,025,000원, 3회 39,250,000원, 세액 10,027,500원)은 토지관련 매입세액이라 하여 매입세액을 불공제한데 대하여,

나.

부가가치세법 제17조

제2항 제4호의 토지관련매입세액이란 자연상태의 토지를 사업용도에 적합하도록 가공하는데 드는 비용으로 토지의 원가를 구성하는 것을 말하는 바,

다. 시공업체가 작성한 기성내역서에 의하면 표시된 토공사비는 이미 정지작업등 토지 조성이 끝난 상태에서 건축공사나 토목공사를 하기 위하여 필수적으로 수반되는 터파기, 되메우기, 잔토처리 등의 작업비로서 이는 건축공사나 토목공사의 일부이지 토지를 조성하기 위한 비용이 아니며

라. 특히 토지조성공사 및 일부진입로공사는 OOOO건설(주) 및 OO건설(주)에서 끝마친 상태이며 (주)OO에서는 이 토지 위에 건축공사 및 토목공사를 시행한 과정에서 땅을 파고 메우는데 소요된 비용이라는 주장이다.

나. 국세청장 의견

(1) 청구주장(1)에 대하여

청구법인은 고유번호를 지정받은 것이

부가가치세법 제5조

에 의한 사업자 등록증으로 보아야 한다고 주장하나,

부가가치세법 제5조

제1항 소정의 사업등록의무자는 부가가치세의 납세의무가 있는 사업자에 한하고 부가가치세 납세의무가 없는 비영리법인의 등록의무가 없다 할 것이므로 공제되지 않는 등록전 매입세액을 규정한

부가가치세법 제17조

제2항 제5호 규정의 「제5조 제1항의 규정에 의한 등록」이란 부가가치세 납세의무가 있는 사업자의 사업자등록을 의미한다고 할 것이다.

그러므로 처분청이 과세자료의 효율적인 처리를 위하여 부가가치세 납세의무가 없는 사업자에게 교부하는 고유번호를 지정 받았다는 사실만으로

같은법 제5조

제1항의 규정에 의한 등록을 한 것이라고 볼 수 없다(국심96부2551, 96.11.11같은뜻).

(2) 쟁점(2)에 대하여

위 쟁점(1)에 대한 심리에서 청구주장이 이유없다고 판단하였으므로 이와 중복되는 쟁점에 대하여는 심리의 필요성이 없어 이에 대한 심리는 생략한다.

(3) 쟁점(3)에 대하여

과세사업에 공하는 지하건물을 신축하기 위한 터파기 등 관련매입세액은 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 보아야 할 것이나 토지조성 등을 위한 공사와 관련된 매입세액인지의 여부는 구체적인 공사내용별로 판단하여 결정하여야 할 것이므로 이에 대하여 청구인이 제출한 공사내역서에 의하여 살펴보면,

2회 기성분중 터파기 13,750,000원, 되메우기 2,275,000원, 잔토처리 35,000,000원, 비탈면보호 7,000,000원, 양수 및 기타공사 3,000,000원 합계 61,025,000원과 3회 기성분중 터파기 7,500,000원, 되메우기 1,750,000원, 잔토처리 21,000,000원, 비탈면보호 7,000,000원 양수 및 기타공사 2,000,000원 합계 39,250,000원은 토지와 관련된 공사인 것으로 보아야하고,

이에 대하여 처분청에서 현지조사 확인한 바에 의하면 당초 공장부지조성공사금액 1,600,000,000원중 청구외 OOOO건설(주)에서 195,000,000원, 그리고 청구외 OO건설(주)에서 공사한 금액 180,000,000원의 합계가 375,000,000원에 그치고 부도가 나자 청구외 (주)OO에서 나머지 공사를 인수하여 공사한 것으로 볼 때, 이는 약1,200,000,000원의 공장용지조성을 위한 토지관련공사의 일부로 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 비영리목적의 청구법인이 사업자등록증을 정정(영리목적추가)하기전에 교부받은 정점(1)세금계산서의 매입세액을 공제할 수 있는지 여부

(2) 지하매설 하수구 설치를 위한 Box형 공사를 감가상각자산의 대상인 구축물을 보아 매입세액을 공제할 수 있는지 여부

(3) 2·3회 기성고분 공사대금인 쟁점(2)세금계산서의 공급가액 2,090,000,000원중 100,275,000원을 토공사 관련 공사대금으로 보아 매입세액을 공제할 수 있는지 여부

나. 쟁점(1)에 대하여

(1) 관련법령

부가가치세법 제5조

【등록】 제1항에서 “신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일이내에 정부에 등록하여야 한다.” 라고 규정하고 있고,

