국심2004전2092 (2004.11.03)

OOO세무서장이 2003.10.15. 청구법인에게 한 부가가치세 1998년 제1기분 3,557,910원, 1998년 제2기분 4,847,160원, 1999년 제1기분 7,832,920원, 1999년 제2기분 9,240,170원, 2000년 제1기분 9,124,230원, 2000년 제2기분 8,674,420원, 2001년 제1기분 8,075,970원, 2001년 제2기분 9,246,090원, 2002년 제1기분 9,614,630원, 2002년 제2기분 9,017,540원, 합계 79,231,040원의 부과처분은 1. 당해 과세기간에 매입세금계산서합계표로 제출한 시설관리관련매입세액, 청소용역관련 매입세액에 한하여 공통매입세액에 해당여부를 확인하여 부가가치세법시행령 제61조 제4항 및 제61조의 2에 규정하는 공통매입세액 안분계산 산식에 의하여 관련매입세액을 공제하여 그 세액을 재조사경정한다. 2. 나머지 청구는 기각합니다.

1. 처분개요 청구법인은 정부가 전액 출자하여 학술, 연구를 주목적으로 설립한 비영리법인으로서 1998.1.1.～2002.12.31. 기간 중 청구법인의 시설 중 일부를 학생 및 임직원용 식당, 서점, 세탁소, 이용원 등 편의시설로 임대한 사실이 있으나, 이에 대하여 부가가치세를 신고납부하지 아니하였다. 처분청은 감사원의 “부동산미등록 임대혐의자 및 부동산양도 자료” 처리계획에 따라 청구법인을 미등록임대사업자로 보아 부동산임대수입금액을 아래 내역과 같이 결정하여 2003.10.15. 청구법인에게 1998년 제1기～2002년 제2기 과세기간분 부가가치세 79,231,040원을 결정고지하였다. OOO 청구법인은 이에 불복하여 2003.12.19. 이의신청을 거쳐 2004.6.15. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 청구법인이 학생 및 임직원의 편의를 위하여 원내에 입점시킨 복지시설로부터 수취한 임대수입에 대하여 부가가치세를 부과하는 것에는 이의가 없으나, 청구법인 건물의 유지관리를 위하여 지출한 공통비용 중 임대에 공하는 면적비율만큼은 임대수입과 관련된 매입으로 보아야 하므로 청구법인이 지출한 공통비용에 전체 건물 면적 중 임대면적이 차지하는 비율을 곱한 금액의 10%를 관련매입세액으로 공제하여야 한다. 나. 처분청 의견 청구법인의 임대수입과 관련하여 지출된 금액으로 확인되는 매입금액에 상당하는 매입세액은 매출세액에서 공제되는 것이 타당하나, 이를 확인할 수 있는 공통관리비 지출내역 및 임차인이 부담한 관리비 내역, 매입세액 안분계산의 근거 등에 대한 증빙서류가 미비하므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인이 주장하는 도시가스사용료, 시설관리비, 청소용역비, 경비용역비, 기타 지출비용을 공통매입금액으로 보아 부동산임대수입금액 관련 매입세액을 안분계산하여 매입세액을 공제할 수 있는지 여부를 가리는데 있다. 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립 당시의 관련법령은 다음과 같다. 부가가치세법 제17조 【납부세액】 ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합 계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처 별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공 급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받 지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1 호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액.(단서 생략). 2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액 4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련 된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 부가가치세법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】 ④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없 는 경우에 당해 과세기간의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다. 3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율 다. 