조심 2022인7220 (2023.01.16)

OOO서장이 2022.4.7. 청구인에게 한 2016년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2000.7.11. OOO 소재 지하 1층~지상 5층 건물(이하 “이 건 건물”이라 한다)을 취득하여, 2000.8.8. 이 건 건물을 일반건축물에서 집합건축물(9호실)로 전환하여 사용하다, 2016.10.31. 이 건 건물을 일괄 양도하였다.

나. 청구인은 이 건 건물 중 지상 1층 101호는 근린생활시설로 부가가치세를 제외한 금액을 양도가액으로, 지상 2층 201~402호는 장기주택임대건물로 양도소득세 100% 감면 대상으로, 지상 5층 501호는 청구인이 실제 거주한 주택에 해당한다며 1세대1주택 비과세 특례 대상으로, 지하 1층 B101호(이하 “쟁점부동산”이라 한다)는 공부상 근린생활시설이나 최근 몇 년 간 건물노후화로 임대수요가 없어 주택 창고 등 유휴시설로 활용하였다면서 1세대1주택 비과세 주택으로 포함하여, 2017.1.2. OOO세무서에 2016년 귀속 양도소득세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 신고하고, 2016.12.28. 및 2017.2.20. 이를 납부하였다.

다. 처분청은 신고내역을 검토하다가 쟁점부동산이 건축물대장상 근린생활시설 용도로 등재되어 있고 부동산등기사항전부증명서에도 각각 구분 등기되어 있는 부동산에 해당한다는 사실을 확인하여 쟁점부동산의 비과세 신고분에 대하여 부인하고, 2022.3.25. 청구인에게 과세예고통지를 하였으며, 2022.4.7. 국세부과제척기간 만료일(2022.5.31.)까지의 기간이 3개월 이하인 경우에 해당한다는 이유로 과세전적부심사 절차를 생략한 채 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다(이하 “이 건 처분”이라 한다).

라. 청구인은 이에 불복하여 2022.4.29. 이의신청을 거쳐(이의결정서 송달일 : 2022.6.27.), 2022.7.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 이 건 건물을 일괄양도한 후, 2017.1.2. 2016년 귀속 양도소득세를 OOO세무서에 신고하였으나, OOO세무서 담당자는 신고서에 문제점이 있다고 판단하여 상기 신고내역을 검토대상으로 선정하였다.

(2) 그 후 청구인의 주소 이전으로 관할이 처분청으로 변경되었고, 처분청은 청구인의 신고내역을 검토하여 과세예고통지를 할 충분한 시간이 있었으나, 이를 처리하지 않고 5년간 미결상태로 방치하고 있다가 부과제척기간(2022.5.31.)을 불과 60여일을 앞두고 2022.3.23. 과세예고통지를 하였다.

(3) 청구인은 과세전적부심사청구를 하려고 하였으나, 처분청은 청구기간(과세예고 통지를 받을 날부터 30일 이내)이 도과하기 전인 2022.4.1. 2016년 귀속 양도소득세를 고지하였으므로, 이는 절차상 위법한 처분에 해당한다.

(4) 또한, 쟁점부동산은 공부상 근린생활시설이나 근린생활시설을 할 위치가 아니고, 근린생활시설로 사용한 사실이 없으며, 실제로는 청구인의 가재도구를 보관하는 창고로 사용하였으므로 주택의 부속건물로 보아 비과세주택에 포함되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 처분청이 쟁점부동산의 비과세내역을 검토하여 과세예고통지할 시간이 있었으므로, 부과제척기간에 임박하여 이 건 처분을 한 것이 위법하다고 주장하나, 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 과세관청이 과세전적부심사를 생략하고 과세처분을 하였다 하더라도 이를 위법하다고 볼 수 없다(대법원 2016.12.27. 선고 2016두49228 판결 참조).

또한, 과세전적부심사제도가 사전적 구제제도이기는 하나, 부과제척기간이 임박한 경우 등에는 이를 생략할 수 있어 과세처분의 필수적 전제가 되는 것도 아니다(대법원 2012.10.11. 선고 2010두19713 판결 참조).

