조심 2022서6991 (2023.01.19)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1979.9.7. 설립되어 OOO에서 호텔업 등을 영위하고 있다.

나. 청구법인은 종합부동산세 과세기준일인 매년 6월 1일 청구법인이 보유하고 있는 토지(OOO)에 대하여

「종합부동산세법 시행령」제5조의3

(이하 “쟁점시행령”이라 한다)에 따라 재산세로 부과된 세액을 공제한 종합부동산세 및 농어촌특별세를 아래 ＜표1＞과 같이 신고·납부하였다.

＜표1＞ 종합부동산세 신고·납부내역

○○○

다. 청구법인은 2021.11.30. 쟁점시행령이 종합부동산세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 한

「종합부동산세법」제14조

제6항에 위배된다고 주장하며 기 납부한 종합부동산세 및 농어촌특별세 중 아래 ＜표2＞와 같은 세액을 환급해달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.12.17. 쟁점시행령 조항에 따른 산식이 적법하다는 이유로 이를 거부하였다.

＜표2＞ 경정청구 대상 세액

○○○

라. 청구법인은 이에 불복하여 2022.3.11. 이의신청을 거쳐 2022.7.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)

「종합부동산세법」 제9조

제3항, 제14조 제3항, 제6항은 주택, 종합합산과세대상 토지, 별도합산과세대상 토지 중 종합부동산세와 중복되는 과세표준에 대하여 재산세로 부과된 세액은 각 종합부동산세액에서 이를 공제한다고 규정하고 있다. 이는 종합부동산세와 재산세가 이중과세되지 않도록 해소하기 위한 규정임에도 불구하고,

「종합부동산세법 시행령」 제4조의2

제1항, 제5조의3 제1항, 제2항은 납세자가 공제받을 수 있는 재산세를 납세자에게 부과된 재산세 중 일부만 공제받을 수 있도록 규정하고 있으므로, 위 시행령은 모법의 취지에 맞게 해석되어야 한다.

(가) 2004년 종합부동산세법을 도입할 당시 검토보고서 내용에 따르면 「종합부동산세법」 법안은 위 헌법재판소 결정의 취지를 고려하여 이중과세 문제를 방지하고자 재산세 공제규정을 마련하였음을 확인할 수 있다.

(나) 또한 「종합부동산세법」의 이중과세 문제에 관한 헌법재판소 결정(헌법재판소 2008.11.13.자 2006헌바112 결정 참조)에서 헌법재판소는 종합부동산세의 세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하게 되었으므로 이중과세문제가 없다고 판단하였다. 따라서 「종합부동산세법」이 재산세와 이중과세를 해소하고자 하는 취지에는 변함이 없다할 것이다.

(다) 그런데

「종합부동산세법」 제9조

제3항, 제14조 제3항, 제6항이 주택, 종합합산과세대상 토지, 별도합산과세대상 토지 중 종합부동산세와 중복되는 과세표준에 대하여 재산세로 부과된 세액은 각 종합부동산세액에서 이를 공제한다고 규정하고 있음에도, 쟁점시행령은 모법의 위임 없이 동일한 과세표준에 대하여 과세된 재산세 일부를 공제하지 않도록 규정하고 있으므로 이중과세의 문제가 발생하게 된다. 따라서 쟁점시행령은 모법에 맞게 해석되어야 한다.

(2) 이상과 같이 쟁점시행령은 모법의 취지에 맞게 해석되어야 할 것이므로, 처분청이 이 건 처분을 하면서 청구법인이 납부한 재산세 전액이 아닌 일부만을 공제한 이 건 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

(1) 이중과세금지원칙은 선험적인 법원칙도, 헌법상 원칙도 아니므로 입법자에게 완벽한 이중과세 조정에 대한 의무가 있다고 볼 수 없다.

(가) 헌법재판소는 구체적인 법률 내용에 따라 이중과세가 발생하더라도 그 자체만으로 위헌에 해당한다고 판단하고 있지 아니하며, 입법목적, 법익의 균형성, 이중과세 조정 여부, 다른 납세자와의 차별여부 등 다양한 요소를 고려하여 위헌인지 여부를 판단(헌법재판소 2009.3.26.자 2006헌바102 결정 참조)하고 있다.

(나) 또한 헌법재판소는 양도소득세와 증여세의 이중과세에 대하여 이를 배제하거나 완화하기 위한 조정규정을 둘 것인지 여부 및 이를 어떻게 조정할 것인지에 관하여 입법자에게 입법형성적 재량을 갖고 있다고 판단(헌법재판소 2007.11.29.자 2006헌바42 결정 참조)한 바 있다.

(다) 그런데 쟁점시행령의 경우 과세물건마다 개별적으로 부과되는 재산세와 달리 과세물건을 모두 합산하여 부과되는 종합부동산세는 그 과세대상 및 누진세율, 공정시장가액비율 등이 서로 달라 동일 과세표준에 대하여 재산세가 이중과세되는 부분을 정확히 산출할 수 없는 한계가 있어 안분비율에 의해 공제금액을 산출할 수 밖에 없으므로, 단지 이중과세의 위험이 있다는 이유만으로 쟁점시행령이 무효라고 볼 수 없다.

(2) 이상과 같이 쟁점시행령이 유효한 이상, 쟁점시행령에 근거하여 이루어진 이 건 처분이 위법하다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점시행령은 이중과세원칙에 위반되어 무효인 시행령에 해당한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 기획재정부에서 발간한 2015년 간추린 개정세법에 따르면, 기획재정부는 대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결 선고 이후 종합부동산세액에서 공제할 재산세액의 이중과세 논란 및 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세액의 과다공제 방지를 위하여 2015.11.30. 쟁점시행령의 계산식을 다음과 같이 개정한 것으로 나타난다.