같은법 제17조

【납부세액】 제2항 제5호에서 “제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.” 라고 규정하고 있고,

같은법 시행령 제8조

제2항에서 “소관세무서장은 과세자료를 효율적으로 처리하기 위하여 법 제20조 제3항에 규정하는 자에게도 등록번호에 준하는 고유번호를 부여할 수 있다”고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단

청구법인이 처분청으로부터 92.10.1 교부받은 사업자등록증을

부가가치세법 제5조

에 의한 적법한 사업자등록증으로 볼 수 있는지를 보면

첫째, 국세청은 당심의 선결정례(국심 96부2551, 96.11.11)를 들어 청구법인이 비영리법인이라하여 청구법인의 사업자등록번호를 고유번호로 보았으나, 위 선결정례는 당해법인이 사업자등록증을 신청한데 대하여 처분청이 고유번호 (OOOOOOOOOOOO)를 부여한 바 있고 그 고유번호로 세금계산서를 교부받고, 그후 사업자등록증(OOOOOOOOOOOO)을 교부받은 경우인 반면, 본건의 경우는 청구법인이 처분청으로부터 적법한 절차에 의하여 사업자등록증을 신청·교부 받고 그 사업자등록번호로 쟁점(1)세금계산서를 교부받은 사실이 사업자등록신청서와 관련세금계산서에 의하여 확인되고,

둘째, 청국법인의 당초 교부받은 92.10.1 사업자등록증과 96.10.8 정정 교부 받은 사업자등록증을 비교하여 보면 아래표와 같고,

셋째, 청구법인은 91.11.13 설립한 법인으로 당초 사업자등록증 신청시 첨부된 등기부등본 및 정관에 의하면 위와 같은 영리목적의 사업이 기재되어 있어 당초 사업자등록 신청시부터 영리목적의 사업이 있었음을 알 수 있으며 특히, 비영리법인이라 하더라도 영리목적의 사업을 할 수 있고, 그에 따른 부가가치세 납세의무도 있으며,

넷째, 면세사업자는 사업자등록의무가 없고, 과세사업을 신규로 개시하고자 할 때에는 등록을 하도록(부가22601-2031, 86.12.2, 대법원 95누8492, 95.11.7) 하고 있으나, 비영리목적의 법인이 영리목적의 사업을 하고자 할 때는 사업자등록증을 다시 교부받아야 하는 것은 아니라 할 것이며, 면세사업자등록증은 면세사업용이라는 표기가 기재되어 있으나, 이 건 당초사업자등록증과 정정 신고한 사업자등록증은 공히 법인용 사업자등록증으로 되어 있다.

위 사실 등을 모아 볼 때, 처분청이 청구법인에게 사업자등록증을 교부하면서 이를 사업자등록번호가 아닌 고유번호로 지정한 사실이 입증되지 않는 한 청구법인의 당초사업자등록증은 전시법령에 의하여 적법하게 등록된 사업자 등록증으로 판단되고 동 사업자등록증을 교부받은 후 쟁점세금계산서를 수취한 것에 해당되어 동 매입세액을 공제하는 것이 타당하다 할 것이다.

다. 쟁점(2)에 대하여

(1) 관련법령

부가가치세법 제17조

제1항에 의하면 “사업자가 정부에 납부하여야할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다 )은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액”으로 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단

청구법인은 제1회 공사기간중 OO공장 진입로를 확보하기 위하여 기존의 구거에 구축물(시멘트box)을 지하에 매설한 공사로 그 공사대금 479,431,492원은 하천공작물 설치허가를 받아 설치한 구축물로서 법인세법 시행규칙 「별표1」“건축물 등의 기존내용연수 및 내용연수범위표”에 정하는 구축물에 해당하는 감가상각자산에 해당하므로 이의 매입세액은 당연히 매출세액에서 공제되어야 한다고 주장인바, 이를 살펴보면

위 하천공작물 설치허가 통보서에 의하면 아래표와 같은 바,

처분청은 위 구축물은 남양주군에 기부채납하는 것으로 동 기부채납자산은

부가가치세법 제12조

제1항 제18호의 국가·지방자치단체 등에 무상으로 공급하는 재화에 해당되어 부가가치세가 과세되지 아니하는 것으로 보았으나

첫째,

부가가치세법 제17조

제1항 및 동법 기본통칙 5-3-8....17에 의하면 자기사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 국가, 지방자치단체에 무상으로 공급하는 경우 매입세액을 공제하도록 규정하고 있고,

둘째, 위 구축물은 청구법인이 청구법인의 공장내 하천을 복개하여 도로로 사용하기 위하여 94.5.21 남양주군수로부터 하천공작물 설치허가를 받아 지하에 매설할 구축물(지하매설 계단식 Box공사)을 설치한 공사로서 청구법인의 사업과 관련하여 축조된 구축물에 해당되고,

셋째, 위 구축물은 전시한 법인세법 시행규칙 「별표1」에 의한 감가상각대상자산이라고 판단된다.

