조심2008서3751 (2010.08.25)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 서울특별시 OOOO OOO OO에 소재한 학교법인으로서 26,581,575천원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 수익사업회계로부터 비영리사업회계에 전입한 고유목적사업준비금으로 이를 손금에 산입하여 2005.3.1. ～ 2006.2.28.사업연도 법인세를 신고하였다.

나. 처분청은 2008.3.4. ～ 2008.3.17. 청구법인에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 위 쟁점금액 중 20,671,550천원을 고유목적사업이 아닌 수익사업용 자산의 취득자금 등의 용도로 사용한 것으로 보아

쟁점금액 중 수익사업용 자산의 취득자금으로 사용한 11,025,339천원 및 고유목적사업준비금 한도초과액 9,646,210천원을 익금산입하고 고정자산처분이익

과소신고금액 1,233,376천원을 익금산입하는 한편, 토지가액을 임의평가

하여 특별이익으로 계상한 10,349,280천원을 익금불산입하여 2008.9.1. 청구법인에게 2005.3.1. ～ 2006.2.28.사업연도 법인세 3,368,259,140원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.10.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점금액을 비영리사업회계에 전입하였다면 그 전입시점에 비영리사업에 지출된 것으로 보아야 하므로 전액 손금산입하여야 하고, 설령 전출시점에 비영리사업에 지출된 것으로 볼 수 없다 하더라도

「법인세법」제29조

제3항 제4호의 규정에 의하여 고유목적사업준비금으로 계상한 이후부터 5년 이내에 고유목적으로 사용하지 아니한 미사용 잔액에 대하여 과세처분하는 것이 타당하다 할 것이므로 쟁점금액 중 일부금액이 수익사업에 사용되었다고 하여 청구법인의 고유목적사업 지출계획 등을 고려하지 아니하고 이 건 법인세를 과세한 처분은 부당하다.

(2) 처분청이 쟁점금액 중 수익사업용 자산의 취득금액 등으로 보아 손금불산입한 20,671,550천원에서 380,030천원은 자산 취득시 매입자산에 대한 부가가치세로 그 후 청구법인에게 환급되었고, 1,522,664천원은 예금기초금액, 기부금 및 잡수익 등의 금액이며, 과세전적부심사 심리과정에서 처분청이 추가로 익금산입한 548,312천원은 불이익변경금지원칙에 위배된다 할 것이므로 합계 2,451,006천원을 익금산입 대상에서 제외하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 「법인세법」상 학교법인에 대하여 비영리사업회계에 전입하는 시점에 비영리사업에 지출된 것으로 보아 이를 손금으로 인정하는 것은 고유목적사업에 사용할 것을 전제로 한 것이지 이 건과 같이 고유목적사업이 아닌 수익사업용 자산의 취득자금으로 사용한 경우까지 조세혜택을 주기 위함이 아니다.

따라서, 고유목적사업준비금으로 손금산입한 금액을 임의로 환입계상하였다면 이를 환입연도의 익금으로 산입하는 것이 타당하다.

(2) 청구법인이 익금산입 대상에서 제외되어야 한다고 주장하는 금액 중 부가가치세 환급액은 처분청이 적출한 금액이 아닌 미지급 공사대금에서 발생된 것으로 혼재되어 환급된 금액이어서 정확한 귀속을 알 수 없다.

또한, 기부금 및 잡수익 등의 금액은 각 항목별 지출내역에 이미 사용된 금액이어서 수익사업용 자산의 취득에 먼저 사용되었다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어려우며, 처분청이 과세전적부심사 심리과정에서 추가로 익금산입한 금액은 수익사업용 자산의 취득에 사용한 예금항목의 합계 누락분이 확인된 금액이므로 이들 금액을 익금산입대상에서 제외되어야 한다는 청구법인의 주장은 이유없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 고유목적사업준비금으로 손금산입하여 법인세 등을 신고한 금액 중 일부 금액이 수익사업용 자산의 취득자금으로 지출된 것으로 보아 이를 익금 등에 산입하여 과세한 처분의 당부

(2) 처분청이 수익사업용 자산의 취득에 사용된 금액으로 보아 익금산입한 금액 중 일부 금액을 익금산입의 대상에서 제외할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 법인세법(2006.12.30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것)

제29조【고유목적사업준비금의 손금산입】① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

1.