(2) 청구인은 쟁점부동산이 1세대1주택 비과세 특례대상으로 신고한 주택(501호)의 부속건물로 보아 비과세주택에 포함되어야 한다고 주장하나, 쟁점부동산은 집합건축물대장에 의하면 2000.8.8. 일반 단독주택에서 집합주택(다세대주택)으로 변동되었고, 양도일 당시에도 이 건 건물의 건축물대장 및 등기사항전부증명서 등을 보면, 쟁점부동산 및 1층은 근린생활시설, 지상 2층부터 지상 5층까지는 다세대주택으로 각 건물번호에 따라 독립하여 구분소유권의 목적이 될 수 있으므로, 쟁점부동산은 근린생활시설일 뿐, 주택의 부속건물에 해당한다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 과세전적부심사를 생략한 처분이 절차상 하자가 있는 위법한 처분이라는 청구주장의 당부

② 쟁점부동산(지하1층 B01호)을 주택창고 등 유휴시설로 보아 1세대1주택 비과세주택에 포함할 수 있는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(가) 청구인은 OOO세무서 담당자가 신고서에 문제점이 있다고 판단하여 이 건 건물의 양도소득세 신고내역을 검토대상으로 선정한 후, 청구인의 주소 이전으로 관할이 처분청으로 변경되었다고 주장하였으나, 국세청 전산시스템에서 확인한 결과, 처분청은 2017.2.10. 이 건 건물의 양도소득세 신고내역을 검토하여 쟁점부동산(지하1층 B01호)의 비과세내역을 검토대상으로 선정하였고, 이 건 부동산의 비과세내역 검토대상 선정 이후 해명안내문 등을 발송한 이력은 없는 것으로 확인된다(전산 말고 수동발송 여부는 확인되지 않음).

(나) 국세청 전산시스템에 의하면, 처분청은 쟁점부동산의 비과세내역을 검토하여, 쟁점부동산은 건축물대장상 근린생활시설이고 부동산등기부상 각각 구분 등기가 되어 있는 부동산이기 때문에 과세하는 것이 타당하다고 보아, 2022.3.23. 쟁점부동산에 대한 2016년 귀속 양도소득세 과세예고통지를 발송(송달일 : 2022.3.25.)하였고, 과세예고통지를 한 후 30일이 되기 전인 2022.4.1. 쟁점부동산에 대한 2016년 귀속 양도소득세를 고지(송달일 2022.4.7.)하였다.

(다) 부동산매매계약서(2000.7.11.)를 보면, 청구인은 지층(근린생활시설), 1층(근린생활시설), 2층(근린생활시설), 3~5층(주택)으로 이루어진 일반건축물인 이 건 건물을 매수한 사실이 나타난다.

(라) OOO구청장의 “건축물대장 전환에 따른 주소지 정정신청 안내(2000.8.8.)” 등을 보면, 청구인은 2000.8.8. 아래 ＜표1＞과 같이 이 건 건물을 일반건축물에서 집합건축물(9건)로 전환하여 사용하였음이 확인된다.

＜표1＞ 이 건 건물의 집합건축물 내역

OOO

(마) 청구인이 처분청에 쟁점부동산과 관련하여 2016년 귀속 양도소득세를 신고한 내역에 의하면, 청구인은 쟁점부동산을 주택이 아닌 기타 건물로 구분하여 신고한 사실이 나타난다.

(바) 이 건 건물 중 쟁점부동산에 대한 세금계산서 매출내역(2012년 제2기~2016년 제2기)은 아래 ＜표2＞와 같고, 청구인이 운영하는 약국은 2013.12.20.부터 이 건 건물 1층에서 운영되었으며, 청구인이 2013년 제1기부터 2015.3.31.까지 기간 동안 주식회사 AAA에게 쟁점부동산을 임대한 사실이 확인된다.