따라서 위 구축물설치에 따른 매입세액은 공제하는 것이 타당하다 할 것이다.

라. 쟁점(3)에 대하여

청구법인은 처분청이 2·3회 기성분인 쟁점(2)세금계산서의 공급가액 2,090,000,000원중 100,275,000원을 토지관련 매입세액으로 보아 불공제한데 대하여 위 공사대금은 토지의 정지작업등 토지조성이 끝난 토지위에 건축공사(지하실 및 기초공사)와 토목공사를 하기 위하여 필수적으로 부수되는 터파기, 되메우기, 잔토처리 및 비탈면보호 등의 공사로서 과세사업인 건설용역에 부수되는 것이라고 주장하면서 시공회사가 작성한 기성내역서 등을 제시하고 있는 바 위 기성내역을 살펴보면 아래표와 같은 바,

(단가 : ㎥당 천원, 금액:천원)

처분청은 위 공사관련 공사대금 145,051,000원중 44,776,000원(4·5회 기성고분)을 인정하였고, 나머지 100,275,000원에 대한 매입세액은 부인한 바, 그 부인한 이유로는 당초의 부지조성공사금액이 1,600,000,000원이었으나 당초도급회사 청구외 OO종합건설(주)와 OO건설(주)에서 375,000,000원 상당의 공사를 진행하던중 부도로 인하여 나머지 약1,200,000,000원은 새로이 공사를 맡게된 (주)OO에서 부지조성공사를 한 것으로 보아 위 2·3회 건축공사중 100,275,000원에 대한 매입세액을 불공제하였는 바, 이를 살펴보면,

첫째, 당초 청구법인과 청구외 OO종합건설(주)사이에 체결된 공사도급계약서에 의하면 부지조성공사대금으로 1,600,000,000원(산출근거24,189평× 평당66,145원, “공사도급계산서 본문5항”기재)이 기재되어 있으나, 동계약서 제16조의 (2)에 의하면 “우선 1차 허가분 2,600평과 농지전용분을 먼저 공사하되 형편상 1차분의 약30%선인 1억원을 공사계약금으로 하고 공사진행정도에 따라 매월계산하되 「갑」(청구법인)과 「을」(청구외 OO종합건설(주) )이 협의하여 지불하기로 한다” 고 기재되어 있고 농지 5필지 2,171.93평을 공장용지로 전용하기로하여 실제 1차로는 5,118.88평에 대하여 공장부지를 조성한 사실이 확인되고

둘째, 위 1차 공장부지조성공사분 5,118.88평의 공사대금은 전시계약서에 의하여 안분할 경우 338,534,000원(1,600백만원×5,118/24,189평)으로 청구법인이 주장하는 375,000,000원은 신빙성이 있고 처분청이 본 1,600,000,000원은 1·2·3차 공장전체의 부지조성 공사대금이 포함된 사실이 위 공사도급계약서 등에 의하여 확인되고,

셋째, 1차 아파트형 공장건물은 전체6동이며 연건평 20,310.20㎡(6,143.81평)중 지하층이 117.75평, 바닥면적이 1,520.51평인 사실이 관련자료에 의하여 확인되고, 토공사(되파기, 되메우기, 잔토처리 등)의 공사대금 44,776,000원으로는 지하실 터파기 대금으로도 부족할 것으로 보여지는 한편, 터파기, 되메우기, 잔토처리, 비탈면보호, 양수 및 기타공사를 합한 토공사 일체의 공사비로 처분청은 평당 27,331원으로 보았으나, 청구주장에 의하면 평당 약88,517원으로 위 공장위치가 하천옆인 점을 고려할 때 위 시공회사인 청구외 (주)OO이 청구법인에게 제출한 기성검사조서(공사대금지급요청서)에 첨부된 위 공사기성부분내역(2·3회 기성)과 시공회사의 공사일보는 사실인 것으로 보여진다.

위 사실을 모두어 볼 때, 토지조성공사는 초기의 청구외 OOOO건설(주) 및 OO건설(주)가 조성한 것으로 보여지는 한편 건축물 신축을 위한 터파기, 되메우기 등의 위 공사에 소요된 쟁점(2)세금계산서의 공급가액 2,090,000,000원중 100,275,000원은 매입세액이 공제되는 건축공사 또는 토목공사에 해당하는 것으로 판단된다.

마. 결론

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.