사실관계 및 판단 (1) 이 건 처분내용을 살펴보면, 청구법인은 건물 중 일부를 학생 및 임직원을 위한 식당, 서점 등 편의시설을 운영하는 사업자에게 임대하고, 시설사용료 및 수도광열비, 공공요금 등의 명목으로 그 대가를 수취하였으며, 건물 중 일부를 국가차원의 종합적인 벤쳐지원시책의 일환으로 벤쳐업체에 무상임대하고 청소비 등 관리비 상당액만을 수취한 사실을 확인하고, 임대료에 해당하는 시설사용료 및 보증금에 대한 간주임대료를 청구법인의 부동산임대수입금액으로 계산하였으나, 이들 임차인으로부터 별도로 징수한 전기사용료, 가스료, 관리비 등은 부동산임대수입금액에 포함하지 아니하였음이 처분청의 현지확인 복명서 및 청구법인이 제시한 임대차계약서 약정내용에 의하여 확인된다. (2) 청구법인은 이 건 편의시설의 임대와 관련하여 아래 표 내역과 같이 청구법인이 건물의 유지 관리비용으로 지출한 난방용 도시가스료, 시설관리비, 청소용역비, 경비용역비 기타 지출금액을 총 공통매입금액으로 주장하면서, 이들 지급금액 중 임대면적/총면적의 비율(청구법인은 연도별로 약 3.15% 수준으로 계산함)에 상당하는 금액을 부동산임대수입금액 관련매입금액으로 보아 이의 10%에 상당하는 매입세액을 당해 과세기간의 매출세액에서 공제하여야 한다고 주장하고 있다. OOO (3) 청구법인이 제시한 증빙서류에 의하면, 도시가스료 지급금액 및 기타 지급금액은 매입처별세금계산서합계표로 제출하지 아니하였으며, 시설관리비, 청소용역비, 경비용역비 등의 지급금액은 매입처별세금계산서합계표로 제출한 것으로는 보이나, 청구법인의 계정별원장 기록에 의하면 일부 금액은 특정부문 분담금으로 대체한 사실에 비추어 매입처별세금계산서합계표로 제출한 금액 전부를 공통매입금액으로 인정하기는 어려운 것으로 보인다. 또한, 청구법인이 주장하는 시설관리비 및 청소용역비 지급금액이 매입처별세금계산서합계표상의 금액에 미달하여 그 차액을 일부 임차인들로부터 징수하였거나, OOO 입주업체 또는 기숙사 등의 입주자로부터 징수한 것으로 추정되나, 편의시설 사업자로 또는 OOO 등으로부터 징수한 관리비 내역이 확인되지 아니한다. (4) 관련 부가가치세법 규정을 살펴보면, 비영리공공법인이 소유건물을 주용도인 고유목적사업과 부수적인 임대사업에 사용하는 경우 공통매입세액의 안분계산은 면적에 따라 계산되는 관리비 등 실지귀속이 분명한 매입세액은 사용면적에 따라 안분계산하는 것이 타당하나OOO, 매입처별세금계산서 합계표를 제출하지 아니하였거나 기재사항 누락이나 사실과 다른 경우 관련매입세액은 원칙적으로 공제하지 아니하는 것이며, 예외적으로 교부받은 매입세금계산서를 경정기관의 확인을 거쳐 정부에 제출하는 때에는 매입세액을 공제하는 것인 바, 이 경우 “경정기관의 확인을 거쳐 제출하는 때”라 함은 부가가치세법 제21조 의 규정에 의한 경정조사시 경정담당공무원이 거래 당시 정당하게 교부받은 세금계산서로 조사 확인한 경우를 말하는 것이다. (5) 사실이 이러하다면, 청구인이 주장하는 공통매입금액 중 도시가스 지급금액 및 기타 지출금액은 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하였으며, 세금계산서를 수취한 것으로도 보이지 아니하므로 매입세액공제가 허용되지 아니하며, 시설관리비, 청소용역비 및 경비용역비 지급금액은 그 일부가 특정부분 분담금으로 회계처리되어 특정목적의 건물 또는 시설물과 직접 관련된 비용이 포함된 것으로 보이므로 전부 공통매입세액 안분계산 대상금액으로 단정할 수는 없는 것으로 보인다. 그렇다면, 청구법인이 주장하는 공통매입금액 중 도시가스비 지급금액, 기타 지출금액 및 실지 임대수입금액과 무관한 것으로 보이는 경비용역비는 공통매입세액 안분대상에서 제외하는 것이 타당하며, 시설관리비 및 청소용역비 지급금액에 대하여는 일부 임차인들로부터 징수하였는지 여부, OOO 입주업체 또는 기숙사 등의 입주자로부터 징수한 관리비 내역, 기타 특정목적물과 관련하여 발생된 경비인지 여부 등을 확인하여 이를 차감하여 공통매입세액 안분계산 대상금액을 재조사 확정하고 부가가치세법시행령 제61조 제4항 및 제61조의 2에 규정하는 공통매입세액 안분계산 산식에 의하여 관련매입세액을 공제하여 그 세액을 재조사 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2항 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.