「소득세법」 제16조

제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소득금액 및 같은 법 제17조 제1항 제5호의 규정에 의한 투자신탁수익의 분배금

2.

「소득세법」 제17조

제1항 제1호ㆍ제2호 및 제6호의 규정에 의한 배당소득금액. 다만,

「상속세 및 증여세법」 제16조

또는 같은 법 제48조의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식 등으로부터 발생한 배당소득금액을 제외한다.

3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

② 비영리내국법인이 제1항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금으로부터 순차로 상계하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다.

③ 제1항의 규정에 의하여

손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각호의 1에 해당하게 된 경우 그 잔액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다

.

1. 해산한 때

2. 고유목적사업을 전부 폐지한 때

3. 법인으로 보는 단체가

「국세기본법」 제13조

제3항의 규정에 의하여 승인취소되거나 거주자로 변경된 때

4.

고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때(5년내 사용하지 아니한 잔액에 한한다)

제113조【구분경리】① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 구분경리의 방법 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령(2008.2.29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것)

제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】⑤ 법 제29조 제1항에서 “고유목적사업”이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을 말한다.

제156조【구분경리】법 제113조 제1항 내지 제3항의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 재정경제부령이 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

(3) 법인세법 시행규칙

제75조【구분경리의 범위】① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다.

제76조【비영리법인의 구분경리】④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우

「조세특례제한법」제74조

제1항 제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다

.

(4) 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것)

제74조【고유목적사업준비금의 손금산입특례】① 다음 각호의 1에 해당하는 법인에 대하여는 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지

법인세법 제29조

의 규정을 적용함에 있어서 동법 동조 제1항 제4호의 규정에 불구하고 당해 법인의 수익사업(제5호 및 제6호의 경우에는 당해 사업과 당해 사업 시설안에서 동 시설을 이용하는 자를 대상으로 영위하는 수익사업에 한한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

1. 사립학교법에 의한 학교법인, 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률에 의한 산학협력단 및 평생교육법에 의한 원격대학 형태의 평생교육시설을 운영하는

민법 제32조

에 의한 비영리법인

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청의 현지확인 복명서를 비롯한 기타 심리자료를 보면, 아래와 같다.

1)

청구법인은 2005.8.29. 교육인적자원부장관으로부터 “대체 수익용기본재산(임대건물) 취득 : 238억원” 등을 처분금의 용도로 하여 수익용기본재산의 처분허가(사학지원과-5966)를 받았고, 2005.11.17. 수익사업용 자산인 OOO OOO OOO

OOOOO OO 소재 부동산(이하 “당초자산”이라 한다)을 2

6,035,196천원에 OOOO 주식회사에게 양도하였다.

2) 청구법인은 2005.3.1. ～ 2006.2.28.사업연도 회계결산시 23,676,654천원을 준비금전입액으로 계상하였다가 수익사업 폐쇄에 따라 위 준비금전입액을 환입계상하였으나 쟁점금액을 고유목적사업준비금으로 비영리사업회계로 전출 및 손금에 산입하여 법인세를 신고하였다.

3)

청구법인은 2006.12.30. 수익사업(부동산 임대업)의 재개를 목적으로 OOOOO OOO OOO OOOOOO, OO 대 1,927.8㎡를 17,500,000천원에 취득하고, 2007.3.30. 공급대가 8,547,000천원에 건물신축공사계약(위 토지와 합하여 이하 “대체자산”이라 한다)을 체결하였다.

4) 처분청은 청구법인에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 쟁점금액 중 20,671,550천원이 수익사업용 자산인 대체자산의 취득 등에 사용된 것으로 보아 수익사업용 자산의 취득에 사용된 금액 11,025,339천원 및 준비금 한도액 초과액 9,646,210천원을 익금에 산입하는 한편,

고정자산처분이익 과소신고금액 1,233,376천원을 익금산입하고, 토지가액을 임의평가하여 특별이익으로 계상한 10,349,280천원을 익금불산입하여 청구법인에게 이 건 법인세를 과세처분하였다.