＜표＞ 쟁점시행령 개정 내역

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점시행령은 이중과세 금지원칙, 모법인 「종합부동산세법」의 취지 등에 위반된 무효인 시행령에 해당하므로 모법에 종합부동산세와 재산세가 이중으로 부과된 부분은 재산세를 전액 공제하여야 한다고 주장하나, 대법원에서 쟁점시행령이 규정하고 있는 산식을 일부 무효라는 취지로 선고(대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결)한 이후 쟁점시행령은 대법원 판결의 취지를 반영하여 위 ＜표＞와 같이 새롭게 개정되었는데, 대법원은 현재까지 위와 같이 개정된 쟁점시행령(이 건에 적용됨)이 위법하다고 판단한 사실이 없으며, 재판의 전제가 되는 시행령에 대한 위법·무효에 대한 판단은 법원의 권한으로서 우리 원의 판단 범위가 될 수 없다 할 것(조심 2015서882, 2015.4.9., 같은 뜻임)이므로, 쟁점시행령이 위법하여 무효라는 청구 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 종합부동산세법(2020.8.18. 법률 제17478호로 개정되기 전의 것)

제7조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자로서 국내에 있는 재산세 과세대상인 주택의 공시가격을 합산한 금액이 6억원을 초과하는 자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

제8조(과세표준) ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액［과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 "1세대 1주택자"라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액］에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

제9조(세율 및 세액) ① 주택에 대한 종합부동산세는 다음 각 호와 같이 납세의무자가 소유한 주택 수에 따라 과세표준에 해당 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액(이하 "주택분 종합부동산세액"이라 한다)으로 한다.

1. 납세의무자가 2주택 이하를 소유한 경우[

「주택법」 제63조의2

제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 "조정대상지역"이라 한다) 내 2주택을 소유한 경우는 제외한다]

③ 주택분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액(

「지방세법」 제111조

제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다.

④ 주택분 종합부동산세액의 계산에 있어서 주택 수 계산 및 주택분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제12조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자

2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자

제13조(과세표준) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

제14조(세율 및 세액) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "토지분 종합합산세액"이라 한다)으로 한다.

③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(

「지방세법」 제111조

제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

④ 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "토지분 별도합산세액"이라 한다)으로 한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(

「지방세법」 제111조

제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 종합부동산세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30404호로 개정되기 전의 것)

제2조의4(공정시장가액비율) ① 법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 100을 말하되, 2019년부터 2021년까지 납세의무가 성립하는 종합부동산세에 대해서는 다음 각 호의 연도별 비율을 말한다.

1. 2019년 : 100분의 85

2. 2020년 : 100분의 90

3. 2021년 : 100분의 95

② 법 제13조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 100을 말하되, 2019년부터 2021년까지 납세의무가 성립하는 종합부동산세에 대해서는 다음 각 호의 연도별 비율을 말한다.

1. 2019년 : 100분의 85

2. 2020년 : 100분의 90

3. 2021년 : 100분의 95

제4조의2(주택분 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산) ① 법 제9조 제1항에 따른 주택분 종합부동산세액(이하 "주택분 종합부동산세액"이라 한다)에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 주택분 과세표준 금액에 대한 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ① 법 제14조 제1항에 따른 토지분 종합합산세액에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

② 법 제14조 제4항에 따른 토지분 별도합산세액에서 같은 조 제6항에 따라 공제하는 별도합산과세대상인 토지에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

(3) 지방세법

제110조(과세표준) ① 토지ㆍ건축물ㆍ주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조 제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지

2. 주택 : 시가표준액의 100분의 40부터 100분의 80까지

제111조(세율) ① 재산세는 제110조의 과세표준에 다음 각 호의 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

1. 토지

가. 종합합산과세대상

나. 별도합산과세대상

3. 주택

가. 제13조 제5항 제1호에 따른 별장: 과세표준의 1천분의 40

나. 그 밖의 주택

제112조(재산세 도시지역분) ① 지방자치단체의 장은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 제1호에 따른 도시지역 중 해당 지방의회의 의결을 거쳐 고시한 지역(이하 이 조에서 “재산세 도시지역분 적용대상 지역”이라 한다) 안에 있는 대통령령으로 정하는 토지, 건축물 또는 주택(이하 이 조에서 “토지등”이라 한다)에 대하여는 조례로 정하는 바에 따라 제1호에 따른 세액에 제2호에 따른 세액을 합산하여 산출한 세액을 재산세액으로 부과할 수 있다.

1. 제110조의 과세표준에 제111조의 세율을 적용하여 산출한 세액

2. 제110조에 따른 토지등의 과세표준에 1천분의 1.4를 적용하여 산출한 세액

② 지방자치단체의 장은 해당 연도분의 제1항 제2호의 세율을 조례로 정하는 바에 따라 1천분의 2.3을 초과하지 아니하는 범위에서 다르게 정할 수 있다.

③ 제1항에도 불구하고 재산세 도시지역분 적용대상 지역 안에 있는 토지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따라 지형도면이 고시된 공공시설용지 또는 개발제한구역으로 지정된 토지 중 지상건축물, 골프장, 유원지, 그 밖의 이용시설이 없는 토지는 제1항 제2호에 따른 과세대상에서 제외한다.

(4) 지방세법 시행령

제109조(공정시장가액비율) 법 제110조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 다음 각 호의 비율을 말한다.

1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 70

2. 주택 : 시가표준액의 100분의 60