＜표2＞ 쟁점부동산에 대한 세금계산서 매출내역

OOO

(사) 국세청 전산시스템에서 쟁점부동산의 거주이력을 조회한 결과 하○선이 쟁점부동산에 거주한 사실이 확인되고, 하○선의 주민등록등(초)본 조회한 결과 2007.4.24.~2011.8.30. 기간 동안 이 건 건물 지상 501호에, 2011.8.31.~2016.10.6. 기간 동안 쟁점부동산에 각 주소를 두었던 사실이 나타난다.

(아) 그 외 청구인은 쟁점부동산 내부 사진 등을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은

「국세기본법」 제81조의15

제3항 제3호에서 세무조사결과통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 같은 법 제81조의15 제2항에서 규정하고 있는 과세전적부심사의 적용대상에서 제외하고 있으므로 청구인이 과세전적부심사청구를 제기하지 못하였다 하더라도 이 건 처분은 국세부과제척기간 내에 적법한 절차에 의하여 이루어졌다는 의견이나, 아래와 같은 사정에 비추어 이 건 처분은 처분청이 정당한 이유 없이 장기간 부과처분권을 행사하지 아니함으로써 납세자에게 불이익을 초래하여 절차상 중대한 하자가 존재하여 잘못이 있다고 판단된다.

1)

「국세기본법」 제81조의15

제3항 제3호에서 과세예고통지 등을 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 과세전적부심사 적용대상에서 제외하도록 규정하고 있는 것은 정상적인 세무조사 종료 이후 관련 법령 등에서 정한 기한 내에 과세예고통지 등을 하게 되면 납세자의 과세전적부심사 청구가 있을 경우 부과제척기간 내에 부과처분을 이행할 수 없는 경우에 불가피하게 그 절차를 생략할 수 있도록 하는 것이지, 이 건의 경우와 같이 과세관청이 국세행정을 장기간 해태함으로써 부과제척기간 만료일에 임박한 경우에도 동 규정을 적용할 수 있게 되면 과세관청이 자의적으로 납세자의 사전적인 권리구제 절차를 박탈할 수 있게 되고, 이는 과세예고통지를 의무화한 입법취지에도 부합하지 아니한다 하겠다(조심 2019중3428, 2020.4.27. 같은 뜻임).

2) 이 건의 경우 처분청이 2017.2.10. 이 건 건물의 양도소득세 신고내역을 검토하여 쟁점부동산(지하1층 B01호)의 비과세내역을 검토대상으로 선정하였음에도 불구하고, 2022.3.25. 과세예고통지를 할 때까지 약 5년 1개월 동안 특별한 이유 없이 이를 처리하지 아니하다가 국세부과제척기간 만료일에 임박하여, 2022.4.7. 별다른 조사·확인 없이 이 건 처분을 하였으므로, 청구인은 납세자의 사전적인 권리구제기회인 과세전적부심사청구를 제기할 수 없게 되었는바, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 그 과세처분 역시 위법하다 할 것이다(대법원 2016.4.15. 선고 2015두52326 판결, 같은 뜻임).

(나) 쟁점①이 인용됨에 따라 쟁점②는 별도로 심리할 실익이 없으므로 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 국세기본법

(가) 2016.12.20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것

제26조의2[국세 부과의 제척기간] ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조제1항제1호에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다)에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년간]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여

「법인세법」 제67조

에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(국제거래에서 발생한 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받아 「법인세법」 제 67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15년간)으로 한다.

1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간

(각 호 생략)

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

제81조의15[과세전적부심사] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 "과세전적부심사"(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

2. 그 밖에 대통령령으로 정하는 과세예고 통지

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

1.

「국세징수법」 제14조

에 규정된 납기전징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우

2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우

(나) 2020.12.29. 법률 제17758호로 개정된 것(현재 시행법률과 동일)

제81조의15[과세전적부심사] ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 "과세전적부심사"(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.

1.

「국세징수법」 제9조

에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우

2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우

(2) 소득세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것) 제155조[1세대1주택의 특례] ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니하며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 당해 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 3년 이내에 양도하는 때에는 당해 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.