(나) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면, 청구법인은 당초 대체 수익용기본재산의 취득 등을 처분금의 용도로 하여 수익용기본재산의 처분허가를 받아 당초자산을 양도하였고, 비록 당초자산의 양도금액 등을 포함한 쟁점금액을 고유목적사업준비금으로 전출하여 법인세 등을 신고하였으나 그 일부금액을 고유목적사업준비금의 사용목적을 위배하여 수익사업용 자산인 대체자산의 취득 등의 용도로 지출하였으므로 이를 전출한 사업연도의 손금으로 인정하기는 어렵다 하겠다.

따라서, 처분청이 쟁점금액 중 대체자산의 취득 등에 사용한 금액을 익금에 산입하여 법인세 등을 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저, 청구법인은 처분청이 과세전적부심사 심리과정에서

548,312천원을 익금으로 추가 인정하여 이 건 법인세를 과세처분하였으므로 불이익변경금지원칙에 반한다고 주장하나,

불이익변경금지원칙은 과세처분에 대한 불복절차에 대하여 적용되는 것이어서 과세처분 이전 단계인 과세전적부심사절차에도 적용되는 것으로 보기 어렵다 할 것이므로(조심 OOOOOOOOO, 2008.7.25. 같은 뜻) 달리 익금산입 대상에서 제외하여야 할 만한 사정을 제시하지 못하고 있는 이상, 위 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(나) 청구법인은 또한, 처분청이 익금산입한 금액 중 청구법인이

자산 취득과 관련하여 환급받은 부가가치세 매입세액 380,030천원이 포함되어 있고, 쟁점금액이 비영리사업회계로 전입되기 전의 2003.2.28.자

청구법인의 예금계좌 기초잔액 97,957천원 및 청구법인의 2003.4.25. ～ 2008.2.28. 기간 동안의 기부금 및 잡수익 등 합계 1,424,714천원이 쟁점금액에 앞서 대체자산의 취득자금으로 사용되었으므로 익금산입 대상에서 제외되어야 한다고 주장하는 바, 이에 대하여 살펴본다.

1)

청구법인의 결산서를 포함한 기타 심리자료를 보면,

2007.8.24. ～ 2008.8.6. 기간 동안 청구법인의 부가가치세 환급금액은 380,030천원인 한편, 청구법인의

2008.2.29. 기준 결산서상 수익사업용 부동산의 반영금액(22,456,851천원)과 처분청이 쟁점금액 중 대체자산의 취득자금으로 사용된 것으로 보아 적출한 금액(20,671,550천원)간에 1,785,301천원의 차이가 나는 것으로 나타나는 바,

이에 대하여 처분청은 결산서상 반영금액과 적출금액이 서로 차이가 나는 것은 청구법인이 일부 공사대금을 지급하지 못함에 기인한 것이고,

청구법인이 들고 있는 부가가치세 매입환급액은 처분청이 적출한 금액이 아닌 위의 미지급된 공사대금에서 발생한 금액이어서 이를 익금대상금액에서 차감할 수 없다는 의견이다.

2) 청구법인이 들고 있는 예금 기초잔액의 경우 청구법인의 예금계정을 보면, 수익사업용 당초 자산의 계약금 입금일 이전에 상여금 등 다른 지출항목에 지출된 것으로, 나머지

기부금 및 잡수익의 경우 또한 청구법인이 제출한 수입 지출 합계표 등을 보면, 각 사업연도에 인건비 등의 지출항목에 이미 지출된 것으로 각각 나타난다.

3) 위 사실관계를 종합하여 보건대, 청구법인이 제시하고 있는 금액 중

부가가치세 매입환급금액은 쟁점금액 중 처분청이 대체자산의 취득자금으로 사용한 것으로 보아 익금산입한 금액(20,671,550천원)과 별도로 미지급 공사금액에 대한 매입세액인 것으로 보이고, 예금기초잔액 및 기부금 등은 대체자산의 취득에 앞서 별도의 지출항목으로 이미 지출된 금액인 것으로 나타나므로 이들 금액을 익금산입대상에서 제외하여야 한다는 청구법인의 주장 역시 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.